source: tags/initial/ARBDB/adlang1.c

Last change on this file was 2, checked in by oldcode, 24 years ago

Initial revision
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 36.4 KB
Line 
1#include <stdio.h>
2#include <stdlib.h>
3#include <unistd.h>
4#include <string.h>
5#include <malloc.h>
6#include <ctype.h>
7
8#include "adlocal.h"
9#include "arbdbt.h"
10
11/********************************************************************************************
12                                        Parameter Functions
13********************************************************************************************/
14
15struct gbl_param {
16    struct gbl_param *next;
17    GB_TYPES type;
18    char **addr;
19    const char *str;
20    const char *help_text;
21};
22
23
24#define GBL_BEGIN_PARAMS struct gbl_param *params = 0
25
26static int gbl_param_int(const char *str,int def, const char *help_text, struct gbl_param **pp, char **vaddr)
27{
28    struct gbl_param *_gblp = (struct gbl_param *)GB_calloc(1,sizeof(struct gbl_param));
29    _gblp->next = *pp; *pp = _gblp; _gblp->help_text = help_text;
30    _gblp->addr = vaddr; _gblp->type = GB_INT; _gblp->str = str;
31    _gblp->type = GB_INT;
32    return def;
33}
34
35static const char *gbl_param_string(const char *str,const char *def, const char *help_text, struct gbl_param **pp, char **vaddr) {
36    struct gbl_param *_gblp = (struct gbl_param *)GB_calloc(1,sizeof(struct gbl_param));
37    _gblp->next = *pp; *pp = _gblp; _gblp->help_text = help_text;
38    _gblp->addr = vaddr; _gblp->type = GB_INT; _gblp->str = str;
39    _gblp->type = GB_STRING;
40    return def;
41}
42
43/*
44static float gbl_param_float(char *str,float def, char *help_text, struct gbl_param **pp, char **vaddr) {
45        struct gbl_param *_gblp = (struct gbl_param *)GB_calloc(1,sizeof(struct gbl_param));
46        _gblp->next = *pp; *pp = _gblp; _gblp->help_text = help_text;
47        _gblp->addr = vaddr; _gblp->type = GB_INT; _gblp->str = str;
48        _gblp->type = GB_FLOAT;
49        return def;
50        }
51        */
52       
53static int gbl_param_bit(const char *str,int def, const char *help_text, struct gbl_param **pp, char **vaddr) {
54    struct gbl_param *_gblp = (struct gbl_param *)GB_calloc(1,sizeof(struct gbl_param));
55    _gblp->next = *pp; *pp = _gblp; _gblp->help_text = help_text;
56    _gblp->addr = vaddr; _gblp->type = GB_INT; _gblp->str = str;
57    _gblp->type = GB_BIT;
58    return def;
59}
60
61#define GBL_PARAM_INT(var,_str,_def,_help_text) int var = \
62                gbl_param_int(_str,_def,_help_text, &params, (char **)&var)
63#define GBL_PARAM_STRING(var,_str,_def,_help_text) const char *var = \
64                gbl_param_string(_str,_def,_help_text, &params, (char **)&var)
65#define GBL_PARAM_FLOAT(var,_str,_def,_help_text) float var = \
66                gbl_param_float(_str,_def,_help_text, &params, (char **)&var)
67#define GBL_PARAM_BIT(var,_str,_def,_help_text) int var = \
68                gbl_param_bit(_str,_def,_help_text, &params, (char **)&var)
69
70
71
72#define GBL_TRACE_PARAMS(argc,argv) { \
73        GB_ERROR error = trace_params(argc,argv,params,com); \
74        if (error) { GBL_END_PARAMS; return error; }; };
75
76#define GBL_END_PARAMS { struct gbl_param *_gblp; while (params) { \
77                _gblp = params; params = params->next; \
78                free((char *)_gblp); } };
79
80#define GBL_CHECK_FREE_PARAM(nr,cnt) if (nr+cnt >= GBL_MAX_ARGUMENTS) {\
81        return "Max Parameters exceeded";}
82
83GB_ERROR trace_params(int argc, GBL *argv, struct gbl_param *ppara, char *com) {
84    int i;
85    int len;
86    struct gbl_param *para;
87    for (i=0;i<argc;i++) {
88        for (para = ppara; para; para = para->next) {
89            len = strlen(para->str);
90            if (!strncmp(argv[i].str,para->str,len)) {
91                switch(para->type) {
92                    case GB_STRING:
93                        *para->addr = argv[i].str+len;
94                        break;
95                    case GB_INT:
96                        *((int *)para->addr) = atoi(argv[i].str+len);
97                        break;
98                    case GB_FLOAT:
99                        *((float *)para->addr) = atof(argv[i].str+len);
100                        break;
101                    case GB_BIT:
102                        *((float *)para->addr) += 1;
103                        break;
104                    default:
105                        GB_internal_error("ACI: Unknown Parameter Type");
106                        break;
107                }
108                break;
109            }
110        }
111        if (!para) {            /* error */
112            int pcount = 0;
113            struct gbl_param **params;
114            int k;
115            char *res;
116            void *str = GBS_stropen(1000);
117            GB_ERROR err;
118
119
120            for (para = ppara; para; para = para->next) pcount++;
121            params = (struct gbl_param **)GB_calloc(sizeof(void *),pcount);
122            for (k = 0, para = ppara; para; para = para->next) params[k++] = para;
123           
124                   
125            for (pcount--; pcount>=0; pcount--) {
126                para = params[pcount];
