source: tags/initial/CONVERTALN/paup.c

Last change on this file was 2, checked in by oldcode, 24 years ago

Initial revision
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 9.8 KB
Line 
1
2#include <stdio.h>
3#include "convert.h"
4#include "global.h"
5
6/* ------------------------------------------------------------ */
7/*      Function init_paup().
8/*              Init. paup data.
9*/
10void
11init_paup()     {
12
13        int     indi;
14        void    Freespace();
15       
16        for(indi=0; indi<data.paup.ntax; indi++)        {
17                Freespace(&(data.ids[indi]));
18                Freespace(&(data.seqs[indi]));
19        }
20        Freespace(&(data.ids));
21        Freespace(&(data.seqs));
22        data.paup.ntax = 0;
23        data.paup.nchar = 0;
24}
25/* ------------------------------------------------------------- */
26/*      Function to_paup()
27/*              Convert from some format to PAUP format.
28*/
29void
30to_paup(inf, outf, informat)
31char    *inf, *outf;
32int     informat;
33{
34        FILE    *ifp, *ofp, *fopen();
35        int     maxsize, current, total_seq, Lenstr(), first_line;
36        int     out_of_memory, indi;
37        int     alma_key_word();
38        char    alma_in(), genbank_in_locus();
39        char    macke_in_name(), embl_in_id();
40        char    temp[TOKENNUM], eof;
41        char    *Dupstr(), *name, *today_date(), *today;
42        void    init(), init_paup(), init_seq_data();
43        void    init_alma(), init_genbank();
44        void    init_macke(), init_embl();
45        void    paup_print_line(), to_paup_1x1();
46        void    error(), Cpystr();
47        void    genbank_key_word(), embl_key_word();
48        void    paup_verify_name(), paup_print_header();
49
50        if((ifp=fopen(inf, "r"))==NULL) {
51                sprintf(temp,
52                "Cannot open input file %s, exit\n", inf);
53                error(64, temp);
54        }
55        if(Lenstr(outf)<=0)     ofp = stdout;
56        else if((ofp=fopen(outf, "w"))==NULL)   {
57                sprintf(temp,
58                "Cannot open output file %s, exit\n", outf);
59                error(65, temp);
60        }
61        maxsize = 1;
62        out_of_memory = 0; 
63        name = NULL;
64        init();
65        init_paup(); 
66        paup_print_header(ofp);
67        total_seq = 0;
68        do      {
69                if(informat==ALMA)      {
70                        init_alma();
71                        eof=alma_in(ifp);
72                } else if(informat==GENBANK)    {
73                        init_genbank();
74                        eof=genbank_in_locus(ifp);
75                } else if(informat==EMBL||informat==PROTEIN) {
76                        init_embl();
77                        eof=embl_in_id(ifp);
78                } else if(informat==MACKE)      {
79                        init_macke();
80                        eof=macke_in_name(ifp);
81                } else error(63,
82        "UNKNOW input format when converting to PAUP format.");
83                if(eof==EOF) break;
84                if(informat==ALMA)      {
85                        alma_key_word
86                                (data.alma.id, 0, temp, TOKENNUM);
87                } else if(informat==GENBANK)    {
88                        genbank_key_word
89                                (data.gbk.locus, 0, temp, TOKENNUM);
90                } else if(informat==EMBL||informat==PROTEIN)    {
91                        embl_key_word
92                                (data.embl.id, 0, temp, TOKENNUM);
93                } else if(informat==MACKE)      {
94                        Cpystr(temp, data.macke.seqabbr);
95                } else error(118,
96                "UNKNOW input format when converting to PAUP format.");
97
98                total_seq++;
99
100                if((name = Dupstr(temp))==NULL&&temp!=NULL)
101                        { out_of_memory=1; break; }
102                paup_verify_name(&name);
103
104                if(data.seq_length>maxsize) 
105                        maxsize = data.seq_length;
106                data.ids=(char**)Reallocspace((char *)data.ids,
107                        sizeof(char*)*total_seq);
108
109                if(data.ids==NULL)      { out_of_memory=1; break; }
110                data.seqs=(char**)Reallocspace((char *)data.seqs,
111                        sizeof(char*)*total_seq);
112
113                if(data.seqs==NULL)     { out_of_memory=1; break; }
114
115                data.ids[total_seq-1]=name;
116                data.seqs[total_seq-1]=(char*)Dupstr(data.sequence);
117
118        } while(!out_of_memory);
119       
120        if(out_of_memory)       {
121                /* cannot hold all seqs into mem. */
122                fprintf(stderr, 
123        "Rerun the conversion throught one seq. by one seq. base.\n");
124
125                fclose(ifp); fclose(ofp);
126                to_paup_1x1(inf, outf, informat);
127                return;
128        }
129        current = 0;
130        while(maxsize>current)  {
131                first_line = 0;
132                for(indi=0; indi<total_seq; indi++)     {
133                        if(current<Lenstr(data.seqs[indi]))
134                                first_line++;
135                        paup_print_line(data.ids[indi],
136                                data.seqs[indi], current,
137                                (first_line==1), ofp); 
138
139                        /* Avoid repeating */
140                        if(first_line==1) first_line++;
141                }
142                current +=(SEQLINE-10);
143                if(maxsize>current) fprintf(ofp, "\n");
