source: tags/initial/PHYLO/PH_main.cxx

Last change on this file was 2, checked in by oldcode, 23 years ago

Initial revision
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 16.7 KB
Line 
1#include "include.hxx"
2#include "PH_display.hxx"
3
4extern void ph_view_matrix_cb(AW_window *);
5extern void ph_view_species_cb(AW_window *,AW_CL,AW_CL);
6extern void ph_view_filter_cb(AW_window *,AW_CL,AW_CL);
7extern void ph_calculate_matrix_cb(AW_window *,AW_CL,AW_CL);
8extern void create_save_matrix_window(AW_root *,char *);
9extern void display_status(AW_window *,AW_CL,AW_CL);
10
11AW_HEADER_MAIN
12AW_window *create_tree_window(AW_root *aw_root);
13
14GBDATA *gb_main;
15char **filter_text;
16
17void create_filter_text()
18{
19    filter_text = (char **) calloc(5,sizeof (char *));
20    for(int i=0;i<5;i++)
21        filter_text[i] = new char[100];
22    strcpy(filter_text[0],"don't count                                       ");
23    strcpy(filter_text[1],"don't use column when maximal                     ");
24    strcpy(filter_text[2],"forget whole column                               ");
25    strcpy(filter_text[3],"use like another valid base/acid while not maximal");
26    strcpy(filter_text[4],"use like uppercase character (ACGTU)              ");
27}
28
29void startup_sequence_cb(AW_window *aww,void *cd1)
30{
31    PHDATA *phd;
32    char *use,*load_what;
33    AW_root *aw_root;
34 
35    if(aww) aww->hide();
36    aw_root=(AW_root *) cd1;
37    // loading database
38    GB_push_transaction(gb_main);
39    if(GBT_get_alignment_len(gb_main,aw_root->awar("phyl/alignment")->read_string())<1)
40        aw_root->awar("phyl/which_species")->write_string(GBT_get_default_alignment(gb_main)); 
41    GB_pop_transaction(gb_main);
42 
43    use = aw_root->awar("phyl/alignment")->read_string();
44    load_what = aw_root->awar("phyl/which_species")->read_string();   // all, marked ...
45    phd=new PHDATA(aw_root);
46        GB_set_cache_size(gb_main, PH_DB_CACHE_SIZE);
47    phd->load(use);
48    phd->ROOT = phd;
49    long len = PHDATA::ROOT->get_seq_len();
50    aw_root->awar("phyl/filter/stopcol")->write_int(len );
51    aw_root->awar("phyl/filter/startcol")->set_minmax(0,len);
52    aw_root->awar("phyl/filter/stopcol")->set_minmax(0,len);
53
54    ph_view_species_cb(0,0,0);
55}
56
57 
58
59void ap_exit(AW_window *aw_window,AP_root *ap_root)
60{
61    AWUSE(aw_window);
62    if (ap_root->gb_main) GB_close(ap_root->gb_main);
63    printf("\nGoodbye\n");
64    exit(0);
65}
66
67
68void expose_callb(AW_window *aw,AW_CL cd1,AW_CL cd2) 
69{
70    AWUSE(aw);AWUSE(cd1);AWUSE(cd2);
71 
72    if(AP_display::apdisplay->displayed()!=NONE)
73    {
74        AP_display::apdisplay->clear_window();
75        AP_display::apdisplay->display();
76    }
77    else    // startup
78    {
79        //startup_sequence_cb(0,aw->get_root());
80    }
81} // expose_callb
82
83
84void resize_callb(AW_window *aw,AW_CL cd1,AW_CL cd2)
85{
86    AWUSE(aw);AWUSE(cd1);AWUSE(cd2);
87    if(AP_display::apdisplay)
88    {
89        AP_display::apdisplay->resized();
90        AP_display::apdisplay->display();
91    }
92} 
93//                           total_cells_horiz=PHDATA::ROOT->get_seq_len();
94//                            { if(PHDATA::ROOT->markerline[x]>=0.0)
95
96static GB_ERROR PH_create_ml_multiline_SAI(GB_CSTR sai_name, int nr, GBDATA **gb_sai_ptr) {
97    GBDATA *gb_sai = GBT_create_SAI(gb_main, sai_name);
98    GBDATA *gbd, *gb2; 
99    GB_ERROR error = 0;
100   
101    for (gbd = GB_find(gb_sai,0,0,down_level); gbd; gbd = gb2) {
102        gb2 = GB_find(gbd,0,0,this_level|search_next);
103        const char *key = GB_read_key_pntr(gbd);
104        if (!strcmp(key,"name")) continue;
105        if (!strncmp(key,"ali_",4)) continue;
106        error = GB_delete(gbd);
107        if (error) break;
108    }
109   
110    if (!error) {
