| 1 | /* ------------- File format converting subroutine ------------- */ |
|---|
| 2 | |
|---|
| 3 | #include <stdio.h> |
|---|
| 4 | #include "convert.h" |
|---|
| 5 | #include "global.h" |
|---|
| 6 | |
|---|
| 7 | /* ------------------------------------------------------------- */ |
|---|
| 8 | /* Function convert(). |
|---|
| 9 | /* For given input file and type, convert the file |
|---|
| 10 | /* to desired out type and save the result in |
|---|
| 11 | /* the out file. |
|---|
| 12 | */ |
|---|
| 13 | convert(inf, outf, intype, outype) |
|---|
| 14 | char *inf, *outf; |
|---|
| 15 | int intype, outype; |
|---|
| 16 | { |
|---|
| 17 | void genbank_to_macke(), genbank_to_genbank(); |
|---|
| 18 | void genbank_to_embl(); |
|---|
| 19 | void embl_to_macke(), embl_to_genbank(); |
|---|
| 20 | void embl_to_embl(); |
|---|
| 21 | void macke_to_genbank(), macke_to_embl(); |
|---|
| 22 | void to_gcg(), to_paup(), to_phylip(), to_printable(); |
|---|
| 23 | void alma_to_macke(), alma_to_genbank(); |
|---|
| 24 | void embl_to_alma(), macke_to_alma(), genbank_to_alma(); |
|---|
| 25 | int Cmpstr(); |
|---|
| 26 | int dd; /* copy stdin to outfile after first line */ |
|---|
| 27 | dd = 0; |
|---|
| 28 | if (outype == PHYLIP2){ |
|---|
| 29 | outype = PHYLIP; |
|---|
| 30 | dd = 1; |
|---|
| 31 | } |
|---|
| 32 | |
|---|
| 33 | if(Cmpstr(inf, outf)==EQ) |
|---|
| 34 | error(45, "Input file and output file must be different file.\n"); |
|---|
| 35 | if(intype==GENBANK&&outype==MACKE) { |
|---|
| 36 | genbank_to_macke(inf, outf); |
|---|
| 37 | } else if(intype==GENBANK&&outype==GENBANK) { |
|---|
| 38 | genbank_to_genbank(inf, outf); |
|---|
| 39 | } else if(intype==GENBANK&&outype==PAUP) { |
|---|
| 40 | to_paup(inf, outf, GENBANK); |
|---|
| 41 | } else if(intype==GENBANK&&outype==PHYLIP) { |
|---|
| 42 | to_phylip(inf, outf, GENBANK,dd); |
|---|
| 43 | } else if(intype==GENBANK&&outype==PROTEIN) { |
|---|
| 44 | error(69, "Sorry, cannot convert from GENBANK to SWISSPROT, Exit"); |
|---|
| 45 | } else if(intype==GENBANK&&outype==EMBL) { |
|---|
| 46 | genbank_to_embl(inf, outf); |
|---|
| 47 | } else if(intype==GENBANK&&outype==PRINTABLE) { |
|---|
| 48 | to_printable(inf, outf, GENBANK); |
|---|
| 49 | } else if(intype==GENBANK&&outype==ALMA) { |
|---|
| 50 | genbank_to_alma(inf, outf); |
|---|
| 51 | } else if(intype==MACKE&&outype==GENBANK) { |
|---|
| 52 | macke_to_genbank(inf, outf); |
|---|
| 53 | } else if(intype==MACKE&&outype==PAUP) { |
|---|
| 54 | to_paup(inf, outf, MACKE); |
|---|
| 55 | } else if(intype==MACKE&&outype==PHYLIP) { |
|---|
| 56 | to_phylip(inf, outf, MACKE,dd); |
|---|
| 57 | } else if(intype==MACKE&&outype==PROTEIN) { |
|---|
| 58 | macke_to_embl(inf, outf); |
|---|
| 59 | } else if(intype==MACKE&&outype==EMBL) { |
|---|
| 60 | macke_to_embl(inf, outf); |
|---|
| 61 | } else if(intype==MACKE&&outype==PRINTABLE) { |
