source: tags/initial/SECEDIT/SEC_main.cxx

Last change on this file was 2, checked in by oldcode, 25 years ago

Initial revision
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 28.8 KB
Line 
1#include <stdio.h>
2
3#include <stdlib.h>
4#include <string.h>
5
6#include <iostream.h>
7#include <fstream.h>
8
9#include <arbdb.h>
10#include <arbdbt.h>
11
12#include <aw_root.hxx>
13#include <aw_device.hxx>
14#include <aw_window.hxx>
15#include <aw_preset.hxx>
16#include <aw_awars.hxx>
17#include <awt_canvas.hxx>
18#include <awt.hxx>
19#define _USE_AW_WINDOW
20#include <BI_helix.hxx>
21#include <sec_graphic.hxx>
22#include "secedit.hxx"
23
24#if defined(FREESTANDING)
25AW_HEADER_MAIN
26#endif
27
28extern GBDATA *gb_main;
29SEC_graphic *SEC_GRAPHIC = 0;
30
31void SEC_distance_between_strands_changed_cb(AW_root *awr, AW_CL cl_ntw)
32{
33    SEC_root *root = SEC_GRAPHIC->sec_root;
34    double distance = awr->awar(AWAR_SECEDIT_DIST_BETW_STRANDS)->read_float();
35    AWT_canvas *ntw = (AWT_canvas*)cl_ntw;
36   
37    root->set_distance_between_strands(distance);
38    root->update(0);
39    ntw->refresh();
40}
41
42void SEC_pair_def_changed_cb(AW_root */*awr*/, AW_CL cl_ntw)
43{
44    SEC_root *root = SEC_GRAPHIC->sec_root;
45    AWT_canvas *ntw = (AWT_canvas*)cl_ntw;
46   
47    SEC_GRAPHIC->bond.update(SEC_GRAPHIC->aw_root);
48    root->update(0);
49    ntw->refresh();
50}
51
52
53#if defined(FREESTANDING)
54void SEC_quit_cb(AW_window *aww, AW_CL, AW_CL){
55    AWUSE(aww);
56    GB_exit(gb_main);
57    exit(0);
58}
59#endif
60
61void SEC_template_changed_cb(GBDATA *gb_seq, AWT_canvas *ntw, GB_CB_TYPE type){
62    SEC_root * sec_root = SEC_GRAPHIC->sec_root;
63    GB_transaction tscope(gb_main);
64   
65    delete sec_root->template_sequence;
66    sec_root->template_sequence = 0;
67    sec_root->template_length = -1;
68
69    if (type == GB_CB_DELETE){
70        sec_root->gb_template = 0;
71    }else{
72        sec_root->template_sequence = GB_read_string(gb_seq);
73        sec_root->template_length = GB_read_string_count(gb_seq);
74    }
75    if (sec_root->helix){
76        sec_root->update();
77        ntw->recalc_size();
78        ntw->refresh();
79    }
80}
81
82void SEC_sequence_changed_cb(GBDATA *gb_seq, AWT_canvas *ntw, GB_CB_TYPE type){
83    SEC_root * sec_root = SEC_GRAPHIC->sec_root;
84    GB_transaction tscope(gb_main);
85   
86    delete sec_root->sequence;
87    sec_root->sequence = 0;
88    sec_root->sequence_length = -1;
89
90    if (type == GB_CB_DELETE || !sec_root->gb_sequence){
91        sec_root->gb_sequence = 0;
92    }else{
93        sec_root->sequence = GB_read_string(gb_seq);
94        sec_root->sequence_length = GB_read_string_count(gb_seq);
95    }
96    if (sec_root->helix){
97        sec_root->update();
98        ntw->recalc_size();
99        ntw->refresh();
100    }
101}
102
103static inline int isInView(AW_pos x, AW_pos y, const AW_rectangle &view) {
104    double xborder = view.b - view.t;
105    double yborder = view.r - view.l;
106   
107    xborder = xborder*0.1;
108    yborder = yborder*0.1;
109   
110    return x >= (view.l+xborder) &&
111        y >= (view.t+yborder) &&
112        x <= (view.r-xborder) &&
113        y <= (view.b-yborder);
114}
115
116void SEC_cursor_position_changed_cb(AW_root *awr, AWT_canvas *ntw) {
117    SEC_root * sec_root = SEC_GRAPHIC->sec_root;
118    GB_transaction tscope(gb_main);
119    int seq_pos = awr->awar_int(AWAR_CURSOR_POSITION)->read_int()-1; // sequence position is starting with 1
120    sec_root->set_cursor(seq_pos);
121    if (sec_root->helix) {
122        sec_root->update();
123        ntw->recalc_size();     
124        ntw->refresh();
125       
126        // check if cursor is in view
127       
128        AW_device *device = ntw->aww->get_device(AW_MIDDLE_AREA);
129        AW_rectangle screen;
130        device->get_area_size(&screen);
131       
132        AW_pos x1, y1, x2, y2;
133        sec_root->get_last_drawed_cursor_position(x1, y1, x2, y2);
134       
135        if (x1 || y1 || x2 || y2) { // valid position (calls at startup have no valid positions)
