source: tags/arb_5.2/AWT/AWT_seq_colors.cxx

Last change on this file was 6100, checked in by westram, 15 years ago
  • fix warning "format not a string literal and no format arguments"
    • GB_export_error → GB_export_error/GB_export_errorf
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 9.5 KB
Line 
1#include <stdio.h>
2#include <stdlib.h>
3#include <string.h>
4#include <ctype.h>
5// #include <malloc.h>
6#include <arbdb.h>
7#include <arbdbt.h>
8
9
10#include <aw_root.hxx>
11#include <aw_device.hxx>
12#include <aw_window.hxx>
13
14#include "awt_seq_colors.hxx"
15#include "awt.hxx"
16
17
18static int default_NUC_set = 0;     // number of default nucleotide set
19static int default_AMI_set = 3;     // number of default amino acid set
20
21static const char *default_sets[AWT_SEQ_COLORS_MAX_SET] = {
22    //A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z * -
23    "=2=0=3=0=0=0=4=0=0=0=0=0=0=6=0=0=0=0=0=5=5=0=0=0=0=0=0=6", // A, C, G, TU and N in 5 colors
24    "R2=0Y3=0=0=0R2=0=0=0=0=0=0=0=0=0=0=2=0Y3Y3=0=0=0=3=0=0=6", // AG and CTU in 2 colors
25    "=0=5=0=5=7=7=0=5=7=7=3=7=3=9=7=7=7=3=3=0=0=5=3=7=3=7=0=6", // ambiguity
26    "=7=0=7=8=2=9=8=9=3=0=2=3=7=8=0=8=2=2=2=2=0=3=9=6=9=0=0=6", // Protein colors
27    "=0=0=0=0=0=0=0=0=0=0=0=0=0=0=0=0=0=0=0=0=0=0=0=0=0=0=0=6",
28};
29
30static bool seq_color_awars_created = false;
31
32// --------------------------------------------------------------------------------
33
34static const char *default_characters(int elem) {
35    static char result[3] = "xX";
36
37    if (elem<26) { //  first 26 elements (0-25) are characters
38        result[0] = 'a'+elem;
39        result[1] = 'A'+elem;
40    }
41    else if (elem == 26) { // stop codon
42        result[0] = '*';
43        result[1] = 0;
44    }
45    else if (elem == 27) { // gaps
46        result[0] = '-';
47        result[1] = '.';
48    }
49
50    return result;
51}
52static const char *default_color(int set, int elem) {
53    // returns default color numbers for seq-color-set
54    static char result[3] = "=0";
55    const char *pos       = default_sets[set]+2*elem;
56
57    result[0] = pos[0];
58    result[1] = pos[1];
59
60    return result;
61}
62
63static void awt_awar_changed_cb(GBDATA *, int *cl, GB_CB_TYPE){
64    AWT_seq_colors *sc = (AWT_seq_colors *)cl;
65    sc->reload();
66}
67
68static void create_seq_color_awars(AW_root *awr, AWT_seq_colors *asc) {
69    awt_assert(!seq_color_awars_created);
70
71    awr->awar_int(AWAR_SEQ_NAME_SELECTOR_NA, default_NUC_set, AW_ROOT_DEFAULT)->add_callback((AW_RCB)awt_awar_changed_cb, (AW_CL)asc, 0);
72    awr->awar_int(AWAR_SEQ_NAME_SELECTOR_AA, default_AMI_set, AW_ROOT_DEFAULT)->add_callback((AW_RCB)awt_awar_changed_cb, (AW_CL)asc, 0);
73   
74    for (int elem = 0; elem<AWT_SEQ_COLORS_MAX_ELEMS; ++elem) {
75        const char *awar_name = GBS_global_string(AWAR_SEQ_NAME_STRINGS_TEMPLATE, elem);
76        awr->awar_string(awar_name, default_characters(elem));
77
78        for (int set = 0; set<AWT_SEQ_COLORS_MAX_SET; ++set) {
79            awar_name = GBS_global_string(AWAR_SEQ_NAME_TEMPLATE, set, elem);
80            awr->awar_string(awar_name, default_color(set, elem));
81        }
82    }
83
84    seq_color_awars_created = true;
85}
86
87AW_window *create_seq_colors_window(AW_root *awr, AWT_seq_colors *asc){
88    char                     buf[256];
89    static AW_window_simple *aws = 0;
90    if (aws) return aws;
91
92    if (!seq_color_awars_created) create_seq_color_awars(awr, asc);
93
94    aws = new AW_window_simple;
95    aws->init( awr, "SEQUENCE_COLOR_MAPPING", "SEQUENCE COLORS");
96
