source: tags/ms_r16q2/lib/import/nonformats/longebi.ift

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  • import filters mostly SILVA compatible (thx to Frank Oliver)
  • moved feature-table into separate filter which is included by longebi.ift and longgenbank.ift
  • added AUTOTAGging (commented out)
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 5.6 KB
Line 
1# Modified by FOG, 27.06.2009
2# mostly synchronized with ebi_silva
3
4KEYWIDTH        5
5FILETAG         "EBI"
6
7BEGIN           "ID*"
8
9# set variables used by feature table
10SETGLOBAL       t EBI
11SETGLOBAL       u embl
12
13# uncomment next line to tag ALL fields with [EBI]
14# AUTOTAG "EBI"
15
16
17MATCH           "ID *"
18                SRT             "* *=*1"
19                WRITE           "name"
20
21MATCH           "ID *"
22                SRT             "*;*=*1"
23                TAG             "EBI"
24                WRITE           "id"
25
26MATCH           "ID *"
27                SRT             "*; SV *;*=*2"
28                WRITE_INT       "version"
29
30#MATCH           "ID *"
31#                SRT             "*;*;*;*;*;*;* * BP.=*8"
32#                TAG             "EBI"
33#                WRITE           "db_nuc"
34
35MATCH           "AC *"
36                ACI             "extract_words("0123456789",2.0)"
37                WRITE           "acc"
38
39#MATCH           "AC *"
40#                TAG             "EBI"
41#                ACI             "extract_words("0123456789",4.0)"
42#                WRITE           "db_acc"
43
44MATCH           "PR *"
45                SRT             "PR   *=*:*\:*=*2:;="
46                WRITE_INT       "insdc"
47
48MATCH           "DT *Created*"
49                SRT             "DT   *=*:* \(*=*1;"
50#                TAG             "EBI"
51                APPEND          "date"
52
53MATCH           "DT *updated*"
54                SRT             "DT   *=*:* \(*=*1"
55#                TAG             "EBI"
56                APPEND          "date"
57
58MATCH           "DE *"
59                SRT             "DE   *=*:;="
60#                TAG             "EBI"
61                APPEND          "description"
62
63MATCH           "KW *"
64                SRT             "KW   *=*"
65#                TAG             "EBI"
66                APPEND          "keywords"
67
68MATCH           "OS *"
69                SRT             "OS   *=*:* * *=*1 *2"
70                WRITE           "full_name"
71
72MATCH           "OS *"
73                SRT             "OS   *=*"
74                TAG             "EBI"
75                WRITE           "db_name"
76
77MATCH           "OS *."
78                SRT             "OS   *=*:.="
79                WRITE           "tax_embl_name"
80
81#MATCH           "OC *"
82#                SRT             "OC   *=*"
83#                TAG             "EBI"
84#                APPEND          "tax"
85
86MATCH           "OC *"
87                SRT             "OC   *=*"
88                APPEND          "tax_embl"
89
90MATCH           "OG *"
91                SRT             "OG   *=*"
92#                TAG             "EBI"
93                APPEND          "organelle"
94
95MATCH           "RN *"
96                SRT             "RN   *=*:[=:]="
97                SETVAR          x
98                IFNOTSET        x "No RN entry seen"
99#                TAG             "EBI"
100#                APPEND          "num_bib"
101
102MATCH           "RP *"
103                SRT             "RP   *=*:*=[$x]\: *"
104#                TAG             "EBI"
105                APPEND          "nuc_rp"
106
107MATCH           "RC *"
108                SRT             "RC   *=*:*=[$x]\: *"
109                TAG             "EBI"
110                APPEND          "author_com_1"
111
112MATCH           "RX   MEDLINE*"
113                SRT             "*MEDLINE*=*2:;=: =:.="
114#                SRT             "*MEDLINE*=*2:;=: =:.=:*=[$x]\: *"
115                TAG             "EBI"
116                APPEND          "medline_id"
117
118MATCH           "RX   DOI*"
119                SRT             "*DOI*=*2:;=: =:.="
120#                SRT             "*DOI*=*2:;=: =:*=[$x]\: *"
121#                TAG             "EBI"
122                APPEND          "publication_doi"
123
124MATCH           "RX   PUBMED*"
125                SRT             "*PUBMED*=*2:;=: =:.="
126#                SRT             "*PUBMED*=*2:;=: =:.=:*=[$x]\: *"
127#                TAG             "EBI"
128                APPEND          "pubmed_id"
129
130MATCH           "RG *"
131                SRT             "RG   *=*:*=[$x]\: *"
132                TAG             "EBI"
133                APPEND          "refgrp"
134
135MATCH           "RA *"
136                SRT             "RA   *=*:;=:*=[$x]\: *"
137#                TAG             "EBI"
138                APPEND          "author"
139
140MATCH           "RT *"
141                SRT             "RT   *=*:;=:"=:*=[$x]\: *"
142#                TAG             "EBI"
143                APPEND          "title"
144
145MATCH           "RL *)."
146                SRT             "RL   *=*:*=[$x]\: *"
147#                TAG             "EBI"
148                APPEND          "journal"
149
150MATCH           "RL *Submitted*"
151                SRT             "RL   *=*:Submitted=:\(*\)*=*1"
152#                TAG             "EBI"
153                WRITE           "submit_date"
154
155MATCH           "RL *"
156                SRT             "*Submitted*bases.=:*.\n*=*2"
157#                TAG             "EBI"
158                APPEND          "submit_author"
159
160MATCH           "RL  (er)*"
161                SRT             "RL   (er)*=*"
162#                TAG             "EBI"
163                APPEND          "e_pub"
164
165MATCH           "DR *"
166                SRT             "DR   *; *=*1\: *2:;="
167                TAG             "EBI"
168                APPEND          "ref_1"
169
170MATCH           "CC *"
171                SRT             "CC   *=*"
172                TAG             "EBI"
173                APPEND          "author_com_2"
174
175# -----------------------------------------------------------------
176# Feature table (used by longebi.ift and longgenbank.ift!)
177
178INCLUDE         "feature_table.ift"
179
180# ---------------------------------------------------------------
181
182SEQUENCEAFTER   "SQ*"
183SEQUENCESRT     "*Check*..*=*3"
184SEQUENCEACI     "remove("0123456789 /")"
185SEQUENCEEND     "//"
186
187CREATE_ACC_FROM_SEQUENCE
188
189END             "//"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.