144        }
145
146#ifdef log
147        fprintf(stderr, "Total %d sequences have been processed\n", total_seq);
148#endif
149
150        fprintf(ofp, "      ;\nENDBLOCK;\n");
151        /* rewrite output header */
152        rewind(ofp);
153        fprintf(ofp, "#NEXUS\n");
154        today = today_date();
155        if(today[Lenstr(today)-1]=='\n')
156                today[Lenstr(today)-1] = '\0';
157
158        fprintf(ofp,
159        "[! RDP - the Ribsomal Database Project, (%s).]\n", today);
160
161        fprintf(ofp,
162        "[! To get started, send HELP to rdp@info.mcs.anl.gov ]\n");
163
164        fprintf(ofp, "BEGIN DATA;\n   DIMENSIONS\n");
165        fprintf(ofp,
166                "      NTAX = %6d\n      NCHAR = %6d\n      ;\n",
167                        total_seq, maxsize);
168
169        fclose(ifp); fclose(ofp);
170}
171/* --------------------------------------------------------------- */
172/*      Function to_paup_1x1()
173/*              Convert from ALMA format to PAUP format,
174/*                      one seq by one seq.
175*/
176void
177to_paup_1x1(inf, outf, informat)
178char    *inf, *outf;
179int     informat;
180{
181        FILE    *ifp, *ofp, *fopen();
182        int     maxsize, current, total_seq, Lenstr(), first_line;
183        int     alma_key_word();
184        char    temp[TOKENNUM], eof;
185        char    *Dupstr(), *name, *today_date(), *today;
186
187        if((ifp=fopen(inf, "r"))==NULL) {
188                sprintf(temp,
189                        "Cannot open input file %s, exit\n", inf);
190                error(121, temp);
191        }
192        if(Lenstr(outf)<=0)     ofp = stdout;
193        else if((ofp=fopen(outf, "w"))==NULL)   {
194                sprintf(temp,
195                        "Cannot open output file %s, exit\n", outf);
196                error(122, temp);
197        }
198        maxsize = 1; current = 0; 
199        name = NULL;
200        paup_print_header(ofp);
201        while(maxsize>current)  {
202                init();
203                rewind(ifp);
204                total_seq = 0;
205                first_line = 0;
206                do      {       /* read in one sequence */
207                        init_paup(); 
208                        if(informat==ALMA)      {
209                                init_alma();
210                                eof=alma_in(ifp);
211                        } else if(informat==GENBANK)    {
212                                init_genbank();
213                                eof=genbank_in_locus(ifp);
214                        } else if(informat==EMBL||informat==PROTEIN) {
215                                init_embl();
216                                eof=embl_in_id(ifp);
217                        } else if(informat==MACKE)      {
218                                init_macke();
219                                eof=macke_in_name(ifp);
220                        } else error(127,
221                "UNKNOW input format when converting to PAUP format.");
222
223                        if(eof==EOF) break;
224                        if(informat==ALMA)      {
225                                alma_key_word
226                                (data.alma.id, 0, temp, TOKENNUM);
227                        } else if(informat==GENBANK)    {
228                                genbank_key_word
229                                (data.gbk.locus, 0, temp, TOKENNUM);
230                        } else if(informat==EMBL||informat==PROTEIN) {
231                                embl_key_word
232                                (data.embl.id, 0, temp, TOKENNUM);
233                        } else if(informat==MACKE)      {
234                                macke_key_word
235                                (data.macke.name, 0, temp, TOKENNUM);
236                        } else error(70, 
237                "UNKNOW input format when converting to PAUP format.");
238
239                        Freespace(&name);
240                        name = Dupstr(temp);
241                        paup_verify_name(&name);
242
243                        if(data.seq_length>maxsize) 
244                                maxsize = data.seq_length;
245
246                        if(current<data.seq_length) first_line++;
247
248                        paup_print_line(name, data.sequence, current,
249                                (first_line==1), ofp);
250
251                        /* Avoid repeating */
252                        if(first_line==1) first_line++;
253
254                        total_seq++;
255
256                } while(1);
257                current += (SEQLINE-10);
258                if(maxsize>current) fprintf(ofp, "\n");
259        }       /* print block by block */
260
261#ifdef log
262        fprintf(stderr, "Total %d sequences have been processed\n", total_seq);
263#endif
264
265        fprintf(ofp, "      ;\nENDBLOCK;\n");
266        /* rewrite output header */
267        rewind(ofp);
268        fprintf(ofp, "#NEXUS\n");
269        today = today_date();
270        if(today[Lenstr(today)-1]=='\n') today[Lenstr(today)-1] = '\0';
271
272        fprintf(ofp,
273        "[! RDP - the Ribsomal Database Project, (%s).]\n", today);
274
275        fprintf(ofp,
276        "[! To get started, send HELP to rdp@info.mcs.anl.gov ]\n");
277
278        fprintf(ofp, "BEGIN DATA;\n   DIMENSIONS\n");
279        fprintf(ofp,
280        "      NTAX = %6d\n      NCHAR = %6d\n      ;\n",
281                total_seq, maxsize);
282
283        fclose(ifp); fclose(ofp);
284}
285/* ----------------------------------------------------------- */
286/*      Function paup_verify_name().
