source: tags/initial/EDIT/edit_tools.cxx

Last change on this file was 2, checked in by oldcode, 25 years ago

Initial revision
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 27.6 KB
Line 
1/*      edit_tools.cxx
2*******************************************/
3
4#include <stdio.h>
5#include <stdlib.h>     // system
6#include <string.h>
7
8#include <arbdb.h>
9#include <arbdb++.hxx>
10#include <adtools.hxx>
11#include <aw_root.hxx>
12#include <aw_device.hxx>
13#include <aw_window.hxx>
14#include <BI_helix.hxx>
15#include "edit.hxx"
16
17
18
19//**************************************************************************
20void create_tool_variables(AW_root *root,AW_default db1)
21{
22    root->awar_string( "tmp/tools/search/string", "" ,      db1);
23    root->awar_string( "tmp/tools/search/replace_string", "" ,      db1);
24    root->awar_int(    "tmp/tools/search/mismatches", 0,       db1);
25    root->awar_int(    "tmp/tools/search/mistakes_found", 0,       db1);
26    root->awar_int(    "tmp/tools/search/t_equal_u", 0,       db1);
27    root->awar_int(    "tmp/tools/search/upper_eq_lower", 0,       db1);
28    root->awar_int(    "tmp/tools/search/gaps", -1,       db1);
29    //-----------------------------------------------------------complement     
30    root->awar_int(    "tmp/tools/complement/action", 0,       db1);
31    root->awar_int(    "tmp/tools/complement/gaps_points", 0,       db1);
32    root->awar_int(    "tmp/tools/complement/left", 0,       db1);
33    root->awar_int(    "tmp/tools/complement/right", 0,       db1);
34}
35//**************************************************************************
36
37
38
39
40//**************************************************************************
41//      Search/Replace  Liefert alle Sequenzen eines Bereiches.         
42//**************************************************************************
43void search_get_area( AED_window *aedw, AED_area_entry  *get_area_current,
44                      ADT_SEARCH *ptr_adt_search, ADT_EDIT *ptr_adt_edit ) {
45
46    AD_ERR      *ad_err;
47
48        //================================Sequenzsuche solange AREA nicht leer.
49    while( get_area_current != NULL )   {
50        ADT_SEQUENCE    *get_area_adt_sequence;
51
52        if( ptr_adt_search->replace_option != ADT_NO_REPLACE ) {
53            if (aw_status()) break;
54        }
55        //----------------------------------------selektierte sequence
56        if(get_area_current->is_selected != 0) {
57            ptr_adt_edit->selection = 1;                       
58            // im Alignement selektierten String gefunden
59        }
60        //---------------------------------------------------end selec
61
62        //-------------------------------------------func aufruf/fehler
63        get_area_adt_sequence = get_area_current->adt_sequence;
64
65        if( (ptr_adt_edit->selection == 1) &&
66            (get_area_adt_sequence != NULL) ){
67            ad_err = get_area_adt_sequence->
68                show_edit_seq_search(ptr_adt_search, ptr_adt_edit);
69            //###############################################
70
71            if(ad_err) {
72                //                                      printf("**** ERROR ADT_SEARCH");
73                //                                      printf("        show_edit_replace()\n");
74                aw_message(ad_err->show());
75                return;
76            } // end if(ad_err)
77
78        } // end if (selection)
79        //---------------------------------------------end func aufruf
80               
81        //------------------------------------------REPLACE REST EDITOR
82        if(ptr_adt_search->replace_option == ADT_REPLACE_REST_EDITOR) {
83            ptr_adt_edit->found_matchp = 0;
84            ptr_adt_search->replace_loop_sequence = 
85                ADT_DONT_STOPP_REPLACE;
86        }
87        //-----------------------------------------------------END REST
88
89        //-------------------------------------------get next Sequence
90        if( ptr_adt_edit->found_matchp == 0 ) { 
91            if(ptr_adt_search->search_direction == 
