source: tags/ms_r16q2/GENOM/GEN_map.cxx

Last change on this file was 14866, checked in by westram, 6 years ago
  • change names of GC-property-windows to reset stored window-user-sizes
    • only done for "named" propery-windows (standard windows have already been reset with [14864])
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 70.3 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : GEN_map.cxx                                       //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Coded by Ralf Westram (coder@reallysoft.de) in 2001           //
7//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
8//   http://www.arb-home.de/                                       //
9//                                                                 //
10// =============================================================== //
11
12#include "GEN_local.hxx"
13#include "GEN_gene.hxx"
14#include "GEN_graphic.hxx"
15#include "GEN_nds.hxx"
16#include "EXP_local.hxx"
17
18#include <dbui.h>
19#include <aw_preset.hxx>
20#include <aw_awars.hxx>
21#include <aw_question.hxx>
22#include <AW_rename.hxx>
23#include <awt.hxx>
24#include <awt_input_mask.hxx>
25#include <aw_msg.hxx>
26#include <arb_progress.h>
27#include <aw_root.hxx>
28#include <adGene.h>
29#include <db_query.h>
30#include <rootAsWin.h>
31#include <mode_text.h>
32#include <ad_cb.h>
33
34#include <map>
35
36using namespace std;
37
38extern GBDATA *GLOBAL_gb_main;
39
40// -----------------------
41//      GEN_map_window
42
43class GEN_map_window : public AW_window_menu_modes {
44    int          window_nr;
45    GEN_graphic *gen_graphic;
46    AWT_canvas  *gen_canvas;
47
48    GEN_map_window(const GEN_map_window& other); // copying not allowed
49    GEN_map_window& operator = (const GEN_map_window& other); // assignment not allowed
50public:
51    GEN_map_window(int window_nr_)
52        : AW_window_menu_modes()
53        , window_nr(window_nr_)
54        , gen_graphic(0)
55        , gen_canvas(0)
56    {}
57
58    void init(AW_root *root, GBDATA *gb_main);
59
60    GEN_graphic *get_graphic() const { gen_assert(gen_graphic); return gen_graphic; }
61    AWT_canvas *get_canvas() const { gen_assert(gen_canvas); return gen_canvas; }
62    int get_nr() const { return window_nr; }
63
64    GBDATA *get_gb_main() const { return get_canvas()->gb_main; }
65};
66
67// ------------------------
68//      GEN_map_manager
69
70DECLARE_CBTYPE_FVV_AND_BUILDERS(GenmapWindowCallback, void, GEN_map_window*); // generates makeGenmapWindowCallback
71
72class GEN_map_manager {
73    static AW_root         *aw_root;
74    static GBDATA          *gb_main;
75    static GEN_map_manager *the_manager;            // there can be only one!
76
77    int              window_counter;
78    GEN_map_window **windows;   // array of managed windows
79    int              windows_size; // size of 'windows' array
80
81    GEN_map_manager(const GEN_map_manager& other); // copying not allowed
82    GEN_map_manager& operator = (const GEN_map_manager& other); // assignment not allowed
83
84public:
85
86    GEN_map_manager();
87
88    static bool initialized() { return aw_root != 0; }
89    static void initialize(AW_root *aw_root_, GBDATA *gb_main_) { aw_root = aw_root_; gb_main = gb_main_; }
90
91    static GEN_map_manager *get_map_manager();
92
93    GEN_map_window *get_map_window(int nr);
94
95    int no_of_managed_windows() { return window_counter; }
96
97    static void with_all_mapped_windows(const GenmapWindowCallback& gwcb);
98    static void with_all_mapped_windows(void (*cb)(GEN_map_window*)) { with_all_mapped_windows(makeGenmapWindowCallback(cb)); }
99};
100
101// ____________________________________________________________
102// start of implementation of class GEN_map_manager:
103
104AW_root         *GEN_map_manager::aw_root     = 0;
105GBDATA          *GEN_map_manager::gb_main     = 0;
106GEN_map_manager *GEN_map_manager::the_manager = 0;
107
108GEN_map_manager::GEN_map_manager()
109    : window_counter(0)
110    , windows(new GEN_map_window *[5])
111    , windows_size(5)
112{
113    gen_assert(!the_manager);   // only one instance allowed
114    the_manager = this;
115}
116
117GEN_map_manager *GEN_map_manager::get_map_manager() {
118    if (!the_manager) {
119        gen_assert(aw_root);    // call initialize() before!
120        new GEN_map_manager;  // sets the manager
121        gen_assert(the_manager);
122    }
123    return the_manager;
124}
125
126void GEN_map_manager::with_all_mapped_windows(const GenmapWindowCallback& gwcb) {
127    if (aw_root) { // no genemap opened yet
128        GEN_map_manager *mm       = get_map_manager();
129        int              winCount = mm->no_of_managed_windows();
130        for (int nr = 0; nr<winCount; ++nr) {
131            gwcb(mm->get_map_window(nr));
132        }
133    }
134}
135
136GEN_map_window *GEN_map_manager::get_map_window(int nr)
137{
138    gen_assert(aw_root);
139    gen_assert(nr >= 0);
140    if (nr<window_counter) {
141        return windows[nr]; // window has already been created before
142    }
143
144    gen_assert(nr == window_counter); // increase nr sequentially!
145
146    window_counter++;
147    if (window_counter>windows_size) {
148        int             new_windows_size = windows_size+5;
149        GEN_map_window **new_windows      = new GEN_map_window*[new_windows_size];
150
151        for (int i = 0; i<windows_size; ++i) new_windows[i] = windows[i];
152
153        delete [] windows;
154        windows      = new_windows;
155        windows_size = new_windows_size;
156    }
157
158    gen_assert(nr<windows_size);
159
160    windows[nr] = new GEN_map_window(nr);
161    windows[nr]->init(aw_root, gb_main);
162
163    return windows[nr];
164}
165
166// -end- of implementation of class GEN_map_manager.
167
168
169
170const char *GEN_window_local_awar_name(const char *awar_name, int window_nr) {
171    return GBS_global_string("%s_%i", awar_name, window_nr);
172}
173
174static void reinit_NDS_4_window(GEN_map_window *win) {
175    win->get_graphic()->get_gen_root()->reinit_NDS();
176}
177
178static void GEN_NDS_changed(GBDATA *gb_viewkey) {
179    GBDATA *gb_main = GB_get_root(gb_viewkey);
180    GEN_make_node_text_init(gb_main);
181    GEN_map_manager::with_all_mapped_windows(reinit_NDS_4_window);
182}
183
184struct gene_container_changed_cb_data {
185    AWT_canvas  *canvas;
186    GEN_graphic *graphic;
187    GBDATA      *gb_gene_data; // callback was installed for this gene_data
188
189    gene_container_changed_cb_data() : canvas(0), graphic(0), gb_gene_data(0) {}
190    gene_container_changed_cb_data(AWT_canvas *canvas_, GEN_graphic *graphic_, GBDATA *gb_gene_data_)
191        : canvas(canvas_)
192        , graphic(graphic_)
193        , gb_gene_data(gb_gene_data_)
194    {}
195};
196
197static void GEN_gene_container_changed_cb(GBDATA*, gene_container_changed_cb_data *cb_data) {
198    cb_data->graphic->reinit_gen_root(cb_data->canvas, true);
199    cb_data->canvas->refresh();
200}
201
202inline GBDATA *GEN_get_local_gene_data(GEN_graphic *gg) {
203    int window_nr = GEN_find_windowNr_for(gg);
204    gen_assert(window_nr>=0);
205
206    GBDATA *gb_gene_data = NULL;
207    if (window_nr>=0) {
208        const char *organism = gg->get_aw_root()->awar(AWAR_LOCAL_ORGANISM_NAME(window_nr))->read_char_pntr();
209        if (organism) {
210            GBDATA *gb_main              = gg->get_gb_main();
211            GBDATA *gb_species           = GBT_find_species(gb_main, organism);
212            if (gb_species) gb_gene_data = GEN_expect_gene_data(gb_species);
213        }
214    }
215
216    return gb_gene_data;
217}
218
219
220static void GEN_gene_container_cb_installer(CbInstallMode install, AWT_canvas *gmw, GEN_graphic *gg) {
221    typedef map<GEN_graphic*, gene_container_changed_cb_data> callback_dict;
222    static callback_dict                                      installed_callbacks;
223
224    callback_dict::iterator found = installed_callbacks.find(gg);
225    if (found == installed_callbacks.end()) {
226        gen_assert(install == INSTALL_CBS); // if not installing -> entry has to exist!
