source: tags/ms_r16q2/TREEGEN/base.c

Last change on this file was 7811, checked in by westram, 11 years ago

merge from dev [7748] [7749] [7750]

  • comments (C→C++ style)
  • fixed umlauts in TREEGEN
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 929 bytes
Line 
1#include "base.h"
2#include <ctype.h>
3
4char helixBaseChar[BASECHARS] = { 'A', 'C', 'G', 'T', '=' },
5     loopBaseChar[BASECHARS]  = { 'a', 'c', 'g', 't', '-' };
6
7int basesArePairing[BASECHARS][BASECHARS] =
8{
9
10//    A  C  G  T  -
11
12    { 0, 0, 0, 1, 0 }, // A
13    { 0, 0, 1, 0, 0 }, // C
14    { 0, 1, 0, 0, 0 }, // G
15    { 1, 0, 0, 0, 0 }, // T
16    { 0, 0, 0, 0, 0 }, // -
17};
18
19int baseCharType[MAXBASECHAR+1],
20    charIsDelete[MAXBASECHAR+1],
21    charIsHelical[MAXBASECHAR+1];
22
23void initBaseLookups()
24{
25    int b;
26
27    for (b = 0; b<MAXBASECHAR; b++)
28    {
29        baseCharType[b]  = -1;
30        charIsDelete[b]  = 0;
31        charIsHelical[b] = 0;
32    }
33
34    for (b = 0; b<BASECHARS; b++)
35    {
36        int c1 = helixBaseChar[b],
37            c2 = loopBaseChar[b];
38
39        assert(c1<=MAXBASECHAR);
40        assert(c2<=MAXBASECHAR);
41
42        baseCharType[c1]  = b;
43        baseCharType[c2]  = b;
44        charIsHelical[c1] = 1;
45    }
46}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.