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Line 
1#define MAXARGS 100
2
3typedef struct {
4        char *str;
5        sint *flag;
6        int type;
7        char **arg;
8} cmd_line_data;
9
10/*
11   command line switches
12*/
13sint setoptions = -1;
14sint sethelp = -1;
15sint setinteractive = -1;
16sint setbatch = -1;
17sint setgapopen = -1;
18sint setgapext = -1;
19sint setpwgapopen = -1;
20sint setpwgapext = -1;
21sint setoutorder = -1;
22sint setbootlabels = -1;
23sint setpwmatrix = -1;
24sint setmatrix = -1;
25sint setpwdnamatrix = -1;
26sint setdnamatrix = -1;
27sint setnegative = -1;
28sint setoutput = -1;
29sint setoutputtree = -1;
30sint setquicktree = -1;
31sint settype = -1;
32sint setcase = -1;
33sint setseqno = -1;
34sint settransweight = -1;
35sint setseed = -1;
36sint setscore = -1;
37sint setwindow = -1;
38sint setktuple = -1;
39sint setkimura = -1;
40sint settopdiags = -1;
41sint setpairgap = -1;
42sint settossgaps = -1;
43sint setnopgap = -1;
44sint setnohgap = -1;
45sint sethgapres = -1;
46sint setuseendgaps = -1;
47sint setmaxdiv = -1;
48sint setgapdist = -1;
49sint setdebug = -1;
50sint setoutfile = -1;
51sint setinfile = -1;
52sint setprofile1 = -1;
53sint setprofile2 = -1;
54sint setalign = -1;
55sint setconvert = -1;
56sint setnewtree = -1;
57sint setusetree = -1;
58sint setnewtree1 = -1;
59sint setusetree1 = -1;
60sint setnewtree2 = -1;
61sint setusetree2 = -1;
62sint setbootstrap = -1;
63sint settree = -1;
64sint setprofile = -1;
65sint setsequences = -1;
66sint setsecstr1 = -1;
67sint setsecstr2 = -1;
68sint setsecstroutput = -1;
69sint sethelixgap = -1;
70sint setstrandgap = -1;
71sint setloopgap = -1;
72sint setterminalgap = -1;
73sint sethelixendin = -1;
74sint sethelixendout = -1;
75sint setstrandendin = -1;
76sint setstrandendout = -1;
77
78/*
79   multiple alignment parameters
80*/
81float           dna_gap_open = 15.0,  dna_gap_extend = 6.66;
82float           prot_gap_open = 10.0, prot_gap_extend = 0.05;
83sint            profile_type = PROFILE;
84sint            gap_dist = 8;
85sint            output_order   = ALIGNED;
86sint            divergence_cutoff = 40;
87sint        matnum = 1;
88char            mtrxname[FILENAMELEN+1] = "blosum";
89sint        dnamatnum = 1;
90char            dnamtrxname[FILENAMELEN+1] = "iub";
91char            hyd_residues[] = "GPSNDQEKR";
92Boolean         neg_matrix = FALSE;
93Boolean         no_hyd_penalties = FALSE;
94Boolean         no_pref_penalties = FALSE;
95Boolean         use_endgaps = FALSE;
96Boolean         reset_alignments  = FALSE;              /* DES */
97sint            output_struct_penalties = 0;
98sint        struct_penalties1 = NONE;
99sint        struct_penalties2 = NONE;
100Boolean         use_ss1 = TRUE;
101Boolean         use_ss2 = TRUE;
102sint        helix_penalty = 4;
103sint        strand_penalty = 4;
104sint        loop_penalty = 1;
105sint        helix_end_minus = 3;
106sint        helix_end_plus = 0;
107sint        strand_end_minus = 1;
108sint        strand_end_plus = 1;
109sint        helix_end_penalty = 2;
110sint        strand_end_penalty = 2;
111
112/*
113   pairwise alignment parameters
114*/
115float           dna_pw_go_penalty = 15.0,  dna_pw_ge_penalty = 6.66;
116float           prot_pw_go_penalty = 10.0, prot_pw_ge_penalty = 0.1;
117sint        pw_matnum = 1;
118char            pw_mtrxname[FILENAMELEN+1] = "blosum";
119sint        pw_dnamatnum = 1;
120char            pw_dnamtrxname[FILENAMELEN+1] = "iub";
121Boolean         quick_pairalign = FALSE;
122float           transition_weight = 0.5;
123sint            new_seq;
124
125/*
126   quick pairwise alignment parameters
127*/
128sint            dna_ktup      = 2;   /* default parameters for DNA */
129sint                    dna_wind_gap  = 5;
130sint                    dna_signif    = 4;
131sint                    dna_window    = 4;
132
133sint            prot_ktup     = 1;   /* default parameters for proteins */
134sint            prot_wind_gap = 3;
135sint            prot_signif   = 5;
136sint            prot_window   = 5;
137Boolean         percent=TRUE;
138Boolean         tossgaps = FALSE;