|---|
| 62 | to_printable(inf, outf, MACKE); |
|---|
| 63 | } else if(intype==MACKE&&outype==ALMA) { |
|---|
| 64 | macke_to_alma(inf, outf); |
|---|
| 65 | } else if(intype==PAUP&&outype==GENBANK) { |
|---|
| 66 | error(6, "Sorry, cannot convert from Paup to GENBANK, Exit.\n"); |
|---|
| 67 | } else if(intype==PAUP&&outype==MACKE) { |
|---|
| 68 | error(81, "Sorry, cannot convert from Paup to AE2, Exit.\n"); |
|---|
| 69 | } else if(intype==PAUP&&outype==PHYLIP) { |
|---|
| 70 | error(8, "Sorry, cannot convert from Paup to Phylip, Exit.\n"); |
|---|
| 71 | } else if(intype==PAUP&&outype==PROTEIN) { |
|---|
| 72 | error(71, "Sorry, cannot convert from Paup to SWISSPROT, Exit."); |
|---|
| 73 | } else if(intype==PAUP&&outype==EMBL) { |
|---|
| 74 | error(78, "Sorry, cannot convert from Paup to SWISSPROT, Exit."); |
|---|
| 75 | } else if(intype==PHYLIP&&outype==GENBANK) { |
|---|
| 76 | error(85, "Sorry, cannot convert from Phylip to GenBank, Exit.\n"); |
|---|
| 77 | } else if(intype==PHYLIP&&outype==MACKE) { |
|---|
| 78 | error(88, "Sorry, cannot convert from Phylip to AE2, Exit.\n"); |
|---|
| 79 | } else if(intype==PHYLIP&&outype==PAUP) { |
|---|
| 80 | error(89, "Sorry, cannot convert from Phylip to Paup, Exit.\n"); |
|---|
| 81 | } else if(intype==PHYLIP&&outype==PROTEIN) { |
|---|
| 82 | error(72, "Sorry, cannot convert from Phylip to SWISSPROT, Exit.\n"); |
|---|
| 83 | } else if(intype==PHYLIP&&outype==EMBL) { |
|---|
| 84 | error(79, "Sorry, cannot convert from Phylip to SWISSPROT, Exit.\n"); |
|---|
| 85 | } else if(intype==PROTEIN&&outype==MACKE) { |
|---|
| 86 | embl_to_macke(inf, outf, PROTEIN); |
|---|
| 87 | } else if(intype==PROTEIN&&outype==GENBANK) { |
|---|
| 88 | error(78, "GenBank doesn't maintain protein data."); |
|---|
| 89 | /* embl_to_genbank(inf, outf, PROTEIN); */ |
|---|
| 90 | /* protein_to_genbank(inf, outf); */ |
|---|
| 91 | } else if(intype==PROTEIN&&outype==PAUP) { |
|---|
| 92 | to_paup(inf, outf, PROTEIN); |
|---|
| 93 | } else if(intype==PROTEIN&&outype==PHYLIP) { |
|---|
| 94 | to_phylip(inf, outf, PROTEIN,dd); |
|---|
| 95 | } else if(intype==PROTEIN&&outype==EMBL) { |
|---|
| 96 | error(58, "EMBL doesn't maintain protein data."); |
|---|
| 97 | /* embl_to_embl(inf, outf, PROTEIN); */ |
|---|
| 98 | } else if(intype==PROTEIN&&outype==PRINTABLE) { |
|---|
| 99 | to_printable(inf, outf, PROTEIN); |
|---|
| 100 | } else if(intype==EMBL&&outype==EMBL) { |
|---|
| 101 | embl_to_embl(inf, outf, EMBL); |
|---|
| 102 | } else if(intype==EMBL&&outype==GENBANK) { |
|---|
| 103 | embl_to_genbank(inf, outf, EMBL); |
|---|
| 104 | } else if(intype==EMBL&&outype==MACKE) { |
|---|
| 105 | embl_to_macke(inf, outf, EMBL); |
|---|
| 106 | } else if(intype==EMBL&&outype==PROTEIN) { |
|---|
| 107 | embl_to_embl(inf, outf, EMBL); |
|---|
| 108 | } else if(intype==EMBL&&outype==PAUP) { |
