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Line 
1#include "simcfg.h"
2
3#ifndef __READCFG_H
4    #include "readcfg.h"
5#endif
6#ifndef __MATH_H
7    #include <math.h>
8#endif
9#ifndef __STDLIB_H
10    #include <stdlib.h>
11#endif
12#ifndef __STRING_H
13    #include <string.h>
14#endif
15#ifndef __RNS_H
16    #include "rns.h"
17#endif
18
19extern struct S_cfgLine cfg_lines[];
20
21/* -------------------------------------------------------------------------- */
22/*      static int decodeFrand(str setting, void *frandPtr) */
23/* ------------------------------------------------------ 20.05.95 18.19 ---- */
24static int decodeFrand(str setting, void *frandPtr)
25{
26    str medium = strtok(setting, " "),
27        low    = strtok(NULL, " "),
28        high   = strtok(NULL, " ");
29
30    if (medium && low && high)
31    {
32        double med_val  = atof(medium),
33               low_val  = atof(low),
34               high_val = atof(high);
35
36        if (med_val<=0.0 || med_val>=1.0)
37        {
38            setCfgError("Der Mittelwert muá ZWISCHEN 0.0 und 1.0 liegen");
39            return 0;
40        }
41        else
42        {
43            double change = fabs(low_val)+fabs(high_val);
44
45            if (change>=med_val || change>=(1.0-med_val))
46            {
47                setCfgError("Die Summe von nieder- und hochfrequentem Anteil "
48                            "ist zu groá und erreicht eine der Grenzen 0.0 "
49                            "bzw. 1.0");
50
51                return 0;
52            }
53        }
54
55        *((Frand*)frandPtr) = initFrand(med_val, low_val, high_val);
56
57        return 1;
58    }
59
60    setCfgError("Syntax lautet: <Mittelwert> <niederfrequenter Anteil> <hochfrequenter Anteil>");
61
62    return 0;
63}
64/* -------------------------------------------------------------------------- */
65/*      static int decodeInt(str setting, void *intPtr) */
66/* ------------------------------------------------------ 20.05.95 12.33 ---- */
67static int decodeInt(str setting, void *intPtr)
68{
69    *((int*)intPtr) = atoi(setting);
70    return 1;
71}
72/* -------------------------------------------------------------------------- */
73/*      static int decodeProb(str setting, void *doublePtr) */
74/* ------------------------------------------------------ 17.05.95 21.55 ---- */
75static int decodeProb(str setting, void *doublePtr)
76{
77    double *dptr = (double*)doublePtr;
78
79    *dptr = atof(setting);
80
81    if (*dptr<0.0 || *dptr>1.0)
82    {
83        setCfgError("Wahrscheinlichkeit muá zwischen 0.0 und 1.0 liegen");
84        return 0;
85    }
86
87    return 1;
88}
89/* -------------------------------------------------------------------------- */
90/*      void readSimCfg(cstr fname) */
91/* ------------------------------------------------------ 17.05.95 22:10 ---- */
92void readSimCfg(cstr fname)
93{
94    int lenTeiler,
95        stepTeiler;
96
97    if (!readCfg(fname, cfg_lines)) errorf("Fehler beim Lesen von '%s'", fname);
98
99    lenTeiler  = (int)sqrt(orgLen);
100    stepTeiler = (int)sqrt(timeSteps);
101
102    mrpb_Init->teiler    = lenTeiler;
103    l2hrpb_Init->teiler  = lenTeiler;
104    pairPart->teiler     = stepTeiler;
105    mutationRate->teiler = stepTeiler;
106    splitRate->teiler    = stepTeiler;
107    helixGcDruck->teiler = stepTeiler;
108    helixGcRate->teiler  = stepTeiler;
109    helixAtRate->teiler  = stepTeiler;
110    loopGcDruck->teiler  = stepTeiler;
111    loopGcRate->teiler   = stepTeiler;
112    loopAtRate->teiler   = stepTeiler;
113}
114
115static struct S_cfgLine cfg_lines[] =
116{
117
118    /* /---------------------------------------\ */
119    /* |  Nur zur Initialisierung notwendig :  | */
120    /* \---------------------------------------/ */
121
122    { "OriginLen",          "3000",             decodeInt,          &orgLen,            "Anzahl Basen im der Ur-RNS" },
123    { "OriginHelixPart",    "0.5",              decodeProb,         &orgHelixPart,      "Anteil helikaler Bereiche (in der Ur-RNS)" },
124    { "MutRatePerBase",     "0.5 0.01 0.4",     decodeFrand,        &mrpb_Init,         "Mutationsrate pro Basenposition (wird nur bei Initialisierung verwendet)" },
125    { "Loop2HelixRate",     "0.2 0.01 0.1",     decodeFrand,        &l2hrpb_Init,       "Rate pro Basenposition mit der Loop- in Helix-Bereiche bergehen und vv. (wird nur bei Initialisierung verwendet)" },
126    { "TimeSteps",          "50",               decodeInt,          &timeSteps,         "Anzahl Zeitschritte" },
127    { "TransitionRate",     "0.5",              decodeProb,         &transitionRate,    "Transition-Rate" },
128    { "TransversionRate",   "0.5",              decodeProb,         &transversionRate,  "Transversion-Rate" },
129
130    /* /-----------------------------------------------------------------\ */
131    /* |  Parameter, welche sich w„hrend des Baumdurchlaufs ver„ndern :  | */
132    /* \-----------------------------------------------------------------/ */
133
134    { "PairPart",           "0.85 0.1 0.01",    decodeFrand,        &pairPart,          "Gewuenschter Anteil paarender Helix-Bindungen (Mittelwert, Anteil durch niedr. Freq, hohe Freq.)" },
135    { "MutationRate",       "0.01 0.005 0.001", decodeFrand,        &mutationRate,      "Mutationsrate" },
136    { "SplitProb",          "0.2 0.1 0.01",     decodeFrand,        &splitRate,         "Spaltungsrate" },
137    { "Helix-GC-Druck",     "0.72 0.11 0.01",   decodeFrand,        &helixGcDruck,      "Anteil der G-C Bindungen im Helixbereich" },
138    { "Helix-GC-Rate",      "0.5 0.001 0.001",  decodeFrand,        &helixGcRate,       "Verh„ltniss G:C im Helixbereich" },
139    { "Helix-AT-Rate",      "0.5 0.001 0.001",  decodeFrand,        &helixAtRate,       "Verh„ltniss A:T im Helixbereich" },
140    { "Loop-GC-Druck",      "0.62 0.05 0.01",   decodeFrand,        &loopGcDruck,       "Anteil der G-C Bindungen im Loopbereich" },
141    { "Loop-GC-Rate",       "0.5 0.001 0.001",  decodeFrand,        &loopGcRate,        "Verh„ltniss G:C im Loopbereich" },
142    { "Loop-AT-Rate",       "0.5 0.001 0.001",  decodeFrand,        &loopAtRate,        "Verh„ltniss A:T im Loopbereich" },
143
144/*    { "", "", decode, &, "" }, */
145
146    { NULL }
147};
148
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.