227        installed_callbacks[gg] = gene_container_changed_cb_data(gmw, gg, 0);
228        found                   = installed_callbacks.find(gg);
229        gen_assert(found != installed_callbacks.end());
230    }
231
232    gene_container_changed_cb_data *curr_cb_data = &(found->second);
233
234    switch (install) {
235        case INSTALL_CBS: {
236            gen_assert(curr_cb_data->gb_gene_data == 0); // 0 means : no callback installed
237
238            GBDATA         *gb_main = gg->get_gb_main();
239            GB_transaction  ta(gb_main);
240
241            curr_cb_data->gb_gene_data = GEN_get_local_gene_data(gg);
242
243            if (curr_cb_data->gb_gene_data) {
244                GB_add_callback(curr_cb_data->gb_gene_data, GB_CB_CHANGED_OR_DELETED, makeDatabaseCallback(GEN_gene_container_changed_cb, curr_cb_data));
245            }
246            break;
247        }
248        case REMOVE_CBS: {
249            if (curr_cb_data->gb_gene_data) { // if callback is installed
250                GB_remove_callback(curr_cb_data->gb_gene_data, GB_CB_CHANGED_OR_DELETED, makeDatabaseCallback(GEN_gene_container_changed_cb, curr_cb_data));
251                curr_cb_data->gb_gene_data = 0;
252            }
253            break;
254        }
255        case FORGET_CBS: {
256            curr_cb_data->gb_gene_data = 0;
257            break;
258        }
259    }
260}
261
262static void GEN_jump_cb(AW_window *aww, bool force_center_if_fits) {
263    // force_center_if_fits==true => center gene if it fits into display
264    GEN_map_window *win = DOWNCAST(GEN_map_window*, aww);
265
266    AW_device             *device = win->get_graphic()->get_device();
267    const AW_screen_area&  screen = device->get_area_size();
268#if defined(DEBUG)
269    printf("Window %i: screen is: %i/%i -> %i/%i\n", win->get_nr(), screen.l, screen.t, screen.r, screen.b);
270#endif // DEBUG
271
272    const GEN_root *gen_root = win->get_graphic()->get_gen_root();
273    if (gen_root) {
274        const AW::Rectangle& wrange = gen_root->get_selected_range();
275
276        if (wrange.valid()) {
277#if defined(DEBUG)
278            printf("Window %i: Draw world range of selected gene is: %f/%f -> %f/%f\n",
279                   win->get_nr(), wrange.left(), wrange.top(), wrange.right(), wrange.bottom());
280#endif // DEBUG
281
282            AW::Rectangle srange = device->transform(wrange);
283#if defined(DEBUG)
284            printf("Window %i: Draw screen range of selected gene is: %f/%f -> %f/%f\n",
285                   win->get_nr(), srange.left(), srange.top(), srange.right(), srange.bottom());
286#endif // DEBUG
287
288            AWT_canvas *canvas  = win->get_canvas();
289            int         scrollx = 0;
290            int         scrolly = 0;
291
292            if (srange.top() < 0) {
293                scrolly = AW_INT(srange.top())-2;
294            }
295            else if (srange.bottom() > screen.b) {
296                scrolly = AW_INT(srange.bottom())-screen.b+2;
297            }
298            if (srange.left() < 0) {
299                scrollx = AW_INT(srange.left())-2;
300            }
301            else if (srange.right() > screen.r) {
302                scrollx = AW_INT(srange.right())-screen.r+2;
303            }
304
305            if (force_center_if_fits) {
306                if (!scrollx) { // no scrolling needed, i.e. gene fits onto display horizontally
307                    int gene_center_x   = AW_INT((srange.left()+srange.right())/2);
308                    int screen_center_x = (screen.l+screen.r)/2;
309                    scrollx             = gene_center_x-screen_center_x;
310#if defined(DEBUG)
311                    printf("center x\n");
312#endif // DEBUG
313                }
314                if (!scrolly) { // no scrolling needed, i.e. gene fits onto display vertically
315                    int gene_center_y   = AW_INT((srange.top()+srange.bottom())/2);
316                    int screen_center_y = (screen.t+screen.b)/2;
317                    scrolly             = gene_center_y-screen_center_y;
318#if defined(DEBUG)
319                    printf("center y\n");
320#endif // DEBUG
321                }
322            }
323
324#if defined(DEBUG)
325            printf("scroll %i/%i\n", scrollx, scrolly);
326#endif // DEBUG
327
328            canvas->scroll(scrollx, scrolly);
329        }
330    }
331    win->get_canvas()->refresh();
332}
333
334static void GEN_jump_cb_auto(AW_root *root, GEN_map_window *win, bool force_refresh) {
335    int jump = root->awar(AWAR_GENMAP_AUTO_JUMP)->read_int();
336    if (jump) {
337        win->get_canvas()->refresh(); // needed to recalculate position
338        GEN_jump_cb(win, false);
339    }
340    else if (force_refresh) win->get_canvas()->refresh();
341}
342
343static void GEN_local_organism_or_gene_name_changed_cb(AW_root *awr, GEN_map_window *win) {
344    win->get_graphic()->reinit_gen_root(win->get_canvas(), false);
345    GEN_jump_cb_auto(awr, win, true);
346}
347
348static void GEN_map_window_zoom_reset_and_refresh(GEN_map_window *gmw) {
349    gmw->get_canvas()->zoom_reset_and_refresh();
350}
351
352#define DISPLAY_TYPE_BIT(disp_type) (1<<(disp_type))
353#define ALL_DISPLAY_TYPES           (DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLES)-1)
354
355static void GEN_map_window_refresh(GEN_map_window *win) {
356    win->get_canvas()->refresh();
357}
358void GEN_refresh_all_windows() {
359    GEN_map_manager::with_all_mapped_windows(GEN_map_window_refresh);
360}
361
362static void GEN_map_window_refresh_if_display_type(GEN_map_window *win, int display_type_mask) {
363    int my_display_type = win->get_graphic()->get_display_style();
364    if (display_type_mask & DISPLAY_TYPE_BIT(my_display_type)) {
365        AWT_canvas *canvas = win->get_canvas();
366        canvas->refresh();
367    }
368}
369
370static void GEN_update_unlocked_organism_and_gene_awars(GEN_map_window *win, const char *organismName, const char *geneName) {
371    AW_root *aw_root   = win->get_graphic()->get_aw_root();
372    int      window_nr = win->get_nr();
373    if (!aw_root->awar(AWAR_LOCAL_ORGANISM_LOCK(window_nr))->read_int()) {
374        aw_root->awar(AWAR_LOCAL_ORGANISM_NAME(window_nr))->write_string(organismName);
375    }
376    if (!aw_root->awar(AWAR_LOCAL_GENE_LOCK(window_nr))->read_int()) {
377        aw_root->awar(AWAR_LOCAL_GENE_NAME(window_nr))->write_string(geneName);
378    }
379}
380
381static void GEN_organism_or_gene_changed_cb(AW_root *awr) {
382    char *organism = awr->awar(AWAR_ORGANISM_NAME)->read_string();
383    char *gene     = awr->awar(AWAR_GENE_NAME)->read_string();
384
385    GEN_map_manager::with_all_mapped_windows(makeGenmapWindowCallback(GEN_update_unlocked_organism_and_gene_awars, organism, gene));
386
387    free(gene);
388    free(organism);
389}
390
391
392static void GEN_local_lock_changed_cb(AW_root *awr, GEN_map_window *win, bool gene_lock) {
393    int window_nr = win->get_nr();
394
395    const char *local_awar_name      = 0;
396    const char *local_lock_awar_name = 0;
397    const char *global_awar_name     = 0;
398
399    if (gene_lock) {
400        local_awar_name      = AWAR_LOCAL_GENE_NAME(window_nr);
401        local_lock_awar_name = AWAR_LOCAL_GENE_LOCK(window_nr);
402        global_awar_name     = AWAR_GENE_NAME;
403    }
404    else { // otherwise organism
405        local_awar_name      = AWAR_LOCAL_ORGANISM_NAME(window_nr);
406        local_lock_awar_name = AWAR_LOCAL_ORGANISM_LOCK(window_nr);
407        global_awar_name     = AWAR_ORGANISM_NAME;
408    }
409
410    AW_awar *local_awar  = awr->awar(local_awar_name);
411    AW_awar *global_awar = awr->awar(global_awar_name);
412
413    int lock_value = awr->awar(local_lock_awar_name)->read_int();
414    if (lock_value == 0) { // lock has been removed -> map to global awar
415        local_awar->map(global_awar);
416    }
417    else { // lock has been installed -> unmap from global awar
418        local_awar->unmap();
419        char *content = global_awar->read_string();
420        local_awar->write_string(content);
421        free(content);
422    }
423}
424
425// -------------------------------------
426//      display parameter change cb
427
428static void GEN_display_param_changed_cb(AW_root*, int display_type_mask) {
429    GEN_map_manager::with_all_mapped_windows(makeGenmapWindowCallback(GEN_map_window_refresh_if_display_type, display_type_mask));
430}
431inline void set_display_update_callback(AW_root *awr, const char *awar_name, int display_type_mask) {
432    awr->awar(awar_name)->add_callback(makeRootCallback(GEN_display_param_changed_cb, display_type_mask));
433}
434
435// --------------------------
436//      View-local AWARS
437
438static void GEN_create_genemap_local_awars(AW_root *aw_root, AW_default /* def */, int window_nr) {
439    // awars local to each view
440
441    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_DISPLAY_TYPE(window_nr), GEN_DISPLAY_STYLE_RADIAL); // @@@ FIXME: make local
442
443    aw_root->awar_string(AWAR_LOCAL_ORGANISM_NAME(window_nr), "");
444    aw_root->awar_string(AWAR_LOCAL_GENE_NAME(window_nr), "");
445
446    aw_root->awar_int(AWAR_LOCAL_ORGANISM_LOCK(window_nr), 0);
447    aw_root->awar_int(AWAR_LOCAL_GENE_LOCK(window_nr), 0);
448}
449
450static void GEN_add_local_awar_callbacks(AW_root *awr, AW_default /* def */, GEN_map_window *win) {
451    int window_nr = win->get_nr();
452
453    RootCallback nameChangedCb = makeRootCallback(GEN_local_organism_or_gene_name_changed_cb, win);
454    awr->awar(AWAR_LOCAL_ORGANISM_NAME(window_nr))->add_callback(nameChangedCb);
455    awr->awar(AWAR_LOCAL_GENE_NAME(window_nr))    ->add_callback(nameChangedCb);
456
457    AW_awar *awar_lock_orga = awr->awar(AWAR_LOCAL_ORGANISM_LOCK(window_nr));
458    AW_awar *awar_lock_gene = awr->awar(AWAR_LOCAL_GENE_LOCK(window_nr));
459
460    awar_lock_orga->add_callback(makeRootCallback(GEN_local_lock_changed_cb, win, false));
461    awar_lock_gene->add_callback(makeRootCallback(GEN_local_lock_changed_cb, win, true));
462
463    awar_lock_orga->touch();
464    awar_lock_gene->touch();
465}
466
467// ----------------------
468//      global AWARS
469
470static void GEN_create_genemap_global_awars(AW_root *aw_root, AW_default def, GBDATA *gb_main) {
471    // layout options:
472
473    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_ARROW_SIZE, 150);
474    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_SHOW_HIDDEN, 0);
475    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_SHOW_ALL_NDS, 0);
476
477    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_BOOK_BASES_PER_LINE, 15000);
478    aw_root->awar_float(AWAR_GENMAP_BOOK_WIDTH_FACTOR, 0.1);
479    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_BOOK_LINE_HEIGHT, 20);
480    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_BOOK_LINE_SPACE, 5);
481
482    aw_root->awar_float(AWAR_GENMAP_VERTICAL_FACTOR_X, 1.0);
483    aw_root->awar_float(AWAR_GENMAP_VERTICAL_FACTOR_Y, 0.3);
484
485    aw_root->awar_float(AWAR_GENMAP_RADIAL_INSIDE, 50);
486    aw_root->awar_float(AWAR_GENMAP_RADIAL_OUTSIDE, 4);
487
488    // other options:
489
490    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_AUTO_JUMP, 1);
491
492    GEN_create_nds_vars(aw_root, def, gb_main, makeDatabaseCallback(GEN_NDS_changed));
493}
494
495static void GEN_add_global_awar_callbacks(AW_root *awr) {
496    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_ARROW_SIZE,          ALL_DISPLAY_TYPES^DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_BOOK));
497    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_SHOW_HIDDEN,         ALL_DISPLAY_TYPES);
498    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_SHOW_ALL_NDS,        ALL_DISPLAY_TYPES);
499
500    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_BOOK_BASES_PER_LINE, DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_BOOK));
501    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_BOOK_WIDTH_FACTOR,   DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_BOOK));
502    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_BOOK_LINE_HEIGHT,    DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_BOOK));
503    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_BOOK_LINE_SPACE,     DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_BOOK));
504
505    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_VERTICAL_FACTOR_X,   DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_VERTICAL));
506    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_VERTICAL_FACTOR_Y,   DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_VERTICAL));
507
508    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_RADIAL_INSIDE,       DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_RADIAL));
509    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_RADIAL_OUTSIDE,      DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_RADIAL));
510
511    awr->awar(AWAR_ORGANISM_NAME)->add_callback(GEN_organism_or_gene_changed_cb);
512    awr->awar(AWAR_GENE_NAME)->add_callback(GEN_organism_or_gene_changed_cb);
513}
514
515
516// --------------------------------------------------------------------------------
517
518static void GEN_mode_event(AW_window *aws, GEN_map_window *win, AWT_COMMAND_MODE mode) {
519    const char *text = 0;
520    switch (mode) {
521        case AWT_MODE_SELECT: text = MODE_TEXT_1BUTTON("SELECT", "click to select a gene"); break;
522        case AWT_MODE_INFO:   text = MODE_TEXT_1BUTTON("INFO",   "click for info");         break;
523
524        case AWT_MODE_ZOOM: text = MODE_TEXT_STANDARD_ZOOMMODE(); break;
525
526        default: text = no_mode_text_defined(); break;
527    }
528
529    gen_assert(strlen(text) < AWAR_FOOTER_MAX_LEN); // text too long!