111        GBDATA *gb_ali = GB_search(gb_sai,PHDATA::ROOT->use,GB_FIND);
112        if (gb_ali) {
113            for (gbd = GB_find(gb_ali,0,0,down_level); gbd; gbd = gb2) {
114                gb2 = GB_find(gbd,0,0,this_level|search_next);
115                const char *key = GB_read_key_pntr(gbd);
116                if (!strcmp(key,"data")) continue;
117                if (!strcmp(key,"_TYPE")) continue;
118                error = GB_delete(gbd);
119                if (error) break;
120            }
121        } 
122    } 
123   
124    GBDATA *gb_data = 0, *gb_TYPE = 0;
125   
126    if (!error) {
127        gb_data = GBT_add_data(gb_sai,PHDATA::ROOT->use,"data",GB_STRING); 
128        if (!gb_data) error = GB_get_error();
129    }
130   
131    if (!error) {
132        gb_TYPE = GBT_add_data(gb_sai,PHDATA::ROOT->use,"_TYPE",GB_STRING);
133        if (!gb_TYPE) error = GB_get_error();
134    }
135   
136    if (!error) {
137        AW_window *main_win = PH_used_windows::windowList->phylo_main_window;
138        long minhom = main_win->get_root()->awar("phyl/filter/minhom")->read_int();
139        long maxhom = main_win->get_root()->awar("phyl/filter/maxhom")->read_int();
140        long startcol = main_win->get_root()->awar("phyl/filter/startcol")->read_int();
141        long stopcol = main_win->get_root()->awar("phyl/filter/stopcol")->read_int();
142        long len = PHDATA::ROOT->get_seq_len();
143        char *data = (char *)calloc(sizeof(char),(int)len+1);
144        int x;
145        float *markerline = PHDATA::ROOT->markerline;
146       
147        for (x=0;x<len;x++) {
148            char c;
149           
150            if (x<startcol || x>stopcol) {
151                c = '.';
152            }
153            else  {
154                float ml = markerline[x];
155               
156                if (ml>=0.0 && ml>=minhom && ml<=maxhom) {
157                    int digit = -1; 
158                    switch (nr) {
159                        case 0: // hundred
160                            if (ml>=100.0) digit = 1;
161                            break;
162                        case 1: // ten
163                            if (ml>=10.0) digit = int(ml/10);
164                            break;
165                        case 2: // one
166                            digit = int(ml);
167                            break;
168                        default:
169                            gb_assert(0);
170                            break;
171                    }
172                    if (digit<0)        c = '-';
173                    else                c = '0'+digit%10;
174                }
175                else {
176                    c = '-';
177                }
178            }
179           
180            data[x] = c;
181        }
182        data[len] = 0;
183       
184        GB_write_string(gb_data, data);
185       
186        char buffer[1024];
187        sprintf(buffer,"FMX: Filter by Maximum Frequency: "
188                "Start %li; Stop %li; Minhom %li%%; Maxhom %li%%",
189                startcol, stopcol, minhom, maxhom);
190       
191        GB_write_string(gb_TYPE,buffer);
192   
193        delete data;
194    }
195
196   
197    if (!error) *gb_sai_ptr = gb_sai;
198    return error;
199}
200
201void PH_save_ml_multiline_cb(AW_window *aww) {
202    GB_begin_transaction(gb_main);
203    GB_ERROR error = 0;
204    char *fname = aww->get_root()->awar("tmp/phylo/markerlinename")->read_string();
205    int fname_len = strlen(fname);
206    {
207        char *digit_appended = (char*)malloc(fname_len+2);
208        memcpy(digit_appended, fname, fname_len);
209        strcpy(digit_appended+fname_len, "0");
210       
211        free(fname);
212        fname = digit_appended;
213    }
214    GBDATA *gb_sai[3];
215    int i;
216    for (i=0; !error && i<3; i++) {
217        fname[fname_len] = '0'+i;