136            AW_pos X1, Y1, X2, Y2;
137           
138            device->transform(x1, y1, X1, Y1);
139            device->transform(x2, y2, X2, Y2);
140           
141            if (!isInView(X1, Y1, screen) || !isInView(X2, Y2, screen)) { // cursor is outside view
142                double curs_x = (X1+X2)/2;
143                double curs_y = (Y1+Y2)/2;
144                double offsetx = screen.l + (screen.l+screen.r)/2 - curs_x;
145                double offsety = screen.t + (screen.t+screen.b)/2 - curs_y;
146               
147#if defined(DEBUG) && 1
148                printf("Auto-Scroll: offsetx = %f / offsety = %f\n", offsetx, offsety);
149#endif
150                ntw->scroll(NULL, (int)(-offsetx), (int)(-offsety), AW_FALSE);
151                ntw->refresh();
152            }
153        }
154    }
155}
156
157void SEC_center_cb(AW_window *aw, AWT_canvas *ntw, AW_CL)
158{
159    ntw->recalc_size();
160    ntw->refresh(); // do one refresh to calculate current cursor position
161   
162    AW_device *device = aw->get_device(AW_MIDDLE_AREA);
163    AW_rectangle screen;
164    device->get_area_size(&screen);
165       
166    AW_pos x1, y1, x2, y2;
167    SEC_root * sec_root = SEC_GRAPHIC->sec_root;
168    sec_root->get_last_drawed_cursor_position(x1, y1, x2, y2);
169
170    if (x1 || y1 || x2 || y2) { // valid position (calls at startup have no valid positions)
171        AW_pos X1, Y1, X2, Y2;
172           
173        device->transform(x1, y1, X1, Y1);
174        device->transform(x2, y2, X2, Y2);
175       
176        double curs_x = (X1+X2)/2;
177        double curs_y = (Y1+Y2)/2;
178        double offsetx = screen.l + (screen.l+screen.r)/2 - curs_x;
179        double offsety = screen.t + (screen.t+screen.b)/2 - curs_y;
180       
181        ntw->scroll(NULL, (int)(-offsetx), (int)(-offsety), AW_FALSE);
182        ntw->refresh();
183    }
184}
185
186
187void SEC_species_name_changed_cb(AW_root *awr, AWT_canvas *ntw){
188    SEC_root * sec_root = SEC_GRAPHIC->sec_root;
189    GB_transaction tscope(gb_main);
190    if (sec_root->gb_sequence){ // remove old callback
191        GB_remove_callback(sec_root->gb_sequence,(GB_CB_TYPE)(GB_CB_DELETE | GB_CB_CHANGED),(GB_CB)SEC_sequence_changed_cb, (int *)ntw);
192        sec_root->gb_sequence = 0;
193    }
194    char *species_name = awr->awar_string(AWAR_SPECIES_NAME)->read_string();
195    GBDATA *gb_species = GBT_find_species(gb_main,species_name);
196    if (gb_species){
197        char *ali_name = GBT_get_default_alignment(gb_main);
198        sec_root->gb_sequence = GBT_read_sequence(gb_species, ali_name);
199        if (sec_root->gb_sequence){
200            GB_add_callback(sec_root->gb_sequence,(GB_CB_TYPE)(GB_CB_DELETE | GB_CB_CHANGED),(GB_CB)SEC_sequence_changed_cb, (int *)ntw);
201        }
202        delete ali_name;
203    }
204    SEC_sequence_changed_cb( sec_root->gb_sequence, ntw, GB_CB_CHANGED);
205
206    delete species_name;
207}
208
209void SEC_root::init_sequences(AW_root *awr, AWT_canvas *ntw){
210    GB_transaction tscope(gb_main);
211
212   
213    GBDATA *gb_species = GBT_find_SAI(gb_main,"ECOLI");
214    if (gb_species){
215        char *ali_name = GBT_get_default_alignment(gb_main);
216        gb_template = GBT_read_sequence(gb_species, ali_name);
217        if (gb_template){
218            GB_add_callback(gb_template,(GB_CB_TYPE)(GB_CB_DELETE | GB_CB_CHANGED),(GB_CB)SEC_template_changed_cb, (int *)ntw);
219        }
220        delete ali_name;
221    }else{
222        aw_message("ECOLI SAI not found");
223    }
224   
225    SEC_template_changed_cb( gb_template,ntw, GB_CB_CHANGED);
226       
227    awr->awar_string(AWAR_SPECIES_NAME,"",gb_main)->add_callback((AW_RCB1)SEC_species_name_changed_cb, (AW_CL)ntw);;
228    SEC_species_name_changed_cb(awr,ntw);
229   
230    awr->awar_string(AWAR_CURSOR_POSITION,"",gb_main)->add_callback((AW_RCB1)SEC_cursor_position_changed_cb, (AW_CL)ntw);;
231    SEC_cursor_position_changed_cb(awr, ntw);
232
233    helix = new BI_helix(awr);
234    GB_ERROR error = helix->init(gb_main);
235    if (error){
236        aw_message(error);
237    }
238