92               ADT_SEARCH_FORWARD) {
93                get_area_current = get_area_current->next;
94            }
95            else {
96                get_area_current = get_area_current->previous;
97            }
98
99        }
100        //----------matchpattern found
101        else {                                 
102            break;
103        }
104        //------------------------------------------------------------
105
106    } //===========================================end while: Sequenzsuche
107
108
109    //---------------------------------------------------Eintrag in Editor
110    if(ptr_adt_edit->found_matchp == 1) {       
111        set_cursor_to( aedw,
112                       (int)ptr_adt_edit->actual_cursorpos_editor,
113                       get_area_current );
114    }
115    //--------------------------------------------------ENDE Editoreintrag
116
117} // end func: search_get_area()
118//**************************************************************************
119
120
121
122
123//**************************************************************************
124//    Aufruf der Dialogbox > search/replace < + deren Funktionalitaeten         
125//**************************************************************************
126void edit_tool_search_cb(AW_window *aw, AED_window *aedwindow,
127                         ADT_BUTTON pressed_button ){
128       
129    AW_root             *awroot = aw->get_root();
130    ADT_SEARCH  adt_search;
131    ADT_EDIT            adt_edit;
132    AD_ERR                      *adt_error;
133
134    long        mismatches      = awroot->awar("tmp/tools/search/mismatches")->read_int(); //erlaubte Fehler
135    char        *search         = awroot->awar("tmp/tools/search/string")->read_string(); //Suchstring
136    char        *repl_str       = awroot->awar("tmp/tools/search/replace_string")->read_string(); //replace String
137    long        t_equal_u       = awroot->awar("tmp/tools/search/t_equal_u")->read_int(); //t und u gleich?
138    long        upper_eq_lower  = awroot->awar("tmp/tools/search/upper_eq_lower")->read_int(); //GROSS/klein beachten?
139    long        gaps            = awroot->awar("tmp/tools/search/gaps")->read_int(); //Gaps beachten?
140
141    adt_search.matchpattern             = search;       //  Suchstring
142    adt_search.replace_string   = repl_str;
143    adt_search.gaps             = gaps;         //  Mit oder ohne Gaps
144
145    ADT_SEARCH_DIRECTION        direction = ADT_SEARCH_FORWARD;
146    ADT_REPLACE_OPTION  option = ADT_NO_REPLACE;
147
148    switch(pressed_button) {
149
150                                // SEARCH-Buttons
151        case BUTTON_SEARCH_ALL:
152            direction = ADT_SEARCH_ALL;
153            break;
154        case BUTTON_SEARCH_FORWARD:
155            direction = ADT_SEARCH_FORWARD;
156            break;
157        case BUTTON_SEARCH_BACKWARD:
158            direction = ADT_SEARCH_BACKWARD;
159            break;
160
161                                // REPLACE-Buttons
162        case BUTTON_REPLACE_ONLY:
163            option        = ADT_REPLACE_ONLY;
164            break;
165        case BUTTON_REPLACE_AND_SEARCH_NEXT:
166            direction = ADT_SEARCH_FORWARD;
167            option        = ADT_REPLACE_AND_SEARCH_NEXT;
168            break;
169        case BUTTON_SEARCH_AND_REPLACE_NEXT:
170            direction = ADT_SEARCH_FORWARD;
171            option        = ADT_SEARCH_AND_REPLACE_NEXT;
172            break;
173        case BUTTON_REPLACE_REST_SEQUENCE:
174            direction = ADT_SEARCH_FORWARD;
175            option        = ADT_REPLACE_REST_SEQUENCE;
176            break;
177        case BUTTON_REPLACE_REST_EDITOR:
178            direction = ADT_SEARCH_FORWARD;
179            option        = ADT_REPLACE_REST_EDITOR;
180            break;
181        default:
182            GB_warning("Unknown case in switch in search");
183            // Default ueber Konstruktor von ADT_SEARCH
184    }
185
186    if(option >= 0) {
187        adt_search.replace_option = option;
188    }
189    //Mehr oder gleichviele Fehler erlaubt
190    //als Suchstring lang?
