source: tags/ms_r16q2/PHYLO/phylo.hxx

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Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : phylo.hxx                                         //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
7//   http://www.arb-home.de/                                       //
8//                                                                 //
9// =============================================================== //
10
11#ifndef PHYLO_HXX
12#define PHYLO_HXX
13
14#ifndef PH_FILTER_HXX
15#include "PH_filter.hxx"
16#endif
17#ifndef AW_BASE_HXX
18#include <aw_base.hxx>
19#endif
20#ifndef ARB_ASSERT_H
21#include <arb_assert.h>
22#endif
23
24#define ph_assert(cond) arb_assert(cond)
25
26#define AWAR_PHYLO_ALIGNMENT     "tmp/phyl/alignment"
27#define AWAR_PHYLO_FILTER_FILTER "phyl/filter/filter"
28
29#define AWAR_PHYLO_FILTER_STARTCOL "phyl/filter/startcol"
30#define AWAR_PHYLO_FILTER_STOPCOL  "phyl/filter/stopcol"
31#define AWAR_PHYLO_FILTER_MINHOM   "phyl/filter/minhom"
32#define AWAR_PHYLO_FILTER_MAXHOM   "phyl/filter/maxhom"
33#define AWAR_PHYLO_FILTER_DOT      "phyl/filter/point"
34#define AWAR_PHYLO_FILTER_MINUS    "phyl/filter/minus"
35#define AWAR_PHYLO_FILTER_AMBIG    "phyl/filter/rest"
36#define AWAR_PHYLO_FILTER_LOWER    "phyl/filter/lower"
37#define AWAR_PHYLO_FILTER_AUTOCALC "phyl/filter/autocalc"
38
39#define AWAR_PHYLO_MARKERLINENAME "tmp/phylo/markerlinename"
40
41enum FilterMode {
42    DONT_COUNT,
43    SKIP_COLUMN_IF_MAX,
44    SKIP_COLUMN_IF_OCCUR,
45    COUNT_DONT_USE_MAX,
46    TREAT_AS_UPPERCASE,
47    TREAT_AS_REGULAR,
48
49    // Note: enum values are saved in properties (do not modify w/o need!)
50    // update on changes: PH_main.cxx@filter_text
51};
52const int FILTER_MODES = TREAT_AS_REGULAR+1;
53
54
55#define PH_DB_CACHE_SIZE    2000000
56
57enum {
58    PH_GC_SEQUENCE,
59    PH_GC_MARKER,
60    PH_GC_NOT_MARKER,
61    PH_GC_DRAG
62};
63
64enum {
65    PH_GC_BOTTOM_TEXT,
66    PH_GC_BOTTOM_DRAG
67};
68
69void       PH_create_filter_variables(AW_root *aw_root, AW_default default_file, GBDATA *gb_main);
70AW_window *PH_create_filter_window(AW_root *aw_root);
71
72enum display_type {
73    DISP_NONE,    // initial
74    DISP_SPECIES, // after startup, filter not calculated yet
75    DISP_FILTER,  // after filter has been calculated
76};
77
78// ---------------------------
79//      class definitions
80
81class PH_root : virtual Noncopyable {
82    char        *use;
83    GBDATA      *gb_main;
84
85    static PH_root *SINGLETON;
86
87public:
88
89    PH_root()
90        : use(NULL),
91          gb_main(NULL)
92    {
93        ph_assert(!SINGLETON);
94        SINGLETON = this;
95    }
96    ~PH_root() {
97        ph_assert(this == SINGLETON);
98        SINGLETON = NULL;
99        free(use);
100    }
101
102    GB_ERROR open(const char *db_server);
103    GBDATA *get_gb_main() const { ph_assert(gb_main); return gb_main; }
104};
105
106
107class PHDATA : virtual Noncopyable {
108    // connection to database
109    // pointers to all elements and important values of the database
110
111    struct PHENTRY : virtual Noncopyable {
112        unsigned int  key;
113        char         *name;
114        char         *full_name;
115        GBDATA       *gb_species_data_ptr;
116        PHENTRY      *next;
117        PHENTRY      *prev;
118
119        PHENTRY()
120            : key(0),
121              name(NULL),
122              full_name(NULL),
123              gb_species_data_ptr(NULL),
124              next(NULL),
125              prev(NULL)
126        {}
127
128        ~PHENTRY() {
129            ph_assert(0); // @@@ why not called?
130        }
131    };
132
133    unsigned int last_key_number;
134    long         seq_len;
135
136    AW_root *aw_root; // only link
137    PH_root *ph_root; // only link
138
139    PHENTRY *entries;
140
141    char *unload();
142
143public:
144    GBDATA *get_gb_main() { return ph_root->get_gb_main(); }
145
146    char *use;               // @@@ elim (PH_root has same field)
147
148    PHENTRY      **hash_elements;
149    unsigned int   nentries;                        // total number of entries
150
151    static PHDATA *ROOT;                            // 'global' pointer
152
153    float      *markerline;
154
155    PHDATA(AW_root *aw_root_, PH_root *ph_root_)
156        : last_key_number(0),
157          seq_len(0),
158          aw_root(aw_root_),
159          ph_root(ph_root_),
160          entries(NULL),
161          use(NULL),
162          hash_elements(NULL),
163          nentries(0),
164          markerline(NULL)
165    {}
166    ~PHDATA() {
167        unload();
168    }
169
170    char *load(char*& use); // open database and get pointers to it
171
172    long get_seq_len() { return seq_len; }
173};
174
175#else
176#error phylo.hxx included twice
177#endif // PHYLO_HXX
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.