239    ecoli = new BI_ecoli_ref();
240    ecoli->init(gb_main);
241
242    /******************************************************************************
243     * Initialize the two strings that protocoll if a valid base-position was found
244     ******************************************************************************/
245    //if (number_found == NULL) {
246    //number_found = new int[template_length];
247    //}
248    //if (found_abs_pos == NULL) {
249    //  found_abs_pos = new char[template_length];
250    // }
251   
252    SEC_root * sec_root = SEC_GRAPHIC->sec_root;
253    sec_root->update(0);
254}
255
256void sec_mode_event( AW_window *aws, AWT_canvas *ntw, AWT_COMMAND_MODE mode)
257{
258    SEC_root *sec_root = SEC_GRAPHIC->sec_root;
259    AWUSE(aws);
260    const char *text = 0;
261    //    static int story = 0;
262   
263    switch(mode){
264        case AWT_MODE_ZOOM: {
265            text="ZOOM MODE    LEFT: drag to zoom   RIGHT: zoom out";
266            sec_root->show_constraints = 0;
267            break;
268        }
269        case AWT_MODE_MOVE: {
270            text="HELIX MODE    LEFT: build helix   RIGHT: remove helix";
271            sec_root->show_constraints = 0;
272            break;
273        }
274        case AWT_MODE_SETROOT: {
275            text="SET ROOT MODE    LEFT: Set logical center of secondary structure";
276            sec_root->show_constraints = 0;
277            break;
278        }
279        case AWT_MODE_ROT: {
280            text="ROTATE MODE    LEFT: Rotate SUBhelix RIGHT: rotate strand";
281            sec_root->show_constraints = 0;
282            break;
283        }
284        case AWT_MODE_MOD: {
285            text="CONSTRAINT MODE    LEFT: modify constraint";
286            sec_root->show_constraints = 1;
287            break;
288        }
289        case AWT_MODE_LINE: {
290            text="SET CURSOR MODE    LEFT: Set Cursor in ARB_EDIT4";
291            sec_root->show_constraints = 0;
292            break;
293        }
294        default: {
295            sec_assert(0);
296            break;
297        }
298    }
299    aws->get_root()->awar("tmp/LeftFooter")->write_string( text);
300    ntw->set_mode(mode);
301    ntw->refresh();
302}
303
304void SEC_undo_cb(AW_window *aw, AWT_canvas *ntw, AW_CL undo_type)
305{
306    AWUSE(aw);
307    GB_ERROR error = GB_undo(gb_main,(GB_UNDO_TYPE)undo_type);
308    if (error) {
309        aw_message(error);
310    }
311    else{
312        GB_begin_transaction(gb_main);
313        GB_commit_transaction(gb_main);
314        ntw->refresh();
315    }
316}
317
318#define MAXLINESIZE     500     
319#define ASS             "ARB secondary structure v1"
320#define ASS_START       "["ASS"]\n"
321#define ASS_EOS         "[end of structure]\n"
322#define ASS_EOF         "[end of "ASS"]\n"
323
324#if 0
325static GB_ERROR read_helix_info(char **helix, int *helix_length,  char **helix_nr, int *helix_nr_length)
326{
327    GB_transaction transAction(gb_main);
328    GB_ERROR err = 0;
329   
330    char *helix_name = GBT_get_default_helix(gb_main);
331    char *helix_nr_name = GBT_get_default_helix_nr(gb_main);
332    char *alignment_name = GBT_get_default_alignment(gb_main);
333   
334    GBDATA *gb_extended_data = GB_search(gb_main,"extended_data",GB_CREATE_CONTAINER);
335    long size2 = GBT_get_alignment_len(gb_main,alignment_name);
336    if (size2<=0) err = (char *)GB_get_error();
337    if (!err) {
338        GBDATA *gb_helix_nr_con = GBT_find_SAI_rel_exdata(gb_extended_data, helix_nr_name);
339        GBDATA *gb_helix_con = GBT_find_SAI_rel_exdata(gb_extended_data, helix_name);
340        GBDATA *gb_helix = 0;
341        GBDATA *gb_helix_nr = 0;
342       
343        if (gb_helix_nr_con)    gb_helix_nr = GBT_read_sequence(gb_helix_nr_con,alignment_name);
344        if (gb_helix_con)       gb_helix = GBT_read_sequence(gb_helix_con,alignment_name);
345       
346        *helix = 0;
347        *helix_nr = 0;
348       
349        if (!gb_helix) {
350            err =  "Cannot find the helix";
351        }
352        else if (gb_helix_nr) {