191    if( strlen(search) == 0 && option < 0 ) {
192        aw_message("*********   Please insert Matchpattern!   *********");
193        free(search);
194        return;
195    }
196
197    /*  if( option >= 0 ) {
198                if( strlen(repl_str) == 0 ) {
199                        aw_message("*********   Please insert Replace-String!   *********");
200                        free(search);
201                        free(repl_str);
202                        return;
203                }
204        }
205*/
206
207if( option >= 0 && adt_search.gaps >= 0 ) {
208    if( strlen(adt_search.matchpattern) !=     
209        strlen(adt_search.replace_string) ) {
210        aw_message("*********   WITHOUT GAPS   *********\n    Search_String length must be\n\n        >>>>   EQUAL   <<<<\n\n     as Replace_String length!");
211        free(search);
212        free(repl_str);
213        return;
214    }
215}
216
217 if( (mismatches > 0) && (strlen(search) <= (unsigned long)mismatches)) {
218     aw_message("*********   Mismatches must be lower as Search_String length!   *********");
219     free(search);
220     return;
221 }
222
223 //--------------------------------------------Anzahl erlaubter Fehler;
224 adt_search.mistakes_allowed = mismatches;
225 //-------------------------------------------------------------------
226
227        //---------------------------------------Suchen ja, aber im Editor ist
228                                                //noch nichts markiert!
229 if(aedwindow->one_area_entry_is_selected == AW_FALSE) {               
230       
231     //-------------------------------------no selection no replace
232     if( adt_search.replace_option != ADT_NO_REPLACE )   { 
233         aw_message("There`s nothing  SELECTED !!");
234         free(search);
235         free(repl_str);
236         return;
237     }
238     //---------------------------------------------end select-repl
239
240     adt_search.search_direction=ADT_SEARCH_FORWARD;
241     adt_search.search_start_cursor_pos = 0;
242     adt_edit.selection=1;
243 }
244 //--------------------------------------------------------------------
245
246        //-------------------------------------Hole Cursorposition der Sequenz;
247 if(aedwindow->cursor_is_managed) {             
248     adt_edit.actual_cursorpos_editor = (long) aedwindow->cursor;
249 }
250 //--------------------------------------------------------------------
251
252        //---------------------------------------Suchrichtung, Start der Suche;
253 if(direction == ADT_SEARCH_ALL) {
254     adt_search.search_direction=ADT_SEARCH_FORWARD;
255     adt_search.search_start_cursor_pos = 0;
256     adt_edit.actual_cursorpos_editor = -1;
257     adt_edit.selection=1;
258 }
259 else{
260     adt_search.search_direction = direction;
261     adt_search.search_start_cursor_pos = 
262         adt_edit.actual_cursorpos_editor + adt_search.search_direction;
263 }                              // Cursorpos. +/-1
264 //--------------------------------------------------------------------
265
266        //-------------------------------------------- t und u gleichbehandeln;
267 if(t_equal_u) {                       
268     adt_search.t_equal_u = 1;  // JA
269 }
270 //--------------------------------------------------------------------
271
272        //----------------------------------------------- GROSS/klein beachten;
273 if(upper_eq_lower) {                   
274     adt_search.upper_eq_lower = 1;     // JA
275 }
276 //--------------------------------------------------------------------
277
278 adt_search.compile();             //Stellt Zeichensatz zur Verfuegung
279
280 //============================================== REPLACE => DB oeffnen
281 AD_MAIN *database_functions = aedwindow->root->ad_main;
282
283 if( adt_search.replace_option != ADT_NO_REPLACE ) {
284     adt_error = database_functions->begin_transaction();
285     if(adt_error) {
286         aw_message("ADT_SEARCH::begin_transaction failed");
287     }
288     adt_edit.db_status = ADT_DB_OPEN;
289 }
290 // ========================================================== DB offen
291
292        //--------------------------------------------Funktionsaufrufe liefern
293                                        //die Sequenzen der drei Bereiche: 
294                                        //Top, Middle, Bottom, ab !! der
295                                        //markierten Sequenz                   
296 if( adt_search.replace_option != ADT_NO_REPLACE ) {
