source: tags/initial/CONVERTALN/phylip.c

Last change on this file was 2, checked in by oldcode, 24 years ago

Initial revision
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 6.7 KB
Line 
1
2#include <stdio.h>
3#include "convert.h"
4#include "global.h"
5
6/* --------------------------------------------------------------- */
7/*      Function init_phylip().
8/*              Initialize genbank entry.
9*/
10void
11init_phylip()   {
12
13}
14/* --------------------------------------------------------------- */
15/*      Function to_phylip()
16/*              Convert from some format to PHYLIP format.
17*/
18void
19to_phylip(inf, outf, informat,readstdin)
20char    *inf, *outf;
21int     informat;
22int     readstdin;
23{
24        FILE    *ifp, *ofp, *fopen();
25        int     maxsize, current, total_seq, Lenstr();
26        int     out_of_memory, indi;
27        int     alma_key_word();
28        char    alma_in(), genbank_in_locus();
29        char    macke_in_name(), embl_in_id();
30        char    temp[TOKENNUM], eof;
31        char    *Dupstr(), *today_date(), *today, *name;
32        void    init(), init_phylip(), init_seq_data();
33        void    init_alma(), init_genbank(), init_macke(), init_embl();
34        void    phylip_print_line(), to_phylip_1x1();
35        void    Freespace(), error(), Cpystr();
36        void    genbank_key_word(), embl_key_word();
37
38        if((ifp=fopen(inf, "r"))==NULL) {
39                sprintf(temp, "Cannot open input file %s, exit\n", inf);
40                error(64, temp);
41        }
42        if(Lenstr(outf)<=0)     ofp = stdout;
43        else if((ofp=fopen(outf, "w"))==NULL)   {
44                sprintf(temp, "Cannot open output file %s, exit\n", outf);
45                error(117, temp);
46        }
47        maxsize = 1;
48        out_of_memory = 0; 
49        name = NULL;
50        init();
51        init_phylip(); 
52        total_seq = 0;
53        do      {
54                if(informat==ALMA)      {
55                        init_alma();
56                        eof=alma_in(ifp);
57                } else if(informat==GENBANK)    {
58                        init_genbank();
59                        eof=genbank_in_locus(ifp);
60                } else if(informat==EMBL||informat==PROTEIN)    {
61                        init_embl();
62                        eof=embl_in_id(ifp);
63                } else if(informat==MACKE)      {
64                        init_macke();
65                        eof=macke_in_name(ifp);
66                } else error(34, "UNKNOW input format when converting to PHYLIP format.");
67                if(eof==EOF) break;
68                if(informat==ALMA)      {
69                        alma_key_word(data.alma.id, 0, temp, TOKENNUM);
70                } else if(informat==GENBANK)    {
71                        genbank_key_word(data.gbk.locus, 0, temp, TOKENNUM);
72                } else if(informat==EMBL||informat==PROTEIN)    {
73                        embl_key_word(data.embl.id, 0, temp, TOKENNUM);
74                } else if(informat==MACKE)      {
75                        Cpystr(temp, data.macke.seqabbr);
76                } else error(119, "UNKNOW input format when converting to PHYLIP format.");
77                total_seq++;
78                if((name = Dupstr(temp))==NULL&&temp!=NULL)
79                        { out_of_memory=1; break; }
80                if(data.seq_length>maxsize) 
81                        maxsize = data.seq_length;
82                data.ids=(char**)Reallocspace((char *)data.ids,
83                        sizeof(char*)*total_seq);
84                if(data.ids==NULL)      { out_of_memory=1; break; }
85                data.seqs=(char**)Reallocspace((char *)data.seqs,
86                        sizeof(char*)*total_seq);
87                if(data.seqs==NULL)     { out_of_memory=1; break; }
88                data.ids[total_seq-1] = name;
89                data.seqs[total_seq-1]=(char*)Dupstr(data.sequence);
90        } while(!out_of_memory);
91       
92        if(out_of_memory)       {       /* cannot hold all seqs into mem. */
93                fprintf(stderr, 
94                "Rerun the conversion throught one seq. by one seq. base.\n");
95                fclose(ifp); fclose(ofp);
96                to_phylip_1x1(inf, outf, informat);
97                return;
98        }
99        current = 0;
100        fprintf(ofp, "%4d %4d ", maxsize, current);
101        if (readstdin){
102            int c;
103            while (1){
104                c = getchar();
105                if (c == EOF) break;
106                fputc(c,ofp);
107            }
108
109        }else{
110            fprintf(ofp,"\n");
111        }
112        while(maxsize>current)  {
113                for(indi=0; indi<total_seq; indi++)     {
114                        phylip_print_line(data.ids[indi],
115                                data.seqs[indi], current, ofp); 
116                }
117                if(current==0) current +=(SEQLINE-10);
118                else current += SEQLINE;
119                if(maxsize>current) fprintf(ofp, "\n");
120        }
121        /* rewrite output header */
122        rewind(ofp);
123        fprintf(ofp, "%4d %4d", total_seq, maxsize);
124
125        fclose(ifp); fclose(ofp);
126
127#ifdef log
128        fprintf(stderr, "Total %d sequences have been processed\n", total_seq);
129#endif
130
131}
132/* --------------------------------------------------------------- */
133/*      Function to_phylip_1x1()
134/*              Convert from one format to PHYLIP format, one seq by one seq.