353            *helix_nr = GB_read_string(gb_helix_nr);
354            *helix_nr_length = GB_read_string_count(gb_helix_nr);
355        }
356       
357        if (!err) {
358            *helix = GB_read_string(gb_helix);
359            *helix_length = GB_read_string_count(gb_helix);
360        }
361    }
362   
363    free(alignment_name);
364    free(helix_nr_name);
365    free(helix_name);
366   
367    return err;
368}
369#endif
370
371static char *encode_xstring_rel_helix(GB_CSTR x_string, int xlength, BI_helix *helix, int *no_of_helices_ptr)
372{
373    int allocated = 100;
374    int no_of_helices = 0;
375    char *rel_helix = (char*)malloc(sizeof(*rel_helix)*allocated);
376    int pos;
377    int start_helix = -1;
378    char *start_helix_nr = 0;
379    int end_helix = -1;
380   
381    for (pos=0; ; pos++) {
382        BI_helix::BI_helix_entry *entry = &(helix->entries[pos]);
383        //char *helix_nr = 0;
384       
385        if (entry->pair_type!=HELIX_NONE) {
386            char *helix_nr = entry->helix_nr;
387           
388            if (helix_nr==start_helix_nr) { // same helix_nr as last
389                end_helix = pos;
390            }
391            else { // new helix_nr
392                if (start_helix_nr) { // not first helix -> store state of last helix
393                insert_helix:               
394                    helix_nr = entry->helix_nr; // re-init (needed in case of goto insert_helix)
395                    int is_used_in_secondary_structure = !!(x_string[start_helix]=='x' && x_string[end_helix+1]=='x');
396                   
397#if defined(DEBUG) && 0
398                    printf("Helix #%s von %i bis %i (used=%i)\n", start_helix_nr, start_helix, end_helix, is_used_in_secondary_structure);
399#endif
400                   
401                    if (no_of_helices==allocated) {
402                        allocated += 100;
403                        rel_helix = (char*)realloc(rel_helix, sizeof(*rel_helix)*allocated);
404                    }
405                    rel_helix[no_of_helices++] = '0'+is_used_in_secondary_structure;
406                    rel_helix[no_of_helices] = 0;
407                    if (pos==(xlength-1)) {
408                        break;
409                    }
410                }
411                start_helix = pos;
412                end_helix = pos;
413                start_helix_nr = helix_nr;
414            }
415        }
416       
417        if (pos==(xlength-1)) { // last position?
418            if (start_helix_nr) {
419                goto insert_helix;
420            }
421        }
422    }
423   
424    *no_of_helices_ptr = no_of_helices;
425    return rel_helix;
426}
427
428static void decode_xstring_rel_helix(GB_CSTR rel_helix, char *x_buffer, int xlength, BI_helix *helix, int *no_of_helices_ptr)
429{
430    int no_of_helices = 0;
431    int pos;
432    int start_helix = 0;
433    int end_helix = -1;
434    char *start_helix_nr = 0;
435    int rel_pos = 0;
436   
437    for (pos=0; ; pos++) {
438        BI_helix::BI_helix_entry *entry = &(helix->entries[pos]);
439        //char *helix_nr;
440       
441        if (entry->pair_type!=HELIX_NONE) {
442            char *helix_nr = entry->helix_nr;
443           
444            if (helix_nr==start_helix_nr) { // same helix as last
445                end_helix = pos;
446            }
447            else { // new helix nr
448                if (start_helix_nr) { // not first helix -> write last to xstring
449                insert_helix:
450                    helix_nr = entry->helix_nr; // re-init (needed in case of goto insert_helix)
451                    char flag = rel_helix[rel_pos++];
452                   
453                    no_of_helices++;
454                    if (flag=='1') {
455                        sec_assert(end_helix!=-1);
456                        x_buffer[start_helix] = 'x';
457                        x_buffer[end_helix+1] = 'x';
458                    }
459                    else if (flag!='0') {
460                        if (flag==0) break; // eos
461                        sec_assert(0); // illegal character
