source: tags/initial/ALIV3/a3_helix.hxx

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#ifndef _A3_HELIX_HXX
#define _A3_HELIX_HXX

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//      Include-Dateien
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#include "a3_types.h"
#include "a3_darray.hxx"

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//      Datentypen
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struct HMatch           // Ubereinstimmender Bereich von Sequenz und Helixstruktur
{
        int     first,          // Erste Position des Bereichs
            last;               // Letzte Position des Bereichs

                HMatch ( void ) { first = last = 0; };
};

struct HelixS           // Helixbereich
{
        int     open,           // Position der ersten oeffnenden Klammer
                close,          // Position der ersten schliessenden Klammer
                length;         // Laenge der Helix

                HelixS ( void )         { open = close = length = 0; };
                HelixS ( int    o,
                                 int    c,
                                 int    l )     { open   = o;
                                                          close  = c;
                                                          length = l; };
};

class A3Helix
{
        private:
        
        str              helix,                 // Helix(klammer)struktur
                         consensus;             // Haeufigste Familiensequenz
        int              length;                // Laenge von helix und consensus
        DArray   match;                 // Array of HMatch*, sortiert nach first
        
        HMatch  &GetPart        ( int            part );
        
        public:

                         A3Helix        ( void );

                         A3Helix        ( str            hel,           
                                                  str            kon,
                                                  DArray        &mat );

                        ~A3Helix        ( void );

        void     Set            ( DArray        &mat );

        int              Parts          ( void );                               // Anzahl der unalignten Bereiche

        DArray  &Helices        ( int            part,
                                                  int            minlen );      // Liefert DArray of HelixS*
        
        void     Dump           ( int            all );
};

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//      Funktionen
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extern  int             intcmp          ( const void    *a,
                                                          const void    *b);

extern  int             hmatchcmp       ( const void    *a,
                                                          const void    *b);

extern  void    hmatchdump      ( vp    val );

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#endif

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