source: tags/initial/GDE/CLUSTALW/amenu.c

Last change on this file was 2, checked in by oldcode, 24 years ago

Initial revision
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 39.7 KB
Line 
1/* Menus and command line interface for Clustal W  */
2/* DES was here MARCH. 1994 */
3/* DES was here SEPT.  1994 */
4#include <stdio.h>
5#include <string.h>
6#include <ctype.h>
7#include <stdlib.h>
8#include <stdarg.h>
9#include <signal.h>
10#include <setjmp.h>
11#include "clustalw.h"
12
13static jmp_buf jmpbuf;
14#ifndef VMS
15#ifndef AIX
16#define BADSIG (void (*)())-1
17#endif
18#endif
19
20static void jumper(int);
21
22static void jumper(int i)
23{
24        longjmp(jmpbuf,1);
25}
26
27
28/*
29*       Prototypes
30*/
31
32
33static void pair_menu(void);
34static void multi_menu(void);
35static void gap_penalties_menu(void);
36static void multiple_align_menu(void);          /* multiple alignments menu */
37static void profile_align_menu(void);           /* profile       "      "   */
38static void phylogenetic_tree_menu(void);       /* NJ trees/distances menu  */
39static void format_options_menu(void);          /* format of alignment output */
40static void tree_format_options_menu(void);     /* format of tree output */
41static void ss_options_menu(void);
42static sint secstroutput_options(void);
43static sint read_matrix(char **mattxt, char *matnam, sint matn, short *mat, short *xref);
44static sint read_dnamatrix(char **mattxt, char *matnam, sint matn, short *mat, short *xref);
45
46/*
47*        Global variables
48*/
49
50extern float    gap_open,      gap_extend;
51extern float    dna_gap_open,  dna_gap_extend;
52extern float    prot_gap_open, prot_gap_extend;
53extern float    pw_go_penalty,      pw_ge_penalty;
54extern float    dna_pw_go_penalty,  dna_pw_ge_penalty;
55extern float    prot_pw_go_penalty, prot_pw_ge_penalty;
56extern float    transition_weight;
57extern char     revision_level[];
58extern sint    wind_gap,ktup,window,signif;
59extern sint    dna_wind_gap, dna_ktup, dna_window, dna_signif;
60extern sint    prot_wind_gap,prot_ktup,prot_window,prot_signif;
61extern sint     nseqs;
62extern sint     divergence_cutoff;
63extern sint     debug;
64extern Boolean  neg_matrix;
65extern Boolean  quick_pairalign;
66extern Boolean  reset_alignments;               /* DES */
67extern sint     gap_dist;
68extern Boolean  no_hyd_penalties, no_pref_penalties;
69extern sint     output_order;
70extern sint profile_no;
71extern short    usermat[], pw_usermat[];
72extern short    aa_xref[], pw_aa_xref[];
73extern short    userdnamat[], pw_userdnamat[];
74extern short    dna_xref[], pw_dna_xref[];
75
76extern Boolean  lowercase; /* Flag for GDE output - set on comm. line*/
77extern Boolean  cl_seq_numbers;
78extern Boolean  output_clustal, output_nbrf, output_phylip, output_gcg, output_gde;
79extern Boolean  output_tree_clustal, output_tree_phylip, output_tree_distances;
80extern sint     bootstrap_format;
81extern Boolean  tossgaps, kimura;
82extern Boolean  percent;
83extern Boolean  usemenu;
84extern Boolean  showaln, save_parameters;
85extern Boolean  dnaflag;
86
87
88extern char     hyd_residues[];
89extern char     mtrxname[], pw_mtrxname[];
90extern char     dnamtrxname[], pw_dnamtrxname[];
91extern char     seqname[];
92
93extern sint output_struct_penalties;
94extern Boolean use_ss1, use_ss2;
95
96extern Boolean empty;
97extern Boolean profile1_empty, profile2_empty;   /* whether or not profiles   */
98
99extern char     profile1_name[FILENAMELEN+1];
100extern char     profile2_name[FILENAMELEN+1];
101
102extern Boolean         use_endgaps;
103extern sint        matnum,pw_matnum;
104extern sint        dnamatnum,pw_dnamatnum;
105
106extern sint        helix_penalty;
107extern sint        strand_penalty;
108extern sint        loop_penalty;
109extern sint        helix_end_minus;
110extern sint        helix_end_plus;
111extern sint        strand_end_minus;
112extern sint        strand_end_plus;
113extern sint        helix_end_penalty;
114extern sint        strand_end_penalty;
115
116extern char *matrix_txt[];
117extern char *pw_matrix_txt[];
118extern char *dnamatrix_txt[];
119
120static char phylip_name[FILENAMELEN]="";
121static char clustal_name[FILENAMELEN]="";
122static char dist_name[FILENAMELEN]="";
123static char p1_tree_name[FILENAMELEN]="";
124static char p2_tree_name[FILENAMELEN]="";
125
126static char *secstroutput_txt[] = {
127                                "Secondary Structure",
128                                "Gap Penalty Mask",
129                                "Structure and Penalty Mask",
130                                "None"  };
131                                               
132
133static char *lin1, *lin2, *lin3;
134
135
136void init_amenu(void)
137{
138
139        lin1 = (char *)ckalloc( (MAXLINE+1) * sizeof (char) );
140        lin2 = (char *)ckalloc( (MAXLINE+1) * sizeof (char) );
141        lin3 = (char *)ckalloc( (MAXLINE+1) * sizeof (char) );
142}
143
144void main_menu(void)
145{
146        int catchint;
147
148        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
149        if (catchint) {
150                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
151                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
152#ifdef UNIX
153                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
154                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
155#else
156                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
157                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
158#endif
159        }
160
161        while(TRUE) {
162                fprintf(stdout,"\n\n\n");
163                fprintf(stdout," **************************************************************\n");
164                fprintf(stdout," ******** CLUSTAL %s Multiple Sequence Alignments  ********\n",revision_level);
165                fprintf(stdout," **************************************************************\n");
166                fprintf(stdout,"\n\n");
167               
168                fprintf(stdout,"     1. Sequence Input From Disc\n");
169                fprintf(stdout,"     2. Multiple Alignments\n");
170                fprintf(stdout,"     3. Profile / Structure Alignments\n");
171                fprintf(stdout,"     4. Phylogenetic trees\n");
172                fprintf(stdout,"\n");
173                fprintf(stdout,"     S. Execute a system command\n");
174                fprintf(stdout,"     H. HELP\n");
175                fprintf(stdout,"     X. EXIT (leave program)\n\n\n");
176               
177                getstr("Your choice",lin1);
178
179                switch(toupper(*lin1)) {
180                        case '1': seq_input(FALSE);
181                                break;
182                        case '2': multiple_align_menu();
183                                break;