530
531    aws->get_root()->awar(AWAR_FOOTER)->write_string(text);
532    AWT_canvas *canvas = win->get_canvas();
533    canvas->set_mode(mode);
534    canvas->refresh();
535}
536
537static void GEN_undo_cb(AW_window*, GB_UNDO_TYPE undo_type, GBDATA *gb_main) {
538    GB_ERROR error = GB_undo(gb_main, undo_type);
539    if (error) {
540        aw_message(error);
541    }
542    else {
543        GB_begin_transaction(gb_main);
544        GB_commit_transaction(gb_main);
545    }
546}
547
548static AW_window *GEN_create_options_window(AW_root *awr) {
549    static AW_window_simple *aws = 0;
550
551    if (!aws) {
552        aws = new AW_window_simple;
553
554        aws->init(awr, "GEN_OPTS", "Genemap options");
555        aws->load_xfig("gen_options.fig");
556
557        aws->at("close");
558        aws->callback(AW_POPDOWN);
559        aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
560
561        aws->callback(makeHelpCallback("gen_options.hlp"));
562        aws->at("help");
563        aws->create_button("HELP", "HELP", "H");
564
565        // all displays:
566        aws->at("arrow_size");      aws->create_input_field(AWAR_GENMAP_ARROW_SIZE, 5);
567
568        aws->label_length(26);
569
570        aws->at("show_hidden");
571        aws->label("Show hidden genes");
572        aws->create_toggle(AWAR_GENMAP_SHOW_HIDDEN);
573
574        aws->at("show_all");
575        aws->label("Show NDS for all genes");
576        aws->create_toggle(AWAR_GENMAP_SHOW_ALL_NDS);
577
578        aws->at("autojump");
579        aws->label("Auto jump to selected gene");
580        aws->create_toggle(AWAR_GENMAP_AUTO_JUMP);
581
582        // book-style:
583        aws->at("base_pos");        aws->create_input_field(AWAR_GENMAP_BOOK_BASES_PER_LINE, 15);
584        aws->at("width_factor");    aws->create_input_field(AWAR_GENMAP_BOOK_WIDTH_FACTOR, 7);
585        aws->at("line_height");     aws->create_input_field(AWAR_GENMAP_BOOK_LINE_HEIGHT, 5);
586        aws->at("line_space");      aws->create_input_field(AWAR_GENMAP_BOOK_LINE_SPACE, 5);
587
588        // vertical-style:
589        aws->at("factor_x");        aws->create_input_field(AWAR_GENMAP_VERTICAL_FACTOR_X, 5);
590        aws->at("factor_y");        aws->create_input_field(AWAR_GENMAP_VERTICAL_FACTOR_Y, 5);
591
592        // radial style:
593        aws->at("inside");          aws->create_input_field(AWAR_GENMAP_RADIAL_INSIDE, 5);
594        aws->at("outside");         aws->create_input_field(AWAR_GENMAP_RADIAL_OUTSIDE, 5);
595    }
596    return aws;
597}
598
599static AW_window *GEN_create_gc_window(AW_root *awr, AW_gc_manager *gcman) {
600    // only create one gc window for all genemap views
601    static AW_window *awgc = NULL;
602    if (!awgc) awgc        = AW_create_gc_window_named(awr, gcman, "GENMAP_COLOR_DEF", "Genemap colors and fonts"); // use named gc window (otherwise clashes with ARB_NTREE gc window)
603    return awgc;
604}
605
606enum GEN_PERFORM_MODE {
607    GEN_PERFORM_ALL_ORGANISMS,
608    GEN_PERFORM_CURRENT_ORGANISM,
609    GEN_PERFORM_ALL_BUT_CURRENT_ORGANISM,
610    GEN_PERFORM_MARKED_ORGANISMS,
611
612    GEN_PERFORM_MODES, // counter
613};
614
615static const char *GEN_PERFORM_MODE_id[GEN_PERFORM_MODES] = {
616    "org_all",
617    "org_current",
618    "org_butcur",
619    "org_marked",
620};
621
622inline string performmode_relative_id(const char *id, GEN_PERFORM_MODE pmode) {
623    return GBS_global_string("%s_%s", GEN_PERFORM_MODE_id[pmode], id);
624}
625
626enum GEN_MARK_MODE {
627    GEN_MARK,
628    GEN_UNMARK,
629    GEN_INVERT_MARKED,
630    GEN_COUNT_MARKED,
631
632    //     GEN_MARK_COLORED,              done by awt_colorize_marked now
633    //     GEN_UNMARK_COLORED,
634    //     GEN_INVERT_COLORED,
635    //     GEN_COLORIZE_MARKED,
636
637    GEN_EXTRACT_MARKED,
638
639    GEN_MARK_HIDDEN,
640    GEN_MARK_VISIBLE,
641    GEN_UNMARK_HIDDEN,
642    GEN_UNMARK_VISIBLE
643};
644
645enum GEN_HIDE_MODE {
646    GEN_HIDE_ALL,
647    GEN_UNHIDE_ALL,
648    GEN_INVERT_HIDE_ALL,
649
650    GEN_HIDE_MARKED,
651    GEN_UNHIDE_MARKED,
652    GEN_INVERT_HIDE_MARKED
653};
654
655// --------------------------------------------------------------------------------
656
657inline bool nameIsUnique(const char *short_name, GBDATA *gb_species_data) {
658    return GBT_find_species_rel_species_data(gb_species_data, short_name)==0;
659}
660
661static GB_ERROR GEN_species_add_entry(GBDATA *gb_pseudo, const char *key, const char *value) {
662    GB_ERROR  error = 0;
663    GB_clear_error();
664    GBDATA   *gbd   = GB_entry(gb_pseudo, key);
665
666    if (!gbd) { // key does not exist yet -> create
667        gbd             = GB_create(gb_pseudo, key, GB_STRING);
668        if (!gbd) error = GB_await_error();
669    }
670    else { // key exists
671        if (GB_read_type(gbd) != GB_STRING) { // test correct key type
672            error = GB_export_errorf("field '%s' exists and has wrong type", key);
673        }
674    }
675
676    if (!error) error = GB_write_string(gbd, value);
677
678    return error;
679}
680
681static AW_repeated_question *ask_about_existing_gene_species = 0;
682static AW_repeated_question *ask_to_overwrite_alignment      = 0;
683
684struct EG2PS_data : virtual Noncopyable {
685    arb_progress        progress;
686    GBDATA             *gb_species_data;
687    char               *ali;
688    UniqueNameDetector  existing;
689    GB_HASH            *pseudo_hash;
690    int                 duplicateSpecies; // counts created gene-species with identical ACC
691    bool                nameProblem; // nameserver and DB disagree about names
692
693    EG2PS_data(const char *ali_, GBDATA *gb_species_data_, int marked_genes_)
694        : progress(marked_genes_), 
695          gb_species_data(gb_species_data_), 
696          ali(strdup(ali_)), 
697          existing(gb_species_data, marked_genes_), 
698          duplicateSpecies(0), 
699          nameProblem(false)
700    {
701        pseudo_hash = GEN_create_pseudo_species_hash(GB_get_root(gb_species_data), marked_genes_);
702    }
703
704    ~EG2PS_data() {
705        if (duplicateSpecies>0) {
706            aw_message(GBS_global_string("There are %i duplicated gene-species (with identical sequence and accession number)\n"
707                                         "Duplicated gene-species got names with numerical postfixes ('.1', '.2', ...)"