127                GBS_strcat(str,"        ");
128                GBS_strcat(str,para->str);
129                switch(para->type) {
130                    case GB_STRING:
131                        GBS_strcat(str,"STRING");
132                        break;
133                    case GB_INT:
134                        GBS_strcat(str,"INT");
135                        break;
136                    case GB_FLOAT:
137                        GBS_strcat(str,"REAL");
138                        break;
139                    default:
140                        GBS_strcat(str,"   ");
141                        break;
142                }
143                GBS_strcat(str,"\t\t;");
144                GBS_strcat(str,para->help_text);
145                GBS_strcat(str,"\n");
146            }
147            GB_DELETE(params);
148            res = GBS_strclose(str,0);
149            err = GB_export_error("Unknown Parameter '%s' in command '%s'\n\tPARAMETERS:\n%s",argv[i].str,com,res);
150            free(res);
151            return err;
152        }
153    }
154    return 0;
155}
156
157
158/********************************************************************************************
159                                        String Functions
160********************************************************************************************/
161
162GB_ERROR gbl_count(GBDATA *gb_species, char *com,
163                   int argcinput, GBL *argvinput,
164                   int argcparam,GBL *argvparam,
165                   int *argcout, GBL **argvout) {
166    int i;
167    char tab[256];                              /* if tab[char] count 'char' */
168    char result[100];
169    GBUSE(gb_species);GBUSE(com);
170
171    if (argcparam!=1) return "count syntax: count(\"characters to count\")";
172
173    for (i=0;i<256;i++) {
174        if (strchr(argvparam[0].str,i)) tab[i] = 1;
175        else tab[i] = 0;
176    }
177    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,argcinput);
178    for (i=0;i<argcinput;i++) {         /* go through all orig streams  */
179        char *p;
180        long sum = 0;                   /* count frequencies    */
181        p = argvinput[i].str;
182        while (*p){
183            sum += tab[(unsigned int)*(p++)];
184        }
185        sprintf(result,"%li ",sum);
186        (*argvout)[(*argcout)++].str = GB_STRDUP(result);       /* export result string */
187    }
188    return 0;
189}
190
191GB_ERROR gbl_len(GBDATA *gb_species, char *com,
192                 int argcinput, GBL *argvinput,
193                 int argcparam,GBL *argvparam,
194                 int *argcout, GBL **argvout)
195{
196    int i;
197    char tab[256];                              /* if tab[char] count 'char' */
198    char result[100];
199    const char *option;
200       
201    GBUSE(gb_species);GBUSE(com);
202       
203    if (argcparam == 0) option = "";
204    else option = argvparam[0].str;
205    if (argcparam>=2) return "len syntax: len[(\"characters not to count\")]";
206
207    for (i=0;i<256;i++) {
208        if (strchr(option,i)) tab[i] = 0;
209        else tab[i] = 1;
210    }
211    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,argcinput);
212    for (i=0;i<argcinput;i++) {         /* go through all orig streams  */
213        char *p;
214        long sum = 0;                   /* count frequencies    */
215        p = argvinput[i].str;
216        while (*p){
217            sum += tab[(unsigned int)*(p++)];
218        }
219        sprintf(result,"%li ",sum);
220        (*argvout)[(*argcout)++].str = GB_STRDUP(result);       /* export result string */
221    }
222    return 0;
223}
224
225GB_ERROR gbl_remove(GBDATA *gb_species, char *com,
226                    int argcinput, GBL *argvinput,
227                    int argcparam,GBL *argvparam,
228                    int *argcout, GBL **argvout)        {
229    int i;
230    char tab[256];                              /* if tab[char] count 'char' */
231    GBUSE(gb_species);GBUSE(com);
232
233
234    if (argcparam!=1) return "remove syntax: remove(\"characters to remove\")";
235
236    for (i=0;i<256;i++) {
237        if (strchr(argvparam[0].str,i)) tab[i] = 1;
238        else tab[i] = 0;
239    }
240
241    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,argcinput);
242    for (i=0;i<argcinput;i++) {         /* go through all orig streams  */
243        void *strstruct;
244        char *p;
245        strstruct = GBS_stropen(1000);
246        for  (p = argvinput[i].str;*p;p++){
247            if (!tab[(unsigned int)*p]) {
248                GBS_chrcat(strstruct,*p);
249            }
250        }
251        (*argvout)[(*argcout)++].str = GBS_strclose(strstruct,1);
252        /* export result string */
253    }
254    return 0;
255}
256
257GB_ERROR gbl_keep(GBDATA *gb_species, char *com,
258                  int argcinput, GBL *argvinput,
259                  int argcparam,GBL *argvparam,
260                  int *argcout, GBL **argvout)  {
261    int i;
262    char tab[256];                              /* if tab[char] count 'char' */
263    GBUSE(gb_species);GBUSE(com);
264
265
266    if (argcparam!=1) return "keep syntax: keep(\"characters not to remove\")";
267
268    for (i=0;i<256;i++) {
269        if (strchr(argvparam[0].str,i)) tab[i] = 0;
