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| Line | |
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| 1 | #ifndef __RNS_H |
|---|
| 2 | #define __RNS_H |
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| 3 | |
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| 4 | #ifndef __DEFINES_H |
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| 5 | #include "defines.h" |
|---|
| 6 | #endif |
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| 7 | #ifndef __BASE_H |
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| 8 | #include "base.h" |
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| 9 | #endif |
|---|
| 10 | #ifndef __SIMCFG_H |
|---|
| 11 | #include "simcfg.h" |
|---|
| 12 | #endif |
|---|
| 13 | #ifndef __FRAND_H |
|---|
| 14 | #include "frand.h" |
|---|
| 15 | #endif |
|---|
| 16 | |
|---|
| 17 | typedef double SingleProb[BASETYPES]; |
|---|
| 18 | typedef double DoubleProb[BASETYPES][BASETYPES]; |
|---|
| 19 | |
|---|
| 20 | /* /------------------------\ */ |
|---|
| 21 | /* | Erzeugung der Ur-RNS | */ |
|---|
| 22 | /* \------------------------/ */ |
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| 23 | |
|---|
| 24 | extern int orgLen; |
|---|
| 25 | extern double orgHelixPart; |
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| 26 | |
|---|
| 27 | /* /------------\ */ |
|---|
| 28 | /* | Mutation | */ |
|---|
| 29 | /* \------------/ */ |
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| 30 | |
|---|
| 31 | extern int timeSteps; |
|---|
| 32 | extern Frand mrpb_Init, |
|---|
| 33 | l2hrpb_Init, |
|---|
| 34 | pairPart, |
|---|
| 35 | mutationRate, |
|---|
| 36 | splitRate, |
|---|
| 37 | helixGcDruck, |
|---|
| 38 | helixGcRate, |
|---|
| 39 | helixAtRate, |
|---|
| 40 | loopGcDruck, |
|---|
| 41 | loopGcRate, |
|---|
| 42 | loopAtRate; |
|---|
| 43 | extern double transitionRate, |
|---|
| 44 | transversionRate; |
|---|
| 45 | |
|---|
| 46 | /* /----------------------\ */ |
|---|
| 47 | /* | Ausgabefilepointer | */ |
|---|
| 48 | /* \----------------------/ */ |
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| 49 | |
|---|
| 50 | extern FILE *topo, |
|---|
| 51 | *seq; |
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| 52 | |
|---|
| 53 | /* /----------------\ */ |
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| 54 | /* | Eine Species | */ |
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| 55 | /* \----------------/ */ |
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| 56 | |
|---|
| 57 | extern int rnsCreated; /* Anzahl bisher erzeugter Species */ |
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| 58 | |
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| 59 | typedef struct S_RNS |
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| 60 | { |
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| 61 | char *base; /* Array der Basen */ |
|---|
| 62 | int bases, /* Anzahl Basen */ |
|---|
| 63 | helix, /* Anzahl Basenpaare in helikalen Bereichen */ |
|---|
| 64 | pairing, /* Anzahl paarender Basenpaare (G-C und A-T) */ |
|---|
| 65 | laufNr; /* erhht sich mit jeder neuen RNS (fr Namensvergabe) */ |
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| 66 | |
|---|
| 67 | } *RNS; |
|---|
| 68 | |
|---|
| 69 | __PROTOTYPEN__ |
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| 70 | |
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| 71 | RNS createOriginRNS (void); |
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| 72 | void freeRNS (RNS rns); |
|---|
| 73 | void splitRNS (RNS origin, double age, int steps, int depth); |
|---|
| 74 | |
|---|
| 75 | void dumpDepths (void); |
|---|
| 76 | |
|---|
| 77 | __PROTOENDE__ |
|---|
| 78 | |
|---|
| 79 | #endif |
|---|
Note: See
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