708                                         , duplicateSpecies));
709        }
710        if (nameProblem) {
711            aw_message("Naming problems occurred.\nYou have to call 'Species/Synchronize IDs'!");
712        }
713        GBS_free_hash(pseudo_hash);
714        free(ali);
715    }
716};
717
718static const char* readACC(GBDATA *gb_species_data, const char *name) {
719    const char *other_acc    = 0;
720    GBDATA *gb_other_species = GBT_find_species_rel_species_data(gb_species_data, name);
721    if (gb_other_species) {
722        GBDATA *gb_other_acc = GB_entry(gb_other_species, "acc");
723        if (gb_other_acc) other_acc = GB_read_char_pntr(gb_other_acc);
724    }
725    return other_acc;
726}
727
728static void gen_extract_gene_2_pseudoSpecies(GBDATA *gb_species, GBDATA *gb_gene, EG2PS_data *eg2ps) {
729    const char *gene_name         = GBT_read_name(gb_gene);
730    const char *species_name      = GBT_read_name(gb_species);
731    const char *full_species_name = GBT_read_char_pntr(gb_species, "full_name");
732
733    if (!full_species_name) full_species_name = species_name;
734
735    char     *full_name = GBS_global_string_copy("%s [%s]", full_species_name, gene_name);
736    char     *sequence  = GBT_read_gene_sequence(gb_gene, true, 0);
737    GB_ERROR  error     = 0;
738
739    if (!sequence) error = GB_await_error();
740    else {
741        const char *ali = eg2ps->ali;
742        long        id  = GBS_checksum(sequence, 1, ".-");
743        char        acc[100];
744
745        sprintf(acc, "ARB_GENE_%lX", id);
746
747        // test if this gene has been already extracted to a gene-species
748
749        GBDATA *gb_main                 = GB_get_root(gb_species);
750        GBDATA *gb_exist_geneSpec       = GEN_find_pseudo_species(gb_main, species_name, gene_name, eg2ps->pseudo_hash);
751        bool    create_new_gene_species = true;
752        char   *short_name              = 0;
753
754        if (gb_exist_geneSpec) {
755            const char *existing_name = GBT_read_name(gb_exist_geneSpec);
756
757            gen_assert(ask_about_existing_gene_species);
758            gen_assert(ask_to_overwrite_alignment);
759
760            char *question = GBS_global_string_copy("Already have a gene-species for %s/%s ('%s')", species_name, gene_name, existing_name);
761            int   answer   = ask_about_existing_gene_species->get_answer("existing_pseudo_species", question, "Overwrite species,Insert new alignment,Skip,Create new", "all", true);
762
763            create_new_gene_species = false;
764
765            switch (answer) {
766                case 0: {   // Overwrite species
767                    // @@@ FIXME:  delete species needed here
768                    create_new_gene_species = true;
769                    short_name              = strdup(existing_name);
770                    break;
771                }
772                case 1: {     // Insert new alignment or overwrite alignment
773                    GBDATA     *gb_ali = GB_entry(gb_exist_geneSpec, ali);
774                    if (gb_ali) { // the alignment already exists
775                        char *question2        = GBS_global_string_copy("Gene-species '%s' already has data in '%s'", existing_name, ali);
776                        int   overwrite_answer = ask_to_overwrite_alignment->get_answer("overwrite_gene_data", question2, "Overwrite data,Skip", "all", true);
777
778                        if (overwrite_answer == 1) error      = GBS_global_string("Skipped gene-species '%s' (already had data in alignment)", existing_name); // Skip
779                        else if (overwrite_answer == 2) error = "Aborted."; // Abort
780                        // @@@ FIXME: overwrite data is missing
781
782                        free(question2);
783                    }
784                    break;
785                }
786                case 2: {       // Skip existing ones
787                    error = GBS_global_string("Skipped gene-species '%s'", existing_name);
788                    break;
789                }
790                case 3: {   // Create with new name
791                    create_new_gene_species = true;
792                    break;
793                }
794                case 4: {   // Abort
795                    error = "Aborted.";
796                    break;
797                }
798                default: gen_assert(0);
799            }
800            free(question);
801        }
802
803        if (!error) {
804            if (create_new_gene_species) {
805                if (!short_name) { // create a new name
806                    error = AWTC_generate_one_name(gb_main, full_name, acc, 0, short_name);
807                    if (!error) { // name has been created
808                        if (eg2ps->existing.name_known(short_name)) { // nameserver-generated name is already in use
809                            const char *other_acc    = readACC(eg2ps->gb_species_data, short_name);
810                            if (other_acc) {
811                                if (strcmp(acc, other_acc) == 0) { // duplicate (gene-)species -> generate postfixed name
812                                    char *newName = 0;
813                                    for (int postfix = 1; ; ++postfix) {
814                                        newName = GBS_global_string_copy("%s.%i", short_name, postfix);
815                                        if (!eg2ps->existing.name_known(newName)) {
816                                            eg2ps->duplicateSpecies++;
817                                            break;
818                                        }
819
820                                        other_acc = readACC(eg2ps->gb_species_data, newName);
821                                        if (!other_acc || strcmp(acc, other_acc) != 0) {
822                                            eg2ps->nameProblem = true;
823                                            error              = GBS_global_string("Unexpected acc-mismatch for '%s'", newName);
824                                            break;
825                                        }
826                                    }
827
828                                    if (!error) freeset(short_name, newName);
829                                    else free(newName);
830                                }
831                                else { // different acc, but uses name generated by nameserver
832                                    eg2ps->nameProblem = true;
833                                    error              = GBS_global_string("acc of '%s' differs from acc stored in nameserver", short_name);
834                                }
835                            }
836                            else { // can't detect acc of existing species
837                                eg2ps->nameProblem = true;
838                                error       = GBS_global_string("can't detect acc of species '%s'", short_name);
839                            }
840                        }
841                    }
842                    if (error) {            // try to make a random name
843                        const char *msg = GBS_global_string("%s\nGenerating a random name instead.", error);
844                        aw_message(msg);
845                        error      = 0;
846
847                        short_name = AWTC_generate_random_name(eg2ps->existing);
848                        if (!short_name) error = GBS_global_string("Failed to create a new name for pseudo gene-species '%s'", full_name);
849                    }
850                }
851
852                if (!error) { // create the species
853                    gen_assert(short_name);
854                    gb_exist_geneSpec = GBT_find_or_create_species(gb_main, short_name);
855                    if (!gb_exist_geneSpec) error = GB_export_errorf("Failed to create pseudo-species '%s'", short_name);
856                    else eg2ps->existing.add_name(short_name);
857                }
858            }
859            else {
860                gen_assert(gb_exist_geneSpec); // do not generate new or skip -> should only occur when gene-species already existed
861            }
862
863            if (!error) { // write sequence data
864                GBDATA *gb_data     = GBT_add_data(gb_exist_geneSpec, ali, "data", GB_STRING);
865                if (!gb_data) error = GB_await_error();
866                else    error       = GB_write_string(gb_data, sequence);
867            }
868
869            // write other entries:
870            if (!error) error = GEN_species_add_entry(gb_exist_geneSpec, "full_name", full_name);
871            if (!error) error = GEN_species_add_entry(gb_exist_geneSpec, "ARB_origin_species", species_name);
872            if (!error) error = GEN_species_add_entry(gb_exist_geneSpec, "ARB_origin_gene", gene_name);
873            if (!error) GEN_add_pseudo_species_to_hash(gb_exist_geneSpec, eg2ps->pseudo_hash);
874            if (!error) error = GEN_species_add_entry(gb_exist_geneSpec, "acc", acc);
875
876            // copy codon_start and transl_table :
877            const char *codon_start  = 0;
878            const char *transl_table = 0;
879
880            {
881                GBDATA *gb_codon_start  = GB_entry(gb_gene, "codon_start");
882                GBDATA *gb_transl_table = GB_entry(gb_gene, "transl_table");
883
884                if (gb_codon_start)  codon_start  = GB_read_char_pntr(gb_codon_start);
885                if (gb_transl_table) transl_table = GB_read_char_pntr(gb_transl_table);
886            }
887
888            if (!error && codon_start)  error = GEN_species_add_entry(gb_exist_geneSpec, "codon_start", codon_start);
889            if (!error && transl_table) error = GEN_species_add_entry(gb_exist_geneSpec, "transl_table", transl_table);
890        }
891
892        free(short_name);
893        free(sequence);
894    }
895    if (error) aw_message(error);
896
897    free(full_name);
898}
899
900static long gen_count_marked_genes = 0; // used to count marked genes
901
902static void do_mark_command_for_one_species(int imode, GBDATA *gb_species, AW_CL cl_user) {