270        else tab[i] = 1;
271    }
272
273    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,argcinput);
274    for (i=0;i<argcinput;i++) {         /* go through all orig streams  */
275        void *strstruct;
276        char *p;
277        strstruct = GBS_stropen(1000);
278        for  (p = argvinput[i].str;*p;p++){
279            if (!tab[(unsigned int)*p]) {
280                GBS_chrcat(strstruct,*p);
281            }
282        }
283        (*argvout)[(*argcout)++].str = GBS_strclose(strstruct,1);
284        /* export result string */
285    }
286    return 0;
287}
288
289GB_ERROR gbl_echo(GBDATA *gb_species, char *com,
290                  int argcinput, GBL *argvinput,
291                  int argcparam,GBL *argvparam,
292                  int *argcout, GBL **argvout)  {
293    int i;
294    argcinput = argcinput;
295    argvinput = argvinput;
296    GBUSE(gb_species);GBUSE(com);
297    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,argcinput);
298    for (i=0;i<argcparam;i++) {         /* go through all in streams    */
299        char *p;
300        p = argvparam[i].str;
301        (*argvout)[(*argcout)++].str = GB_STRDUP(p);    /* export result string */
302    }
303    return 0;
304}
305
306GB_ERROR _gbl_mid(      int argcinput, GBL *argvinput,
307                    int *argcout, GBL **argvout,
308                    int start,int mstart,int end,int relend)    {
309    int i;
310    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,argcinput);
311    for (i=0;i<argcinput;i++) {         /* go through all in streams    */
312        char *p;
313        int c;
314               
315        int len;
316        int nstart = start;
317        int nend = end;
318
319        p = argvinput[i].str;
320        len = strlen(p);
321        if (nstart<0) nstart = len - mstart;
322        if (nend<0) nend = len - relend;        /* check rel len */
323
324        if (nstart>len ) nstart = len;  /* check boundaries */
325        if (nstart<0) nstart = 0;
326        if (nend>len) nend = len;
327        if (nend<nstart) nend = nstart;
328
329        c = p[nend];
330        p[nend] =0;
331        (*argvout)[(*argcout)++].str = GB_STRDUP(p+nstart);     /* export result string */
332        p[nend] = c;
333    }
334    return 0;
335}
336
337GB_ERROR gbl_dd(GBDATA *gb_species, char *com,
338                int argcinput, GBL *argvinput,
339                int argcparam,GBL *argvparam,
340                int *argcout, GBL **argvout)    {
341    if (argcparam!=0) return "dd syntax: dd (no parameters)";
342    argvparam = argvparam;
343    GBUSE(gb_species);GBUSE(com);
344    return _gbl_mid(argcinput, argvinput,argcout, argvout,
345                    0, 0, -1, 0);
346}
347
348GB_ERROR gbl_head(GBDATA *gb_species, char *com,
349                  int argcinput, GBL *argvinput,
350                  int argcparam,GBL *argvparam,
351                  int *argcout, GBL **argvout)  {
352    int start;
353    GBUSE(gb_species);GBUSE(com);
354    if (argcparam!=1) return "head syntax: head(#start)";
355    start = atoi(argvparam[0].str);
356    return _gbl_mid(argcinput, argvinput,argcout, argvout,
357                    0,0, start, -start);
358}
359
360GB_ERROR gbl_tail(GBDATA *gb_species, char *com,
361                  int argcinput, GBL *argvinput,
362                  int argcparam,GBL *argvparam,
363                  int *argcout, GBL **argvout)  {
364    int end;
365    GBUSE(gb_species);GBUSE(com);
366    if (argcparam!=1) return "tail syntax: tail(#length_of_tail)";
367    end = atoi(argvparam[0].str);
368    return _gbl_mid(argcinput, argvinput,argcout, argvout,
369                    -1, end, -1, 0);
370}
371
372GB_ERROR gbl_mid0(GBDATA *gb_species, char *com,
373                  int argcinput, GBL *argvinput,
374                  int argcparam,GBL *argvparam,
375                  int *argcout, GBL **argvout)  {
376    int start;
377    int end;
378    if (argcparam!=2) return "mid syntax: mid(#start;#end)";
379    GBUSE(gb_species);GBUSE(com);
380    start = atoi(argvparam[0].str);
381    end = atoi(argvparam[1].str);
382    return _gbl_mid(argcinput, argvinput,
383                    argcout, argvout,
384                    start, -start, end, -end);
385}
386
387GB_ERROR gbl_mid(GBDATA *gb_species, char *com,
388                 int argcinput, GBL *argvinput,
389                 int argcparam,GBL *argvparam,
390                 int *argcout, GBL **argvout)   {
391    int start;
392    int end;
393    if (argcparam!=2) return "mid syntax: mid(#start;#end)";
394    GBUSE(gb_species);GBUSE(com);
395    start = atoi(argvparam[0].str)-1;
396    end = atoi(argvparam[1].str)-1;
397    return _gbl_mid(argcinput, argvinput,
398                    argcout, argvout,
399                    start, -start, end, -end);
400}
401
402GB_ERROR gbl_tab(GBDATA *gb_species, char *com,
403                 int argcinput, GBL *argvinput,
404                 int argcparam,GBL *argvparam,
405                 int *argcout, GBL **argvout)   {
406    int i,j;
407    int tab;
408    if (argcparam!=1) return "tab syntax: tab(#tab)";
409    GBUSE(gb_species);GBUSE(com);
410    tab = atoi(argvparam[0].str);
411    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,argcinput);
