source: tags/initial/CONVERTALN/printable.c

Last change on this file was 2, checked in by oldcode, 24 years ago

Initial revision
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 7.6 KB
Line 
1#include <stdio.h>
2#include "convert.h"
3#include "global.h"
4
5#define PRTLENGTH       62
6
7/* --------------------------------------------------------------- */
8/*      Function to_printable()
9/*              Convert from some format to PRINTABLE format.
10*/
11void
12to_printable(inf, outf, informat)
13char    *inf, *outf;
14int     informat;
15{
16        FILE    *ifp, *ofp, *fopen();
17        int     maxsize, current, total_seq, Lenstr(), length;
18        int     out_of_memory, indi, index, *base_nums, base_count, start;
19        int     alma_key_word();
20        char    alma_in(), genbank_in_locus();
21        char    macke_in_name(), embl_in_id();
22        char    temp[TOKENNUM], eof;
23        char    *Dupstr(), *Reallocspace(), *name, *today_date(), *today;
24        void    init(), init_seq_data();
25        void    init_alma(), init_genbank(), init_macke(), init_embl();
26        void    printable_print_line(), to_printable_1x1();
27        void    Freespace(), error(), Cpystr();
28        void    genbank_key_word(), embl_key_word();
29
30        if((ifp=fopen(inf, "r"))==NULL) {
31                sprintf(temp, "Cannot open input file %s, exit\n", inf);
32                error(64, temp);
33        }
34        if(Lenstr(outf)<=0)     ofp = stdout;
35        else if((ofp=fopen(outf, "w"))==NULL)   {
36                sprintf(temp, "Cannot open output file %s, exit\n", outf);
37                error(117, temp);
38        }
39        maxsize = 1;
40        out_of_memory = 0; 
41        name = NULL;
42        init();
43        total_seq = 0;
44        base_nums=NULL;
45        do      {
46                if(informat==ALMA)      {
47                        init_alma();
48                        eof=alma_in(ifp);
49                } else if(informat==GENBANK)    {
50                        init_genbank();
51                        eof=genbank_in_locus(ifp);
52                } else if(informat==EMBL||informat==PROTEIN)    {
53                        init_embl();
54                        eof=embl_in_id(ifp);
55                } else if(informat==MACKE)      {
56                        init_macke();
57                        eof=macke_in_name(ifp);
58                } else error(48,
59                "UNKNOW input format when converting to PRINABLE format.");
60                if(eof==EOF) break;
61                if(informat==ALMA)      {
62                        alma_key_word(data.alma.id, 0, temp, TOKENNUM);
63                } else if(informat==GENBANK)    {
64                        genbank_key_word(data.gbk.locus, 0, temp, TOKENNUM);
65                } else if(informat==EMBL||informat==PROTEIN)    {
66                        embl_key_word(data.embl.id, 0, temp, TOKENNUM);
67                } else if(informat==MACKE)      {
68                        Cpystr(temp, data.macke.seqabbr);
69                } else error(120,
70                "UNKNOW input format when converting to PRINABLE format.");
71                total_seq++;
72                if((name = Dupstr(temp))==NULL&&temp!=NULL)
73                        { out_of_memory=1; break; }
74                if(data.seq_length>maxsize) 
75                        maxsize = data.seq_length;
76                data.ids=(char**)Reallocspace((char *)data.ids,
77                        sizeof(char*)*total_seq);
78                if(data.ids==NULL)      { out_of_memory=1; break; }
79                data.seqs=(char**)Reallocspace((char *)data.seqs,
80                        sizeof(char*)*total_seq);
81                if(data.seqs==NULL)     { out_of_memory=1; break; }
82                base_nums=(int*)Reallocspace((char *)base_nums, sizeof(int)*total_seq);
83                if(base_nums==NULL)     { out_of_memory=1; break; }
84                data.ids[total_seq-1]=name;
85                data.seqs[total_seq-1]=(char*)Dupstr(data.sequence);
86                base_nums[total_seq-1]=0;
87        } while(!out_of_memory);
88       
89        if(out_of_memory)       {       /* cannot hold all seqs into mem. */
90                fprintf(stderr, 
91                "Rerun the conversion throught one seq. by one seq. base.\n");
92                fclose(ifp); fclose(ofp);
93                to_printable_1x1(inf, outf, informat);
94                return;
95        }
96        current = 0;
97        while(maxsize>current)  {
98                for(indi=0; indi<total_seq; indi++)     {
99                        length = Lenstr(data.seqs[indi]);
100                        for(index=base_count=0; 
101                        index<PRTLENGTH&&(current+index)<length; index++)
102                                if(data.seqs[indi][index+current]!='~'&&
103                                data.seqs[indi][index+current]!='-'&&
104                                data.seqs[indi][index+current]!='.')
105                                        base_count++;
106                       
107                        /* check if the first char is base or not */
108                        if(current<length&&data.seqs[indi][current]!='~'&&
109                        data.seqs[indi][current]!='-'&&
110                        data.seqs[indi][current]!='.')
111                                start = base_nums[indi]+1;
112                        else start = base_nums[indi];
113
114                        printable_print_line(data.ids[indi],
115                                data.seqs[indi], current, start, ofp);
116                        base_nums[indi] += base_count;
117                }
118                current += PRTLENGTH;
119                if(maxsize>current) fprintf(ofp, "\n\n");
120        }
121
122        Freespace((char **)&(base_nums));
123
124#ifdef log
125        fprintf(stderr, "Total %d sequences have been processed\n", total_seq);
126#endif
127
128        fclose(ifp); fclose(ofp);
129}
130/* --------------------------------------------------------------- */
131/*      Function to_printable_1x1()
132/*              Convert from one foramt to PRINTABLE format, one seq by one seq.