903    GEN_MARK_MODE mode = (GEN_MARK_MODE)imode;
904
905    for (GBDATA *gb_gene = GEN_first_gene(gb_species);
906         gb_gene;
907         gb_gene = GEN_next_gene(gb_gene))
908    {
909        bool mark_flag     = GB_read_flag(gb_gene) != 0;
910        bool org_mark_flag = mark_flag;
911
912        switch (mode) {
913            case GEN_MARK:              mark_flag = 1; break;
914            case GEN_UNMARK:            mark_flag = 0; break;
915            case GEN_INVERT_MARKED:     mark_flag = !mark_flag; break;
916
917            case GEN_COUNT_MARKED: {
918                if (mark_flag) ++gen_count_marked_genes;
919                break;
920            }
921            case GEN_EXTRACT_MARKED: {
922                if (mark_flag) {
923                    EG2PS_data *eg2ps = (EG2PS_data*)cl_user;
924                    gen_extract_gene_2_pseudoSpecies(gb_species, gb_gene, eg2ps);
925                    eg2ps->progress.inc();
926                }
927                break;
928            }
929            default: {
930                GBDATA *gb_hidden = GB_entry(gb_gene, ARB_HIDDEN);
931                bool    hidden    = gb_hidden ? GB_read_byte(gb_hidden) != 0 : false;
932
933                switch (mode) {
934                    case GEN_MARK_HIDDEN:       if (hidden) mark_flag = 1; break;
935                    case GEN_UNMARK_HIDDEN:     if (hidden) mark_flag = 0; break;
936                    case GEN_MARK_VISIBLE:      if (!hidden) mark_flag = 1; break;
937                    case GEN_UNMARK_VISIBLE:    if (!hidden) mark_flag = 0; break;
938                    default: gen_assert(0); break;
939                }
940            }
941        }
942
943        if (mark_flag != org_mark_flag) GB_write_flag(gb_gene, mark_flag ? 1 : 0);
944    }
945}
946
947static void do_hide_command_for_one_species(int imode, GBDATA *gb_species, AW_CL /* cl_user */) {
948    GEN_HIDE_MODE mode = (GEN_HIDE_MODE)imode;
949
950    for (GBDATA *gb_gene = GEN_first_gene(gb_species);
951         gb_gene;
952         gb_gene = GEN_next_gene(gb_gene))
953    {
954        bool marked = GB_read_flag(gb_gene) != 0;
955
956        GBDATA *gb_hidden  = GB_entry(gb_gene, ARB_HIDDEN);
957        bool    hidden     = gb_hidden ? (GB_read_byte(gb_hidden) != 0) : false;
958        bool    org_hidden = hidden;
959
960        switch (mode) {
961            case GEN_HIDE_ALL:              hidden = true; break;
962            case GEN_UNHIDE_ALL:            hidden = false; break;
963            case GEN_INVERT_HIDE_ALL:       hidden = !hidden; break;
964            case GEN_HIDE_MARKED:           if (marked) hidden = true; break;
965            case GEN_UNHIDE_MARKED:         if (marked) hidden = false; break;
966            case GEN_INVERT_HIDE_MARKED:    if (marked) hidden = !hidden; break;
967            default: gen_assert(0); break;
968        }
969
970        if (hidden != org_hidden) {
971            if (!gb_hidden) gb_hidden = GB_create(gb_gene, ARB_HIDDEN, GB_BYTE);
972            GB_write_byte(gb_hidden, hidden ? 1 : 0); // change gene visibility
973        }
974    }
975}
976
977static void GEN_perform_command(AW_window *aww, GBDATA *gb_main, GEN_PERFORM_MODE pmode,
978                                void (*do_command)(int cmode, GBDATA *gb_species, AW_CL cl_user), int mode, AW_CL cl_user) {
979    GB_ERROR error = 0;
980
981    GB_begin_transaction(gb_main);
982
983    switch (pmode) {
984        case GEN_PERFORM_ALL_ORGANISMS: {
985            for (GBDATA *gb_organism = GEN_first_organism(gb_main);
986                 gb_organism;
987                 gb_organism = GEN_next_organism(gb_organism))
988            {
989                do_command(mode, gb_organism, cl_user);
990            }
991            break;
992        }
993        case GEN_PERFORM_MARKED_ORGANISMS: {
994            for (GBDATA *gb_organism = GEN_first_marked_organism(gb_main);
995                 gb_organism;
996                 gb_organism = GEN_next_marked_organism(gb_organism))
997            {
998                do_command(mode, gb_organism, cl_user);
999            }
1000            break;
1001        }
1002        case GEN_PERFORM_ALL_BUT_CURRENT_ORGANISM: {
1003            AW_root *aw_root          = aww->get_root();
1004            GBDATA  *gb_curr_organism = GEN_get_current_organism(gb_main, aw_root);
1005
1006            for (GBDATA *gb_organism = GEN_first_organism(gb_main);
1007                 gb_organism;
1008                 gb_organism = GEN_next_organism(gb_organism))
1009            {
1010                if (gb_organism != gb_curr_organism) do_command(mode, gb_organism, cl_user);
1011            }
1012            break;
1013        }
1014        case GEN_PERFORM_CURRENT_ORGANISM: {
1015            AW_root *aw_root     = aww->get_root();
1016            GBDATA  *gb_organism = GEN_get_current_organism(gb_main, aw_root);
1017
1018            if (!gb_organism) {
1019                error = "First you have to select a species.";
1020            }
1021            else {
1022                do_command(mode, gb_organism, cl_user);
1023            }
1024            break;
1025        }
1026        default: {
1027            gen_assert(0);
1028            break;
1029        }
1030    }
1031
1032    GB_end_transaction_show_error(gb_main, error, aw_message);
1033}
1034
1035class GEN_unique_param {
1036    GEN_unique_param(GBDATA *gb_main_, AW_CL unique_)
1037        : unique(unique_)
1038        , gb_main(gb_main_)
1039    {}
1040
1041    typedef map<AW_CL, GEN_unique_param> ExistingParams;
1042    static ExistingParams existing_params; // to ensure exactly one instance per 'command_mode'
1043
1044    AW_CL   unique;
1045public:
1046    GBDATA *gb_main;
1047
1048    AW_CL get_unique() { return unique; }
1049
1050    static GEN_unique_param *get(GBDATA *gb_main_, AW_CL unique_) { // get unique instance for each 'unique_'
1051        pair<ExistingParams::iterator, bool> created = existing_params.insert(ExistingParams::value_type(unique_, GEN_unique_param(gb_main_, unique_)));
1052        ExistingParams::iterator             wanted  = created.first;
1053        GEN_unique_param&                    param   = wanted->second;
1054        return &param;
1055    }
1056};
1057GEN_unique_param::ExistingParams GEN_unique_param::existing_params;
1058
1059
1060struct GEN_command_mode_param : public GEN_unique_param {
1061    static GEN_command_mode_param *get(GBDATA *gb_main_, AW_CL command_mode_) { return (GEN_command_mode_param*)GEN_unique_param::get(gb_main_, command_mode_); }
1062    AW_CL get_command_mode() { return get_unique(); }
1063};
1064
1065
1066static void GEN_hide_command(AW_window *aww, GEN_PERFORM_MODE perform_mode, GEN_command_mode_param *param) {
1067    GEN_perform_command(aww, param->gb_main, perform_mode, do_hide_command_for_one_species, param->get_command_mode(), 0);
1068}
1069
1070static void GEN_mark_command(AW_window *aww, GEN_PERFORM_MODE perform_mode, GEN_command_mode_param *param) {
1071    gen_count_marked_genes = 0;
1072    GEN_perform_command(aww, param->gb_main, perform_mode, do_mark_command_for_one_species, param->get_command_mode(), 0);
1073
1074    if ((GEN_MARK_MODE)param->get_command_mode() == GEN_COUNT_MARKED) {
1075        const char *where = 0;
1076
1077        switch (perform_mode) {
1078            case GEN_PERFORM_CURRENT_ORGANISM:         where = "the current species"; break;
1079            case GEN_PERFORM_MARKED_ORGANISMS:         where = "all marked species"; break;
1080            case GEN_PERFORM_ALL_ORGANISMS:            where = "all species"; break;
1081            case GEN_PERFORM_ALL_BUT_CURRENT_ORGANISM: where = "all but the current species"; break;
1082            default: gen_assert(0); break;
1083        }
1084        aw_message(GBS_global_string("There are %li marked genes in %s", gen_count_marked_genes, where));
1085    }
1086}
1087
1088struct GEN_extract_mode_param : public GEN_unique_param {
1089    static GEN_extract_mode_param *get(GBDATA *gb_main_, GEN_PERFORM_MODE perform_mode) { return (GEN_extract_mode_param*)GEN_unique_param::get(gb_main_, perform_mode); }
1090    GEN_PERFORM_MODE get_perform_mode() { return (GEN_PERFORM_MODE)get_unique(); }
1091};
1092
1093static void gene_extract_cb(AW_window *aww, GEN_extract_mode_param *param) {
1094    GBDATA   *gb_main = param->gb_main;
1095    char     *ali     = aww->get_root()->awar(AWAR_GENE_EXTRACT_ALI)->read_string();
1096    GB_ERROR  error   = GBT_check_alignment_name(ali);
1097
1098    if (!error) {
1099        GB_transaction  ta(gb_main);
1100        GBDATA         *gb_ali = GBT_get_alignment(gb_main, ali);
1101
1102        if (!gb_ali) {
1103            GB_clear_error(); // ali not found
1104            if (!GBT_create_alignment(gb_main, ali, 0, 0, 0, "dna")) {
1105                error = GB_await_error();
1106            }
1107        }
1108    }
1109
1110    if (error) {
1111        aw_message(error);
1112    }
1113    else {
1114        ask_about_existing_gene_species = new AW_repeated_question;
1115        ask_to_overwrite_alignment      = new AW_repeated_question;
1116
1117        arb_progress progress("Extracting pseudo-species");
1118        {
1119            EG2PS_data *eg2ps = 0;
1120            {
1121                gen_count_marked_genes = 0;
1122                GEN_perform_command(aww, gb_main, param->get_perform_mode(), do_mark_command_for_one_species, GEN_COUNT_MARKED, 0);
1123
1124                GB_transaction  ta(gb_main);
1125                GBDATA         *gb_species_data = GBT_get_species_data(gb_main);
1126                eg2ps                           = new EG2PS_data(ali, gb_species_data, gen_count_marked_genes);
1127            }
1128
1129            PersistentNameServerConnection stayAlive;
1130
1131            GEN_perform_command(aww, gb_main, param->get_perform_mode(), do_mark_command_for_one_species, GEN_EXTRACT_MARKED, (AW_CL)eg2ps);
1132            delete eg2ps;
1133        }
1134
1135        delete ask_to_overwrite_alignment;
1136        delete ask_about_existing_gene_species;
1137        ask_to_overwrite_alignment      = 0;
1138        ask_about_existing_gene_species = 0;
1139    }
1140    free(ali);