412    for (i=0;i<argcinput;i++) {         /* go through all in streams    */
413        char *p;
414        if ((int)strlen(argvinput[i].str)>= tab) {
415            (*argvout)[(*argcout)++].str = GB_STRDUP(argvinput[i].str);
416        }else{
417            p = (char *)GB_calloc(sizeof(char),tab+1);
418            strcpy(p,argvinput[i].str);
419            for (j= strlen(p);j<tab;j++){
420                p[j] = ' ';
421            }
422            (*argvout)[(*argcout)++].str = p;
423        }
424    }
425    return 0;
426}
427
428GB_ERROR gbl_cut(GBDATA *gb_species, char *com,
429                 int argcinput, GBL *argvinput,
430                 int argcparam,GBL *argvparam,
431                 int *argcout, GBL **argvout)   {
432    int i;
433    GBUSE(gb_species);GBUSE(com);
434       
435    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,argcparam);
436    for (i=0; i<argcparam;i++) {
437        int j = atoi(argvparam[i].str)-1;
438        if (j<0) continue;
439        if (j>= argcinput) continue;
440        (*argvout)[(*argcout)++].str = GB_STRDUP(argvinput[j].str);/* export result string */
441    }
442    return 0;
443}
444
445/********************************************************************************************
446                                        Extended String Functions
447********************************************************************************************/
448
449GB_ERROR gbl_extract_words(GBDATA *gb_species, char *com,
450                           int argcinput, GBL *argvinput,
451                           int argcparam,GBL *argvparam,
452                           int *argcout, GBL **argvout) {
453    int i;
454    float len;
455    if (argcparam==0) return "extract_words needs two parameters:\nextract_words(\"Characters\",min_characters";
456    if (argcparam>2) return "extract_words needs two parameters:\nextract_words(\"Characters\",min_characters";
457    GBUSE(gb_species);GBUSE(com);
458    len = atof(argvparam[1].str);
459
460    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,argcinput);
461    for (i=0;i<argcinput;i++) {         /* go through all in streams    */
462        char *res;
463        res = GBS_extract_words(argvinput[i].str, argvparam[0].str, len, 1);
464        if (!res) return GB_get_error();
465        (*argvout)[(*argcout)++].str = res;
466    }
467    return 0;
468}
469GB_ERROR gbl_extract_sequence(GBDATA *gb_species, char *com,
470                              int argcinput, GBL *argvinput,
471                              int argcparam,GBL *argvparam,
472                              int *argcout, GBL **argvout)      {
473    int i;
474    float len;
475    GB_ERROR errs = "extract_sequence needs two parameters:\nextract_words(\"Characters\",min_rel_characters [0.0-1.0]";
476    if (argcparam==0) return errs;
477    if (argcparam>2) return errs;
478    GBUSE(gb_species);GBUSE(com);
479    len = atof(argvparam[1].str);
480    if (len <0.0 || len > 1.0) return errs;
481
482    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,argcinput);
483    for (i=0;i<argcinput;i++) {         /* go through all in streams    */
484        char *res;
485        res = GBS_extract_words(argvinput[i].str, argvparam[0].str, len, 0);
486        if (!res) return GB_get_error();
487        (*argvout)[(*argcout)++].str = res;
488    }
489    return 0;
490}
491
492GB_ERROR gbl_check(GBDATA *gb_species, char *com,
493                   int argcinput, GBL *argvinput,
494                   int argcparam,GBL *argvparam,
495                   int *argcout, GBL **argvout) {
496    int i;
497    GBL_BEGIN_PARAMS;
498    GBL_PARAM_STRING(exclude,"exclude=","","Remove characters 'str' before calculating");
499    GBL_PARAM_BIT(upper,"toupper",0,"Convert all characters to uppercase before calculating");
500    GBL_TRACE_PARAMS(argcparam,argvparam);
501    GBL_END_PARAMS;
502    GBUSE(gb_species);GBUSE(com);
503    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,argcinput);
504    for (i=0;i<argcinput;i++) {         /* go through all in streams    */
505        char buf[100];
506        long id;
507        id = GBS_checksum(argvinput[i].str,upper,exclude);
508        sprintf(buf,"%lX",id);
509        (*argvout)[(*argcout)++].str = GB_STRDUP(buf);
510    }
511    return 0;
512}
513
514GB_ERROR gbl_gcgcheck(GBDATA *gb_species, char *com,
515                      int argcinput, GBL *argvinput,
516                      int argcparam,GBL *argvparam,
517                      int *argcout, GBL **argvout)      {
518    int i;
519    GBL_BEGIN_PARAMS;
520    GBL_TRACE_PARAMS(argcparam,argvparam);
521    GBL_END_PARAMS;
522    GBUSE(gb_species);GBUSE(com);
523    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,argcinput);
524    for (i=0;i<argcinput;i++) {         /* go through all in streams    */
525        char buf[100];
526        long id;
527        id = GBS_gcgchecksum(argvinput[i].str);
528        sprintf(buf,"%li",id);
529        (*argvout)[(*argcout)++].str = GB_STRDUP(buf);
530    }
531    return 0;
532}
533
534/********************************************************************************************
535                                        SRT
536********************************************************************************************/
537
