| 1 | // ==================================================================== // |
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| 3 | // File : probe_match_parser.hxx // |
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| 4 | // Purpose : parse the results of a probe match // |
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| 5 | // Time-stamp: <Thu Jun/10/2004 13:58 MET Coder@ReallySoft.de> // |
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| 8 | // Coded by Ralf Westram (coder@reallysoft.de) in June 2004 // |
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| 9 | // Copyright Department of Microbiology (Technical University Munich) // |
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| 10 | // // |
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| 11 | // Visit our web site at: http://www.arb-home.de/ // |
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| 13 | // ==================================================================== // |
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| 15 | #ifndef PROBE_MATCH_PARSER_HXX |
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| 16 | #define PROBE_MATCH_PARSER_HXX |
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| 18 | #ifndef ARBTOOLS_H |
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| 19 | #include <arbtools.h> |
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| 20 | #endif |
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| 22 | // -------------------------------------------------------------------------------- |
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| 23 | // helper class to parse probe match results |
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| 25 | class ProbeMatch_impl; |
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| 26 | |
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| 27 | class ProbeMatchParser : public Noncopyable { |
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| 28 | ProbeMatch_impl *pimpl; |
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| 29 | char *init_error; |
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| 30 | |
|---|
| 31 | public: |
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| 32 | ProbeMatchParser(const char *probe_target, const char *headline); |
|---|
| 33 | ~ProbeMatchParser(); |
|---|
| 34 | |
|---|
| 35 | const char * get_error() const { return init_error; } |
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| 36 | bool is_gene_result() const; |
|---|
| 37 | int get_probe_region_offset() const; |
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| 38 | |
|---|
| 39 | bool getColumnRange(const char *columnName, int *startCol, int *endCol) const; |
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| 40 | |
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| 41 | // bool parse_match(const char *match, const char *& result_probeRegion, int& result_startPos, GB_ERROR& error); |
|---|
| 42 | friend class ParsedProbeMatch; |
|---|
| 43 | }; |
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| 44 | |
|---|
| 45 | class ParsedProbeMatch : public Noncopyable { |
|---|
| 46 | const ProbeMatchParser& parser; |
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| 47 | char *match; |
|---|
| 48 | mutable const char *error; |
|---|
| 49 | public: |
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| 50 | |
|---|
| 51 | ParsedProbeMatch(const char *match_, const ProbeMatchParser& parser_); |
|---|
| 52 | ~ParsedProbeMatch(); |
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| 53 | |
|---|
| 54 | const char *get_error() const { return error; } |
|---|
| 55 | int get_position() const; |
|---|
| 56 | const char *get_probe_region() const; |
|---|
| 57 | |
|---|
| 58 | char *get_column_content(const char *columnName, bool chop_spaces) const; |
|---|
| 59 | }; |
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| 60 | |
|---|
| 61 | |
|---|
| 62 | #else |
|---|
| 63 | #error probe_match_parser.hxx included twice |
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| 64 | #endif // PROBE_MATCH_PARSER_HXX |
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| 65 | |
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