1141}
1142
1143enum MarkCommand {
1144    UNMARK, // UNMARK and MARK have to be 0 and 1!
1145    MARK,
1146    INVERT,
1147    MARK_UNMARK_REST,
1148};
1149
1150static void mark_organisms(AW_window*, MarkCommand mark, GBDATA *gb_main) {
1151    GB_transaction ta(gb_main);
1152
1153    if (mark == MARK_UNMARK_REST) {
1154        GBT_mark_all(gb_main, 0); // unmark all species
1155        mark = MARK;
1156    }
1157
1158    for (GBDATA *gb_org = GEN_first_organism(gb_main);
1159         gb_org;
1160         gb_org = GEN_next_organism(gb_org))
1161    {
1162        if (mark == INVERT) {
1163            GB_write_flag(gb_org, !GB_read_flag(gb_org)); // invert mark of organism
1164        }
1165        else {
1166            GB_write_flag(gb_org, mark); // mark/unmark organism
1167        }
1168    }
1169}
1170
1171
1172static void mark_gene_species(AW_window*, MarkCommand mark, GBDATA *gb_main) {
1173    GB_transaction ta(gb_main);
1174
1175    if (mark == MARK_UNMARK_REST) {
1176        GBT_mark_all(gb_main, 0); // unmark all species
1177        mark = MARK;
1178    }
1179
1180    for (GBDATA *gb_pseudo = GEN_first_pseudo_species(gb_main);
1181         gb_pseudo;
1182         gb_pseudo = GEN_next_pseudo_species(gb_pseudo))
1183    {
1184        if (mark == INVERT) {
1185            GB_write_flag(gb_pseudo, !GB_read_flag(gb_pseudo)); // invert mark of pseudo-species
1186        }
1187        else {
1188            GB_write_flag(gb_pseudo, mark); // mark/unmark gene-species
1189        }
1190    }
1191}
1192
1193static void mark_gene_species_of_marked_genes(AW_window*, GBDATA *gb_main) {
1194    GB_transaction  ta(gb_main);
1195    GB_HASH        *organism_hash = GBT_create_organism_hash(gb_main);
1196
1197    for (GBDATA *gb_pseudo = GEN_first_pseudo_species(gb_main);
1198         gb_pseudo;
1199         gb_pseudo = GEN_next_pseudo_species(gb_pseudo))
1200    {
1201        GBDATA *gb_gene = GEN_find_origin_gene(gb_pseudo, organism_hash);
1202        if (GB_read_flag(gb_gene)) {
1203            GB_write_flag(gb_pseudo, 1); // mark pseudo
1204        }
1205    }
1206
1207    GBS_free_hash(organism_hash);
1208}
1209
1210
1211
1212static void mark_organisms_with_marked_genes(AW_window*, GBDATA *gb_main) {
1213    GB_transaction ta(gb_main);
1214
1215    for (GBDATA *gb_species = GEN_first_organism(gb_main);
1216         gb_species;
1217         gb_species = GEN_next_organism(gb_species))
1218    {
1219        for (GBDATA *gb_gene = GEN_first_gene(gb_species);
1220             gb_gene;
1221             gb_gene = GEN_next_gene(gb_gene))
1222        {
1223            if (GB_read_flag(gb_gene)) {
1224                GB_write_flag(gb_species, 1);
1225                break; // continue with next organism
1226            }
1227        }
1228    }
1229}
1230static void mark_gene_species_using_current_alignment(AW_window*, GBDATA *gb_main) {
1231    GB_transaction  ta(gb_main);
1232    char           *ali = GBT_get_default_alignment(gb_main);
1233
1234    for (GBDATA *gb_pseudo = GEN_first_pseudo_species(gb_main);
1235         gb_pseudo;
1236         gb_pseudo = GEN_next_pseudo_species(gb_pseudo))
1237    {
1238        GBDATA *gb_ali = GB_entry(gb_pseudo, ali);
1239        if (gb_ali) {
1240            GBDATA *gb_data = GB_entry(gb_ali, "data");
1241            if (gb_data) {
1242                GB_write_flag(gb_pseudo, 1);
1243            }
1244        }
1245    }
1246}
1247static void mark_genes_of_marked_gene_species(AW_window*, GBDATA *gb_main) {
1248    GB_transaction  ta(gb_main);
1249    GB_HASH        *organism_hash = GBT_create_organism_hash(gb_main);
1250
1251    for (GBDATA *gb_pseudo = GEN_first_pseudo_species(gb_main);
1252         gb_pseudo;
1253         gb_pseudo = GEN_next_pseudo_species(gb_pseudo))
1254    {
1255        if (GB_read_flag(gb_pseudo)) {
1256            GBDATA *gb_gene = GEN_find_origin_gene(gb_pseudo, organism_hash);
1257            GB_write_flag(gb_gene, 1); // mark gene
1258        }
1259    }
1260
1261    GBS_free_hash(organism_hash);
1262}
1263
1264static AW_window *create_gene_extract_window(AW_root *root, GEN_extract_mode_param *param) {
1265    AW_window_simple *aws       = new AW_window_simple;
1266    string            window_id = performmode_relative_id("EXTRACT_GENE", param->get_perform_mode());
1267
1268    aws->init(root, window_id.c_str(), "Extract genes to alignment");
1269    aws->load_xfig("ad_al_si.fig");
1270
1271    aws->at("close");
1272    aws->callback(AW_POPDOWN);
1273    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
1274
1275    aws->at("label");
1276    aws->create_autosize_button(0, "Please enter the name\nof the alignment to extract to");
1277
1278    aws->at("input");
1279    aws->create_input_field(AWAR_GENE_EXTRACT_ALI, 15);
1280
1281    aws->at("ok");
1282    aws->callback(makeWindowCallback(gene_extract_cb, param));
1283
1284    aws->create_button("GO", "GO", "G");
1285
1286    return aws;
1287}
1288
1289static void GEN_insert_extract_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main, const char *macro_prefix, const char *submenu_name, const char *hot_key, const char *help_file) {
1290    awm->insert_sub_menu(submenu_name, hot_key);
1291
1292    char macro_name_buffer[50];
1293
1294    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_current", macro_prefix);
1295    awm->insert_menu_topic(awm->local_id(macro_name_buffer), "of current species...", "c", help_file, AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(create_gene_extract_window, GEN_extract_mode_param::get(gb_main, GEN_PERFORM_CURRENT_ORGANISM)));
1296
1297    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_marked", macro_prefix);
1298    awm->insert_menu_topic(awm->local_id(macro_name_buffer), "of marked species...", "m", help_file, AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(create_gene_extract_window, GEN_extract_mode_param::get(gb_main, GEN_PERFORM_MARKED_ORGANISMS)));
1299
1300    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_all", macro_prefix);
1301    awm->insert_menu_topic(awm->local_id(macro_name_buffer), "of all species...", "a", help_file, AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(create_gene_extract_window, GEN_extract_mode_param::get(gb_main, GEN_PERFORM_ALL_ORGANISMS)));
1302
1303    awm->close_sub_menu();
1304}
1305
1306static void GEN_insert_multi_submenu(AW_window_menu_modes *awm, const char *macro_prefix, const char *submenu_name, const char *hot_key,
1307                              const char *help_file, void (*command)(AW_window*, GEN_PERFORM_MODE, GEN_command_mode_param*), GEN_command_mode_param *command_mode)
1308{
1309    awm->insert_sub_menu(submenu_name, hot_key);
1310
1311    char macro_name_buffer[50];
1312
1313    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_current", macro_prefix);
1314    awm->insert_menu_topic(macro_name_buffer, "of current species", "c", help_file, AWM_ALL, makeWindowCallback(command, GEN_PERFORM_CURRENT_ORGANISM, command_mode));
1315
1316    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_all_but_current", macro_prefix);
1317    awm->insert_menu_topic(macro_name_buffer, "of all but current species", "b", help_file, AWM_ALL, makeWindowCallback(command, GEN_PERFORM_ALL_BUT_CURRENT_ORGANISM, command_mode));
1318
1319    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_marked", macro_prefix);
1320    awm->insert_menu_topic(macro_name_buffer, "of marked species", "m", help_file, AWM_ALL, makeWindowCallback(command, GEN_PERFORM_MARKED_ORGANISMS, command_mode));
1321
1322    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_all", macro_prefix);
1323    awm->insert_menu_topic(macro_name_buffer, "of all species", "a", help_file, AWM_ALL, makeWindowCallback(command, GEN_PERFORM_ALL_ORGANISMS, command_mode));
1324
1325    awm->close_sub_menu();
1326}
1327
1328static void GEN_insert_mark_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main, const char *macro_prefix, const char *submenu_name, const char *hot_key, const char *help_file, GEN_MARK_MODE mark_mode) {
1329    GEN_insert_multi_submenu(awm, macro_prefix, submenu_name, hot_key, help_file, GEN_mark_command, GEN_command_mode_param::get(gb_main, mark_mode));
1330}
1331static void GEN_insert_hide_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main, const char *macro_prefix, const char *submenu_name, const char *hot_key, const char *help_file, GEN_HIDE_MODE hide_mode) {
1332    GEN_insert_multi_submenu(awm, macro_prefix, submenu_name, hot_key, help_file, GEN_hide_command, GEN_command_mode_param::get(gb_main, hide_mode));
1333}
1334
1335#if defined(DEBUG)
1336static AW_window *GEN_create_awar_debug_window(AW_root *aw_root) {
1337    static AW_window_simple *aws = 0;
1338    if (!aws) {
1339        aws = new AW_window_simple;
1340
1341        aws->init(aw_root, "DEBUG_AWARS", "DEBUG AWARS");
1342        aws->at(10, 10);
1343        aws->auto_space(10, 10);
1344
1345        const int width = 50;
1346
1347        ;                  aws->label("AWAR_SPECIES_NAME            "); aws->create_input_field(AWAR_SPECIES_NAME, width);
1348        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_ORGANISM_NAME           "); aws->create_input_field(AWAR_ORGANISM_NAME, width);
1349        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_GENE_NAME               "); aws->create_input_field(AWAR_GENE_NAME, width);
1350        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_COMBINED_GENE_NAME      "); aws->create_input_field(AWAR_COMBINED_GENE_NAME, width);
1351        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_EXPERIMENT_NAME         "); aws->create_input_field(AWAR_EXPERIMENT_NAME, width);
1352        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_COMBINED_EXPERIMENT_NAME"); aws->create_input_field(AWAR_COMBINED_EXPERIMENT_NAME, width);
1353        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_PROTEOM_NAME            "); aws->create_input_field(AWAR_PROTEOM_NAME, width);
1354        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_PROTEIN_NAME            "); aws->create_input_field(AWAR_PROTEIN_NAME, width);
1355
1356        aws->window_fit();
1357    }
1358    return aws;
1359}
1360#endif // DEBUG
