source: tags/arb_5.5/CONVERTALN/convert.h

Last change on this file was 5829, checked in by westram, 17 years ago
  • included some patches for OSX (thx to Matt Cottrell)
  • added global switch LINK_STATIC
  • added script which checks for tools needed to compile ARB
  • typo CCPLIB→CPPLIB
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 5.0 KB
Line 
1/* data structure for each file format and sequences */
2
3#ifndef FILEBUFFER_H
4#include <FileBuffer.h>
5#endif
6
7#define INITSEQ 6000
8#define RNA     0
9#define NONRNA  1
10#define EQ      1
11#define NONEQ   0
12
13#define GENBANK   'g'
14#define MACKE     'm'
15#define PROTEIN   't'
16#define PHYLIP    'y'
17#define PHYLIP2   '2'
18#define PAUP      'p'
19#define EMBL      'e'
20#define GCG       'c'
21#define PRINTABLE 'r'
22#define ALMA      'l'
23#define NBRF      'n'
24#define STADEN    's'
25
26#define UNKNOWN  (-1)
27#define AUTHOR   1
28#define JOURNAL  2
29#define TITLE    3
30#define STANDARD 4
31#define PROCESS  5
32#define REF      6
33#define ALL      0
34
35#define SEQLINE 60
36/* GenBank data structure */
37typedef struct  {
38    char *ref;
39    char *author;
40    char *title;
41    char *journal;
42    char *standard;
43} Reference;
44
45typedef struct  {
46    int   exist;
47    char *source;
48    char *cc;
49    char *formname;
50    char *nickname;
51    char *commname;
52    char *hostorg;
53} Oinf;
54
55typedef struct  {
56    int   exist;
57    char *RDPid;
58    char *gbkentry;
59    char *methods;
60    char  comp5;                /* yes or no, y/n */
61    char  comp3;                /* yes or no, y/n */
62} Sinf;
63
64typedef struct  {
65    Oinf  orginf;
66    Sinf  seqinf;
67    char *others;
68} Comment;
69
70typedef struct  {
71    char      *locus;
72    char      *definition;
73    char      *accession;
74    char      *keywords;
75    char      *source;
76    char      *organism;
77    int        numofref;
78    Reference *reference;
79    Comment    comments;
80} GenBank;
81
82/* Macke data structure */
83typedef struct  {
84    char  *seqabbr;             /* seq. abbrev. */
85    char  *name;                /* seq. full name */
86    int    rna_or_dna;          /* rna or dna */
87    char  *atcc;                /* CC# of seq. */
88    char  *rna;                 /* Sequence methods, old version entry */
89    char  *date;                /* date of modification */
90    char  *nbk;                 /* GenBank information -old version entry */
91    char  *acs;                 /* accession number */
92    char  *author;              /* author of the first reference */
93    char  *journal;             /* journal of the first reference */
94    char  *title;               /* title of the first reference */
95    char  *who;                 /* who key in the data */
96    char  *strain;              /* strain */
97    char  *subspecies;          /* subspecies */
98    int    numofrem;            /* num. of remarks */
99    char **remarks;             /* remarks */
100} Macke;
101
102/* Paup data structure */
103typedef struct  {
104    int         ntax;           /* number of sequences */
105    int         nchar;          /* max number of chars per seq. */
106    int         labelpos;       /* Label start from left or right */
107    int         missing;
108    const char *equate;         /* equal meaning char */
109    int         interleave;     /* interleave or sequential */
110    int         datatype;       /* rna in this case */
111    char        gap;            /* char of gap, default is '-' */
112    int         gapmode;
113    /* if sequence data is not too large, read into memory at once */
114    /* otherwise, read in one by one. */
115} Paup;
116
117typedef struct  {
118    char *author;
119    char *title;
120    char *journal;
121    char *processing;
122} Emblref;
123
124typedef struct  {
125    char    *id;                /* entry name */
126    char    *dateu;             /* date of last updated */
127    char    *datec;             /* date of created */
128    char    *description;       /* description line (DE) */
129    char    *os;                /* Organism species */
130    char    *accession;         /* accession number(s) */
131    char    *keywords;          /* keyword */
132    int      numofref;          /* num. of reference */
133    Emblref *reference;
134    char    *dr;                /* database cross-reference */
135    Comment  comments;          /* comments */
136} Embl;
137
138typedef struct  {
139    char *id;
140    char *filename;
141    int   format;               /* could be NBRF, UWGCG, RMBL, STADEN */
142    char  defgap;
143    int   num_of_sequence;      /* num of sequence after merging with gaps */
144    char *sequence;             /* sequence data after mergin with gaps */
145} Alma;
146
147typedef struct  {
148    char *id;                   /* locus */
149    char *description;
150} Nbrf;
151
152/* one sequence entry */
153struct global_data {
154    int       numofseq;         /* number of sequences */
155    int       seq_length;       /* sequence length */
156    int       max;
157    char     *sequence;         /* sequence data */
158    /* to read all the sequences into memory at one time */
159    char    **ids;              /* array of ids. */
160    char    **seqs;             /* array of sequence data */
161    int      *lengths;          /* array of sequence lengths */
162    int       allocated;        /* for how many sequences space has been allocated */
163    /* PAUP, PHYLIP, GCG, and PRINTABLE */
164    GenBank   gbk;              /* one GenBank entry */
165    Macke     macke;            /* one Macke entry */
166    Paup      paup;             /* one Paup entry */
167    Embl      embl;
168    Alma      alma;
169    Nbrf      nbrf;
170}; 
171
172extern struct global_data data; 
173
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.