184                        case '3': profile_align_menu();
185                                break;
186                        case '4': phylogenetic_tree_menu();
187                                break;
188                        case 'S': do_system();
189                                break;
190                        case '?':
191                        case 'H': get_help('1');
192                                break;
193                        case 'Q':
194                        case 'X': exit(0);
195                                break;
196                        default: fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
197                                break;
198                }
199        }
200}
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210static void multiple_align_menu(void)
211{
212        int catchint;
213
214        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
215        if (catchint) {
216                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
217                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
218#ifdef UNIX
219                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
220                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
221#else
222                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
223                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
224#endif
225        }
226
227
228    while(TRUE)
229    {
230        fprintf(stdout,"\n\n\n");
231        fprintf(stdout,"****** MULTIPLE ALIGNMENT MENU ******\n");
232        fprintf(stdout,"\n\n");
233
234
235        fprintf(stdout,"    1.  Do complete multiple alignment now (%s)\n",
236                        (!quick_pairalign) ? "Slow/Accurate" : "Fast/Approximate");
237        fprintf(stdout,"    2.  Produce guide tree file only\n");
238        fprintf(stdout,"    3.  Do alignment using old guide tree file\n\n");
239        fprintf(stdout,"    4.  Toggle Slow/Fast pairwise alignments = %s\n\n",
240                                        (!quick_pairalign) ? "SLOW" : "FAST");
241        fprintf(stdout,"    5.  Pairwise alignment parameters\n");
242        fprintf(stdout,"    6.  Multiple alignment parameters\n\n");
243        fprintf(stdout,"    7.  Reset gaps between alignments?");
244        if(reset_alignments)
245                fprintf(stdout," = ON\n");
246        else
247                fprintf(stdout," = OFF\n");
248        fprintf(stdout,"    8.  Toggle screen display          = %s\n",
249                                        (!showaln) ? "OFF" : "ON");
250        fprintf(stdout,"    9.  Output format options\n");
251        fprintf(stdout,"\n");
252
253        fprintf(stdout,"    S.  Execute a system command\n");
254        fprintf(stdout,"    H.  HELP\n");
255        fprintf(stdout,"    or press [RETURN] to go back to main menu\n\n\n");
256
257        getstr("Your choice",lin1);
258        if(*lin1 == EOS) return;
259
260        switch(toupper(*lin1))
261        {
262        case '1': align(phylip_name);
263            break;
264        case '2': make_tree(phylip_name);
265            break;
266        case '3': get_tree(phylip_name);
267            break;
268        case '4': quick_pairalign ^= TRUE;
269            break;
270        case '5': pair_menu();
271            break;
272        case '6': multi_menu();
273            break;
274        case '7': reset_alignments ^= TRUE;
275            break;
276        case '8': showaln ^= TRUE;
277            break;
278        case '9': format_options_menu();
279            break;
280        case 'S': do_system();
281            break;
282        case '?':
283        case 'H': get_help('2');
284            break;
285        case 'Q':
286        case 'X': return;
287
288        default: fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
289            break;
290        }
291    }
292}
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302static void profile_align_menu(void)
303{
304        int catchint;
305
306        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
307        if (catchint) {
308                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
309                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
310#ifdef UNIX
311                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
312                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
313#else
314                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
315                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
316#endif
317        }
318
319
320    while(TRUE)
321    {
322        fprintf(stdout,"\n\n\n");
323        fprintf(stdout,"****** PROFILE AND STRUCTURE ALIGNMENT MENU ******\n");
324        fprintf(stdout,"\n\n");
325
326        fprintf(stdout,"    1.  Input 1st. profile             ");
327        if (!profile1_empty) fprintf(stdout,"(loaded)");
328        fprintf(stdout,"\n");
329        fprintf(stdout,"    2.  Input 2nd. profile/sequences   ");
330        if (!profile2_empty) fprintf(stdout,"(loaded)");
331        fprintf(stdout,"\n\n");
332        fprintf(stdout,"    3.  Align 2nd. profile to 1st. profile\n");
333        fprintf(stdout,"    4.  Align sequences to 1st. profile (%s)\n\n",
334                        (!quick_pairalign) ? "Slow/Accurate" : "Fast/Approximate");
335        fprintf(stdout,"    5.  Toggle Slow/Fast pairwise alignments = %s\n\n",
336                                        (!quick_pairalign) ? "SLOW" : "FAST");
337        fprintf(stdout,"    6.  Pairwise alignment parameters\n");
338        fprintf(stdout,"    7.  Multiple alignment parameters\n\n");
339        fprintf(stdout,"    8.  Toggle screen display                = %s\n",
340                                        (!showaln) ? "OFF" : "ON");
341        fprintf(stdout,"    9.  Output format options\n");
342        fprintf(stdout,"    0.  Secondary structure options\n");
343        fprintf(stdout,"\n");
344        fprintf(stdout,"    S.  Execute a system command\n");
345        fprintf(stdout,"    H.  HELP\n");
346        fprintf(stdout,"    or press [RETURN] to go back to main menu\n\n\n");
347
348        getstr("Your choice",lin1);
349        if(*lin1 == EOS) return;
350
351        switch(toupper(*lin1))
352        {
353        case '1': profile_no = 1;      /* 1 => 1st profile */ 
354          profile_input();
355                  strcpy(profile1_name, seqname);
356            break;
357        case '2': profile_no = 2;      /* 2 => 2nd profile */
358          profile_input();
359                  strcpy(profile2_name, seqname);
360            break;
361        case '3': profile_align(p1_tree_name,p2_tree_name);       /* align the 2 alignments now */
362            break;
363        case '4': new_sequence_align(phylip_name);  /* align new sequences to profile 1 */
364            break;
365        case '5': quick_pairalign ^= TRUE;