218        error = PH_create_ml_multiline_SAI(fname, i, &gb_sai[i]);
219    }
220   
221    delete fname;
222   
223    if (error) {
224        GB_abort_transaction(gb_main);
225        aw_message(error);
226    }else{
227        GB_commit_transaction(gb_main);
228    }   
229}
230
231void PH_save_ml_cb(AW_window *aww) {
232    GB_begin_transaction(gb_main);
233    GB_ERROR error = 0;
234    char *fname = aww->get_root()->awar("tmp/phylo/markerlinename")->read_string();
235    GBDATA *gb_sai = GBT_create_SAI(gb_main,fname);
236    GBDATA *gbd,*gb2;
237       
238    for (gbd = GB_find(gb_sai,0,0,down_level); gbd; gbd = gb2) {
239        gb2 = GB_find(gbd,0,0,this_level|search_next);
240        const char *key = GB_read_key_pntr(gbd);
241        if (!strcmp(key,"name")) continue;
242        if (!strncmp(key,"ali_",4)) continue;
243        error = GB_delete(gbd);
244        if (error) break;
245    }
246   
247    if (!error) {
248        GBDATA *gb_ali = GB_search(gb_sai,PHDATA::ROOT->use,GB_FIND);
249        if (gb_ali) {
250            for (gbd = GB_find(gb_ali,0,0,down_level); gbd; gbd = gb2) {
251                gb2 = GB_find(gbd,0,0,this_level|search_next);
252                const char *key = GB_read_key_pntr(gbd);
253                if (!strcmp(key,"bits")) continue;
254                if (!strcmp(key,"_TYPE")) continue;
255                error = GB_delete(gbd);
256                if (error) break;
257            }
258        } 
259    } 
260   
261    GBDATA *gb_bits = 0, *gb_TYPE = 0;
262   
263    if (!error) {
264        gb_bits = GBT_add_data(gb_sai,PHDATA::ROOT->use,"bits",GB_BITS); 
265        if (!gb_bits) error = GB_get_error();
266    }
267   
268    if (!error) {
269        gb_TYPE = GBT_add_data(gb_sai,PHDATA::ROOT->use,"_TYPE",GB_STRING);
270        if (!gb_TYPE) error = GB_get_error();
271    }
272
273    if (!error) {
274        AW_window *main_win = PH_used_windows::windowList->phylo_main_window;
275        long minhom = main_win->get_root()->awar("phyl/filter/minhom")->read_int();
276        long maxhom = main_win->get_root()->awar("phyl/filter/maxhom")->read_int();
277        long startcol = main_win->get_root()->awar("phyl/filter/startcol")->read_int();
278        long stopcol = main_win->get_root()->awar("phyl/filter/stopcol")->read_int();
279        long len = PHDATA::ROOT->get_seq_len();
280        char *bits = (char *)calloc(sizeof(char),(int)len+1);
281        int x;
282        float *markerline = PHDATA::ROOT->markerline;
283       
284        for (x=0;x<len;x++) {
285            int bit;
286           
287            if (x < startcol || x>stopcol) {
288                bit = 0;
289            }
290            else {
291                float ml = markerline[x];
292               
293                if (ml>=0.0 && ml>=minhom && ml<=maxhom) bit = 1;
294                else                                     bit = 0;
295               
296            }
297            bits[x] = '0'+bit;
298        }
299       
300        GB_write_bits(gb_bits,bits,len,'0');
301        char buffer[1024];
302        sprintf(buffer,"FMX: Filter by Maximum Frequency: "
303                "Start %li; Stop %li; Minhom %li%%; Maxhom %li%%",
304                startcol, stopcol, minhom, maxhom);
305       
306        GB_write_string(gb_TYPE,buffer);
307   
308        delete bits;
309    }
310    delete fname;
311   
312    if (error) {
313        GB_abort_transaction(gb_main);
314        aw_message(error);
315    }else{
316        GB_commit_transaction(gb_main);
317    }
318}
319
320
321AW_window *PH_save_markerline(AW_root *root, AW_CL cl_multi_line)
322{
323    int multi_line = int(cl_multi_line); // ==1 -> save three SAI's usable as column percentage
324   
325    root->awar_string("tmp/phylo/markerlinename","markerline",AW_ROOT_DEFAULT);
326
327    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
328   
329    if (multi_line) {