97    aws->at           ( 10,10 );
98    aws->auto_space(0,3);
99
100    aws->callback     ( AW_POPDOWN );aws->create_button( "CLOSE", "CLOSE", "C" );
101    aws->callback     ( AW_POPUP_HELP,(AW_CL)"sequence_colors.hlp" );aws->create_button( "HELP", "HELP" );
102    aws->at_newline();
103
104    //    aws->label_length( 6 ); // @@@ has no effect
105    //    aws->button_length( 6 );
106    int set;
107
108    for (int seqType=0; seqType<2; seqType++) {
109        if (seqType==0) {
110            aws->label("Select Colors For Nucleotides (NA) :");
111            aws->create_toggle_field(AWAR_SEQ_NAME_SELECTOR_NA,1);
112        }
113        else {
114            aws->label("Select Colors For Amino Acids (AA) :");
115            aws->create_toggle_field(AWAR_SEQ_NAME_SELECTOR_AA,1);
116        }
117       
118        for (set = 0; set < AWT_SEQ_COLORS_MAX_SET;set++){
119            sprintf(buf,"S_%i",set);
120            aws->insert_toggle( buf," ",set );
121        }
122        aws->update_toggle_field();
123        aws->at_newline();
124    }
125
126    aws->label_length( 6 ); 
127    aws->button_length( 6 );
128 
129    for (int big_columns = 0; big_columns <= 1; ++big_columns) {
130        aws->create_button(0,"Char");
131        for (set = 0; set < AWT_SEQ_COLORS_MAX_SET;set++){
132            sprintf(buf,"S %i",set);
133            aws->create_button(0,buf);
134        }
135
136        buf[0] = 0; aws->create_button(0,buf); // empty
137    }
138    aws->at_newline();
139    aws->auto_space(2,2);
140
141    for (int elem = 0; elem < (AWT_SEQ_COLORS_MAX_ELEMS/2); elem++){
142        for (int big_columns = 0; big_columns <= 1; ++big_columns) {
143            int my_elem = elem+big_columns*AWT_SEQ_COLORS_MAX_ELEMS/2;
144
145            sprintf(buf,AWAR_SEQ_NAME_STRINGS_TEMPLATE,my_elem);
146            aws->create_input_field(buf,4);
147            for (set = 0; set < AWT_SEQ_COLORS_MAX_SET;set++){
148                sprintf(buf,AWAR_SEQ_NAME_TEMPLATE,set,my_elem);
149                aws->create_input_field(buf,4);
150            }
151            if (big_columns == 0)  {
152                buf[0] = 0; aws->create_button(0,buf); // empty
153            }
154        }
155        aws->at_newline();
156    }
157
158    aws->window_fit();
159    return (AW_window *)aws;
160}
161
162void AWT_seq_colors::run_cb(){
163    if (callback && aww) callback(aww,cd1,cd2);
164}
165
166void AWT_seq_colors::reload(){
167    char           buf[256];
168    GB_transaction dummy(gb_def);
169    int  i;
170
171    for (i=0;i<256;i++) {
172        char_2_gc[i]   = char_2_gc_aa[i]   = base_gc;
173        char_2_char[i] = char_2_char_aa[i] = i;
174    }
175
176    const char *selector_awar[2] = { AWAR_SEQ_NAME_SELECTOR_NA, AWAR_SEQ_NAME_SELECTOR_AA };
177
178    for (int selector = 0; selector<2; selector++) {
179        long def_set = selector == 0 ? default_NUC_set : default_AMI_set;
180        long set     = *GBT_readOrCreate_int(gb_def, selector_awar[selector], def_set);
181
182        if (set < 0 || set >= AWT_SEQ_COLORS_MAX_SET) {
183            set = def_set;
184        }
185
186        for (int elem = 0; elem < AWT_SEQ_COLORS_MAX_ELEMS; elem++){
187            sprintf(buf,AWAR_SEQ_NAME_STRINGS_TEMPLATE,elem);
188            unsigned char *sc = (unsigned char *)GBT_readOrCreate_string(gb_def, buf, default_characters(elem));
189            if (!cbexists) {
190                GBDATA *gb_ne = GB_search(gb_def,buf,GB_STRING);
191                GB_ensure_callback(gb_ne,GB_CB_CHANGED,awt_awar_changed_cb,(int *)this);
192                for (int s2=0; s2<AWT_SEQ_COLORS_MAX_SET; s2++){