297     aw_openstatus("SEARCH & REPLACE");
298 }
299
300 if(adt_search.search_direction == ADT_SEARCH_FORWARD) {
301     search_get_area( aedwindow, aedwindow->area_top->first, 
302                      &adt_search, &adt_edit );
303
304     if( adt_edit.found_matchp == 0 ) {
305         search_get_area( aedwindow,
306                          aedwindow->area_middle->first,
307                          &adt_search, &adt_edit );
308     }
309
310     if( adt_edit.found_matchp == 0 ) {
311         search_get_area( aedwindow,
312                          aedwindow->area_bottom->first,
313                          &adt_search, &adt_edit );
314     } 
315 }else {        // adt_search.search_direction == ADT_SEARCH_BACKWARD
316     search_get_area( aedwindow, aedwindow->area_bottom->last, 
317                      &adt_search, &adt_edit );
318
319     if( adt_edit.found_matchp == 0 ) {
320         search_get_area( aedwindow, aedwindow->area_middle->last, 
321                          &adt_search, &adt_edit );
322     }
323
324     if( adt_edit.found_matchp == 0 ) {
325         search_get_area( aedwindow, aedwindow->area_top->last, 
326                          &adt_search, &adt_edit );
327     } 
328 }
329
330 aw_closestatus();
331
332        //-------------------------------------------------------------------
333
334        // ======================================================DB schliessen
335 if( adt_edit.db_status == ADT_DB_OPEN ) {
336     adt_error = database_functions->commit_transaction();
337
338     if(adt_error) {
339         aw_message("ADT_SEARCH::commit_transaction failed");
340     }
341     adt_edit.db_status = ADT_DB_CLOSED;
342 }
343 // =====================================================DB geschlossen
344
345        // ----------------------------------------------------Fehlermeldungen
346 if( (adt_edit.found_matchp == 0) && (adt_search.string_replace == 0)) {
347     aw_message("********   Nothing found!   *********");
348 }
349
350 if( adt_edit.seq_equal_match == 0 ) {
351     aw_message("*********   For Replace_Only   *********\nCursor moved  ???\nFrom cursorposition on,\nSequence and Matchpattern are not equal! ");
352 }
353
354 if( adt_edit.replace_overflow == 1 ) {
355     aw_message("*********   Didn`t you SEARCH ???   *********\nOr Replace-String is longer as Rest-Sequence !!!");
356 }
357 //-------------------------------------------------end Fehlermeldungen
358
359        //-------------------------------------------------Schreiben in Editor
360                                        //Schreibt Anzahl der gefundenen
361                                        //Fehler in den Editor
362 awroot->awar("tmp/tools/search/mistakes_found")->write_int( adt_edit.mistakes_found); 
363 //------------------------------------------------------end schreiben
364
365        //-------------------------------------------------Speicher freigeben
366 free(search);
367 free(repl_str);
368 //-------------------------------------------------------------------
369
370
371} // end edit_tool_search_cb()
372//**************************************************************************
373
374
375
376
377//***************************************************************************
378//      Sucht die richtige Sequenz fuer Complement/Invertieren
379//***************************************************************************
380void compl_get_area(  AED_window *aedw, AED_area_entry  *get_area_current, ADT_COMPLEMENT *ptr_adt_complement, ADT_EDIT *ptr_adt_edit ) {
381
382    AD_ERR      *ad_err;
383    AWUSE(aedw);
384
385    while(get_area_current != NULL) 
386    {
387        ADT_SEQUENCE    *get_area_adt_sequence;
388        AD_SPECIES      *ptr_ad_species;
389
390        //----------------------------------------selektierte sequence
391        if(get_area_current->is_selected != 0) {
392            ptr_adt_edit->selection = 1;                       
393            // im Alignement selektierten String gefunden
394        }
395        //---------------------------------------------------end selec
396
397        //-------------------------------------------func aufruf/fehler
398        get_area_adt_sequence = get_area_current->adt_sequence;
399
400        if( (ptr_adt_edit->selection == 1) && (get_area_adt_sequence != NULL) ) {
401            //---------------------------------------------- Species name
402            ptr_ad_species = get_area_current->ad_species;
403            ptr_adt_complement->species_name = ptr_ad_species->name();