538GB_ERROR gbl_srt(GBDATA *gb_species, char *com,
539                 int argcinput, GBL *argvinput,
540                 int argcparam,GBL *argvparam,
541                 int *argcout, GBL **argvout)   {
542    int i;
543    int j;
544    com = com;
545    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,argcinput);
546    for (i=0;i<argcinput;i++) {         /* go through all in streams    */
547        char *source = argvinput[i].str;
548        for (j=0;j<argcparam;j++) {
549            char *hs = GBS_string_eval(source,argvparam[j].str,gb_species);
550            if (!hs) return GB_get_error();
551            if (source != argvinput[i].str) free(source);
552            source = hs;
553        }
554        if (source != argvinput[i].str){
555            (*argvout)[(*argcout)++].str = source;
556        }else{
557            (*argvout)[(*argcout)++].str = GB_STRDUP(source);
558        }
559    }
560    return 0;
561}
562
563/********************************************************************************************
564                                        Calculator Functions
565********************************************************************************************/
566
567GB_ERROR gbl_calculator(GBDATA *gb_species, char *com,
568                        int argcinput, GBL *argvinput,
569                        int argcparam,GBL *argvparam,
570                        int *argcout, GBL **argvout)    {
571    int val1;
572    int val2;
573    int val =0;
574    char result[100];
575    GBUSE(gb_species);GBUSE(com);
576
577    if (argcparam>=2) return "calculating function syntax: plus[(#add)]";
578    if (!argcinput) return "calculating function: missing input";
579
580    val1 = atoi(argvinput[0].str);
581
582    if (argcparam==1){
583        val2 = atoi(argvparam[0].str);
584    }else{
585        if (argcinput<=1) return "calculating function: missing second input";
586        val2 = atoi(argvinput[1].str);
587    }
588    if (!strcmp(com,"plus")) val = val1+val2;
589    else if (!strcmp(com,"minus")) val = val1-val2;
590    else if (!strcmp(com,"mult")) val = val1*val2;
591    else if (!strcmp(com,"div")) { if (val2) val = val1/val2;else val = 0; }
592    else if (!strcmp(com,"per_cent")) { if (val2) val = val1*100/val2; else val =0; }
593       
594
595    sprintf(result,"%i",val);
596    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,1);
597    (*argvout)[(*argcout)++].str = GB_STRDUP(result);   /* export result string */
598    return 0;
599}
600/********************************************************************************************
601                                        Database Functions
602********************************************************************************************/
603GB_ERROR gbl_readdb(GBDATA *gb_species, char *com,
604                    int argcinput, GBL *argvinput,
605                    int argcparam,GBL *argvparam,
606                    int *argcout, GBL **argvout)
607{
608    int i;
609    void *strstr = GBS_stropen(1024);
610   
611    GBUSE(com);
612    GBUSE(argcparam);
613    GBUSE(argvparam);
614    GBUSE(argcinput);
615    GBUSE(argvinput);
616   
617    for (i=0;i<argcparam;i++){
618        GBDATA *gb = GB_search(gb_species,argvparam[i].str,GB_FIND);
619        char *val;
620        if(!gb) continue;
621        val = GB_read_as_string(gb);
622        GBS_strcat(strstr,val);
623        free(val);
624    }
625    (*argvout)[(*argcout)++].str = GBS_strclose(strstr,0);      /* export result string */
626    return 0;
627}
628
629
630/********************************************************************************************
631                                        Sequence Functions
632********************************************************************************************/
633
634
635GB_ERROR gbl_sequence(GBDATA *gb_species, char *com,
636                      int argcinput, GBL *argvinput,
637                      int argcparam,GBL *argvparam,
638                      int *argcout, GBL **argvout)      {
639    char *use;
640    GBDATA *gb_seq;
641    if (argcparam!=0) return "\"sequence\" syntax: \"sequence\" (no parameters)";
642    argvparam = argvparam;
643    com = com;GBUSE(argvinput);
644    if (argcinput==0) return "No input stream";
645    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,1);
646    use = GBT_get_default_alignment(GB_get_root(gb_species));
647    gb_seq = GBT_read_sequence(gb_species,use);
648    if (gb_seq) {
649        (*argvout)[(*argcout)++].str = GB_read_string(gb_seq);  /* export result string */
650    }else{
651        (*argvout)[(*argcout)++].str = GB_STRDUP("no sequence");        /* export result string */
652    }
653    free(use);
654    return 0;
655}
656
657GB_ERROR gbl_sequence_type(GBDATA *gb_species, char *com,
658                           int argcinput, GBL *argvinput,
659                           int argcparam,GBL *argvparam,
660                           int *argcout, GBL **argvout) {
661    char *use;
662    if (argcparam!=0) return "\"sequence_type\" syntax: \"sequence\" (no parameters)";
663    argvparam = argvparam;
664    com = com;GBUSE(argvinput);
665    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,1);
666    if (argcinput==0) return "No input stream";