1361
1362// ---------------------------
1363//      user mask section
1364
1365struct GEN_item_type_species_selector : public awt_item_type_selector {
1366    GEN_item_type_species_selector() : awt_item_type_selector(AWT_IT_GENE) {}
1367    virtual ~GEN_item_type_species_selector() OVERRIDE {}
1368
1369    virtual const char *get_self_awar() const OVERRIDE {
1370        return AWAR_COMBINED_GENE_NAME;
1371    }
1372    virtual size_t get_self_awar_content_length() const OVERRIDE {
1373        return 12 + 1 + 40; // species-name+'/'+gene_name
1374    }
1375    virtual GBDATA *current(AW_root *root, GBDATA *gb_main) const OVERRIDE { // give the current item
1376        char   *species_name = root->awar(AWAR_ORGANISM_NAME)->read_string();
1377        char   *gene_name   = root->awar(AWAR_GENE_NAME)->read_string();
1378        GBDATA *gb_gene      = 0;
1379
1380        if (species_name[0] && gene_name[0]) {
1381            GB_transaction ta(gb_main);
1382            GBDATA *gb_species = GBT_find_species(gb_main, species_name);
1383            if (gb_species) {
1384                gb_gene = GEN_find_gene(gb_species, gene_name);
1385            }
1386        }
1387
1388        free(gene_name);
1389        free(species_name);
1390
1391        return gb_gene;
1392    }
1393    virtual const char *getKeyPath() const OVERRIDE { // give the keypath for items
1394        return CHANGE_KEY_PATH_GENES;
1395    }
1396};
1397
1398static GEN_item_type_species_selector item_type_gene;
1399
1400static void GEN_open_mask_window(AW_window *aww, int id, GBDATA *gb_main) {
1401    const awt_input_mask_descriptor *descriptor = AWT_look_input_mask(id);
1402    gen_assert(descriptor);
1403    if (descriptor) {
1404        AWT_initialize_input_mask(aww->get_root(), gb_main, &item_type_gene, descriptor->get_internal_maskname(), descriptor->is_local_mask());
1405    }
1406}
1407
1408static void GEN_create_mask_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main) {
1409    AWT_create_mask_submenu(awm, AWT_IT_GENE, GEN_open_mask_window, gb_main);
1410}
1411
1412static AW_window *create_colorize_genes_window(AW_root *aw_root, GBDATA *gb_main) {
1413    return QUERY::create_colorize_items_window(aw_root, gb_main, GEN_get_selector());
1414}
1415
1416static AW_window *create_colorize_organisms_window(AW_root *aw_root, GBDATA *gb_main) {
1417    return QUERY::create_colorize_items_window(aw_root, gb_main, ORGANISM_get_selector());
1418}
1419
1420static void GEN_create_organism_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main, bool submenu) {
1421    const char *title  = "Organisms";
1422    const char *hotkey = "O";
1423
1424    if (submenu) awm->insert_sub_menu(title, hotkey);
1425    else awm->create_menu(title, hotkey, AWM_ALL);
1426
1427    {
1428        awm->insert_menu_topic("organism_info", "Organism information", "i", "sp_info.hlp", AWM_ALL, RootAsWindowCallback::simple(DBUI::popup_organism_info_window, gb_main));
1429
1430        awm->sep______________();
1431
1432        awm->insert_menu_topic("mark_organisms",             "Mark All organisms",              "A", "organism_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_organisms, MARK,             gb_main));
1433        awm->insert_menu_topic("mark_organisms_unmark_rest", "Mark all organisms, unmark Rest", "R", "organism_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_organisms, MARK_UNMARK_REST, gb_main));
1434        awm->insert_menu_topic("unmark_organisms",           "Unmark all organisms",            "U", "organism_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_organisms, UNMARK,           gb_main));
1435        awm->insert_menu_topic("invmark_organisms",          "Invert marks of all organisms",   "v", "organism_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_organisms, INVERT,           gb_main));
1436        awm->sep______________();
1437        awm->insert_menu_topic("mark_organisms_with_marked_genes", "Mark organisms with marked Genes", "G", "organism_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_organisms_with_marked_genes, gb_main));
1438        awm->sep______________();
1439        awm->insert_menu_topic(awm->local_id("organism_colors"),   "Colors ...",           "C",    "colorize.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(create_colorize_organisms_window, gb_main));
1440    }
1441    if (submenu) awm->close_sub_menu();
1442}
1443
1444static void GEN_create_gene_species_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main, bool submenu) {
1445    const char *title  = "Gene-Species";
1446    const char *hotkey = "S";
1447
1448    if (submenu) awm->insert_sub_menu(title, hotkey);
1449    else awm->create_menu(title, hotkey, AWM_ALL);
1450
1451    {
1452        awm->insert_menu_topic("mark_gene_species",             "Mark All gene-species",              "A", "gene_species_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_gene_species, MARK,             gb_main));
1453        awm->insert_menu_topic("mark_gene_species_unmark_rest", "Mark all gene-species, unmark Rest", "R", "gene_species_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_gene_species, MARK_UNMARK_REST, gb_main));
1454        awm->insert_menu_topic("unmark_gene_species",           "Unmark all gene-species",            "U", "gene_species_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_gene_species, UNMARK,           gb_main));
1455        awm->insert_menu_topic("invmark_gene_species",          "Invert marks of all gene-species",   "I", "gene_species_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_gene_species, INVERT,           gb_main));
1456        awm->sep______________();
1457        awm->insert_menu_topic("mark_gene_species_of_marked_genes", "Mark gene-species of marked genes",             "M", "gene_species_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_gene_species_of_marked_genes, gb_main));
1458        awm->insert_menu_topic("mark_gene_species_curr_ali",        "Mark all gene-species using Current alignment", "C", "gene_species_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_gene_species_using_current_alignment, gb_main));
1459    }
1460
1461    if (submenu) awm->close_sub_menu();
1462}
1463
1464struct GEN_update_info {
1465    AWT_canvas *canvas1;        // just canvasses of different windows (needed for updates)
1466    AWT_canvas *canvas2;
1467};
1468
1469void GEN_create_genes_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main, bool for_ARB_NTREE) {
1470    awm->create_menu("Genome", "G", AWM_ALL);
1471    {
1472#if defined(DEBUG)
1473        awm->insert_menu_topic(awm->local_id("debug_awars"), "[DEBUG] Show main AWARs", "A", NULL, AWM_ALL, GEN_create_awar_debug_window);
1474        awm->sep______________();
1475#endif // DEBUG
1476
1477        if (for_ARB_NTREE) {
1478            awm->insert_menu_topic("gene_map", "Gene Map", "p", "gene_map.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(GEN_create_first_map, gb_main)); // initial gene map
1479            awm->sep______________();
1480
1481            GEN_create_gene_species_submenu(awm, gb_main, true); // Gene-species
1482            GEN_create_organism_submenu    (awm, gb_main, true); // Organisms
1483            EXP_create_experiments_submenu (awm, gb_main, true); // Experiments
1484            awm->sep______________();
1485        }
1486
1487        awm->insert_menu_topic("gene_info",                  "Gene information", "i", "gene_info.hlp",   AWM_ALL, RootAsWindowCallback::simple(GEN_popup_gene_infowindow,    gb_main));
1488        awm->insert_menu_topic(awm->local_id("gene_search"), "Search and Query", "Q", "gene_search.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback    (GEN_create_gene_query_window, gb_main));
1489
1490        GEN_create_mask_submenu(awm, gb_main);
1491
1492        awm->sep______________();
1493
1494        GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_mark_all",      "Mark all genes",      "M", "gene_mark.hlp", GEN_MARK);
1495        GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_unmark_all",    "Unmark all genes",    "U", "gene_mark.hlp", GEN_UNMARK);
1496        GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_invert_marked", "Invert marked genes", "v", "gene_mark.hlp", GEN_INVERT_MARKED);
1497        GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_count_marked",  "Count marked genes",  "C", "gene_mark.hlp", GEN_COUNT_MARKED);
1498
1499        awm->insert_menu_topic(awm->local_id("gene_colors"), "Colors ...", "l", "colorize.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(create_colorize_genes_window, gb_main));
1500
1501        awm->sep______________();
1502
1503        awm->insert_menu_topic("mark_genes_of_marked_gene_species", "Mark genes of marked gene-species", "g", "gene_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_genes_of_marked_gene_species, gb_main));
1504
1505        awm->sep______________();
1506
1507        GEN_insert_extract_submenu(awm, gb_main, "gene_extract_marked", "Extract marked genes", "E", "gene_extract.hlp");
1508
1509        if (!for_ARB_NTREE) {   // only in ARB_GENE_MAP:
1510            awm->sep______________();
1511            GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_mark_hidden",  "Mark hidden genes",  "h", "gene_hide.hlp", GEN_MARK_HIDDEN);
1512            GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_mark_visible", "Mark visible genes", "s", "gene_hide.hlp", GEN_MARK_VISIBLE);
1513
1514            awm->sep______________();
1515            GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_unmark_hidden",  "Unmark hidden genes",  "d", "gene_hide.hlp", GEN_UNMARK_HIDDEN);
1516            GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_unmark_visible", "Unmark visible genes", "r", "gene_hide.hlp", GEN_UNMARK_VISIBLE);
1517        }
1518    }
1519}
1520
1521static void GEN_create_hide_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main) {
1522    awm->create_menu("Hide", "H", AWM_ALL);
1523    {
1524        GEN_insert_hide_submenu(awm, gb_main, "gene_hide_marked",    "Hide marked genes",        "H", "gene_hide.hlp", GEN_HIDE_MARKED);
1525        GEN_insert_hide_submenu(awm, gb_main, "gene_unhide_marked",  "Unhide marked genes",      "U", "gene_hide.hlp", GEN_UNHIDE_MARKED);