287/*              Verify short_id in PUAP format.
288*/
289void
290paup_verify_name(string)
291char    **string;
292{
293        int     indi, len, Lenstr(), index;
294        char    temp[TOKENNUM], *Dupstr();
295        void    Freespace();
296
297        for(indi=index=0,len=Lenstr((*string)); indi<len&&index==0;
298        indi++) 
299                if((*string)[indi]=='*'||(*string)[indi]=='('
300                ||(*string)[indi]==')'||(*string)[indi]=='{'
301                ||(*string)[indi]=='/'||(*string)[indi]==','
302                ||(*string)[indi]==';'||(*string)[indi]=='_'
303                ||(*string)[indi]=='='||(*string)[indi]==':'
304                ||(*string)[indi]=='\\'||(*string)[indi]=='\'') 
305                        index=1;
306
307        if(index==0)    return;
308        else    {
309                temp[0]='\'';
310                for(indi=0, index=1; indi<len; indi++, index++) {
311                        temp[index]=(*string)[indi];
312                        if((*string)[indi]=='\'')
313                                temp[++index]='\'';
314                }
315                temp[index++]='\'';
316                temp[index]='\0';
317                Freespace(string);
318                (*string)=(char*)Dupstr(temp);
319        }
320}
321/* -------------------------------------------------------------- */
322/*      Function paup_print_line().
323/*              print paup file.
324*/
325void
326paup_print_line(string, sequence, index, first_line, fp)
327char    *string, *sequence;
328int     index, first_line;
329FILE    *fp;
330{
331        int     indi, indj, bnum, length, Lenstr(), seq_length;
332
333        length = SEQLINE-10;
334        fprintf(fp, "      ");
335        if(Lenstr(string)>10)   {
336                /* truncate if length of seq ID is greater than 10 */
337                for(indi=0; indi<10; indi++)
338                        fprintf(fp, "%c", string[indi]);
339                bnum = 1;
340        } else  {
341                fprintf(fp, "%s", string);
342                bnum = 10 - Lenstr(string)+1;
343        }
344        /* Print out blanks after sequence ID to make up 10 chars. */
345        seq_length = Lenstr(sequence);
346
347        if(index<seq_length)
348                for(indi=0; indi<bnum; indi++)
349                        fprintf(fp, " "); 
350
351        for(indi=indj=0; indi<length; indi++)   {       
352                if((index+indi)<seq_length)     {
353
354                        fprintf(fp, "%c", sequence[index+indi]);
355                        indj++;
356                        if(indj==10&&indi<(length-1)
357                        &&(indi+index)<(seq_length-1)) {
358                                fprintf(fp, " ");
359                                indj=0;
360                        }
361                } else break;
362        }
363
364        if(first_line) 
365                fprintf(fp, " [%d - %d]", index+1, (index+indi));
366
367        fprintf(fp, "\n");
368}
369/* ---------------------------------------------------------- */
370/*      Function paup_print_header().
371/*              Print out the header of each paup format.
372*/
373void
374paup_print_header(ofp)
375FILE    *ofp;
376{
377        char    *today_date(), *today;
378
379        fprintf(ofp, "#NEXUS\n");
380        today = today_date();
381        if(today[Lenstr(today)-1]=='\n')
382                today[Lenstr(today)-1] = '\0';
383
384        fprintf(ofp,
385        "[! RDP - the Ribsomal Database Project, (%s).]\n",
386                today);
387
388        fprintf(ofp,
389        "[! To get started, send HELP to rdp@info.mcs.anl.gov ]\n");
390
391        fprintf(ofp, "BEGIN DATA;\n   DIMENSIONS\n");
392
393        fprintf(ofp,
394        "      NTAX =       \n      NCHAR =       \n      ;\n");
395
396        fprintf(ofp, "   FORMAT\n      LABELPOS = LEFT\n");
397
398        fprintf(ofp,
399        "      MISSING = .\n      EQUATE = \"%s\"\n",
400                data.paup.equate);
401
402        fprintf(ofp,
403"      INTERLEAVE\n      DATATYPE = RNA\n      GAP = %c\n      ;\n",
404                data.paup.gap);
405
406        fprintf(ofp,
407        "   OPTIONS\n      GAPMODE = MISSING\n      ;\n   MATRIX\n");
408}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.