404            //------------------------------------------ end Species name
405
406            ad_err = get_area_adt_sequence->show_edit_seq_compl( ptr_adt_complement, ptr_adt_edit);
407            //###############################################
408
409            if(ad_err) {
410                //                              printf("**** ERROR ADT_COMPLEMENT");
411                //                              printf("    show_edit_seq_compl()\n");
412                aw_message(ad_err->show());
413                return;
414            } // end if(ad_err)
415
416            //-------------------------------------------get next Sequence
417            if((ptr_adt_complement->which_button == BUTTON_COMPL_BLOCK) ||
418               (ptr_adt_complement->which_button == BUTTON_COMPL_REST_SEQUENCE) ||
419               (ptr_adt_complement->which_button == BUTTON_COMPL_SEQUENCE))
420            {   
421                break;
422            }
423            //------------------------------------------------------------
424        } // end if (selection)
425        //---------------------------------------------end func aufruf
426               
427        get_area_current = get_area_current->next;
428
429    } //===========================================end while: Sequenzsuche
430
431} // end compl_get_area()
432//***************************************************************************
433
434
435
436
437//***************************************************************************
438//  Bildet das Complement und invertiert die Sequence
439//***************************************************************************
440void edit_tool_complement_cb(AW_window *aw, AED_window *aedwindow,
441                             ADT_BUTTON pressed_button ){
442       
443    AW_root                     *awroot = aw->get_root();
444    AD_ERR                      *adt_error;
445    ADT_COMPLEMENT              adt_complement;
446    ADT_EDIT                    adt_edit;
447
448
449    switch(pressed_button) {
450
451        case NO_BUTTON:
452            aw_message("Oh Sweety - You are really in trouble now.");
453            return;
454            //break;
455        case BUTTON_COMPL_BLOCK:
456            adt_complement.which_button = BUTTON_COMPL_BLOCK;
457            adt_complement.take_borders = YES;
458            break;
459        case BUTTON_COMPL_REST_SEQUENCE:
460            adt_complement.which_button = BUTTON_COMPL_REST_SEQUENCE;
461            adt_complement.take_cursor  = YES;
462            break;
463        case BUTTON_COMPL_SEQUENCE:
464            adt_complement.which_button = BUTTON_COMPL_SEQUENCE;
465            break;
466        case BUTTON_COMPL_REST_TEXT:
467            adt_complement.which_button = BUTTON_COMPL_REST_TEXT;
468            adt_complement.take_cursor  = YES;
469            break;
470        case BUTTON_COMPL_ALL:
471            adt_complement.which_button = BUTTON_COMPL_ALL;
472            adt_edit.selection  = 1;
473            break;
474        default:
475            GB_warning("Unknown case in switch in search");
476    }
477
478    if( (!(adt_complement.which_button ==  BUTTON_COMPL_ALL)) &&
479        (aedwindow->one_area_entry_is_selected == AW_FALSE)             
480        )  {
481        aw_message("**** ERROR:    no sequence selected !");
482        return;
483    }
484
485    //  adt_complement.ad_species = aedwindow->selected_area_entry->ad_species;
486    adt_complement.alignment_type = aedwindow->alignment->type();
487    adt_complement.alignment_name = aedwindow->alignment->name();
488    adt_complement.alignment_length = aedwindow->alignment->len();
489       
490
491    //-----------------------------------------------------complement/invert
492    long        action  = awroot->awar("tmp/tools/complement/action")->read_int();
493    if( (action == 0) || (action == 1) )   {            // complement
494        adt_complement.complement_seq = YES;
495    }
496    if( (action == 0) || (action == 2) )   {            // invert
497        adt_complement.invert_seq = YES;
498        //adt_complement.complement_buffers();          // wird in der fct aufger
499    }
500    //-------------------------------------------------end complement/invert
501
502        //----------------------------------------------------remove GAPS/points
503    long        gaps_points  = awroot->awar("tmp/tools/complement/gaps_points")->read_int();
504    if(gaps_points == 1)  {                     // DEFAULT:  0 = NO !!