|---|
| 109 | to_paup(inf, outf, EMBL); |
|---|
| 110 | } else if(intype==EMBL&&outype==PHYLIP) { |
|---|
| 111 | to_phylip(inf, outf, EMBL,dd); |
|---|
| 112 | } else if(intype==EMBL&&outype==PRINTABLE) { |
|---|
| 113 | to_printable(inf, outf, EMBL); |
|---|
| 114 | } else if(intype==EMBL&&outype==ALMA) { |
|---|
| 115 | embl_to_alma(inf, outf); |
|---|
| 116 | } else if(intype==ALMA&&outype==MACKE) { |
|---|
| 117 | alma_to_macke(inf, outf); |
|---|
| 118 | } else if(intype==ALMA&&outype==GENBANK) { |
|---|
| 119 | alma_to_genbank(inf, outf); |
|---|
| 120 | } else if(intype==ALMA&&outype==PAUP) { |
|---|
| 121 | to_paup(inf, outf, ALMA); |
|---|
| 122 | } else if(intype==ALMA&&outype==PHYLIP) { |
|---|
| 123 | to_phylip(inf, outf, ALMA,dd); |
|---|
| 124 | } else if(intype==ALMA&&outype==PRINTABLE) { |
|---|
| 125 | to_printable(inf, outf, ALMA); |
|---|
| 126 | } else if(outype==GCG) { |
|---|
| 127 | to_gcg(intype, inf); |
|---|
| 128 | } else error(90, "Unidentified input type or output type, Exit\n"); |
|---|
| 129 | } |
|---|
| 130 | |
|---|
| 131 | /* ------------------- COMMON SUBROUTINES ----------------------- */ |
|---|
| 132 | |
|---|
| 133 | /* -------------------------------------------------------------- */ |
|---|
| 134 | /* Function init(). |
|---|
| 135 | /* Initialize data structure at the very beginning of running |
|---|
| 136 | /* any program. |
|---|
| 137 | */ |
|---|
| 138 | void |
|---|
| 139 | init() { |
|---|
| 140 | |
|---|
| 141 | /* initialize macke format */ |
|---|
| 142 | data.macke.seqabbr=NULL; |
|---|
| 143 | data.macke.name=NULL; |
|---|
| 144 | data.macke.atcc=NULL; |
|---|
| 145 | data.macke.rna=NULL; |
|---|
| 146 | data.macke.date=NULL; |
|---|
| 147 | data.macke.nbk=NULL; |
|---|
| 148 | data.macke.acs=NULL; |
|---|
| 149 | data.macke.who=NULL; |
|---|
| 150 | data.macke.remarks=NULL; |
|---|
| 151 | data.macke.numofrem=0; |
|---|
| 152 | data.macke.rna_or_dna='d'; |
|---|
| 153 | data.macke.journal=NULL; |
|---|
| 154 | data.macke.title=NULL; |
|---|
| 155 | data.macke.author=NULL; |
|---|
| 156 | data.macke.strain=NULL; |
|---|
| 157 | data.macke.subspecies=NULL; |
|---|
| 158 | /* initialize gnebank format */ |
|---|
| 159 | data.gbk.locus=NULL; |
|---|
| 160 | data.gbk.definition=NULL; |
|---|
| 161 | data.gbk.accession=NULL; |
|---|
| 162 | data.gbk.keywords=NULL; |
|---|
| 163 | data.gbk.source=NULL; |
|---|
| 164 | data.gbk.organism=NULL; |
|---|
| 165 | data.gbk.numofref=0; |
|---|
| 166 | data.gbk.reference=NULL; |
|---|
| 167 | data.gbk.comments.orginf.exist=0; |
|---|
| 168 | data.gbk.comments.orginf.source=NULL; |
|---|
| 169 | data.gbk.comments.orginf.cc=NULL; |
|---|
| 170 | data.gbk.comments.orginf.formname=NULL; |
|---|
| 171 | data.gbk.comments.orginf.nickname=NULL; |
|---|
| 172 | data.gbk.comments.orginf.commname=NULL; |
|---|
