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Author Date Id Revision
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| Line | |
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| 1 | /* |
|---|
| 2 | * nucproc.c Adachi, J. 1994.01.28 |
|---|
| 3 | * Copyright (C) 1992, 1993 J. Adachi & M. Hasegawa, All rights reserved. |
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| 4 | */ |
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| 6 | #include "protml.h" |
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| 7 | |
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| 8 | |
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| 9 | char |
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| 10 | *Cacid1[] = { |
|---|
| 11 | "T", "C", "A", "G", |
|---|
| 12 | "N", "*", "-" |
|---|
| 13 | }; |
|---|
| 14 | |
|---|
| 15 | |
|---|
| 16 | char |
|---|
| 17 | *Cacid3[] = { |
|---|
| 18 | "Thy", "Cyt", "Ade", "Gua", |
|---|
| 19 | "Nnn", " * ", " - " |
|---|
| 20 | }; |
|---|
| 21 | |
|---|
| 22 | |
|---|
| 23 | int isacid(char c) |
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| 24 | { |
|---|
| 25 | /* nuc */ |
|---|
| 26 | switch (c) { |
|---|
| 27 | case 'T': case 'C': case 'A': case 'G': case 'U': |
|---|
| 28 | case 'R': case 'Y': case 'N': case '*': case '-': |
|---|
| 29 | return 1; |
|---|
| 30 | default: |
|---|
| 31 | return 0; |
|---|
| 32 | } |
|---|
| 33 | } /*_ isacid */ |
|---|
| 34 | |
|---|
| 35 | |
|---|
| 36 | int |
|---|
| 37 | acid2int(c) |
|---|
| 38 | char c; |
|---|
| 39 | { |
|---|
| 40 | switch (c) { |
|---|
| 41 | case 'T': return 0; |
|---|
| 42 | case 'U': return 0; |
|---|
| 43 | case 'C': return 1; |
|---|
| 44 | case 'A': return 2; |
|---|
| 45 | case 'G': return 3; |
|---|
| 46 | default : return 4; |
|---|
| 47 | } |
|---|
| 48 | } /*_ acid2int */ |
|---|
| 49 | |
|---|
| 50 | |
|---|
| 51 | char |
|---|
| 52 | acid2chint(c) |
|---|
| 53 | char c; |
|---|
| 54 | { |
|---|
| 55 | switch (c) { |
|---|
| 56 | case 'T': return 0; |
|---|
| 57 | case 'U': return 0; |
|---|
| 58 | case 'C': return 1; |
|---|
| 59 | case 'A': return 2; |
|---|
| 60 | case 'G': return 3; |
|---|
| 61 | default : return -1; |
|---|
| 62 | } |
|---|
| 63 | } /*_ acid2chint */ |
|---|
| 64 | |
|---|
| 65 | |
|---|
| 66 | char |
|---|
| 67 | chint2acid(c) |
|---|
| 68 | char c; |
|---|
| 69 | { |
|---|
| 70 | switch (c) { |
|---|
| 71 | case 0 : return 'T'; |
|---|
| 72 | case 1 : return 'C'; |
|---|
| 73 | case 2 : return 'A'; |
|---|
| 74 | case 3 : return 'G'; |
|---|
| 75 | default : return '-'; |
|---|
| 76 | } |
|---|
| 77 | } /*_ chint2acid */ |
|---|
| 78 | |
|---|
| 79 | |
|---|
| 80 | char |
|---|
| 81 | int2acid(i) |
|---|
| 82 | int i; |
|---|
| 83 | { |
|---|
| 84 | switch (i) { |
|---|
| 85 | case 0 : return 'T'; |
|---|
| 86 | case 1 : return 'C'; |
|---|
| 87 | case 2 : return 'A'; |
|---|
| 88 | case 3 : return 'G'; |
|---|
| 89 | default : return '-'; |
|---|
| 90 | } |
|---|
| 91 | } /*_ int2acid */ |
|---|
Note: See
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