505        adt_complement.remove_gaps_points = YES;
506    }
507    //------------------------------------------------end remove GAPS/points
508
509        //-------------------------------------Hole Cursorposition der Sequenz;
510    if(aedwindow->cursor_is_managed) {         
511        adt_edit.actual_cursorpos_editor = (long) aedwindow->cursor;
512    }
513    else {
514        adt_edit.actual_cursorpos_editor = 0;
515    }
516    //--------------------------------------------------------end cursorpos
517
518        //---------------------------------------------------------take borders
519    if(adt_complement.take_borders == YES)  {
520        long     left_border  = awroot->awar("tmp/tools/complement/left")->read_int();
521        long     right_border = awroot->awar("tmp/tools/complement/right")->read_int();
522               
523        if(left_border < 0)  {
524            aw_message("**** ERROR:     left border >= 0 !");
525            return;
526        }
527        if(left_border > (adt_complement.alignment_length - 1))  {
528            aw_message("**** ERROR:     left border <= alignment length !");
529            return;
530
531        }
532        if(right_border < left_border)  {
533            aw_message("**** ERROR:     right border >= left border !");
534            return;
535        }
536        if(right_border > (adt_complement.alignment_length - 1))  {
537            right_border = (adt_complement.alignment_length - 1);
538        }
539
540        adt_complement.left_border      = left_border;
541        adt_complement.right_border     = right_border;
542    }
543    //----------------------------------------------------------end borders
544
545        //---------------------------------------------Complement dna/rna/... ?
546    if( adt_complement.complement_seq == YES )  {
547        if( strcmp(adt_complement.alignment_type,"rna")==0 )  {
548            adt_complement.adt_acid = ADT_ALITYPE_RNA;
549        }
550        else if( strcmp(adt_complement.alignment_type,"dna")==0 )  {
551            adt_complement.adt_acid = ADT_ALITYPE_DNA;
552        }
553        else if( strcmp(adt_complement.alignment_type,"ami")==0 )  {
554            //adt_complement.adt_acid = ADT_ALITYPE_AMI;
555            aw_message("NO COMPLEMENT:  Alignment Type is AMINO-ACID!");
556            return;
557        }
558        else {
559            //adt_complement.adt_acid = ADT_ALITYPE_UNDEFINED;
560            aw_message("NO COMPLEMENT:  Alignment Type is UNDEFINED!");
561            return;
562        }
563        adt_complement.complement_compile();
564    }
565    //---------------------------------------------------end compl dna/rna/
566
567        //============================================== REPLACE => DB oeffnen
568    AD_MAIN *database_functions = aedwindow->root->ad_main;
569
570    adt_error = database_functions->begin_transaction();
571
572    if(adt_error) {
573        aw_message("ADT_SEARCH::begin_transaction failed");
574    }
575    adt_edit.db_status = ADT_DB_OPEN;
576    // ========================================================== DB offen
577
578    //--------------------------------------------Funktionsaufrufe liefern
579    //die Sequenzen der drei Bereiche: 
580    //Top, Middle, Bottom, ab !! der
581    //markierten Sequenz                       
582
583    //soll entfallen    compl_get_area( aedwindow, aedwindow->area_top->first,
584    //                                            &adt_complement, &adt_edit );
585
586    compl_get_area( aedwindow, aedwindow->area_middle->first,
587                    &adt_complement, &adt_edit );
588               
589    //soll entfallen    compl_get_area( aedwindow, aedwindow->area_bottom->first,
590    //                                            &adt_complement, &adt_edit );
591    //-------------------------------------------------------------------
592
593        // ======================================================DB schliessen
594    adt_error = database_functions->commit_transaction();
595
596    if(adt_error) {
597        aw_message("ADT_SEARCH::commit_transaction failed");
598    }
599    adt_edit.db_status = ADT_DB_CLOSED;
600    // =====================================================DB geschlossen