330        aws->init( root, "EXPORT_FREQUENCY_LINES", "Export Frequency Lines", 100, 100 );       
331    }
332    else {
333        aws->init( root, "EXPORT_MARKER_LINE", "Export Marker Line", 100, 100 );
334    }
335   
336    aws->load_xfig("phylo/save_markerline.fig");
337       
338    aws->callback( AW_POPDOWN);
339    aws->at("close");
340    aws->create_button("CLOSE","CLOSE","C");                       
341
342    aws->callback( AW_POPUP_HELP,(AW_CL)"ph_export_markerline.hlp");
343    aws->at("help");
344    aws->create_button("HELP","HELP","H");                         
345
346    aws->at("name");
347    aws->create_input_field("tmp/phylo/markerlinename");
348
349    aws->at("box");
350    awt_create_selection_list_on_extendeds(gb_main,aws,"tmp/phylo/markerlinename");
351
352    aws->at("save"); 
353    if (multi_line)     aws->callback(PH_save_ml_multiline_cb);
354    else                aws->callback(PH_save_ml_cb); 
355    aws->create_button("EXPORT","EXPORT","E");
356
357    return aws;
358}
359
360AW_window *create_phyl_main_window(AW_root *aw_root,AP_root *ap_root,AWT_graphic * awd)
361{
362    AWUSE(awd);
363    AW_window_menu_modes *awm = new AW_window_menu_modes();
364    awm->init(aw_root,"ARB_PHYLO", "ARB_PHYLO", 830,630,0,0);
365
366    // create menues and menu inserts with callbacks
367    //
368 
369    AW_gc_manager gcmiddle = AW_manage_GC( awm, 
370                                           awm->get_device (AW_MIDDLE_AREA),
371                                           PH_GC_0, PH_GC_0_DRAG, AW_GCM_DATA_AREA,
372                                           resize_callb, 0,0,
373                                           "#CC9AF8", 
374                                           "#SEQUENCE$#000000",
375                                           "#MARKER$#FF0000",
376                                           "NOT_MARKER$#A270C0",
377                                           0 );
378    AW_gc_manager gcbottom = AW_manage_GC( awm, 
379                                           awm->get_device (AW_BOTTOM_AREA),
380                                           PH_GC_0, PH_GC_0_DRAG, AW_GCM_WINDOW_AREA,
381                                           resize_callb, 0,0,
382                                           "pink", 
383                                           "#FOOTER",0 );
384   
385    GBUSE(gcbottom);
386
387    // File menu
388    awm->create_menu(0,"File","F");
389    awm->insert_menu_topic("export_filter","Export Filter",     "E",    "ph_export_markerline.hlp",AWM_ALL,     (AW_CB)AW_POPUP,(AW_CL) PH_save_markerline, 0 );
390    awm->insert_menu_topic("export_freq","Export Frequencies",  "F",    "ph_export_markerline.hlp",AWM_ALL,     (AW_CB)AW_POPUP,(AW_CL) PH_save_markerline, 1 );
391    awm->insert_menu_topic("quit","QUIT",               "q",    "quit.hlp",     AWM_ALL,                (AW_CB)ap_exit ,(AW_CL)ap_root,0);
392 
393    // Calculate menu   
394    awm->create_menu(0,"Calculate","C" );
395    awm->insert_menu_topic("calc_column_filter",        "Column Filter",        "F","no help",AWM_ALL,(AW_CB2)ph_view_filter_cb,(AW_CL) 0,(AW_CL) 0);
396
397    // Config menu
398    awm->create_menu(0,"Config","o");
399    awm->insert_menu_topic("config_column_filter","Column Filter",      "F","no help",  AWM_ALL,        AW_POPUP,(AW_CL)create_filter_window,0);
400
401    // Properties menu
402    awm->create_menu("","Properties","P");
403    awm->insert_menu_topic("props_menu",        "Menu: Colors and Fonts ...",   "M","props_frame.hlp",  AWM_ALL, AW_POPUP, (AW_CL)AW_preset_window, 0 );
404    awm->insert_menu_topic("props_data",        "Data: Colors and Fonts ...",   "D","ph_props_data.hlp",AWM_ALL, AW_POPUP, (AW_CL)AW_create_gc_window, (AW_CL)gcmiddle );
405    awm->insert_menu_topic("save_props",        "Save Properties (in ~/.arb_prop/phylo.arb)","S","savedef.hlp",AWM_ALL, (AW_CB) AW_save_defaults, 0, 0 );