667    use = GBT_get_default_alignment(GB_get_root(gb_species));
668    (*argvout)[(*argcout)++].str = GBT_get_alignment_type_string(GB_get_root(gb_species),use);
669    free(use);
670    return 0;
671}
672
673GB_ERROR gbl_format_sequence(GBDATA *gb_species, char *com,
674                             int argcinput, GBL *argvinput,
675                             int argcparam,GBL *argvparam,
676                             int *argcout, GBL **argvout)       {
677    int i;
678    void *strstruct;
679    char        *p;
680    char        buffer[256];
681    char        spr[256];
682
683    GBL_BEGIN_PARAMS;
684    GBL_PARAM_INT(firsttab,"firsttab=",10,"Indent first line");
685    GBL_PARAM_INT(tab,"tab=",10,"Indent not first line");
686    GBL_PARAM_BIT(numleft,"numleft",0,"Numbers left of sequence");
687    GBL_PARAM_INT(gap,"gap=",10,"Insert ' ' every n sequence characters");
688    GBL_PARAM_INT(width,"width=",50,"Sequence width (bases only)");
689    GBL_PARAM_STRING(nl,"nl="," ","Break line at characters 'str'");
690    GBL_TRACE_PARAMS(argcparam,argvparam);
691    GBL_END_PARAMS;
692    GBUSE(gb_species);
693    if (argcinput==0) return "No input stream";
694    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,1);
695
696    strstruct = GBS_stropen(5000);
697
698    if (!strcmp(com,"format")) {
699        for (i=0,p= argvinput[0].str; *p; i++) {
700            int len = strlen(p);
701            if (i==0) {
702                int j;
703                for (j=0;j<firsttab;j++) buffer[j] = ' ';
704                buffer[j] = 0;
705                GBS_strcat(strstruct,buffer);
706            }
707            if (len>=width) {           /* cut too long lines */
708                int j;
709                for (j=width-1;j>=0;j--){
710                    if (strchr(nl,p[j]))        break;
711                }
712                if (j<0) {
713                    GBS_strncat(strstruct,p,width);
714                    p+=width;
715                }else{
716                    GBS_strncat(strstruct,p,j);
717                    p += j+1;
718                }
719                buffer[0] = '\n';
720                for (j=1;j<=tab;j++) buffer[j] = ' ';
721                buffer[j] = 0;
722                GBS_strcat(strstruct,buffer);
723            }else{
724                GBS_strcat(strstruct,p);
725                p+=len;
726            }
727        }
728    }else{
729        for (i=0,p= argvinput[0].str; *p; i++) {
730            if (i==0) {
731                if (numleft) {
732                    sprintf(spr,"%%-%ii ",firsttab-1);
733                    sprintf(buffer,spr,p-argvinput[0].str);
734                }else{
735                    int j;
736                    for (j=0;j<firsttab;j++) buffer[j] = ' ';
737                    buffer[j] = 0;
738                }
739                GBS_strcat(strstruct,buffer);
740            }else if (i%width ==0) {
741                if (numleft) {
742                    sprintf(spr,"\n%%-%ii ",tab-1);
743                    sprintf(buffer,spr,p-argvinput[0].str);
744                }else{
745                    int j;
746                    buffer[0] = '\n';
747                    for (j=1;j<=tab;j++) buffer[j] = ' ';
748                    buffer[j] = 0;
749                }
750                GBS_strcat(strstruct,buffer);
751            }else if (gap && (i%gap==0)){
752                GBS_strcat(strstruct," ");
753            };
754            GBS_chrcat(strstruct,*(p++));
755       
756        }
757    }
758    (*argvout)[(*argcout)++].str = GBS_strclose(strstruct,1);
759    return 0;
760}
761
762/********************************************************************************************
763                                        Filter Functions
764********************************************************************************************/
765
766GBDATA *gbl_search_sai_species(const char *species, const char *sai) {
767    GBDATA *gbd;
768    if (sai) {
769        GBDATA *gb_cont = GB_find(gb_local->gbl.gb_main,"extended_data",0,down_level);
770        if (!gb_cont) return 0;
771        gbd = GBT_find_SAI_rel_exdata(gb_cont,sai);
772    }else{
773        GBDATA *gb_cont = GB_find(gb_local->gbl.gb_main,"species_data",0,down_level);
774        if (!gb_cont) return 0;
775        gbd = GBT_find_species_rel_species_data(gb_cont,species);
776    }
777    return gbd;
778}
779
780
781GB_ERROR gbl_filter(GBDATA *gb_spec, char *com,
782                    int argcinput, GBL *argvinput,
783                    int argcparam,GBL *argvparam,
784                    int *argcout, GBL **argvout)        {
785    int i;
786    GBDATA      *gb_species;
787    GBDATA *gb_seq;
788    GBDATA *gb_ali;
789    char *filter = 0;
790    long flen = 0;
791
792    GBL_BEGIN_PARAMS;
793    GBL_PARAM_STRING(sai,"SAI=",0,"Use default Sequence of SAI as a filter");
794    GBL_PARAM_STRING(species,"species=",0,"Use default Sequence of species as a filter");
795    GBL_PARAM_STRING(exclude,"exclude=",0,"Exclude colums");
796    GBL_PARAM_STRING(include,"include=",0,"Use only those columns whose filter occur in include");
797    GBL_TRACE_PARAMS(argcparam,argvparam);
798    GBL_END_PARAMS;
799    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,argcinput);
800    GBUSE(gb_spec);
