source: tags/cvs_2_svn/TRS/trs_server.cxx

Last change on this file was 5390, checked in by westram, 18 years ago
  • TAB-Ex
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 8.4 KB
Line 
1#include <stdio.h>
2#include <stdlib.h>
3#include <string.h>
4// #include <malloc.h>
5
6char *TRS_map_file(const char *path,int writeable);
7#define GB_map_file TRS_map_file
8#       include <cat_tree.hxx>
9#undef GB_map_file
10
11#include "tree_lib.hxx"
12#include "trs_proto.h"
13
14static void quit_with_error(char *error) __ATTR__NORETURN;
15static void quit_with_error(char *error) {
16    fprintf(stdout,"%s\n",error);
17    exit(-1);
18}
19
20static char *get_indata(int argc, char **argv) {
21    char *indata = 0;
22    char *request_method;
23
24    request_method = getenv("REQUEST_METHOD");
25    // GET means: contents are in variable QUERY_STRING
26
27    if (request_method && argc<=1){
28        printf("Content-type:   text/html\n\n");
29        if (!strcmp(request_method,"GET")) {
30            indata=strdup(getenv("QUERY_STRING"));
31        } else if (!strcmp(request_method,"POST")) {
32            char *temp;
33            if(!(temp=getenv("CONTENT_LENGTH")))
34                quit_with_error(TRS_export_error("CONTENT_LENGTH not set"));
35            int len=atoi(temp);
36            indata=new char[len+1];
37            indata[len]=0;
38            fread(indata,len,1,stdin);
39        }
40    } else {        // read the command line
41        if (argc>1){
42            indata = strdup(argv[1]);
43        }else{
44            indata = 0;
45        }
46    }
47
48    return indata;
49}
50
51
52static long convert_cgi_to_hash(char *indata){          // destroys indata
53    long hash = TRS_create_hash(10);
54    char *p;
55    for (p = strtok(indata,"&");p; p = strtok(0,"&")){
56        char *out = strdup(p);
57        int i,j=0;
58        for ( i=0;p[i];i++ ){
59            if (p[i]=='+'){
60                out[j++] = ' ';
61                continue;
62            }
63            if (p[i] == '%'){
64                int ch;
65                int save = p[i+3];
66                p[i+3] = 0;
67                sscanf(p+i+1,"%x", &ch);
68                p[i+3] = save;
69                out[j++] = ch;
70                i+=2;
71            }else{
72                out[j++] = p[i];
73            }
74        }
75        out[j] = 0;
76
77        char *eq = strchr(out,'=');
78        if (!eq) continue;
79        *(eq) = 0;
80        TRS_write_hash(hash,out,(long)(eq+1));
81    }
82    return hash;
83}
84
85/*
86  static long trs_show_hash(char *key,long val){
87  printf("%s:%s\n",key,(char *)val);
88  return val;
89  }
90*/
91
92int main(int argc, char **argv){
93    char *data = get_indata(argc,argv);
94    char    *error = 0;
95    if (!data){
96        fprintf(stderr,
97                "Syntax:        %s tree_name=xxx&tree_dir=yyyy&\n"
98                "       query=tree      get the tree structure of yyyy/xxxx.otb\n"
99                "       query=branch_lengths get the branch lengths\n"
100                "       query=node_names        node Names\n"
101                "       query=full_name1        First word of fullname\n"
102                "       query=full_name2        Rest of fullname\n"
103                "       getnames=RRRRR          Get the names of the selected species\n"
104                "                                       RRRR is genareted by the TrsTree\n"
105                "       getnode=RRRRR           Gets the name of the deepest nodes which\n"
106                "                                               contains all selected\n"
107                "       getfullnames=RRRRR      Get the fullnames seperated by ####\n"
108                "       getaccession=RRR                Get the accession numbers \n"
109                "       toOTF=name              Translate stdin Lines like 'name#+#value' into otf\n"
110                "       toOTF=fullname          Translate stdin Lines like 'fullname#+#value' into otf\n"
111                "       toOTF=accession         Translate stdin Lines like 'accession#+#value' into otf\n"
112                "\n"
113                "       toSelection=name        Translate stdin Lines like 'name#+#' into compressed selection string\n"
114                "       toSelection=fullname    Translate stdin Lines like 'fullname#+#' into compressed selection string\n"
115                "       toSelection=accession   Translate stdin Lines like 'accession#+#' into compressed selection string\n"
116                "\n"
117                "       toNewick=modified nodes Translate OTB format to newick, modified nodes comes from TrsTree\n"