133*/
134void
135to_printable_1x1(inf, outf, informat)
136char    *inf, *outf;
137int     informat;
138{
139        FILE    *ifp, *ofp, *fopen();
140        int     maxsize, current, total_seq, Lenstr();
141        int     base_count, count, index;
142        int     alma_key_word();
143        char    temp[TOKENNUM], eof, alma_in();
144        char    *Dupstr(), *name, *today_date(), *today;
145
146        if((ifp=fopen(inf, "r"))==NULL) {
147                sprintf(temp, "Cannot open input file %s, exit\n", inf);
148                error(125, temp);
149        }
150        if(Lenstr(outf)<=0)     ofp = stdout;
151        else if((ofp=fopen(outf, "w"))==NULL)   {
152                sprintf(temp, "Cannot open output file %s, exit\n", outf);
153                error(126, temp);
154        }
155        maxsize = 1; current = 0; 
156        name = NULL;
157        while(maxsize>current)  {
158                init();
159                rewind(ifp);
160                total_seq = 0;
161                do      {       /* read in one sequence */
162                        if(informat==ALMA)      {
163                                init_alma();
164                                eof=alma_in(ifp);
165                        } else if(informat==GENBANK)    {
166                                init_genbank();
167                                eof=genbank_in_locus(ifp);
168                        } else if(informat==EMBL||informat==PROTEIN)    {
169                                init_embl();
170                                eof=embl_in_id(ifp);
171                        } else if(informat==MACKE)      {
172                                init_macke();
173                                eof=macke_in_name(ifp);
174                        } else error(129, 
175                "UNKNOW input format when converting to PRINTABLE format.");
176                        if(eof==EOF) break;
177                        if(informat==ALMA)      {
178                                alma_key_word(data.alma.id, 0, temp, TOKENNUM);
179                        } else if(informat==GENBANK)    {
180                                genbank_key_word(data.gbk.locus, 0, temp, TOKENNUM);
181                        } else if(informat==EMBL||informat==PROTEIN)    {
182                                embl_key_word(data.embl.id, 0, temp, TOKENNUM);
183                        } else if(informat==MACKE)      {
184                                macke_key_word(data.macke.name, 0, temp, TOKENNUM);
185                        } else error(131, 
186                "UNKNOW input format when converting to PRINTABLE format.");
187                        Freespace(&name);
188                        name = Dupstr(temp);
189                        if(data.seq_length>maxsize) 
190                                maxsize = data.seq_length;
191                        for(index=base_count=0;
192                        index<current&&index<data.seq_length; index++) {
193                                if(data.sequence[index]!='~'
194                                &&data.sequence[index]!='.'
195                                &&data.sequence[index]!='-') base_count++;
196                        }
197                        /* check if the first char is a base or not */
198                        if(current<data.seq_length&&data.sequence[current]!='~'
199                        &&data.sequence[current]!='.'
200                        &&data.sequence[current]!='-') base_count++;
201
202                        /* find if there any non-gap char in the next 62
203                        /* char of the seq. data */
204                        /* #### count no need to be the first base num
205                        for(index=current, count=0;
206                        count==0&&index<data.seq_length
207                        &&index<(current+PRTLENGTH); index++)
208                                if(data.sequence[index]!='~'
209                                &&data.sequence[index]!='.'
210                                &&data.sequence[index]!='-')
211                                        { base_count++; count++; }
212                        */
213                        printable_print_line(name, data.sequence, current,
214                                base_count, ofp);
215                        total_seq++;
216                } while(1);
217                current += PRTLENGTH;
218                if(maxsize>current) fprintf(ofp, "\n\n");
219        }       /* print block by block */
220
221        fclose(ifp); fclose(ofp);
222
223#ifdef log
224        fprintf(stderr, "Total %d sequences have been processed\n", total_seq);
225#endif
226
227}
228/* ------------------------------------------------------------ */
229/*      Function printable_print_line().
230/*              print one printable line.
231*/
232void
233printable_print_line(id, sequence, start, base_count, fp)
234char    *id, *sequence;
235int     start;
236int     base_count;
237FILE    *fp;
238{
239        int     indi, index, count, bnum, length, Lenstr(), seq_length;
240
241        fprintf(fp, " ");       
242        if((bnum=Lenstr(id))>10)        {
243                /* truncate if length of id is greater than 10 */
244                for(indi=0; indi<10; indi++)
245                        fprintf(fp, "%c", id[indi]);
246                        bnum = 1;
247        } else  {
248                fprintf(fp, "%s", id);
249                bnum = 10 - bnum + 1;
250        }
251        /* fill in the blanks to make up 10 chars id spaces */
252        seq_length = Lenstr(sequence);
253        if(start<seq_length) 
254                for(indi=0; indi<bnum; indi++)
255                        fprintf(fp, " ");
256        else {  fprintf(fp, "\n"); return;      }
257        fprintf(fp, "%4d ", base_count);
258        for(index=start, count=0; count<PRTLENGTH&&index<seq_length; index++)   {
259                fprintf(fp, "%c", sequence[index]);
260                count++;
261        }       /* printout sequence data */
262        fprintf(fp, "\n");
263}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.