601
602} // end edit_tool_complement_cb()
603//***************************************************************************
604
605
606
607
608//***************************************************************************
609//      gemeinsam in SEARCH und REPLACE
610//***************************************************************************
611AW_window *common_window_features( AW_window_simple *aws,
612                                   AED_window *aedwindow )
613{
614    aws->label_length( 7 );
615    aws->button_length( 14 );
616
617    aws->at( "close" );
618    aws->callback     ( (AW_CB0)AW_POPDOWN  );
619    aws->create_button( "CLOSE", "CLOSE", "C" );
620
621    aws->label_length( 7 );
622    aws->button_length( 18 );
623
624    aws->at("start");
625    aws->callback     ( (AW_CB)edit_tool_search_cb, (AW_CL)aedwindow,
626                        (AW_CL)BUTTON_SEARCH_FORWARD );// +1
627    aws->create_button( "FIND_NEXT", "FIND NEXT     ", "1" );
628
629    aws->at("start_rev");
630    aws->callback     ( (AW_CB)edit_tool_search_cb, (AW_CL)aedwindow,
631                        (AW_CL)BUTTON_SEARCH_BACKWARD );// -1
632    aws->create_button( "FIND_BACK", "FIND BACKWARD ", "2" );
633
634    aws->at("start_all");
635    aws->callback     ( (AW_CB)edit_tool_search_cb, (AW_CL)aedwindow,
636                        (AW_CL)BUTTON_SEARCH_ALL );     //  0
637    aws->create_button( "FIND_ALL", "FIND ALL      ", "3" );
638
639    aws->at("search");
640    aws->create_input_field("tmp/tools/search/string",49);
641
642    aws->at("mismatches");
643    aws->create_input_field("tmp/tools/search/mismatches",3);
644
645    aws->at("mistakes");
646    aws->create_button(0,"tmp/tools/search/mistakes_found");
647
648    aws->at("t_equal_u");
649    aws->create_option_menu("tmp/tools/search/t_equal_u",0,"");
650    aws->insert_default_option("T <> U","N",0);
651    aws->insert_option("T = U ","Y",1);
652    aws->update_option_menu();
653
654    aws->at("upper_eq_lower");
655    aws->create_option_menu("tmp/tools/search/upper_eq_lower",0,"");
656    aws->insert_default_option("a <> A","N",0);
657    aws->insert_option("a = A ","Y",1);
658    aws->update_option_menu();
659       
660    aws->at("gaps");
661    aws->create_option_menu("tmp/tools/search/gaps",0,"");
662    aws->insert_default_option  (" 'A-A' <> 'AA'        ","D",-1);
663    aws->insert_option          (" IGNORE GAPS IN SEQ   ","S",0);
664    aws->insert_option          (" IGNORE GAPS IN SEARCH","M",2);
665    aws->insert_option          (" IGNORE ALL GAPS       ","B",1);
666    aws->update_option_menu();
667
668    return aws;
669}
670//***************************************************************************
671
672
673
674//***************************************************************************
675//
676//***************************************************************************
677AW_window *create_tool_search( AW_root *root, AED_window *aedwindow )
678{
679    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
680    aws->init( root, "SEARCH_STRING","EDIT SEARCH", 80, 425 );
681    aws->load_xfig("ed_searc.fig");
682
683    aws->label_length( 7 );
684    aws->button_length( 14 );
685
686
687    common_window_features( aws, aedwindow );
688
689    return aws;
690}
691//***************************************************************************
692
693
694
695//***************************************************************************
696//
697//***************************************************************************
698AW_window *create_tool_replace( AW_root *root, AED_window *aedwindow )
699{
700    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
701    aws->init( root, "REPLACE_STRING", "EDIT REPLACE", 120, 435 );
702    aws->load_xfig("ed_repla.fig");
703
704    aws->label_length( 7 );
705    aws->button_length( 14 );
706
707    //  aws->at( "reopen" );
708    //  aws->callback     ( AW_POPUP, (AW_CL)create_tool_replace,
709    //                                                  (AW_CL)aedwindow  );
710    //  aws->create_button( "REOPEN", "R" );
711
712    aws->at("replace");
713    aws->create_input_field("tmp/tools/search/replace_string",49);