366            break;
367        case '6': pair_menu();
368            break;
369        case '7': multi_menu();
370            break;
371        case '8': showaln ^= TRUE;
372            break;
373        case '9': format_options_menu();
374            break;
375        case '0': ss_options_menu();
376            break;
377        case 'S': do_system();
378            break;
379        case '?':
380        case 'H': get_help('6');
381            break;
382        case 'Q':
383        case 'X': return;
384
385        default: fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
386            break;
387        }
388    }
389}
390
391
392static void ss_options_menu(void)
393{
394        int catchint;
395
396        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
397        if (catchint) {
398                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
399                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
400#ifdef UNIX
401                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
402                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
403#else
404                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
405                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
406#endif
407        }
408
409
410        while(TRUE) {
411       
412                fprintf(stdout,"\n\n\n");
413                fprintf(stdout," ********* SECONDARY STRUCTURE OPTIONS *********\n");
414                fprintf(stdout,"\n\n");
415
416                fprintf(stdout,"     1. Use profile 1 secondary structure / penalty mask  ");
417                if(use_ss1)
418                        fprintf(stdout,"= YES\n");
419                else
420                        fprintf(stdout,"= NO\n");
421                fprintf(stdout,"     2. Use profile 2 secondary structure / penalty mask  ");
422                if(use_ss2)
423                        fprintf(stdout,"= YES\n");
424                else
425                        fprintf(stdout,"= NO\n");
426                fprintf(stdout,"\n");
427                fprintf(stdout,"     3. Output in alignment  ");
428                fprintf(stdout,"= %s\n",secstroutput_txt[output_struct_penalties]);
429                fprintf(stdout,"\n");
430
431                fprintf(stdout,"     4. Helix gap penalty                     :%d\n",(pint)helix_penalty);
432                fprintf(stdout,"     5. Strand gap penalty                    :%d\n",(pint)strand_penalty);
433                fprintf(stdout,"     6. Loop gap penalty                      :%d\n",(pint)loop_penalty);
434
435                fprintf(stdout,"     7. Secondary structure terminal penalty  :%d\n",(pint)helix_end_penalty);
436                fprintf(stdout,"     8. Helix terminal positions       within :%d      outside :%d\n",
437                                                 (pint)helix_end_minus,(pint)helix_end_plus);
438                fprintf(stdout,"     9. Strand terminal positions      within :%d      outside :%d\n",
439                                                 (pint)strand_end_minus,(pint)strand_end_plus);
440
441                fprintf(stdout,"\n\n");
442                fprintf(stdout,"     H. HELP\n\n\n");
443               
444                getstr("Enter number (or [RETURN] to exit)",lin2);
445                if( *lin2 == EOS) { 
446                        return;
447                }
448               
449                switch(toupper(*lin2)) {
450                        case '1': use_ss1 ^= TRUE;
451                                break;
452                        case '2': use_ss2 ^= TRUE;
453                                break;
454                        case '3': output_struct_penalties = secstroutput_options();
455                                break;
456                        case '4':
457                                fprintf(stdout,"Helix Penalty Currently: %d\n",(pint)helix_penalty);
458                                helix_penalty=getint("Enter number",1,9,helix_penalty);
459                                break;
460                        case '5':
461                                fprintf(stdout,"Strand Gap Penalty Currently: %d\n",(pint)strand_penalty);
462                                strand_penalty=getint("Enter number",1,9,strand_penalty);
463                                break;
464                        case '6':
465                                fprintf(stdout,"Loop Gap Penalty Currently: %d\n",(pint)loop_penalty);
466                                loop_penalty=getint("Enter number",1,9,loop_penalty);
467                                break;
468                        case '7':
469                                fprintf(stdout,"Secondary Structure Terminal Penalty Currently: %d\n",
470                                          (pint)helix_end_penalty);
471                                helix_end_penalty=getint("Enter number",1,9,helix_end_penalty);
472                                strand_end_penalty = helix_end_penalty;
473                                break;
474                        case '8':
475                                fprintf(stdout,"Helix Terminal Positions Currently: \n");
476                                fprintf(stdout,"        within helix: %d     outside helix: %d\n",
477                                                            (pint)helix_end_minus,(pint)helix_end_plus);
478                                helix_end_minus=getint("Enter number of residues within helix",0,3,helix_end_minus);
479                                helix_end_plus=getint("Enter number of residues outside helix",0,3,helix_end_plus);
480                                break;
481                        case '9':
482                                fprintf(stdout,"Strand Terminal Positions Currently: \n");
483                                fprintf(stdout,"        within strand: %d     outside strand: %d\n",
484                                                            (pint)strand_end_minus,(pint)strand_end_plus);
485                                strand_end_minus=getint("Enter number of residues within strand",0,3,strand_end_minus);
486                                strand_end_plus=getint("Enter number of residues outside strand",0,3,strand_end_plus);
487                                break;
488                        case '?':
489                        case 'H':
490                                get_help('B');
491                                break;
492                        default:
493                                fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
494                                break;
495                }
496        }
497}
498
499
500static sint secstroutput_options(void)
501{
502
503        while(TRUE)
504        {
505                fprintf(stdout,"\n\n\n");
506                fprintf(stdout," ********* Secondary Structure Output Menu *********\n");
