1 | #include "simcfg.h" |
---|
2 | |
---|
3 | #ifndef __READCFG_H |
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4 | #include "readcfg.h" |
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5 | #endif |
---|
6 | #ifndef __MATH_H |
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7 | #include <math.h> |
---|
8 | #endif |
---|
9 | #ifndef __STDLIB_H |
---|
10 | #include <stdlib.h> |
---|
11 | #endif |
---|
12 | #ifndef __STRING_H |
---|
13 | #include <string.h> |
---|
14 | #endif |
---|
15 | #ifndef __RNS_H |
---|
16 | #include "rns.h" |
---|
17 | #endif |
---|
18 | |
---|
19 | extern struct S_cfgLine cfg_lines[]; |
---|
20 | |
---|
21 | /* -------------------------------------------------------------------------- */ |
---|
22 | /* static int decodeFrand(str setting, void *frandPtr) */ |
---|
23 | /* ------------------------------------------------------ 20.05.95 18.19 ---- */ |
---|
24 | static int decodeFrand(str setting, void *frandPtr) |
---|
25 | { |
---|
26 | str medium = strtok(setting, " "), |
---|
27 | low = strtok(NULL, " "), |
---|
28 | high = strtok(NULL, " "); |
---|
29 | |
---|
30 | if (medium && low && high) |
---|
31 | { |
---|
32 | double med_val = atof(medium), |
---|
33 | low_val = atof(low), |
---|
34 | high_val = atof(high); |
---|
35 | |
---|
36 | if (med_val<=0.0 || med_val>=1.0) |
---|
37 | { |
---|
38 | setCfgError("Der Mittelwert muá ZWISCHEN 0.0 und 1.0 liegen"); |
---|
39 | return 0; |
---|
40 | } |
---|
41 | else |
---|
42 | { |
---|
43 | double change = fabs(low_val)+fabs(high_val); |
---|
44 | |
---|
45 | if (change>=med_val || change>=(1.0-med_val)) |
---|
46 | { |
---|
47 | setCfgError("Die Summe von nieder- und hochfrequentem Anteil " |
---|
48 | "ist zu groá und erreicht eine der Grenzen 0.0 " |
---|
49 | "bzw. 1.0"); |
---|
50 | |
---|
51 | return 0; |
---|
52 | } |
---|
53 | } |
---|
54 | |
---|
55 | *((Frand*)frandPtr) = initFrand(med_val, low_val, high_val); |
---|
56 | |
---|
57 | return 1; |
---|
58 | } |
---|
59 | |
---|
60 | setCfgError("Syntax lautet: <Mittelwert> <niederfrequenter Anteil> <hochfrequenter Anteil>"); |
---|
61 | |
---|
62 | return 0; |
---|
63 | } |
---|
64 | /* -------------------------------------------------------------------------- */ |
---|
65 | /* static int decodeInt(str setting, void *intPtr) */ |
---|
66 | /* ------------------------------------------------------ 20.05.95 12.33 ---- */ |
---|
67 | static int decodeInt(str setting, void *intPtr) |
---|
68 | { |
---|
69 | *((int*)intPtr) = atoi(setting); |
---|
70 | return 1; |
---|
71 | } |
---|
72 | /* -------------------------------------------------------------------------- */ |
---|
73 | /* static int decodeProb(str setting, void *doublePtr) */ |
---|
74 | /* ------------------------------------------------------ 17.05.95 21.55 ---- */ |
---|
75 | static int decodeProb(str setting, void *doublePtr) |
---|
76 | { |
---|
77 | double *dptr = (double*)doublePtr; |
---|
78 | |
---|
79 | *dptr = atof(setting); |
---|
80 | |
---|
81 | if (*dptr<0.0 || *dptr>1.0) |
---|
82 | { |
---|
83 | setCfgError("Wahrscheinlichkeit muá zwischen 0.0 und 1.0 liegen"); |
---|
84 | return 0; |
---|
85 | } |
---|
86 | |
---|
87 | return 1; |
---|
88 | } |
---|
89 | /* -------------------------------------------------------------------------- */ |
---|
90 | /* void readSimCfg(cstr fname) */ |
---|
91 | /* ------------------------------------------------------ 17.05.95 22:10 ---- */ |
---|
92 | void readSimCfg(cstr fname) |
---|
93 | { |