135*/
136void
137to_phylip_1x1(inf, outf, informat)
138char    *inf, *outf;
139int     informat;
140{
141        FILE    *ifp, *ofp, *fopen();
142        int     maxsize, current, total_seq, Lenstr();
143        int     alma_key_word();
144        char    temp[TOKENNUM], eof;
145        char    *Dupstr(), *name, *today_date(), *today;
146
147        if((ifp=fopen(inf, "r"))==NULL) {
148                sprintf(temp, "Cannot open input file %s, exit\n", inf);
149                error(123, temp);
150        }
151        if(Lenstr(outf)<=0)     ofp = stdout;
152        else if((ofp=fopen(outf, "w"))==NULL)   {
153                sprintf(temp, "Cannot open output file %s, exit\n", outf);
154                error(124, temp);
155        }
156        maxsize = 1; current = 0; 
157        name = NULL;
158        fprintf(ofp, "%4d %4d\n", maxsize, current);
159        while(maxsize>current)  {
160                init();
161                rewind(ifp);
162                total_seq = 0;
163                do      {       /* read in one sequence */
164                        init_phylip(); 
165                        if(informat==ALMA)      {
166                                init_alma();
167                                eof=alma_in(ifp);
168                        } else if(informat==GENBANK)    {
169                                init_genbank();
170                                eof=genbank_in_locus(ifp);
171                        } else if(informat==EMBL||informat==PROTEIN)    {
172                                init_embl();
173                                eof=embl_in_id(ifp);
174                        } else if(informat==MACKE)      {
175                                init_macke();
176                                eof=macke_in_name(ifp);
177                        } else error(128, "UNKNOW input format when converting to PHYLIP format.");
178                        if(eof==EOF) break;
179                        if(informat==ALMA)      {
180                                alma_key_word(data.alma.id, 0, temp, TOKENNUM);
181                        } else if(informat==GENBANK)    {
182                                genbank_key_word(data.gbk.locus, 0, temp, TOKENNUM);
183                        } else if(informat==EMBL||informat==PROTEIN)    {
184                                embl_key_word(data.embl.id, 0, temp, TOKENNUM);
185                        } else if(informat==MACKE)      {
186                                macke_key_word(data.macke.name, 0, temp, TOKENNUM);
187                        } else error(130,
188                 "UNKNOW input format when converting to PHYLIP format.");
189                        Freespace(&name);
190                        name = Dupstr(temp);
191                        if(data.seq_length>maxsize) 
192                                maxsize = data.seq_length;
193                        phylip_print_line(name, data.sequence, current, ofp);
194                        total_seq++;
195                } while(1);
196                if(current==0)  current += (SEQLINE-10);
197                else current += SEQLINE;
198                if(maxsize>current) fprintf(ofp, "\n");
199        }       /* print block by block */
200
201        rewind(ofp);
202        fprintf(ofp, "%4d %4d", total_seq, maxsize);
203
204        fclose(ifp); fclose(ofp);
205
206#ifdef log
207        fprintf(stderr, "Total %d sequences have been processed\n", total_seq);
208#endif
209
210}
211/* -------------------------------------------------------------- */
212/*      Function phylip_print_line().
213/*              Print phylip line.
214*/
215void
216phylip_print_line(name, sequence, index, fp)
217char    *name, *sequence;
218int     index;
219FILE    *fp;
220{
221        int     indi, indj, length, bnum, Lenstr(), seq_length;
222
223        if(index==0)    {
224                if(Lenstr(name)>10)     {
225                        /* truncate id length of seq ID is greater than 10 */
226                        for(indi=0; indi<10; indi++)
227                                fprintf(fp, "%c", name[indi]);
228                        bnum = 1;
229                } else  {
230                        fprintf(fp, "%s", name);
231                        bnum = 10 - Lenstr(name)+1;
232                }
233                /* fill in blanks to make up 10 chars for ID. */
234                for(indi=0; indi<bnum; indi++)
235                        fprintf(fp, " ");
236                length = SEQLINE - 10;
237        } else if(index>=data.seq_length) length = 0;
238                else length = SEQLINE;
239        seq_length = Lenstr(sequence);
240        for(indi=indj=0; indi<length; indi++)   {       
241                if((index+indi)<seq_length)     {
242                        char c= sequence[index+indi];
243                        if (c=='.') c= '?';
244                        fputc(c,fp);
245                        indj++;
246                        if(indj==10&&(index+indi)<(seq_length-1)
247                        &&indi<(length-1)) {
248                                fprintf(fp, " ");
249                                indj=0;
250                        }
251                } else break;
252        }
253        fprintf(fp, "\n");
254}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.