507                fprintf(stdout,"\n\n");
508
509
510                fprintf(stdout,"     1. %s\n",secstroutput_txt[0]);
511                fprintf(stdout,"     2. %s\n",secstroutput_txt[1]);
512                fprintf(stdout,"     3. %s\n",secstroutput_txt[2]);
513                fprintf(stdout,"     4. %s\n",secstroutput_txt[3]);
514                fprintf(stdout,"     H. HELP\n\n");
515                fprintf(stdout,
516"     -- Current output is %s ",secstroutput_txt[output_struct_penalties]);
517                fprintf(stdout,"--\n");
518
519
520                getstr("\n\nEnter number (or [RETURN] to exit)",lin2);
521                if(*lin2 == EOS) return(output_struct_penalties);
522
523                switch(toupper(*lin2))
524                {
525                        case '1': return(0);
526                        case '2': return(1);
527                        case '3': return(2);
528                        case '4': return(3);
529                        case '?': 
530                        case 'H': get_help('C');
531                        case 'Q':
532                        case 'X': return(0);
533
534                        default: fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
535                        break;
536                }
537        }
538}
539
540
541
542
543
544
545
546static void phylogenetic_tree_menu(void)
547{
548        int catchint;
549
550        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
551        if (catchint) {
552                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
553                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
554#ifdef UNIX
555                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
556                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
557#else
558                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
559                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
560#endif
561        }
562
563
564    while(TRUE)
565    {
566        fprintf(stdout,"\n\n\n");
567        fprintf(stdout,"****** PHYLOGENETIC TREE MENU ******\n");
568        fprintf(stdout,"\n\n");
569
570        fprintf(stdout,"    1.  Input an alignment\n");
571        fprintf(stdout,"    2.  Exclude positions with gaps?        ");
572        if(tossgaps)
573                fprintf(stdout,"= ON\n");
574        else
575                fprintf(stdout,"= OFF\n");
576        fprintf(stdout,"    3.  Correct for multiple substitutions? ");
577        if(kimura)
578                fprintf(stdout,"= ON\n");
579        else
580                fprintf(stdout,"= OFF\n");
581        fprintf(stdout,"    4.  Draw tree now\n");
582        fprintf(stdout,"    5.  Bootstrap tree\n");
583        fprintf(stdout,"    6.  Output format options\n");
584        fprintf(stdout,"\n");
585        fprintf(stdout,"    S.  Execute a system command\n");
586        fprintf(stdout,"    H.  HELP\n");
587        fprintf(stdout,"    or press [RETURN] to go back to main menu\n\n\n");
588
589        getstr("Your choice",lin1);
590        if(*lin1 == EOS) return;
591
592        switch(toupper(*lin1))
593        {
594                case '1': seq_input(FALSE);
595                        break;
596                case '2': tossgaps ^= TRUE;
597                        break;
598                case '3': kimura ^= TRUE;;
599                        break;
600                case '4': phylogenetic_tree(phylip_name,clustal_name,dist_name);
601                        break;
602                case '5': bootstrap_tree(phylip_name,clustal_name);
603                        break;
604                case '6': tree_format_options_menu();
605                        break;
606                case 'S': do_system();
607                        break;
608                case '?':
609                case 'H': get_help('7');
610                        break;
611                case 'Q':
612                case 'X': return;
613
614                default: fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
615                break;
616        }
617    }
618}
619
620
621
622
623
624
625static void tree_format_options_menu(void)      /* format of tree output */
626{       
627        int catchint;
628
629        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
630        if (catchint) {
631                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
632                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
633#ifdef UNIX
634                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
635                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
636#else
637                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
638                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
639#endif
640        }
641
642
643        while(TRUE) {
644        fprintf(stdout,"\n\n\n");
645        fprintf(stdout," ****** Format of Phylogenetic Tree Output ******\n");
646        fprintf(stdout,"\n\n");
647        fprintf(stdout,"     1. Toggle CLUSTAL format tree output    =  %s\n",
648                                        (!output_tree_clustal)  ? "OFF" : "ON");
649        fprintf(stdout,"     2. Toggle Phylip format tree output     =  %s\n",
650                                        (!output_tree_phylip)   ? "OFF" : "ON");
651        fprintf(stdout,"     3. Toggle Phylip distance matrix output =  %s\n\n",
652                                        (!output_tree_distances)? "OFF" : "ON");
653        fprintf(stdout,"     4. Toggle Phylip bootstrap positions    =  %s\n\n",
654(bootstrap_format==BS_NODE_LABELS) ? "NODE LABELS" : "BRANCH LABELS");
655        fprintf(stdout,"\n");
656        fprintf(stdout,"     H. HELP\n\n\n");   
657       
658                getstr("Enter number (or [RETURN] to exit)",lin2);
659                if(*lin2 == EOS) return;
660               
661                switch(toupper(*lin2)) {
662                        case '1':
663                                output_tree_clustal   ^= TRUE;
664                                break;
665                        case '2':
666                                output_tree_phylip    ^= TRUE;
667                                break;
668                        case '3':
669                                output_tree_distances ^= TRUE;
670                                break;
671                        case '4':
672                                if (bootstrap_format == BS_NODE_LABELS)
673                                        bootstrap_format = BS_BRANCH_LABELS;
674                                else
675                                        bootstrap_format = BS_NODE_LABELS;
676                                break;
677                        case '?':
678                        case 'H':
679                                get_help('0');
680                                break;