193                    sprintf(buf,AWAR_SEQ_NAME_TEMPLATE,s2,elem);
194                    GBT_readOrCreate_char_pntr(gb_def, buf, default_color(s2, elem)); // add default if missing
195                    gb_ne = GB_search(gb_def,buf,GB_STRING);
196                    GB_ensure_callback(gb_ne,GB_CB_CHANGED,awt_awar_changed_cb,(int *)this);
197                }
198            }
199            sprintf(buf,AWAR_SEQ_NAME_TEMPLATE,(int)set,elem);
200            char *val = GBT_read_string(gb_def,buf);
201            if (strlen(val) != 2 || val[1] >'9' || val[1] < '0'){
202                aw_message(GB_export_errorf("Error in Color Lookup Table: '%s' is not of type X#",val));
203                delete val;
204                delete sc;
205                continue;
206            }
207
208            if (selector == 0) { // Nucleotide colors
209                for (i=0;sc[i];i++) {
210                    char_2_gc[sc[i]] = val[1]-'0' + base_gc;
211                    if (val[0] != '=') char_2_char[sc[i]] = val[0];
212                }
213            }
214            else {
215                for (i=0;sc[i];i++) {
216                    char_2_gc_aa[sc[i]] = val[1]-'0' + base_gc;
217                    if (val[0] != '=') char_2_char_aa[sc[i]] = val[0];
218                }                   
219            }
220
221            free(val);
222            free(sc);
223        }
224    }
225
226    cbexists = 1;
227    run_cb();
228}
229
230AWT_seq_colors::AWT_seq_colors(GBDATA *gb_default, int _base_gc,
231                               AW_CB _cb,AW_CL _cd1,AW_CL _cd2){
232    aww = 0;
233    cd1 = _cd1;
234    cd2 = _cd2;
235    callback = _cb;
236    gb_def = gb_default;
237    base_gc = _base_gc;
238    GB_transaction dummy(gb_def);
239    cbexists = 0;
240    this->reload();
241}
242
243
244
245AWT_reference::AWT_reference(GBDATA *_gb_main){
246    reference = 0;
247    ref_len = 0;
248    gb_main = _gb_main;
249    init_species_name = 0;
250}
251
252void AWT_reference::init() {
253    delete reference;
254    reference = 0;
255    ref_len = 0;
256    delete init_species_name;
257    init_species_name = 0;
258}
259
260void AWT_reference::expand_to_length(int len){
261    if (len > ref_len){
262        char *ref2 = (char *)GB_calloc(sizeof(char),len+1);
263       
264        if (reference) {
265            strcpy(ref2,reference);
266            free(reference);
267        }
268        reference = ref2;
269        ref_len   = len;
270    }
271}
272
273void AWT_reference::init(const char *species_name, const char *alignment_name) {
274
275    awt_assert(species_name);
276    awt_assert(alignment_name);
277
278    GB_transaction dummy(gb_main);
279    GBDATA *gb_species = GBT_find_species(gb_main,species_name);
280
281    init();
282    if (gb_species){
283        GBDATA *gb_data = GBT_read_sequence(gb_species,alignment_name);
284        if (gb_data){
285            reference = GB_read_as_string(gb_data);
286            if (reference) {
287                ref_len = strlen(reference);
288                init_species_name = strdup(species_name);
289            }
290        }
291    }
292}
293
294void AWT_reference::init(const char *name, const char *sequence_data, int len) {
295
296    awt_assert(name);
297    awt_assert(sequence_data);
298    awt_assert(len>0);
299
300    init();
301
302    reference = (char*)GB_calloc(sizeof(char), len+1);
303    memcpy(reference, sequence_data, len);
304    reference[len] = 0;
305    ref_len = len;
306    init_species_name = strdup(name);
307}
308
309AWT_reference::~AWT_reference(){
310    delete reference;
311}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.