714
715    aws->button_length( 28 );
716    aws->at("start_replace");
717    aws->callback     ( (AW_CB)edit_tool_search_cb, (AW_CL)aedwindow,
718                        (AW_CL)BUTTON_REPLACE_ONLY );   
719    aws->create_button( "REPLACE", "REPLACE", "4" );
720
721    aws->at("replace_and_find_next");
722    aws->callback     ( (AW_CB)edit_tool_search_cb, (AW_CL)aedwindow,
723                        (AW_CL)BUTTON_REPLACE_AND_SEARCH_NEXT );
724    aws->create_button( "REPLACE_FIND", "REPLACE THEN FIND", "5" );
725
726    aws->at("find_and_replace_next");
727    aws->callback     ( (AW_CB)edit_tool_search_cb, (AW_CL)aedwindow,
728                        (AW_CL)BUTTON_SEARCH_AND_REPLACE_NEXT );
729    aws->create_button( "FIND_REPLACE", "FIND THEN REPLACE", "6" );
730
731    aws->at("replace_rest_sequence");
732    aws->callback     ( (AW_CB)edit_tool_search_cb, (AW_CL)aedwindow,
733                        (AW_CL)BUTTON_REPLACE_REST_SEQUENCE );
734    aws->create_button( "REPLACE_TO_END_OF_SEQUENCE", "REPLACE TO END OF SEQUENCE", "7" );
735
736    aws->at("replace_rest_editor");
737    aws->callback     ( (AW_CB)edit_tool_search_cb, (AW_CL)aedwindow,
738                        (AW_CL)BUTTON_REPLACE_REST_EDITOR );
739    aws->create_button( "REPLACE_TO_END_OF_EDITOR", "REPLACE TO END OF EDITOR", "8" );
740
741    common_window_features( aws, aedwindow );
742    return aws;
743}
744//***************************************************************************
745
746
747
748//***************************************************************************
749//
750//***************************************************************************
751AW_window *create_tool_complement( AW_root *root, AED_window *aedwindow )
752{
753    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
754    aws->init( root, "COMPLEMENT_SEQUENCE", "COMPLEMENT  and  REVERS", 160, 445 );
755    aws->load_xfig("ed_compl.fig");
756
757    aws->label_length( 7 );
758    aws->button_length( 14 );
759
760    aws->at( "close" );
761    aws->callback     ( (AW_CB0)AW_POPDOWN  );
762    aws->create_button( "CLOSE", "CLOSE", "C" );
763
764
765    aws->at("action");
766    aws->create_option_menu("tmp/tools/complement/action",0,"");
767    aws->insert_default_option(" COMPLEMENT AND REVERS ","1",0);
768    aws->insert_option           (" COMPLEMENT             ","2",1);
769    aws->insert_option           (" REVERS                ","3",2);
770    aws->update_option_menu();
771
772    aws->at("gaps_points");
773    aws->id("remove_option");
774    aws->create_toggle("tmp/tools/complement/gaps_points");
775
776    aws->at("left");
777    aws->create_input_field("tmp/tools/complement/left",8);
778
779    aws->at("right");
780    aws->create_input_field("tmp/tools/complement/right",8);
781
782    aws->button_length( 17 );
783    aws->at("block");
784    aws->callback     ( (AW_CB)edit_tool_complement_cb, (AW_CL)aedwindow,
785                        (AW_CL)BUTTON_COMPL_BLOCK );   
786    aws->create_button( "COMPLEMENT_PART", "SEQUENCE PART", "P" );
787
788    aws->at("rest_seq");
789    aws->callback     ( (AW_CB)edit_tool_complement_cb, (AW_CL)aedwindow,
790                        (AW_CL)BUTTON_COMPL_REST_SEQUENCE );   
791    aws->create_button( "COMPLEMENT_REST", "REST SEQUENCE", "1" );
792
793    aws->at("sequence");
794    aws->callback     ( (AW_CB)edit_tool_complement_cb, (AW_CL)aedwindow,
795                        (AW_CL)BUTTON_COMPL_SEQUENCE ); 
796    aws->create_button( "COMPLEMENT_SEQUENCE", "SEQUENCE", "2" );
797
798    aws->at("rest_text");
799    aws->callback     ( (AW_CB)edit_tool_complement_cb, (AW_CL)aedwindow,
800                        (AW_CL)BUTTON_COMPL_REST_TEXT );       
801    aws->create_button( "COMPLEMENT_REST_EDITOR", "REST EDITOR", "3" );
802
803    aws->at("all");
804    aws->callback     ( (AW_CB)edit_tool_complement_cb, (AW_CL)aedwindow,
805                        (AW_CL)BUTTON_COMPL_ALL );     
806    aws->create_button( "COMPLEMENT_ALL", "ALL", "4" );
807
808    return aws;
809}
810//***************************************************************************
811
812
813
814         
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.