681                        default:
682                                fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
683                                break;
684                }
685        }
686}
687
688
689static void format_options_menu(void)      /* format of alignment output */
690{       
691        sint i;
692        sint length = 0;
693        char path[FILENAMELEN+1];
694    int catchint;
695
696        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
697        if (catchint) {
698                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
699                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
700#ifdef UNIX
701                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
702                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
703#else
704                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
705                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
706#endif
707        }
708
709
710        while(TRUE) {
711        fprintf(stdout,"\n\n\n");
712        fprintf(stdout," ********* Format of Alignment Output *********\n");
713        fprintf(stdout,"\n\n");
714        fprintf(stdout,"     1. Toggle CLUSTAL format output     =  %s\n",
715                                        (!output_clustal) ? "OFF" : "ON");
716        fprintf(stdout,"     2. Toggle NBRF/PIR format output    =  %s\n",
717                                        (!output_nbrf) ? "OFF" : "ON");
718        fprintf(stdout,"     3. Toggle GCG/MSF format output     =  %s\n",
719                                        (!output_gcg) ? "OFF" : "ON");
720        fprintf(stdout,"     4. Toggle PHYLIP format output      =  %s\n",
721                                        (!output_phylip) ? "OFF" : "ON");
722        fprintf(stdout,"     5. Toggle GDE format output         =  %s\n\n",
723                                        (!output_gde) ? "OFF" : "ON");
724        fprintf(stdout,"     6. Toggle GDE output case           =  %s\n",
725                                        (!lowercase) ? "UPPER" : "LOWER");
726        fprintf(stdout,"     7. Toggle CLUSTALW sequence numbers =  %s\n",
727                                        (!cl_seq_numbers) ? "OFF" : "ON");
728        fprintf(stdout,"     8. Toggle output order              =  %s\n\n",
729                                        (output_order==0) ? "INPUT FILE" : "ALIGNED");
730        fprintf(stdout,"     9. Create alignment output file(s) now?\n\n");
731        fprintf(stdout,"     0. Toggle parameter output          = %s\n",
732                                        (!save_parameters) ? "OFF" : "ON");
733        fprintf(stdout,"\n");
734        fprintf(stdout,"     H. HELP\n\n\n");   
735       
736                getstr("Enter number (or [RETURN] to exit)",lin2);
737                if(*lin2 == EOS) return;
738               
739                switch(toupper(*lin2)) {
740                        case '1':
741                                output_clustal ^= TRUE;
742                                break;
743                        case '2':
744                                output_nbrf ^= TRUE;
745                                break;
746                        case '3':
747                                output_gcg ^= TRUE;
748                                break;
749                        case '4':
750                                output_phylip ^= TRUE;
751                                break;
752                        case '5':
753                                output_gde ^= TRUE;
754                                break;
755                        case '6':
756                                lowercase ^= TRUE;
757                                break;
758                        case '7':
759                                cl_seq_numbers ^= TRUE;
760                                break;
761                        case '8':
762                                if (output_order == INPUT) output_order = ALIGNED;
763                                else output_order = INPUT;
764                                break;
765                        case '9':               /* DES */
766                                if(empty) {
767                                        error("No sequences loaded");
768                                        break;
769                                }
770                                get_path(seqname,path);
771                                if(!open_alignment_output(path)) break;
772                                create_alignment_output(1,nseqs);
773                                break;
774                        case '0': save_parameters ^= TRUE;
775                                 break;
776                        case '?':
777                        case 'H':
778                                get_help('5');
779                                break;
780                        default:
781                                fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
782                                break;
783                }
784        }
785}
786
787
788
789
790
791
792
793
794
795
796
797
798static void pair_menu(void)
799{
800        int catchint;
801
802        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
803        if (catchint) {
804                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
805                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
806#ifdef UNIX
807                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
808                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
809#else
810                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
811                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
812#endif
813        }
814
815
816        if(dnaflag) {
817                pw_go_penalty     = dna_pw_go_penalty;
818                pw_ge_penalty     = dna_pw_ge_penalty;
819                ktup       = dna_ktup;
820                window     = dna_window;
821                signif     = dna_signif;
822                wind_gap   = dna_wind_gap;
823
824        }
825        else {
826                pw_go_penalty     = prot_pw_go_penalty;
827                pw_ge_penalty     = prot_pw_ge_penalty;
828                ktup       = prot_ktup;
829                window     = prot_window;
830                signif     = prot_signif;
831                wind_gap   = prot_wind_gap;
832
833        }
834
835        while(TRUE) {
836       
837                fprintf(stdout,"\n\n\n");
838                fprintf(stdout," ********* PAIRWISE ALIGNMENT PARAMETERS *********\n");
839                fprintf(stdout,"\n\n");
840
841                fprintf(stdout,"     Slow/Accurate alignments:\n\n");
842
843                fprintf(stdout,"     1. Gap Open Penalty       :%4.2f\n",pw_go_penalty);
844                fprintf(stdout,"     2. Gap Extension Penalty  :%4.2f\n",pw_ge_penalty);
