source: tags/initial/PROBE/probe.h

Last change on this file was 2, checked in by oldcode, 24 years ago

Initial revision
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 3.8 KB
Line 
1
2#include <PT_com.h>
3#include <arbdb.h>
4
5#ifndef NDEBUG
6# define pt_assert(bed) do { if (!(bed)) *(int *)0=0; } while (0)
7# ifndef DEBUG
8#  error DEBUG is NOT defined - but it has to!
9# endif
10#else
11# ifdef DEBUG
12#  error DEBUG is defined - but it should not!
13# endif
14# define pt_assert(bed)
15#endif
16
17#define PTM_DEBUG
18typedef unsigned long ulong;
19typedef unsigned int uint;
20typedef unsigned char uchar;
21
22#define  min(a, b) ((a) < (b)) ? (a) : (b)
23#define  max(a, b) ((a) > (b)) ? (a) : (b)
24#define PT_CORE *(int *)0=0;
25#define PT_MAX_MATCHES 10000
26#define PT_MAX_IDENTS 10000
27#define PT_POS_TREE_HEIGHT 20
28#define PT_POS_SECURITY 10
29#define MIN_PROBE_LENGTH 8
30#define PT_NAME_HASH_SIZE 10000
31
32enum PT_MATCH_TYPE {
33    PT_MATCH_TYPE_INTEGER = 0,
34    PT_MATCH_TYPE_WEIGHTED_PLUS_POS = 1,
35    PT_MATCH_TYPE_WEIGHTED = -1
36};
37
38
39
40#define MATCHANSWER 50  /* private msg type: match result answer */
41#define CREATEANSWER 51 /* private msg type: create result answer */
42#define FINDANSWER 52   /* private msg type: find result answer */
43
44extern ulong physical_memory;
45struct Hs_struct;
46extern char *pt_error_buffer;
47
48typedef enum type_types_type {
49        t_int = 1,
50        t_string=0,
51        t_float=2
52        } type_types;
53
54typedef enum PT_bases_enum      {
55        PT_QU = 0,
56        PT_N = 1,
57        PT_A, PT_C, PT_G, PT_T, PT_B_MAX } PT_BASES;
58
59/*  POS TREE */
60typedef enum enum_PT_NODE_TYPE {
61        PT_NT_LEAF = 0,
62        PT_NT_CHAIN = 1,
63        PT_NT_NODE = 2,
64        PT_NT_SINGLE_NODE = 3,  /* stage 3 */
65        PT_NT_SAVED = 3,        /* stage 1+2 */
66        PT_NT_UNDEF = 4
67        } PT_NODE_TYPE;
68
69typedef struct POS_TREE_struct  {
70        uchar           flags;
71        char            data;
72        } POS_TREE;
73
74typedef struct PTMM_struct {
75        char            *base;
76        int             stage1;
77        int             stage2;
78        int             stage3;
79        int             mode;
80}               PTM2;
81
82
83
84/* Probe search */
85   
86
87struct probe_statistic {
88        int     match_count;            /* Counter for matches */
89        double  rel_match_count;        /* match_count / (seq_len - probe_len + 1) */
90};
91
92struct probe_input_data {    /* every taxas own data */
93                                /******* name and sequence *********/
94     char       *data;
95     long       checksum;
96     int        size;
97     char       *name;
98     char       *fullname;
99     GBDATA     *gbd;
100
101                                /********* probe design ************/
102     int        is_group;       /* -1:  nevermind
103                                    0:  no group
104                                    1:  group */
105                                /* probe design (match) */
106     PT_probematch *match;      /* best hit for PT_new_design */
107
108                                /********* find family  ************/
109     struct probe_statistic stat;
110
111                                /********* free pointer  ************/
112     int        next;
113};
114
115struct probe_statistic_struct {
116        int     cut_offs;               /* statistic of chains */
117        int     single_node;
118        int     short_node;
119        int     long_node;
120        int     longs;
121        int     shorts;
122        int     shorts2;
123        int     chars;
124
125};
126
127extern struct probe_struct_global       {
128        GBDATA  *gb_main;               /* ARBDB interface */
129        GBDATA  *gb_species_data;
130        GBDATA  *gb_extended_data;
131        char    *alignment_name;
132        GB_HASH *namehash;              /* name to int */
133
134        struct probe_input_data *data;  /* the internal database */
135        char    *ecoli;                 /* the ecoli sequenz */
136        void    *bi_ecoli;
137
138        int     data_count;
139        int     max_size;               /* maximum sequence len */
140        long    char_count;             /* number of all 'acgtuACGTU' */
141
142        int     mismatches;             /* chain handle in match */
143        double  wmismatches;
144        int     N_mismatches;
145        int     w_N_mismatches[PT_POS_TREE_HEIGHT+PT_POS_SECURITY+1];
146
147        int     reversed;               /* tell the matcher whether probe is
148                                                reversed */
149
150    double      *pos_to_weight;                 /* position to weight */
151    char complement[256];               /* complement */
152
153    int deep;                   /* for probe matching */
154    int height;
155    int length;
156    int apos;
157
158    int sort_by;
159
160    char        *probe;                 /* probe design + chains */
161    char        *main_probe;
162
163    char        *server_name;           /* name of this server */
164    aisc_com *link;
165    T_PT_MAIN main;
166    struct Hs_struct *com_so;                   /* the communication socket */
167    POS_TREE *pt;
168    PTM2        *ptmain;
169    probe_statistic_struct      stat;
170} psg;
171
172
173#define PT_base_string_counter_eof(str) (*(unsigned char *)(str) == 255)
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.