| 173 | data.gbk.comments.orginf.hostorg=NULL; |
|---|
| 174 | data.gbk.comments.seqinf.exist=0; |
|---|
| 175 | data.gbk.comments.seqinf.RDPid=NULL; |
|---|
| 176 | data.gbk.comments.seqinf.gbkentry=NULL; |
|---|
| 177 | data.gbk.comments.seqinf.methods=NULL; |
|---|
| 178 | data.gbk.comments.seqinf.comp5=' '; |
|---|
| 179 | data.gbk.comments.seqinf.comp3=' '; |
|---|
| 180 | data.gbk.comments.others=NULL; |
|---|
| 181 | /* initialize paup format */ |
|---|
| 182 | data.paup.ntax = 0; |
|---|
| 183 | data.paup.equate = "~=.|><"; |
|---|
| 184 | data.paup.gap = '-'; |
|---|
| 185 | /* initial phylip data */ |
|---|
| 186 | /* initial embl data */ |
|---|
| 187 | data.embl.id=NULL; |
|---|
| 188 | data.embl.dateu=NULL; |
|---|
| 189 | data.embl.datec=NULL; |
|---|
| 190 | data.embl.description=NULL; |
|---|
| 191 | data.embl.os=NULL; |
|---|
| 192 | data.embl.accession=NULL; |
|---|
| 193 | data.embl.keywords=NULL; |
|---|
| 194 | data.embl.dr=NULL; |
|---|
| 195 | data.embl.numofref=0; |
|---|
| 196 | data.embl.reference=NULL; |
|---|
| 197 | data.embl.comments.orginf.exist=0; |
|---|
| 198 | data.embl.comments.orginf.source=NULL; |
|---|
| 199 | data.embl.comments.orginf.cc=NULL; |
|---|
| 200 | data.embl.comments.orginf.formname=NULL; |
|---|
| 201 | data.embl.comments.orginf.nickname=NULL; |
|---|
| 202 | data.embl.comments.orginf.commname=NULL; |
|---|
| 203 | data.embl.comments.orginf.hostorg=NULL; |
|---|
| 204 | data.embl.comments.seqinf.exist=0; |
|---|
| 205 | data.embl.comments.seqinf.RDPid=NULL; |
|---|
| 206 | data.embl.comments.seqinf.gbkentry=NULL; |
|---|
| 207 | data.embl.comments.seqinf.methods=NULL; |
|---|
| 208 | data.embl.comments.seqinf.comp5=' '; |
|---|
| 209 | data.embl.comments.seqinf.comp3=' '; |
|---|
| 210 | data.embl.comments.others=NULL; |
|---|
| 211 | /* initial alma data */ |
|---|
| 212 | data.alma.id=NULL; |
|---|
| 213 | data.alma.filename=NULL; |
|---|
| 214 | data.alma.format=UNKNOWN; |
|---|
| 215 | data.alma.defgap='-'; |
|---|
| 216 | data.alma.num_of_sequence=0; |
|---|
| 217 | data.alma.sequence=NULL; |
|---|
| 218 | /* inital NBRF data format */ |
|---|
| 219 | data.nbrf.id=NULL; |
|---|
| 220 | data.nbrf.description=NULL; |
|---|
| 221 | /* initial sequence data */ |
|---|
| 222 | data.numofseq = 0; |
|---|
| 223 | data.seq_length = 0; |
|---|
| 224 | data.max = INITSEQ; |
|---|
| 225 | data.sequence = (char*)calloc(1,(unsigned)(sizeof(char)*INITSEQ+1)); |
|---|
| 226 | data.ids=NULL; |
|---|
| 227 | data.seqs=NULL; |
|---|
| 228 | } |
|---|
| 229 | /* -------------------------------------------------------------- */ |
|---|
| 230 | /* Function init_seq_data(). |
|---|
| 231 | /* Init. seq. data. |
|---|
| 232 | */ |
|---|
| 233 | void |
|---|
| 234 | init_seq_data() { |
|---|
| 235 | data.numofseq = 0; |
|---|
| 236 | data.seq_length = 0; |
|---|
| 237 | } |
|---|