845                fprintf(stdout,"     3. Protein weight matrix  :%s\n" ,
846                                        pw_matrix_txt[pw_matnum-1]);
847                fprintf(stdout,"     4. DNA weight matrix      :%s\n\n" ,
848                                        dnamatrix_txt[pw_dnamatnum-1]);
849
850                fprintf(stdout,"     Fast/Approximate alignments:\n\n");
851
852                fprintf(stdout,"     5. Gap penalty            :%d\n",(pint)wind_gap);
853                fprintf(stdout,"     6. K-tuple (word) size    :%d\n",(pint)ktup);
854                fprintf(stdout,"     7. No. of top diagonals   :%d\n",(pint)signif);
855                fprintf(stdout,"     8. Window size            :%d\n\n",(pint)window);
856
857                fprintf(stdout,"     9. Toggle Slow/Fast pairwise alignments ");
858                if(quick_pairalign)
859                      fprintf(stdout,"= FAST\n\n");
860                else
861                      fprintf(stdout,"= SLOW\n\n");
862
863
864                fprintf(stdout,"     H. HELP\n\n\n");
865               
866                getstr("Enter number (or [RETURN] to exit)",lin2);
867                if( *lin2 == EOS) {
868                        if(dnaflag) {
869                                dna_pw_go_penalty     = pw_go_penalty;
870                                dna_pw_ge_penalty     = pw_ge_penalty;
871                                dna_ktup       = ktup;
872                                dna_window     = window;
873                                dna_signif     = signif;
874                                dna_wind_gap   = wind_gap;
875
876                        }
877                        else {
878                                prot_pw_go_penalty     = pw_go_penalty;
879                                prot_pw_ge_penalty     = pw_ge_penalty;
880                                prot_ktup       = ktup;
881                                prot_window     = window;
882                                prot_signif     = signif;
883                                prot_wind_gap   = wind_gap;
884
885                        }
886 
887                        return;
888                }
889               
890                switch(toupper(*lin2)) {
891                        case '1':
892                                fprintf(stdout,"Gap Open Penalty Currently: %4.2f\n",pw_go_penalty);
893                                pw_go_penalty=(float)getreal("Enter number",(double)0.0,(double)100.0,(double)pw_go_penalty);
894                                break;
895                        case '2':
896                                fprintf(stdout,"Gap Extension Penalty Currently: %4.2f\n",pw_ge_penalty);
897                                pw_ge_penalty=(float)getreal("Enter number",(double)0.0,(double)10.0,(double)pw_ge_penalty);
898                                break;
899                        case '3':
900                                pw_matnum = read_matrix(pw_matrix_txt,pw_mtrxname,pw_matnum,pw_usermat,pw_aa_xref);
901                                break;
902                        case '4':
903                                pw_dnamatnum = read_dnamatrix(dnamatrix_txt,pw_dnamtrxname,pw_dnamatnum,pw_userdnamat,pw_dna_xref);
904                                break;
905                        case '5':
906                                fprintf(stdout,"Gap Penalty Currently: %d\n",(pint)wind_gap);
907                                wind_gap=getint("Enter number",1,500,wind_gap);
908                                break;
909                        case '6':
910                                fprintf(stdout,"K-tuple Currently: %d\n",(pint)ktup);
911                                if(dnaflag)
912                                     ktup=getint("Enter number",1,4,ktup);
913                                else
914                                     ktup=getint("Enter number",1,2,ktup);                                     
915                                break;
916                        case '7':
917                                fprintf(stdout,"Top diagonals Currently: %d\n",(pint)signif);
918                                signif=getint("Enter number",1,50,signif);
919                                break;
920                        case '8':
921                                fprintf(stdout,"Window size Currently: %d\n",(pint)window);
922                                window=getint("Enter number",1,50,window);
923                                break;
924                        case '9': quick_pairalign ^= TRUE;
925                                break;
926                        case '?':
927                        case 'H':
928                                get_help('3');
929                                break;
930                        default:
931                                fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
932                                break;
933                }
934        }
935}
936
937
938
939
940
941static void multi_menu(void)
942{
943        int catchint;
944
945        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
946        if (catchint) {
947                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
948                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
949#ifdef UNIX
950                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
951                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
952#else
953                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
954                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
955#endif
956        }
957
958
959        if(dnaflag) {
960                gap_open   = dna_gap_open;
961                gap_extend = dna_gap_extend;
962        }
963        else {
964                gap_open   = prot_gap_open;
965                gap_extend = prot_gap_extend;
966        }
967
968        while(TRUE) {
969
970                fprintf(stdout,"\n\n\n");
971                fprintf(stdout," ********* MULTIPLE ALIGNMENT PARAMETERS *********\n");
972                fprintf(stdout,"\n\n");
973               
974                fprintf(stdout,"     1. Gap Opening Penalty              :%4.2f\n",gap_open);
975                fprintf(stdout,"     2. Gap Extension Penalty            :%4.2f\n",gap_extend);
976
977                fprintf(stdout,"     3. Delay divergent sequences        :%d %%\n\n",(pint)divergence_cutoff);
978
979                fprintf(stdout,"     4. DNA Transitions Weight           :%1.2f\n\n",transition_weight);
980                fprintf(stdout,"     5. Protein weight matrix            :%s\n"
981                                                ,matrix_txt[matnum-1]);
982                fprintf(stdout,"     6. DNA weight matrix                :%s\n"
983                                                ,dnamatrix_txt[dnamatnum-1]);