462                        break;
463                    }
464                    if (pos==(xlength-1)) {
465                        break;
466                    }
467                }
468                start_helix = pos;
469                end_helix = pos;
470                start_helix_nr = helix_nr;
471            }
472        }
473        if (pos==(xlength-1)) {
474            if (start_helix_nr) {
475                goto insert_helix;
476            }
477        }
478    }
479   
480    *no_of_helices_ptr = no_of_helices;
481}
482
483static void export_structure_to_file(AW_window *, AW_CL /*cl_ntw*/)
484{
485    //    AWT_canvas *ntw = (AWT_canvas*)cl_ntw;
486    //    SEC_graphic *sec_graphic = (SEC_graphic*)ntw->tree_disp;
487    AW_root *aw_root = SEC_GRAPHIC->aw_root;
488    char *filename = aw_root->awar(AWAR_SECEDIT_IMEXPORT_BASE"/file_name")->read_string();   
489    FILE *out = fopen(filename, "wt");
490    GB_ERROR error = 0;
491       
492    if (out) {
493        SEC_root *sec_root = SEC_GRAPHIC->sec_root;
494       
495        fputs(ASS_START, out);
496       
497        char *strct = sec_root->write_data();
498        fputs(strct, out);
499        free(strct);
500       
501        fputs(ASS_EOS, out);
502       
503        char *x_string = sec_root->x_string;
504        int no_of_helices;
505        int xlength = strlen(x_string);
506        char *xstring_rel_helix = encode_xstring_rel_helix(x_string, xlength, sec_root->helix, &no_of_helices);
507       
508        fprintf(out, "no of helices=%i\nlength of xstring=%i\nxstring_rel_helix=%s\n", no_of_helices, xlength, xstring_rel_helix);     
509        free(xstring_rel_helix);
510       
511        fputs(ASS_EOF, out);
512        fclose(out);
513    }
514    else {
515        error = GB_export_error("Can't write secondary structure to '%s'", filename);
516    }
517   
518    if (error) {
519        aw_message(error, "Not ok");
520    }
521}
522
523static const char *scan_token(char *line, const char *token)
524{
525    char *gleich = strchr(line, '=');
526   
527    if (gleich) {
528        gleich[0] = 0;
529        if (strcmp(line, token)==0) {
530            return gleich+1;
531        }
532    }
533   
534    return 0;
535}
536
537static void import_structure_from_file(AW_window *, AW_CL cl_ntw)
538{
539    AWT_canvas *ntw = (AWT_canvas*)cl_ntw;
540    //    SEC_graphic *sec_graphic = (SEC_graphic*)ntw->tree_disp;
541    AW_root *aw_root = SEC_GRAPHIC->aw_root;
542    char *filename = aw_root->awar(AWAR_SECEDIT_IMEXPORT_BASE"/file_name")->read_string();   
543    FILE *in = fopen(filename, "rt");
544    GB_ERROR error = 0;
545   
546    if (!in) {
547        error = GB_export_error("Can't open file '%s'", filename);
548    }
549   
550    if (!error) {
551        int salloc = 1000;
552        char *strct = new char[salloc];
553        int slen = 0;
554        char *x_string = 0;
555        char line[MAXLINESIZE];
556        SEC_root *sec_root = SEC_GRAPHIC->sec_root;
557   
558        fgets(line, MAXLINESIZE, in);
559        int llen = strlen(line);
560        if (llen>=MAXLINESIZE) {
561        long_line:
562            error = GB_export_error("File '%s' contains line longer than %i chars -- import aborted", filename, llen);
563        }
564       
565        if (!error) {
566            if (strcmp(line, ASS_START)!=0) {
567            wrong_format:           
568                error = GB_export_error("File '%s' is not a ARB secondary structure file", filename);
569            }
570            else {
571                while (1) {
572                    fgets(line, MAXLINESIZE, in);
573                    llen = strlen(line);
574                    if (llen>=MAXLINESIZE) goto long_line;
575                   
576                    if (strcmp(line, ASS_EOS)==0) { // end of structure
577                        break;
578                    }
579                   
580                    if ((slen+llen+1)>salloc) {
581                        salloc += 1000;
582                        char *new_strct = new char[salloc];
583                        memcpy(new_strct, strct, slen);