801    if (argcinput==0) return "No input stream";
802    if (!exclude && ! include) return "Missing parameter: 'exclude=' or 'include='";
803    if (!sai && !species) return "Missing parameter: 'SAI=' or 'species='";
804    gb_species = gbl_search_sai_species(species,sai);
805    if (!gb_species) return "SAI/Species not found";
806
807    {   char *use = GBT_get_default_alignment(gb_local->gbl.gb_main);
808    gb_ali = GB_find(gb_species,use,0,down_level);
809    free(use);
810    if (!gb_ali) {
811        return GB_export_error( "Your filter has no alignment '%s'",use);
812    }
813    }
814
815    for (       gb_seq = GB_find(gb_ali,0,0,down_level);
816            gb_seq;
817            gb_seq = GB_find(gb_seq,0,0,search_next|this_level)){
818        long type = GB_read_type(gb_seq);
819        if (type == GB_BITS) {
820            flen = GB_read_bits_count(gb_seq);
821            filter = GB_read_bits(gb_seq,'-','+');
822            break;
823        }
824        if (type == GB_STRING) {
825            flen = GB_read_string_count(gb_seq);
826            filter = GB_read_string(gb_seq);
827            break;
828        }
829    }
830    if (!filter) return "I cannot find any string in your filter SAI/species";
831
832    for (i=0;i<argcinput;i++) {         /* go through all in streams    */
833        char *dest = GB_STRDUP(argvinput[i].str);
834        char *source = dest;
835        char *org = source;
836        int j;
837        int c = 0;
838        if (exclude) {
839            for (j = 0; j <flen && (c= *(source++));j++){
840                if (strchr(exclude, filter[j])) continue;
841                *(dest++) = c;
842            }
843        }else{
844            for (j = 0; j <flen && (c= *(source++));j++){
845                if (!strchr(include, filter[j])) continue;
846                *(dest++) = c;
847            }
848        }
849        if (c) while ( (c= *(source++)) ) { *(dest++) = c; };
850        *(dest) = 0;
851
852        (*argvout)[(*argcout)++].str = org;
853    }
854    free(filter);
855    return 0;
856}
857
858GB_ERROR gbl_diff(GBDATA *gb_spec, char *com,
859                  int argcinput, GBL *argvinput,
860                  int argcparam,GBL *argvparam,
861                  int *argcout, GBL **argvout)  {
862    int i;
863    GBDATA      *gb_species;
864    GBDATA *gb_seq;
865    char *filter = 0;
866    long flen;
867    char *use;
868    GBL_BEGIN_PARAMS;
869    GBL_PARAM_STRING(sai,"SAI=",0,"Use default Sequence of SAI as a filter");
870    GBL_PARAM_STRING(species,"species=",0,"Use default Sequence of species as a filter");
871    GBL_PARAM_STRING(equal,"equal=",".","symbol for equal characters");
872    GBL_TRACE_PARAMS(argcparam,argvparam);
873    GBL_END_PARAMS;
874    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,argcinput);
875    GBUSE(gb_spec);
876    if (argcinput==0) return "No input stream";
877    if (!sai && !species) return "Missing parameter: 'SAI=' or 'species='";
878    gb_species = gbl_search_sai_species(species,sai);
879    if (!gb_species) return GB_export_error("SAI/Species '%s/%s' not found",sai,species);
880
881    use = GBT_get_default_alignment(gb_local->gbl.gb_main);
882    gb_seq = GBT_read_sequence(gb_species,use);
883    if (!gb_seq) {
884        GB_ERROR error = GB_export_error("SAI/Species '%s/%s' has no sequence '%s'",sai,species,use);
885        free(use);
886        return error;
887    }
888    free(use);
889
890    filter = GB_read_string(gb_seq);
891    flen = strlen(filter);
892
893    for (i=0;i<argcinput;i++) {         /* go through all in streams    */
894        char *dest = GB_STRDUP(argvinput[i].str);
895        char *source = dest;
896        char *org = source;
897        int j;
898        int c =0;
899        for (j = 0; j <flen && (c= *(source++));j++){
900            if ( c== filter[j] )        *(dest++) = equal[0];
901            else                        *(dest++) = c;
902        }
903        if (c) while ( (c= *(source++)) ) { *(dest++) = c; };
904        *(dest) = 0;
905        (*argvout)[(*argcout)++].str = org;
906    }
907    free(filter);
908    return 0;
909}
910
911GB_ERROR gbl_change_gc(GBDATA *gb_species, char *com,
912                       int argcinput, GBL *argvinput,
913                       int argcparam,GBL *argvparam,
914                       int *argcout, GBL **argvout)     {
915    int i;
916    GBDATA *gb_seq = 0;
917    char *filter = 0;
918    long flen;
919    char *use;
920    int ctl;
921    GBL_BEGIN_PARAMS;
922    GBL_PARAM_STRING(sai,               "SAI=",         0,      "Name of filter SAI");
923    GBL_PARAM_STRING(species,   "species=",     0,      "Name of filter species");
924    GBL_PARAM_STRING(exclude,   "exclude=",     0,      "Exclude colums");
925    GBL_PARAM_STRING(include,   "include=",     0,      "Use only those columns whose filter occur in include");
926    GBL_PARAM_INT(change,       "change=",      0,      "percent of coloums changed");
927    GBL_PARAM_STRING(change_to, "to=",          "GC",   "to one of this");
928    GBL_TRACE_PARAMS(argcparam,argvparam);
929    GBL_END_PARAMS;
930    GBL_CHECK_FREE_PARAM(*argcout,0);
931    if (argcinput==0) return "No input stream";
932    if (sai || species){
933        if (!exclude && ! include) return "Missing parameter: 'exclude=' or 'include='";