406
407           
408    // set window areas                       
409    awm->set_info_area_height( 30 );
410    awm->at(5,2);
411    awm->auto_space(5,-2);
412
413    awm->callback( (AW_CB1)ap_exit ,(AW_CL)ap_root);
414    awm->button_length(0);
415    awm->help_text("quit.hlp");
416    awm->create_button("QUIT","QUIT");                     
417
418    awm->callback(AW_POPUP_HELP,(AW_CL)"phylo.hlp");
419    awm->button_length(0);
420    awm->create_button("HELP","HELP","H");                         
421
422
423    awm->set_bottom_area_height( 120 ); 
424   
425    awm->set_expose_callback (AW_MIDDLE_AREA,   expose_callb,   (AW_CL)awm,0);
426    awm->set_resize_callback (AW_MIDDLE_AREA,   resize_callb,   (AW_CL)awm,0); 
427    awm->set_expose_callback (AW_BOTTOM_AREA,   display_status, (AW_CL)aw_root,0); 
428    awm->set_resize_callback (AW_BOTTOM_AREA,   display_status, (AW_CL)aw_root,0);
429       
430    return (AW_window *)awm;
431} 
432 
433 
434AW_window *create_select_alignment_window(AW_root *aw_root)
435{
436    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
437 
438    aws->init( aw_root,"SELECT_ALIGNMENT", "SELECT ALIGNMENT",10,10);
439    aws->load_xfig("phylo/select_ali.fig");
440    aws->button_length(10);
441 
442    aws->at("done");
443    aws->callback((AW_CB1)startup_sequence_cb,(AW_CL) aw_root);
444    aws->create_button("DONE","DONE","D");                   
445 
446    aws->at("which_alignment");
447    awt_create_selection_list_on_ad(gb_main,(AW_window *)aws,"phyl/alignment","*=");
448    return (AW_window *) aws;
449} 
450 
451
452
453PH_used_windows::PH_used_windows(void)
454{
455    memset((char *) this,0,sizeof(PH_used_windows));
456}
457
458// initialize 'globals'
459PH_used_windows *PH_used_windows::windowList = 0;
460AP_display *AP_display::apdisplay=0;
461PHDATA *PHDATA::ROOT = 0;
462
463
464int 
465main(int argc, char **argv)
466{
467        AP_root        *apmain;
468        AW_root        *aw_root;
469        char           *error, **alignment_names;
470        AW_default      aw_default;
471        PH_used_windows *puw = new PH_used_windows;
472        AP_display     *apd = new AP_display;
473        int             num_alignments;
474        const char *db_server = ":";
475
476        aw_initstatus();
477        aw_root = new AW_root;
478        aw_default = aw_root->open_default(".arb_prop/phylo.arb");
479        aw_root->init_variables(aw_default);
480        aw_root->init("ARB_PHYL");
481
482        if (argc == 2) {
483                db_server = argv[1];
484        }
485        apmain = new AP_root;
486        if ((error = apmain->open(db_server))) {
487                aw_message(error);
488                exit(-1);
489        }
490        create_filter_variables(aw_root, aw_default);
491        create_matrix_variables(aw_root, aw_default);
492        create_filter_text();
493        puw->phylo_main_window = create_phyl_main_window(aw_root, apmain, 0);
494        puw->phylo_main_window->show();
495        puw->windowList = puw;
496
497        apd->apdisplay = apd;
498
499        //loading database
500    GB_push_transaction(gb_main);
501        alignment_names = GBT_get_alignment_names(gb_main);
502        for (num_alignments = 0; alignment_names[num_alignments] != 0; num_alignments++);
503        if (num_alignments > 1) {
504                (create_select_alignment_window(aw_root))->show();
505        } else {
506                aw_root->awar("phyl/alignment")->write_string( alignment_names[0]);
507                startup_sequence_cb(0, aw_root);
508        }
509        GBT_free_names(alignment_names);
510        GB_pop_transaction(gb_main);
511
512        aw_root->main_loop();
513        return 0;
514}
515
516
517
518void AD_map_viewer(GBDATA *dummy,AD_MAP_VIEWER_TYPE)
519        {
520        AWUSE(dummy);
521}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.