584                        delete strct;
585                        strct = new_strct;
586                    }
587                   
588                    strcpy(strct+slen, line);
589                    slen += llen;
590                }
591               
592                fgets(line, MAXLINESIZE, in);
593                llen = strlen(line);
594                if (llen>=MAXLINESIZE) goto long_line;
595                const char *rest = scan_token(line, "no of helices");
596                if (!rest) goto wrong_format;
597                int no_of_helices = atoi(rest);
598               
599                fgets(line, MAXLINESIZE, in);
600                llen = strlen(line);
601                if (llen>=MAXLINESIZE) goto long_line;
602                rest = scan_token(line, "length of xstring");
603                if (!rest) goto wrong_format;
604                int xlength = atoi(rest);
605               
606                fgets(line, MAXLINESIZE, in);
607                llen = strlen(line);
608                if (llen>=MAXLINESIZE) goto long_line;
609               
610                char *rel_helix = 0;
611                {
612                    const char *crel_helix = scan_token(line, "xstring_rel_helix");
613                    if (!crel_helix) goto wrong_format;
614                    rel_helix = strdup(crel_helix);
615                    int rh_len = strlen(rel_helix);
616                    rel_helix[rh_len-1] = 0; // delete \n at eol
617                }
618               
619                x_string = new char[xlength+1];
620                memset(x_string, '.', xlength);
621                x_string[xlength] = 0;
622               
623#if defined(DEBUG) && 0
624                printf("x_string='%s'\n", x_string);
625#endif
626               
627                fgets(line, MAXLINESIZE, in);
628                llen = strlen(line);
629                if (llen>=MAXLINESIZE) goto long_line;
630                if (strcmp(line, ASS_EOF)!=0) goto wrong_format;
631               
632                int current_no_of_helices;
633                decode_xstring_rel_helix(rel_helix, x_string, xlength, sec_root->helix,&current_no_of_helices);
634                free(rel_helix);
635#if defined(DEBUG) && 0
636                printf("x_string='%s'\n", x_string);
637#endif
638                if (current_no_of_helices!=no_of_helices) {
639                    error = GB_export_error("You can't import a secondary structure if you changed the # of helices");
640                }
641            }
642        }
643       
644        if (!error) {
645            SEC_GRAPHIC->write_data_to_db(strct, x_string);
646            ntw->refresh();
647        }
648       
649        delete strct;
650        delete x_string;
651    }
652   
653    if (in) {
654        fclose(in);
655    }
656   
657    if (error) {
658        aw_message(error, "Not ok");
659    }
660}
661
662
663#undef MAXLINESIZE     
664#undef ASS
665#undef ASS_START
666#undef ASS_EOS
667#undef ASS_EOF
668
669static AW_window *SEC_importExport(AW_root *root, int export_to_file, AWT_canvas *ntw)
670{
671    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
672   
673    if (export_to_file) aws->init(root, "export_secondary_structure", "Export secondary structure to ...", 100, 100); 
674    else                aws->init(root, "import_secondary_structure", "Import secondary structure from ...", 100, 100); 
675   
676    aws->load_xfig("sec_imexport.fig");
677   
678    aws->at("close");
679    aws->callback((AW_CB0)AW_POPDOWN);
680    aws->create_button("CLOSE","CLOSE","C");                       
681
682    aws->at("help");
683    aws->callback( AW_POPUP_HELP, (AW_CL)"sec_imexport.hlp");
684    aws->create_button("HELP","HELP","H");                         
685
686    awt_create_selection_box((AW_window *)aws, AWAR_SECEDIT_IMEXPORT_BASE);
687
688    aws->at("cancel");
689    aws->callback( (AW_CB0)AW_POPDOWN);
690    aws->create_button("CANCEL","CANCEL","C");
691
692    aws->at("save");
693    if (export_to_file) {
694        aws->callback(export_structure_to_file, (AW_CL)ntw);