139Boolean         kimura = FALSE;
140
141
142sint            boot_ntrials  = 1000;
143unsigned sint    boot_ran_seed = 111;
144
145
146sint                    debug = 0;
147
148Boolean         explicit_dnaflag = FALSE; /* Explicit setting of sequence type on comm.line*/
149Boolean         lowercase = TRUE; /* Flag for GDE output - set on comm. line*/
150Boolean         cl_seq_numbers = FALSE;
151
152
153Boolean         output_clustal = TRUE;
154Boolean         output_gcg     = FALSE;
155Boolean         output_phylip  = FALSE;
156Boolean         output_nbrf    = FALSE;
157Boolean         output_gde     = FALSE;
158Boolean         showaln        = TRUE;
159Boolean         save_parameters = FALSE;
160
161/* DES */
162Boolean         output_tree_clustal   = FALSE;
163Boolean         output_tree_phylip    = TRUE;
164Boolean         output_tree_distances = FALSE;
165sint            bootstrap_format      = BS_NODE_LABELS;
166
167/*These are all the positively scoring groups that occur in the Gonnet Pam250
168matrix. There are strong and weak groups, defined as strong score >0.5 and
169weak score =<0.5. Strong matching columns to be assigned ':' and weak matches
170assigned '.' in the clustal output format.
171*/
172
173char *res_cat1[] = {
174                "STA",
175                "NEQK",
176                "NHQK",
177                "NDEQ",
178                "QHRK",
179                "MILV",
180                "MILF",
181                "HY",
182                "FYW",
183                NULL };
184
185char *res_cat2[] = {
186                "CSA",
187                "ATV",
188                "SAG",
189                "STNK",
190                "STPA",
191                "SGND",
192                "SNDEQK",
193                "NDEQHK",
194                "NEQHRK",
195                "FVLIM",
196                "HFY",
197                NULL };
198
199
200
201static char *type_arg[] = {
202                "protein",
203                "dna",
204                ""};
205
206static char *bootlabels_arg[] = {
207                "node",
208                "branch",
209                ""};
210
211static char *outorder_arg[] = {
212                "input",
213                "aligned",
214                ""};
215
216static char *case_arg[] = {
217                "lower",
218                "upper",
219                ""};
220
221static char *seqno_arg[] = {
222                "off",
223                "on",
224                ""};
225
226static char *score_arg[] = {
227                "percent",
228                "absolute",
229                ""};
230
231static char *output_arg[] = {
232                "gcg",
233                "gde",
234                "pir",
235                "phylip",
236                ""};
237
238static char *outputtree_arg[] = {
239                "nj",
240                "phylip",
241                "dist",
242                ""};
243
244static char *outputsecstr_arg[] = {
245                "structure",
246                "mask",
247                "both",
248                "none",
249                ""};
250
251/*
252     command line initialisation
253
254     type = 0    no argument
255     type = 1    integer argument
256     type = 2    float argument
257     type = 3    string argument
258     type = 4    filename
259     type = 5    opts
260*/
261#define NOARG 0
262#define INTARG 1
263#define FLTARG 2
264#define STRARG 3
265#define FILARG 4
266#define OPTARG 5
267
268
269/* command line switches for DATA       **************************/
270cmd_line_data cmd_line_file[] = {
271     "infile",          &setinfile,             FILARG, NULL,
272     "profile1",        &setprofile1,           FILARG, NULL,
273     "profile2",        &setprofile2,           FILARG, NULL,
274     "",                NULL,                   -1};
275/* command line switches for VERBS      **************************/
276cmd_line_data cmd_line_verb[] = {
277     "help",            &sethelp,               NOARG,  NULL,
278     "check",       &sethelp,                   NOARG,  NULL,
279     "options",         &setoptions,            NOARG,  NULL,