984                fprintf(stdout,"     7. Use negative matrix              :%s\n\n",(!neg_matrix) ? "OFF" : "ON");
985                fprintf(stdout,"     8. Protein Gap Parameters\n\n");
986                fprintf(stdout,"     H. HELP\n\n\n");           
987
988                getstr("Enter number (or [RETURN] to exit)",lin2);
989
990                if(*lin2 == EOS) {
991                        if(dnaflag) {
992                                dna_gap_open    = gap_open;
993                                dna_gap_extend  = gap_extend;
994                        }
995                        else {
996                                prot_gap_open   = gap_open;
997                                prot_gap_extend = gap_extend;
998                        }
999                        return;
1000                }
1001               
1002                switch(toupper(*lin2)) {
1003                        case '1':
1004                        fprintf(stdout,"Gap Opening Penalty Currently: %4.2f\n",gap_open);
1005                                gap_open=(float)getreal("Enter number",(double)0.0,(double)100.0,(double)gap_open);
1006                                break;
1007                        case '2':
1008                                fprintf(stdout,"Gap Extension Penalty Currently: %4.2f\n",gap_extend);
1009                                gap_extend=(float)getreal("Enter number",(double)0.0,(double)10.0,(double)gap_extend);
1010                                break;
1011                        case '3':
1012                                fprintf(stdout,"Min Identity Currently: %d\n",(pint)divergence_cutoff);
1013                                divergence_cutoff=getint("Enter number",0,100,divergence_cutoff);
1014                                break;
1015                        case '4':
1016                                fprintf(stdout,"Transition Weight Currently: %1.2f\n",(pint)transition_weight);
1017                                transition_weight=(float)getreal("Enter number",(double)0.0,(double)1.0,(double)transition_weight);
1018                                break;
1019                        case '5':
1020                                matnum = read_matrix(matrix_txt,mtrxname,matnum,usermat,aa_xref);
1021                                break;
1022                        case '6':
1023                                dnamatnum = read_dnamatrix(dnamatrix_txt,dnamtrxname,dnamatnum,userdnamat,dna_xref);
1024                                break;
1025                        case '7':
1026                                neg_matrix ^= TRUE;
1027                                break;
1028                        case '8':
1029                                gap_penalties_menu();
1030                                break;
1031                        case '?':
1032                        case 'H':
1033                                get_help('4');
1034                                break;
1035                        default:
1036                                fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
1037                                break;
1038                }
1039        }
1040}
1041
1042
1043
1044
1045
1046
1047static void gap_penalties_menu(void)
1048{
1049        char c;
1050        sint i;
1051        int catchint;
1052
1053        catchint = signal(SIGINT, SIG_IGN) != SIG_IGN;
1054        if (catchint) {
1055                if (setjmp(jmpbuf) != 0)
1056                        fprintf(stdout,"\n.. Interrupt\n");
1057#ifdef UNIX
1058                if (signal(SIGINT,jumper) == BADSIG)
1059                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
1060#else
1061                if (signal(SIGINT,SIG_DFL) == BADSIG)
1062                        fprintf(stdout,"Error: signal\n");
1063#endif
1064        }
1065
1066
1067        while(TRUE) {
1068
1069                fprintf(stdout,"\n\n\n");
1070                fprintf(stdout," ********* PROTEIN GAP PARAMETERS *********\n");
1071                fprintf(stdout,"\n\n\n");
1072
1073                fprintf(stdout,"     1. Toggle Residue-Specific Penalties :%s\n\n",(no_pref_penalties) ? "OFF" : "ON");
1074                fprintf(stdout,"     2. Toggle Hydrophilic Penalties      :%s\n",(no_hyd_penalties) ? "OFF" : "ON");
1075                fprintf(stdout,"     3. Hydrophilic Residues              :%s\n\n"
1076                                        ,hyd_residues);
1077                fprintf(stdout,"     4. Gap Separation Distance           :%d\n",(pint)gap_dist);
1078                fprintf(stdout,"     5. Toggle End Gap Separation         :%s\n\n",(!use_endgaps) ? "OFF" : "ON");
1079                fprintf(stdout,"     H. HELP\n\n\n");           
1080
1081                getstr("Enter number (or [RETURN] to exit)",lin2);
1082
1083                if(*lin2 == EOS) return;
1084               
1085                switch(toupper(*lin2)) {
1086                        case '1':
1087                                no_pref_penalties ^= TRUE;
1088                                break;
1089                        case '2':
1090                                no_hyd_penalties ^= TRUE;
1091                                break;
1092                        case '3':
1093                                fprintf(stdout,"Hydrophilic Residues Currently: %s\n",hyd_residues);
1094
1095                                getstr("Enter residues (or [RETURN] to quit)",lin1);
1096                                if (*lin1 != EOS) {
1097                                        for (i=0;i<strlen(hyd_residues) && i<26;i++) {
1098                                        c = lin1[i];
1099                                        if (isalpha(c))
1100                                                hyd_residues[i] = (char)toupper(c);
1101                                        else
1102                                                break;
1103                                        }
1104                                        hyd_residues[i] = EOS;
1105                                }
1106                                break;
1107                        case '4':
1108                                fprintf(stdout,"Gap Separation Distance Currently: %d\n",(pint)gap_dist);
1109                                gap_dist=getint("Enter number",0,100,gap_dist);
1110                                break;
1111                        case '5':
1112                                use_endgaps ^= TRUE;
1113                                break;
1114                        case '?':
1115                        case 'H':
1116                                get_help('A');
1117                                break;
1118                        default:
1119                                fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
1120                                break;
1121                }
1122        }
1123}
1124
1125
1126
1127
1128static sint read_matrix(char **mattxt, char *matnam, sint matn, short *mat, short *xref)
