1 | #include <cstdio> |
---|
2 | #include <cstring> |
---|
3 | #include <memory.h> |
---|
4 | |
---|
5 | #include <iostream> |
---|
6 | |
---|
7 | #include <arbdb.h> |
---|
8 | #include <arbdbt.h> |
---|
9 | |
---|
10 | #include "arbdb++.hxx" |
---|
11 | |
---|
12 | #define ad_assert(cond) arb_assert(cond) |
---|
13 | |
---|
14 | // -------------------------------------------------------------------------------- |
---|
15 | // class: AD_ALI |
---|
16 | |
---|
17 | AD_ALI::AD_ALI() |
---|
18 | { |
---|
19 | gb_ali = gb_aligned = gb_name = gb_len = gb_type = 0; |
---|
20 | ad_main = 0; |
---|
21 | last = count = 0; |
---|
22 | ad_name = ad_type = 0; |
---|
23 | ad_aligned = ad_len = 0; |
---|
24 | } |
---|
25 | |
---|
26 | AD_ALI::~AD_ALI() |
---|
27 | { |
---|
28 | if (ad_main) new AD_ERR("AD_ALI: no exit !",CORE); |
---|
29 | } |
---|
30 | |
---|
31 | |
---|
32 | |
---|
33 | AD_ERR *AD_ALI::init(AD_MAIN * gbptr) |
---|
34 | { |
---|
35 | if (!gbptr) { |
---|
36 | return new AD_ERR("AD_ALI.init(NULL)",CORE); |
---|
37 | } else { |
---|
38 | ad_main = gbptr; |
---|
39 | ddefault(); |
---|
40 | return 0; |
---|
41 | } |
---|
42 | } |
---|
43 | |
---|
44 | AD_ERR *AD_ALI::exit() |
---|
45 | { |
---|
46 | if (ad_main) { |
---|
47 | ad_main = 0; |
---|
48 | return 0; |
---|
49 | } |
---|
50 | return new AD_ERR("AD_ALI: exit() without init()"); |
---|
51 | } |
---|
52 | |
---|
53 | AD_ERR *AD_ALI::ddefault() |
---|
54 | { |
---|
55 | AD_ERR *res; |
---|
56 | char *def = GBT_get_default_alignment(ad_main->gbd); |
---|
57 | res =find(def); |
---|
58 | delete def; |
---|
59 | return res; |
---|
60 | } |
---|
61 | |
---|
62 | AD_ERR *AD_ALI::initpntr() |
---|
63 | { |
---|
64 | // initialisiert das objekt |
---|
65 | // gb_ali sollte veraendert werden, dann aufrufen |
---|
66 | if (!gb_ali) { |
---|
67 | last = 1; |
---|
68 | gb_ali = gb_aligned = gb_name = gb_len = gb_type = 0; |
---|
69 | return 0; |
---|
70 | } |
---|
71 | last = 0; |
---|
72 | |
---|
73 | gb_name = GB_entry(gb_ali,"alignment_name"); |
---|
74 | gb_aligned = GB_entry(gb_ali,"aligned"); |
---|
75 | gb_len = GB_entry(gb_ali,"alignment_len"); |
---|
76 | gb_type = GB_entry(gb_ali,"alignment_type"); |
---|
77 | ad_name = GB_read_string(gb_name); |
---|
78 | ad_type = GB_read_string(gb_type); |
---|
79 | ad_len = GB_read_int(gb_len); |
---|
80 | ad_aligned = GB_read_int(gb_aligned); |
---|
81 | |
---|
82 | AD_READWRITE::gbdataptr = gb_ali; |
---|
83 | return 0; |
---|
84 | } |
---|
85 | |
---|
86 | AD_ERR *AD_ALI::release() { |
---|
87 | if (ad_name) delete ad_name; |
---|
88 | if (ad_type) delete ad_type; |
---|
89 | AD_READWRITE::gbdataptr = 0; |
---|
90 | ad_name = 0; ad_type = 0; |
---|
91 | return 0; |
---|
92 | } |
---|
93 | |