118                "               [stripNewick=grouped_nodes]     Replace all grouped nodes by [GROUP=sizeofgroup]'name'\n"
119                "               [prune=selected_nodes]          Remove all nodes but selected, selected are from TrsTree\n"
120                ,argv[0]);
121        exit(0);
122    }
123
124
125
126    long hash = convert_cgi_to_hash(strdup(data));
127    //TRS_hash_do_loop(hash, trs_show_hash);
128
129    char *tree_name = (char *)TRS_read_hash(hash,"tree_name");
130    if (!tree_name){
131        quit_with_error(TRS_export_error("No Parameter 'tree_name' found: '%s'",data));
132    }
133    const char *tree_dir = (const char *)TRS_read_hash(hash,"tree_dir");
134    if (!tree_dir) tree_dir =  ".";
135    char *tree_path = (char *)calloc(strlen(tree_dir) + strlen(tree_name) + 10,1);  // Look in ../irs_lib/%s.otb
136    sprintf(tree_path,"%s/%s.otb",tree_dir, tree_name);
137
138    char *query = (char *)TRS_read_hash(hash,"query");
139    if (query){
140        if (!strcmp(query,"tree")){
141            error = T2J_send_bit_coded_tree(tree_path,stdout);
142        }else if (!strcmp(query,"branch_lengths")){
143            error = T2J_send_branch_lengths(tree_path,stdout);
144        }else if (!strcmp(query,"node_names")){
145            error = T2J_transfer_group_names(tree_path,stdout);
146        }else if (!strcmp(query,"full_name1")){
147            error = T2J_transfer_fullnames1(tree_path,stdout);
148        }else if (!strcmp(query,"full_name2")){
149            error = T2J_transfer_fullnames2(tree_path,stdout);
150        }
151    }
152
153    char *get_names = (char *)TRS_read_hash(hash,"getnames");
154    if (!error && get_names){
155        double relgroup;
156        char *selection = T2J_get_selection(tree_path,get_names,"",1,CAT_FIELD_NAME,0,0,&relgroup);
157        if (!selection) error = TRS_get_error();
158        else            printf("%s\n",selection);
159    }
160    char *get_fullnames = (char *)TRS_read_hash(hash,"getfullnames");
161    if (!error && get_fullnames){
162        double relgroup;
163        char *selection = T2J_get_selection(tree_path,get_fullnames,"",1,CAT_FIELD_FULL_NAME,0,0,&relgroup);
164        if (!selection) error = TRS_get_error();
165        else    printf("%s\n",selection);
166    }
167
168    char *get_acc = (char *)TRS_read_hash(hash,"getaccession");
169    if (!error && get_acc){
170        double relgroup;
171        char *selection = T2J_get_selection(tree_path,get_acc,"",1,CAT_FIELD_ACC,0,0,&relgroup);
172        if (!selection) error = TRS_get_error();
173        else    printf("%s\n",selection);
174    }
175
176    char *get_node = (char *)TRS_read_hash(hash,"getnode");
177    if (!error && get_node){
178        CAT_node_id focus;
179        char *nodename = 0;
180        double relgroup;
181        char *selection = T2J_get_selection(tree_path,get_node,"",1,CAT_FIELD_ACC,&focus,&nodename,&relgroup);
182        if (!selection) error = TRS_get_error();
183        else    printf("%s:%G\n",nodename,relgroup);
184    }
185    int otf = 1;
186    char *toOTF = (char *)TRS_read_hash(hash,"toOTF");
187    if (! toOTF){
188        otf = 0;                    // not otf format
189        toOTF = (char *)TRS_read_hash(hash,"toSelection");
190    }
191    if (!error && toOTF){
192        CAT_FIELDS catfield;
193        if (!strcmp(toOTF,"name")) catfield = CAT_FIELD_NAME;
194        else if (!strcmp(toOTF,"fullname")) catfield = CAT_FIELD_FULL_NAME;
195        else if (!strcmp(toOTF,"accession")) catfield = CAT_FIELD_ACC;
196        else {
197            error = TRS_export_error("Sorry: invalid toOTF Value:\n"
198                                     "       only name,fullname,accession is allowed");
199            goto end;
200        }
201        char *dat = TRS_read_file("-");
202        struct T2J_transfer_struct *transfer = T2J_read_query_result_from_data(dat,catfield);
203        if (!transfer){
204            error =  TRS_get_error();
205            goto end;
206        }
207        if ( otf != 0 ){
208            error = T2J_transform(1,tree_path,transfer,0,stdout);
209        }else{
210            error = T2J_transform(0,tree_path,transfer,0,stdout);
211        }
212    }
213    {
214        char *toNewick = (char *)TRS_read_hash(hash,"toNewick");
215        if (!error && toNewick){
216            char *stripNewick = (char *)TRS_read_hash(hash,"stripNewick");
217            char *prune = (char *)TRS_read_hash(hash,"prune");
218            error = T2J_send_newick_tree(tree_path,toNewick,prune,stripNewick,stdout);
219        }
220    }
221
222 end:
223    if (error) {
224        quit_with_error(error);
225    }
226    return 0;
227}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.