695        aws->create_button("EXPORT","EXPORT","E");                         
696    }
697    else {
698        aws->callback(import_structure_from_file, (AW_CL)ntw);
699        aws->create_button("IMPORT","IMPORT","I");                         
700    }
701   
702    return aws;
703}
704
705static AW_window *SEC_import(AW_root *root, AW_CL cl_ntw) { return SEC_importExport(root, 0, (AWT_canvas*)cl_ntw); }
706static AW_window *SEC_export(AW_root *root, AW_CL cl_ntw) { return SEC_importExport(root, 1, (AWT_canvas*)cl_ntw); }
707
708static void SEC_new_structure(AW_window *, AW_CL cl_ntw, AW_CL) {
709    GB_transaction dummy(gb_main);
710   
711    if (aw_message("This will delete your current secondary structure!", "Abort,Continue")) {
712        AWT_canvas *ntw = (AWT_canvas*)cl_ntw;
713        //      SEC_graphic *sec_graphic = (SEC_graphic *) ntw->tree_disp;
714        SEC_root *sec_root = SEC_GRAPHIC->sec_root;
715        char *ali_name = GBT_get_default_alignment(gb_main);
716        long ali_len = GBT_get_alignment_len(gb_main,ali_name);
717       
718        sec_root->create_default_bone(ali_len);
719        SEC_GRAPHIC->save(0, 0, 0, 0);
720       
721        ntw->recalc_size();
722        ntw->refresh();
723    }
724}
725
726AW_window *SEC_create_layout_window(AW_root *awr) {
727    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
728   
729    aws->init(awr, "SEC_LAYOUT", "SECEDIT Layout", 100, 100);
730    aws->load_xfig("sec_layout.fig");
731   
732    aws->callback((AW_CB0)AW_POPDOWN);
733    aws->at("close");
734    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
735   
736    aws->callback( AW_POPUP_HELP,(AW_CL)"sec_layout.hlp");
737    aws->at("help");
738    aws->create_button("HELP","HELP","H");
739   
740    aws->at("strand_dist");
741    aws->label("Distance between strands:");
742    aws->create_input_field(AWAR_SECEDIT_DIST_BETW_STRANDS);
743   
744    int x, dummy;
745    aws->at("chars");
746    aws->get_at_position(&x, &dummy);
747   
748#define PAIR_FIELDS(lower, upper)                               \
749    aws->at(lower "_pair");                                     \
750    aws->create_input_field(AWAR_SECEDIT_##upper##_PAIRS, 30);  \
751    aws->at_x(x);                                               \
752    aws->create_input_field(AWAR_SECEDIT_##upper##_PAIR_CHAR, 1)
753   
754    PAIR_FIELDS("strong", STRONG);
755    PAIR_FIELDS("normal", NORMAL);
756    PAIR_FIELDS("weak", WEAK);
757    PAIR_FIELDS("no", NO);
758    PAIR_FIELDS("user", USER);
759   
760#undef PAIR_FIELDS   
761   
762    return aws;
763}
764
765AW_window *SEC_create_main_window(AW_root *awr){
766    GB_transaction tscope(gb_main);
767   
768    AW_window_menu_modes *awm = new AW_window_menu_modes();
769    awm->init(awr,"ARB_SECEDIT", "ARB_SECEDIT", 800,600,10,10);
770   
771    SEC_create_awars(awr, AW_ROOT_DEFAULT);
772
773    AW_gc_manager aw_gc_manager;
774    SEC_GRAPHIC = new SEC_graphic(awr,gb_main);
775    AWT_canvas *ntw = new AWT_canvas(gb_main,awm, SEC_GRAPHIC, aw_gc_manager,AWAR_SPECIES_NAME);
776   
777    SEC_add_awar_callbacks(awr, AW_ROOT_DEFAULT, ntw); 
778   
779    SEC_GRAPHIC->sec_root->init_sequences(awr,ntw);
780    GB_ERROR err = SEC_GRAPHIC->load(gb_main,0,0,0);
781    if (err) return 0;
782   
783    ntw->recalc_size();
784    ntw->set_mode(AWT_MODE_ZOOM); // Default-Mode
785   
786    awm->create_menu( 0, "File", "F", "secedit_file.hlp",  AWM_ALL );
787   
788    awm->insert_menu_topic("secedit_new", "New Structure", "N", 0, AWM_ALL, (AW_CB)SEC_new_structure, (AW_CL)ntw, 0);
789    awm->insert_menu_topic("secedit_import", "Import Structure ...", "I", "secedit_imexport.hlp", AWM_ALL, AW_POPUP, (AW_CL)SEC_import, (AW_CL)ntw);
790    awm->insert_menu_topic("secedit_export", "Export Structure ...", "E", "secedit_imexport.hlp", AWM_ALL, AW_POPUP, (AW_CL)SEC_export, (AW_CL)ntw);
791   
792    awm->insert_menu_topic("print_secedit", "Print Structure ...", "P","secedit2prt.hlp",       AWM_ALL,        (AW_CB)AWT_create_print_window, (AW_CL)ntw, 0 );
793#if defined(FREESTANDING)   
794    awm->insert_menu_topic( "quit", "Quit",  "Q","quit.hlp", AWM_ALL, (AW_CB)SEC_quit_cb, 0,0);