---|
94 | |
---|
95 | AD_ERR *AD_ALI::first() |
---|
96 | { |
---|
97 | // initialisiert das Objekt mit dem ersten gefundenen |
---|
98 | // Alignment, eof falls keins existiert |
---|
99 | release(); |
---|
100 | gb_ali = GB_entry(ad_main->gbd,"alignment"); |
---|
101 | initpntr(); |
---|
102 | return 0; |
---|
103 | } |
---|
104 | |
---|
105 | |
---|
106 | AD_ERR *AD_ALI::find(char* ali_name) |
---|
107 | { |
---|
108 | // sucht nach name, eof wenn nicht gefunden ! |
---|
109 | // |
---|
110 | release(); |
---|
111 | gb_ali = GBT_get_alignment(ad_main->gbd, ali_name); |
---|
112 | initpntr(); |
---|
113 | return 0; |
---|
114 | } |
---|
115 | |
---|
116 | AD_ERR *AD_ALI::next() |
---|
117 | // initialisiert auf das naechste, bzw. erste gefundene Objekt |
---|
118 | // falss kein weiteres liefert es einen Fehler zurueck |
---|
119 | // und setzt last-flag |
---|
120 | { |
---|
121 | GBDATA *gbptr; |
---|
122 | if (!gb_ali) { |
---|
123 | AD_ALI::first(); |
---|
124 | return 0; |
---|
125 | } else { |
---|
126 | release(); |
---|
127 | ad_assert(GB_has_key(gb_ali, "alignment")); |
---|
128 | gbptr = GB_nextEntry(gb_ali); |
---|
129 | gb_ali = gbptr; |
---|
130 | initpntr(); |
---|
131 | } |
---|
132 | return 0; |
---|
133 | } |
---|
134 | |
---|
135 | int AD_ALI::time_stamp(void) |
---|
136 | { |
---|
137 | if (gb_ali != 0) |
---|
138 | return GB_read_clock(gb_ali); |
---|
139 | new AD_ERR("AD_ALI::time_stamp - no alignment selected"); |
---|
140 | return 0; |
---|
141 | } |
---|
142 | |
---|
143 | |
---|
144 | |
---|
145 | int AD_ALI::eof() |
---|
146 | { |
---|
147 | return last; |
---|
148 | } |
---|
149 | |
---|
150 | int AD_ALI::aligned() |
---|
151 | { |
---|
152 | return ad_aligned; |
---|
153 | } |
---|
154 | |
---|
155 | int AD_ALI::len() |
---|
156 | { |
---|
157 | return ad_len; |
---|
158 | } |
---|
159 | |
---|
160 | char *AD_ALI::type() |
---|
161 | { |
---|
162 | // Achtung: kurzlebiger speicher !! ansonsten read_string !! |
---|
163 | return ad_type; |
---|
164 | } |
---|
165 | |
---|
166 | char *AD_ALI::name() |
---|
167 | { |
---|
168 | return ad_name; |
---|
169 | } |
---|
170 | |
---|
171 | |
---|
172 | void AD_ALI::operator=(AD_ALI& ali) |
---|
173 | { |
---|
174 | ad_main = ali.ad_main; |
---|
175 | gb_ali = ali.gb_ali; |
---|
176 | gb_aligned = ali.gb_aligned; |
---|
177 | gb_name = ali.gb_name; |
---|
178 | gb_len = ali.gb_len; |
---|
179 | gb_type = ali.gb_type; |
---|
180 | count = 0; // keine contianer haengen am objekt |
---|
181 | last = ali.last; |
---|
182 | if (ali.ad_name) ad_name = strdup(ali.ad_name); |
---|
183 | else ad_name = 0; |
---|
184 | if (ali.ad_type) ad_type = strdup(ali.ad_type); |
---|
185 | else ad_type = 0; |
---|
186 | } |
---|
187 | |
---|