---|
94 | int lenTeiler, |
---|
95 | stepTeiler; |
---|
96 | |
---|
97 | if (!readCfg(fname, cfg_lines)) errorf("Fehler beim Lesen von '%s'", fname); |
---|
98 | |
---|
99 | lenTeiler = (int)sqrt(orgLen); |
---|
100 | stepTeiler = (int)sqrt(timeSteps); |
---|
101 | |
---|
102 | mrpb_Init->teiler = lenTeiler; |
---|
103 | l2hrpb_Init->teiler = lenTeiler; |
---|
104 | pairPart->teiler = stepTeiler; |
---|
105 | mutationRate->teiler = stepTeiler; |
---|
106 | splitRate->teiler = stepTeiler; |
---|
107 | helixGcDruck->teiler = stepTeiler; |
---|
108 | helixGcRate->teiler = stepTeiler; |
---|
109 | helixAtRate->teiler = stepTeiler; |
---|
110 | loopGcDruck->teiler = stepTeiler; |
---|
111 | loopGcRate->teiler = stepTeiler; |
---|
112 | loopAtRate->teiler = stepTeiler; |
---|
113 | } |
---|
114 | |
---|
115 | static struct S_cfgLine cfg_lines[] = |
---|
116 | { |
---|
117 | |
---|
118 | /* /---------------------------------------\ */ |
---|
119 | /* | Nur zur Initialisierung notwendig : | */ |
---|
120 | /* \---------------------------------------/ */ |
---|
121 | |
---|
122 | { "OriginLen", "3000", decodeInt, &orgLen, "Anzahl Basen im der Ur-RNS" }, |
---|
123 | { "OriginHelixPart", "0.5", decodeProb, &orgHelixPart, "Anteil helikaler Bereiche (in der Ur-RNS)" }, |
---|
124 | { "MutRatePerBase", "0.5 0.01 0.4", decodeFrand, &mrpb_Init, "Mutationsrate pro Basenposition (wird nur bei Initialisierung verwendet)" }, |
---|
125 | { "Loop2HelixRate", "0.2 0.01 0.1", decodeFrand, &l2hrpb_Init, "Rate pro Basenposition mit der Loop- in Helix-Bereiche bergehen und vv. (wird nur bei Initialisierung verwendet)" }, |
---|
126 | { "TimeSteps", "50", decodeInt, &timeSteps, "Anzahl Zeitschritte" }, |
---|
127 | { "TransitionRate", "0.5", decodeProb, &transitionRate, "Transition-Rate" }, |
---|
128 | { "TransversionRate", "0.5", decodeProb, &transversionRate, "Transversion-Rate" }, |
---|
129 | |
---|
130 | /* /-----------------------------------------------------------------\ */ |
---|
131 | /* | Parameter, welche sich whrend des Baumdurchlaufs verndern : | */ |
---|
132 | /* \-----------------------------------------------------------------/ */ |
---|
133 | |
---|
134 | { "PairPart", "0.85 0.1 0.01", decodeFrand, &pairPart, "Gewuenschter Anteil paarender Helix-Bindungen (Mittelwert, Anteil durch niedr. Freq, hohe Freq.)" }, |
---|
135 | { "MutationRate", "0.01 0.005 0.001", decodeFrand, &mutationRate, "Mutationsrate" }, |
---|
136 | { "SplitProb", "0.2 0.1 0.01", decodeFrand, &splitRate, "Spaltungsrate" }, |
---|
137 | { "Helix-GC-Druck", "0.72 0.11 0.01", decodeFrand, &helixGcDruck, "Anteil der G-C Bindungen im Helixbereich" }, |
---|
138 | { "Helix-GC-Rate", "0.5 0.001 0.001", decodeFrand, &helixGcRate, "Verhltniss G:C im Helixbereich" }, |
---|
139 | { "Helix-AT-Rate", "0.5 0.001 0.001", decodeFrand, &helixAtRate, "Verhltniss A:T im Helixbereich" }, |
---|
140 | { "Loop-GC-Druck", "0.62 0.05 0.01", decodeFrand, &loopGcDruck, "Anteil der G-C Bindungen im Loopbereich" }, |
---|
141 | { "Loop-GC-Rate", "0.5 0.001 0.001", decodeFrand, &loopGcRate, "Verhltniss G:C im Loopbereich" }, |
---|
142 | { "Loop-AT-Rate", "0.5 0.001 0.001", decodeFrand, &loopAtRate, "Verhltniss A:T im Loopbereich" }, |
---|
143 | |
---|
144 | /* { "", "", decode, &, "" }, */ |
---|
145 | |
---|
146 | { NULL } |
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147 | }; |
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148 | |
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