280     "align",           &setalign,              NOARG,  NULL,
281     "newtree",         &setnewtree,            FILARG, NULL,
282     "usetree",         &setusetree,            FILARG, NULL,
283     "newtree1",        &setnewtree1,           FILARG, NULL,
284     "usetree1",        &setusetree1,           FILARG, NULL,
285     "newtree2",        &setnewtree2,           FILARG, NULL,
286     "usetree2",        &setusetree2,           FILARG, NULL,
287     "bootstrap",       &setbootstrap,          NOARG,  NULL,
288     "tree",            &settree,               NOARG,  NULL,
289     "quicktree",       &setquicktree,          NOARG,  NULL,
290     "convert",         &setconvert,            NOARG,  NULL,
291     "interactive",     &setinteractive,        NOARG,  NULL,
292     "batch",           &setbatch,              NOARG,  NULL,
293     "",                NULL,                   -1};
294/* command line switches for PARAMETERS **************************/
295cmd_line_data cmd_line_para[] = {
296     "type",            &settype,               OPTARG, type_arg,
297     "profile", &setprofile,    NOARG,  NULL,
298     "sequences",       &setsequences,  NOARG,  NULL,
299     "matrix",          &setmatrix,             FILARG, NULL,
300     "dnamatrix",       &setdnamatrix,          FILARG, NULL,
301     "negative",        &setnegative,           NOARG,  NULL,
302     "gapopen",         &setgapopen,            FLTARG, NULL,
303     "gapext",          &setgapext,             FLTARG, NULL,
304     "endgaps",         &setuseendgaps,         NOARG,  NULL,
305     "nopgap",          &setnopgap,             NOARG,  NULL,
306     "nohgap",          &setnohgap,             NOARG,  NULL,
307     "hgapresidues",    &sethgapres,            STRARG, NULL,
308     "maxdiv",          &setmaxdiv,             INTARG, NULL,
309     "gapdist",         &setgapdist,            INTARG, NULL,
310     "pwmatrix",        &setpwmatrix,           FILARG, NULL,
311     "pwdnamatrix",     &setpwdnamatrix,        FILARG, NULL,
312     "pwgapopen",       &setpwgapopen,          FLTARG, NULL,
313     "pwgapext",        &setpwgapext,           FLTARG, NULL,
314     "ktuple",          &setktuple,             INTARG, NULL,
315     "window",          &setwindow,             INTARG, NULL,
316     "pairgap",         &setpairgap,            INTARG, NULL,
317     "topdiags",        &settopdiags,           INTARG, NULL,
318     "score",           &setscore,              OPTARG, score_arg,
319     "transweight",     &settransweight,        FLTARG, NULL,
320     "seed",            &setseed,               INTARG, NULL,
321     "kimura",          &setkimura,             NOARG,  NULL,
322     "tossgaps",        &settossgaps,           NOARG,  NULL,
323     "bootlabels",      &setbootlabels,         OPTARG, bootlabels_arg,
324     "debug",           &setdebug,              INTARG, NULL,
325     "output",          &setoutput,             OPTARG, output_arg,
326     "outputtree",      &setoutputtree,         OPTARG, outputtree_arg,
327     "outfile",         &setoutfile,            FILARG, NULL,
328     "outorder",        &setoutorder,           OPTARG, outorder_arg,
329     "case",            &setcase,               OPTARG, case_arg,
330     "seqnos",          &setseqno,              OPTARG, seqno_arg,
331     "nosecstr1",   &setsecstr1,                NOARG, NULL,
332     "nosecstr2",   &setsecstr2,                NOARG, NULL,
333     "secstrout",   &setsecstroutput,   OPTARG,  outputsecstr_arg,
334     "helixgap",    &sethelixgap,               INTARG, NULL,
335     "strandgap",   &setstrandgap,              INTARG, NULL,
336     "loopgap",     &setloopgap,                INTARG, NULL,
337     "terminalgap", &setterminalgap,    INTARG, NULL,
338     "helixendin",  &sethelixendin,             INTARG, NULL,
339     "helixendout", &sethelixendout,    INTARG, NULL,
340     "strandendin", &setstrandendin,    INTARG, NULL,
341     "strandendout",&setstrandendout,   INTARG, NULL,
342
343     "",                NULL,                   -1};
344
345
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.