1129{       static char userfile[FILENAMELEN+1];
1130
1131        while(TRUE)
1132        {
1133                fprintf(stdout,"\n\n\n");
1134                fprintf(stdout," ********* PROTEIN WEIGHT MATRIX MENU *********\n");
1135                fprintf(stdout,"\n\n");
1136
1137
1138                fprintf(stdout,"     1. %s\n",mattxt[0]);
1139                fprintf(stdout,"     2. %s\n",mattxt[1]);
1140                fprintf(stdout,"     3. %s\n",mattxt[2]);
1141                fprintf(stdout,"     4. %s\n",mattxt[3]);
1142                fprintf(stdout,"     5. %s\n",mattxt[4]);
1143                fprintf(stdout,"     H. HELP\n\n");
1144                fprintf(stdout,
1145"     -- Current matrix is the %s ",mattxt[matn-1]);
1146                if(matn == 5) fprintf(stdout,"(file = %s)",userfile);
1147                fprintf(stdout,"--\n");
1148
1149
1150                getstr("\n\nEnter number (or [RETURN] to exit)",lin2);
1151                if(*lin2 == EOS) return(matn);
1152
1153                switch(toupper(*lin2))  {
1154                        case '1':
1155                                strcpy(matnam,"blosum");
1156                                matn=1;
1157                                break;
1158                        case '2':
1159                                strcpy(matnam,"pam");
1160                                matn=2;
1161                                break;
1162                        case '3':
1163                                strcpy(matnam,"gonnet");
1164                                matn=3;
1165                                break;
1166                        case '4':
1167                                strcpy(matnam,"id");
1168                                matn=4;
1169                                break;
1170                        case '5':
1171                                if(user_mat(userfile, mat, xref))
1172                                  {
1173                                     strcpy(matnam,userfile);
1174                                     matn=5;
1175                                  }
1176                                break;
1177                        case '?':
1178                        case 'H':
1179                                get_help('8');
1180                                break;
1181                        default:
1182                                fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
1183                                break;
1184                }
1185        }
1186}
1187
1188
1189
1190static sint read_dnamatrix(char **mattxt, char *matnam, sint matn, short *mat, short *xref)
1191{       static char userfile[FILENAMELEN+1];
1192
1193        while(TRUE)
1194        {
1195                fprintf(stdout,"\n\n\n");
1196                fprintf(stdout," ********* DNA WEIGHT MATRIX MENU *********\n");
1197                fprintf(stdout,"\n\n");
1198
1199
1200                fprintf(stdout,"     1. %s\n",mattxt[0]);
1201                fprintf(stdout,"     2. %s\n",mattxt[1]);
1202                fprintf(stdout,"     3. %s\n",mattxt[2]);
1203                fprintf(stdout,"     H. HELP\n\n");
1204                fprintf(stdout,
1205"     -- Current matrix is the %s ",mattxt[matn-1]);
1206                if(matn == 5) fprintf(stdout,"(file = %s)",userfile);
1207                fprintf(stdout,"--\n");
1208
1209
1210                getstr("\n\nEnter number (or [RETURN] to exit)",lin2);
1211                if(*lin2 == EOS) return(matn);
1212
1213                switch(toupper(*lin2))  {
1214                        case '1':
1215                                strcpy(matnam,"iub");
1216                                matn=1;
1217                                break;
1218                        case '2':
1219                                strcpy(matnam,"clustalw");
1220                                matn=2;
1221                                break;
1222                        case '3':
1223                                if(user_mat(userfile, mat, xref))
1224                                  {
1225                                     strcpy(matnam,userfile);
1226                                     matn=3;
1227                                  }
1228                                break;
1229                        case '?':
1230                        case 'H':
1231                                get_help('8');
1232                                break;
1233                        default:
1234                                fprintf(stdout,"\n\nUnrecognised Command\n\n");
1235                                break;
1236                }
1237        }
1238}
1239
1240char prompt_for_yes_no(char *title,char *prompt)
1241{
1242        char line[80];
1243        char lin2[80];
1244
1245        fprintf(stdout,"\n%s\n",title);
1246        strcpy(line,prompt);
1247        strcat(line, "(y/n) ? [y]");
1248        getstr(line,lin2);
1249        if ((*lin2 != 'n') && (*lin2 != 'N'))
1250                return('y');
1251        else
1252                return('n');
1253
1254}
1255
1256
1257/*
1258*       fatal()
1259*
1260*       Prints error msg to stdout and exits.
1261*       Variadic parameter list can be passed.
1262*
1263*       Return values:
1264*               none
1265*/
1266
1267void fatal( char *msg,...)
1268{
1269        va_list ap;
1270       
1271        va_start(ap,msg);
1272        fprintf(stdout,"\n\nFATAL ERROR: ");
1273        vfprintf(stdout,msg,ap);
1274        fprintf(stdout,"\n\n");
1275        va_end(ap);
1276        exit(1);
1277}
1278
1279/*
1280*       error()
1281*
1282*       Prints error msg to stdout.
1283*       Variadic parameter list can be passed.
1284*
1285*       Return values:
1286*               none
1287*/
1288
1289void error( char *msg,...)
1290{
1291        va_list ap;
1292       
1293        va_start(ap,msg);
1294        fprintf(stdout,"\n\nERROR: ");
1295        vfprintf(stdout,msg,ap);
1296        fprintf(stdout,"\n\n");
1297        va_end(ap);
1298}
1299
1300/*
1301*       warning()
1302*
1303*       Prints warning msg to stdout.
1304*       Variadic parameter list can be passed.
1305*
1306*       Return values:
1307*               none
1308*/
1309
1310void warning( char *msg,...)
1311{
1312        va_list ap;
1313       
1314        va_start(ap,msg);
1315        fprintf(stdout,"\n\nWARNING: ");
1316        vfprintf(stdout,msg,ap);
1317        fprintf(stdout,"\n\n");
1318        va_end(ap);
1319}
1320
1321/*
1322*       info()
1323*
1324*       Prints info msg to stdout.
1325*       Variadic parameter list can be passed.
1326*
1327*       Return values:
1328*               none
1329*/
1330
1331void info( char *msg,...)
1332{
1333        va_list ap;
1334       
1335        va_start(ap,msg);
1336        fprintf(stdout,"\n");
1337        vfprintf(stdout,msg,ap);
1338        va_end(ap);
1339}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.