1526        GEN_insert_hide_submenu(awm, gb_main, "gene_invhide_marked", "Invert-hide marked genes", "v", "gene_hide.hlp", GEN_INVERT_HIDE_MARKED);
1527
1528        awm->sep______________();
1529        GEN_insert_hide_submenu(awm, gb_main, "gene_hide_all",    "Hide all genes",        "a", "gene_hide.hlp", GEN_HIDE_ALL);
1530        GEN_insert_hide_submenu(awm, gb_main, "gene_unhide_all",  "Unhide all genes",      "l", "gene_hide.hlp", GEN_UNHIDE_ALL);
1531        GEN_insert_hide_submenu(awm, gb_main, "gene_invhide_all", "Invert-hide all genes", "I", "gene_hide.hlp", GEN_INVERT_HIDE_ALL);
1532    }
1533}
1534
1535static void GEN_set_display_style(AW_window *aww, GEN_DisplayStyle style) {
1536    GEN_map_window *win = DOWNCAST(GEN_map_window*, aww);
1537
1538    win->get_root()->awar(AWAR_GENMAP_DISPLAY_TYPE(win->get_nr()))->write_int(style);
1539    win->get_graphic()->set_display_style(style);
1540    GEN_map_window_zoom_reset_and_refresh(win);
1541}
1542
1543static AW_window *GEN_create_map(AW_root *aw_root, GEN_create_map_param *param) {
1544    // param->window_nr shall be 0 for first window (called from ARB_NTREE)
1545    // additional views are always created by the previous window created with GEN_map
1546    GEN_map_manager *manager = 0;
1547
1548    if (!GEN_map_manager::initialized()) {          // first call
1549        gen_assert(param->window_nr == 0); // has to be 0 for first call
1550
1551        GEN_map_manager::initialize(aw_root, param->gb_main);
1552        manager = GEN_map_manager::get_map_manager(); // creates the manager
1553
1554        // global initialization (AWARS etc.) done here :
1555
1556        GEN_create_genemap_global_awars(aw_root, AW_ROOT_DEFAULT, param->gb_main);
1557        GEN_add_global_awar_callbacks(aw_root);
1558        {
1559            GB_transaction ta(param->gb_main);
1560            GEN_make_node_text_init(param->gb_main);
1561        }
1562    }
1563    else {
1564        manager = GEN_map_manager::get_map_manager();
1565    }
1566
1567    GEN_map_window *gmw = manager->get_map_window(param->window_nr);
1568    return gmw;
1569}
1570
1571AW_window *GEN_create_first_map(AW_root *aw_root, GBDATA *gb_main) {
1572    return GEN_create_map(aw_root, new GEN_create_map_param(gb_main, 0));
1573}
1574
1575// ____________________________________________________________
1576// start of implementation of class GEN_map_window::
1577
1578void GEN_map_window::init(AW_root *awr, GBDATA *gb_main) {
1579    {
1580        char *windowName = (window_nr == 0) ? strdup("ARB Gene Map") : GBS_global_string_copy("ARB Gene Map %i", window_nr);
1581        char *windowID   = (window_nr == 0) ? strdup("ARB_GENE_MAP") : GBS_global_string_copy("ARB_GENE_MAP_%i", window_nr);
1582
1583        AW_window_menu_modes::init(awr, windowID, windowName, 200, 200);
1584
1585        free(windowID);
1586        free(windowName);
1587    }
1588
1589    GEN_create_genemap_local_awars(awr, AW_ROOT_DEFAULT, window_nr);
1590
1591    gen_graphic = new GEN_graphic(awr, gb_main, GEN_gene_container_cb_installer, window_nr);
1592    gen_canvas  = new AWT_canvas(gb_main, this, get_window_id(), gen_graphic, AWAR_SPECIES_NAME);
1593
1594    GEN_add_local_awar_callbacks(awr, AW_ROOT_DEFAULT, this);
1595
1596    {
1597        GB_transaction ta(gb_main);
1598        gen_graphic->reinit_gen_root(gen_canvas, false);
1599    }
1600
1601    gen_canvas->recalc_size_and_refresh();
1602    gen_canvas->set_mode(AWT_MODE_SELECT); // Default-Mode
1603
1604    // ---------------
1605    //      menus
1606
1607    // File Menu
1608    create_menu("File", "F", AWM_ALL);
1609    insert_menu_topic("close",              "Close",    "C", NULL,               AWM_ALL, AW_POPDOWN);
1610    insert_menu_topic(local_id("new_view"), "New view", "v", "gen_new_view.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(GEN_create_map, new GEN_create_map_param(gb_main, window_nr+1)));
1611
1612    GEN_create_genes_submenu       (this, gb_main, false); // Genes
1613    GEN_create_gene_species_submenu(this, gb_main, false); // Gene-species
1614    GEN_create_organism_submenu    (this, gb_main, false); // Organisms
1615    EXP_create_experiments_submenu (this, gb_main, false); // Experiments
1616    GEN_create_hide_submenu(this, gb_main);         // Hide Menu
1617
1618    // Properties Menu
1619    create_menu("Properties", "r", AWM_ALL);
1620#if defined(ARB_MOTIF)
1621    insert_menu_topic(local_id("gene_props_menu"), "Frame settings ...",                  "M", "props_frame.hlp", AWM_ALL, AW_preset_window);
1622#endif
1623    insert_menu_topic(local_id("gene_props"),      "GENEMAP: Colors and Fonts ...",       "C", "color_props.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(GEN_create_gc_window, gen_canvas->gc_manager));
1624    insert_menu_topic(local_id("gene_options"),    "Options",                             "O", "gen_options.hlp", AWM_ALL, GEN_create_options_window);
1625    insert_menu_topic(local_id("gene_nds"),        "NDS ( Select Gene Information ) ...", "N", "props_nds.hlp",   AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(GEN_open_nds_window, gb_main));
1626    sep______________();
1627    AW_insert_common_property_menu_entries(this);
1628    sep______________();
1629    insert_menu_topic("gene_save_props",   "Save Defaults (ntree.arb)", "D", "savedef.hlp", AWM_ALL, AW_save_properties);
1630
1631    // ----------------------
1632    //      mode buttons
1633
1634    create_mode("mode_select.xpm", "gen_mode.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(GEN_mode_event, this, AWT_MODE_SELECT));
1635    create_mode("mode_zoom.xpm",   "gen_mode.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(GEN_mode_event, this, AWT_MODE_ZOOM));
1636    create_mode("mode_info.xpm",   "gen_mode.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(GEN_mode_event, this, AWT_MODE_INFO));
1637
1638    // -------------------
1639    //      info area
1640
1641    set_info_area_height(250);
1642    at(11, 2);
1643    auto_space(2, -2);
1644    shadow_width(1);
1645
1646    // close + undo button, info area, define line y-positions:
1647
1648    int cur_x, cur_y, start_x, first_line_y, second_line_y, third_line_y;
1649    get_at_position(&start_x, &first_line_y);
1650    button_length(6);
1651
1652    at(start_x, first_line_y);
1653    help_text("quit.hlp");
1654    callback(AW_POPDOWN);
1655    create_button("Close", "Close");
1656
1657    get_at_position(&cur_x, &cur_y);
1658
1659    int gene_x = cur_x;
1660    at_newline();
1661    get_at_position(&cur_x, &second_line_y);
1662
1663    at(start_x, second_line_y);
1664    help_text("undo.hlp");
1665    callback(makeWindowCallback(GEN_undo_cb, GB_UNDO_UNDO, gb_main));
1666    create_button("Undo", "Undo");
1667
1668    at_newline();
1669    get_at_position(&cur_x, &third_line_y);
1670
1671    button_length(AWAR_FOOTER_MAX_LEN);
1672    create_button(0, AWAR_FOOTER);
1673
1674    at_newline();
1675    get_at_position(&cur_x, &cur_y);
1676    set_info_area_height(cur_y+6);
1677
1678    // gene+species buttons:
1679    button_length(20);
1680
1681    at(gene_x, first_line_y);
1682    help_text("sp_search.hlp");
1683    callback(makeCreateWindowCallback(DBUI::create_species_query_window, gb_main)); // @@@ should use an organism search (using ITEM_organism)
1684    create_button("SEARCH_ORGANISM", AWAR_LOCAL_ORGANISM_NAME(window_nr));
1685
1686    at(gene_x, second_line_y);
1687    help_text("gene_search.hlp");
1688    callback(makeCreateWindowCallback(GEN_create_gene_query_window, gb_main));
1689    create_button("SEARCH_GENE", AWAR_LOCAL_GENE_NAME(window_nr));
1690
1691    get_at_position(&cur_x, &cur_y);
1692    int lock_x = cur_x;
1693
1694    at(lock_x, first_line_y);
1695    create_toggle(AWAR_LOCAL_ORGANISM_LOCK(window_nr));
1696
1697    at(lock_x, second_line_y);
1698    create_toggle(AWAR_LOCAL_GENE_LOCK(window_nr));
1699
1700    get_at_position(&cur_x, &cur_y);
1701    int dtype_x1 = cur_x;
1702
1703    // display type buttons:
1704
1705    button_length(4);
1706
1707    at(dtype_x1, first_line_y);
1708    help_text("gen_disp_style.hlp");
1709    callback(makeWindowCallback(GEN_set_display_style, GEN_DISPLAY_STYLE_RADIAL));
1710    create_button("RADIAL_DISPLAY_TYPE", "#gen_radial.xpm", 0);
1711
1712    help_text("gen_disp_style.hlp");
1713    callback(makeWindowCallback(GEN_set_display_style, GEN_DISPLAY_STYLE_BOOK));
1714    create_button("BOOK_DISPLAY_TYPE", "#gen_book.xpm", 0);
1715
1716    get_at_position(&cur_x, &cur_y);
1717    int jump_x = cur_x;
1718
1719    at(dtype_x1, second_line_y);
1720    help_text("gen_disp_style.hlp");
1721    callback(makeWindowCallback(GEN_set_display_style, GEN_DISPLAY_STYLE_VERTICAL));
1722    create_button("VERTICAL_DISPLAY_TYPE", "#gen_vertical.xpm", 0);
1723
1724    // jump button:
1725
1726    button_length(0);
1727
1728    at(jump_x, first_line_y);
1729    help_text("gen_jump.hlp");
1730    callback(makeWindowCallback(GEN_jump_cb, true));
1731    create_button("Jump", "Jump");
1732
1733    // help buttons:
1734
1735    get_at_position(&cur_x, &cur_y);
1736    int help_x = cur_x;
1737
1738    at(help_x, first_line_y);
1739    help_text("help.hlp");
1740    callback(makeHelpCallback("gene_map.hlp"));
1741    create_button("HELP", "HELP", "H");
1742
1743    at(help_x, second_line_y);
1744    callback(AW_help_entry_pressed);
1745    create_button(0, "?");
1746
1747}
1748
1749// -end- of implementation of class GEN_map_window:.
1750
1751
1752int GEN_find_windowNr_for(GEN_graphic *wanted_graphic) {
1753    // returns window_nr of GEN_map_window using 'wanted_graphic' (or -1)
1754    if (GEN_map_manager::initialized()) {
1755        GEN_map_manager *mapman = GEN_map_manager::get_map_manager();
1756        for (int window_nr = 0; window_nr<mapman->no_of_managed_windows(); ++window_nr) {
1757            GEN_map_window *mapwin = mapman->get_map_window(window_nr);
1758            if (mapwin && mapwin->get_graphic() == wanted_graphic) {
1759                return window_nr;
1760            }
1761        }
1762    }
1763    return -1;
1764}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.