934        gb_species = gbl_search_sai_species(species,sai);
935        if (!gb_species) return GB_export_error("SAI/Species '%s/%s' not found",sai,species);
936        use = GBT_get_default_alignment(gb_local->gbl.gb_main);
937        gb_seq = GBT_read_sequence(gb_species,use);
938        if (!gb_seq) {
939            GB_ERROR error = GB_export_error("SAI/Species '%s/%s' has no sequence '%s'",sai,species,use);
940            free(use);
941            return error;
942        }
943        free(use);
944    }
945    if (gb_seq) {
946        filter = GB_read_string(gb_seq);
947    }else{
948        filter = strdup("");
949    }
950    flen = strlen(filter);
951    ctl = strlen(change_to);
952    for (i=0;i<argcinput;i++) {         /* go through all in streams    */
953        char *dest = GB_STRDUP(argvinput[i].str);
954        char *source = dest;
955        char *org = source;
956        int j;
957        int c = 1;
958        if (exclude) {
959            for (j = 0; j <flen && (c= *(source++));j++){
960                if (!strchr(exclude, filter[j])){
961                    if ( isalpha(c) && (rand() * (100.0 / (double)0xffff)) < change){
962                        c = change_to[ (rand()>>6)% ctl];
963                    }
964                }
965                *(dest++) = c;
966            }
967        }else{
968            for (j = 0; j <flen && (c= *(source++));j++){
969                if (strchr(include, filter[j])){
970                    if ( isalpha(c) && (rand() * (100.0 / (double)0xffff)) < change){
971                        c = change_to[ (rand()>>6)% ctl];
972                    }
973                }
974                *(dest++) = c;
975            }
976        }
977               
978        if (c) while ( (c= *(source++)) ) {
979            if ( isalpha(c) && (rand() * (100.0 / (double)0xffff)) < change){
980                c = change_to[ (rand()>>6)% ctl];
981            }
982            *(dest++) = c;
983        };
984        *(dest) = 0;
985        (*argvout)[(*argcout)++].str = org;
986    }
987    free(filter);
988    return 0;
989}
990/********************************************************************************************
991                                        Exec Functions
992********************************************************************************************/
993
994GB_ERROR gbl_exec(GBDATA *gb_species, char *com,
995                  int argcinput, GBL *argvinput,
996                  int argcparam,GBL *argvparam,
997                  int *argcout, GBL **argvout)  {
998    int i;
999    char fname[1024];
1000    void *str;
1001    FILE *out;
1002    FILE *in;
1003    char *sys;
1004
1005    sprintf(fname,"/tmp/arb_tmp_%s_%i",GB_getenv("USER"),getpid());
1006    if (argcparam==0) return "exec needs parameters:\nexec(command,...)";
1007    GBUSE(gb_species);GBUSE(com);
1008    out = fopen(fname,"w");
1009    if (!out) return GB_export_error("Cannot open temporary file '%s'",fname);
1010    for (i=0;i<argcinput;i++) {         /* go through all in streams    */
1011        fprintf(out,"%s\n",argvinput[i].str);
1012    }
1013    fclose(out);
1014    str = GBS_stropen(1000);
1015    for (i=0;i<argcparam;i++) {         /* go through all in params     */
1016        if (i) GBS_chrcat(str,'\'');
1017        GBS_strcat(str, argvparam[i].str);
1018        if (i) GBS_chrcat(str,'\'');
1019        GBS_chrcat(str, ' ');
1020    }
1021    GBS_strcat(str, "<");
1022    GBS_strcat(str, fname);
1023    sys = GBS_strclose(str,0);
1024    if (! (in = popen(sys,"r"))) {
1025        free(com);
1026        unlink(fname);
1027        return GB_export_error("Cannot execute '%s'",com);
1028    }
1029    free(sys);
1030    str = GBS_stropen(1000);
1031    while ( (i=getc(in)) != EOF ) GBS_chrcat(str,i);
1032    pclose(in);
1033    (*argvout)[(*argcout)++].str = GBS_strclose(str,1);
1034    return 0;
1035}
1036
1037
1038struct GBL_command_table gbl_command_table[] = {
1039    {"dd", gbl_dd } ,
1040    {"head", gbl_head } ,
1041    {"tail", gbl_tail } ,
1042    {"mid", gbl_mid } ,
1043    {"mid0", gbl_mid0 } ,
1044    {"echo", gbl_echo } ,
1045    {"count", gbl_count } ,
1046    {"tab", gbl_tab } ,
1047    {"len", gbl_len } ,
1048    {"cut", gbl_cut } ,
1049    {"remove", gbl_remove } ,
1050    {"keep", gbl_keep } ,
1051    {"plus", gbl_calculator } ,
1052    {"minus", gbl_calculator } ,
1053    {"mult", gbl_calculator } ,
1054    {"div", gbl_calculator } ,
1055    {"per_cent", gbl_calculator } ,
1056    {"readdb", gbl_readdb } ,
1057    {"sequence", gbl_sequence } ,
1058    {"format_sequence", gbl_format_sequence } ,
1059    {"format", gbl_format_sequence } ,
1060    {"sequence_type", gbl_sequence_type } ,
1061    {"extract_sequence", gbl_extract_sequence } ,       
1062    {"checksum", gbl_check } ,
1063    {"gcgchecksum", gbl_gcgcheck } ,
1064    {"extract_words", gbl_extract_words } ,
1065    {"exec", gbl_exec } ,
1066    {"filter", gbl_filter },
1067    {"change", gbl_change_gc },
1068    {"diff", gbl_diff },
1069    {"srt", gbl_srt },
1070    {0,0}
1071
1072};
1073
1074void gbl_install_standard_commands(GBDATA *gb_main)
1075{
1076    GB_install_command_table(gb_main,gbl_command_table);
1077}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.