795#else   
796    awm->insert_menu_topic( "close", "Close", "C","quit.hlp", AWM_ALL, (AW_CB)AW_POPDOWN, 1,0);
797#endif   
798
799    awm->create_menu("props","Properties","r","properties.hlp", AWM_ALL);
800    awm->insert_menu_topic("props_menu",        "Menu: Colors and Fonts ...",   "M","props_frame.hlp",  AWM_ALL, AW_POPUP, (AW_CL)AW_preset_window, 0 );
801    awm->insert_menu_topic("props_secedit",     "SECEDIT: Colors and Fonts ...","C","secedit_props_data.hlp",AWM_ALL, AW_POPUP, (AW_CL)AW_create_gc_window, (AW_CL)aw_gc_manager );
802    awm->insert_menu_topic("sec_layout", "Layout", "L", "sec_layout.hlp", AWM_ALL, AW_POPUP, (AW_CL)SEC_create_layout_window, 0);
803    awm->insert_menu_topic("save_props",        "Save Defaults (in ~/.arb_prop/secedit.arb)",   "D","savedef.hlp",      AWM_ALL, (AW_CB) AW_save_defaults, 0, 0 );
804
805    awm->create_mode( 0, "zoom.bitmap", "sec_mode.hlp", AWM_ALL, (AW_CB)sec_mode_event,(AW_CL)ntw,(AW_CL)AWT_MODE_ZOOM);
806    awm->create_mode( 0, "sec_modify.bitmap", "sec_mode.hlp", AWM_ALL, (AW_CB)sec_mode_event,(AW_CL)ntw,(AW_CL)AWT_MODE_MOVE);
807    awm->create_mode( 0, "setroot.bitmap", "sec_mode.hlp", AWM_ALL, (AW_CB)sec_mode_event,(AW_CL)ntw,(AW_CL)AWT_MODE_SETROOT);
808    awm->create_mode( 0, "rot.bitmap", "sec_mode.hlp", AWM_ALL, (AW_CB)sec_mode_event,(AW_CL)ntw,(AW_CL)AWT_MODE_ROT);
809    awm->create_mode( 0, "info.bitmap", "sec_mode.hlp", AWM_ALL, (AW_CB)sec_mode_event,(AW_CL)ntw,(AW_CL)AWT_MODE_MOD);
810    awm->create_mode( 0, "sec_setcurs.bitmap", "sec_mode.hlp", AWM_ALL, (AW_CB)sec_mode_event,(AW_CL)ntw,(AW_CL)AWT_MODE_LINE);
811   
812    awm->set_info_area_height( 250 );
813    awm->at(5,2);
814    awm->auto_space(5,-2);
815
816    int db_pathx,db_pathy;
817    awm->get_at_position( &db_pathx,&db_pathy );
818       
819    awm->button_length(0);
820    awm->help_text("quit.hlp");
821#if defined(FREESTANDING)
822    awm->callback( SEC_quit_cb,0,0);
823    awm->create_button("Quit", "Quit");
824#else   
825    awm->callback((AW_CB0)AW_POPDOWN);
826    awm->create_button("Close", "Close");
827#endif
828   
829    awm->callback(AW_POPUP_HELP,(AW_CL)"arb_secedit.hlp");
830    awm->button_length(0);
831    awm->help_text("help.hlp");
832    awm->create_button("HELP", "HELP","H");
833   
834    awm->callback( AW_help_entry_pressed );
835    awm->create_button(0,"?");
836
837    awm->callback((AW_CB)SEC_undo_cb,(AW_CL)ntw,(AW_CL)GB_UNDO_UNDO);
838    awm->help_text("undo.hlp");
839    awm->create_button("Undo", "Undo");
840
841    awm->callback((AW_CB)SEC_undo_cb,(AW_CL)ntw,(AW_CL)GB_UNDO_REDO);
842    awm->help_text("undo.hlp");
843    awm->create_button("Redo", "Redo");
844   
845    awm->callback((AW_CB)SEC_center_cb,(AW_CL)ntw,(AW_CL)0);
846    awm->help_text("center.hlp");
847    awm->create_button("Center", "Center");
848   
849    awm->button_length(100);
850    awm->at_newline();
851    awm->create_button(0,"tmp/LeftFooter");
852    awm->at_newline();
853    awm->get_at_position( &db_pathx,&db_pathy );
854    awm->set_info_area_height( db_pathy+6 );
855   
856    return awm;
857}
858
859#if defined(FREESTANDING)
860int
861main(int argc, char **argv){
862    AWUSE(argc);
863    AWUSE(argv);
864   
865    AW_root *aw_root;
866    AW_default aw_default;
867    aw_initstatus();
868    aw_root = new AW_root;
869    aw_default = aw_root->open_default(".arb_prop/secedit.arb");
870    aw_root->init_variables(aw_default);
871    aw_root->init("ARB_SECEDIT");
872    gb_main = NULL;
873       
874    gb_main = GBT_open(":","rw",0);
875    if (!gb_main) {
876        aw_message(GB_get_error(),"OK");
877        exit(0);
878    }
879       
880
881    AW_window *aww = SEC_create_main_window(aw_root);
882    aww->show();
883
884    aw_root->main_loop();
885    return 0;
886}
887#endif
888
889
890
891SEC_BASE_TYPE SEC_helix_strand::getType() {
892    return SEC_HELIX_STRAND;
893}
894
895SEC_BASE_TYPE SEC_segment::getType() {
896    return SEC_SEGMENT;
897}
898
899SEC_BASE_TYPE SEC_loop::getType() {
900    return SEC_LOOP;
901}
902
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.