source: tags/ms_r16q2/lib/import/rdp.ift

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  • import filters mostly SILVA compatible (thx to Frank Oliver)
  • moved feature-table into separate filter which is included by longebi.ift and longgenbank.ift
  • added AUTOTAGging (commented out)
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
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Line 
1# Modified by FOG 27.06.2009
2# start, stop added
3# type INT for start, stop added
4# acc parsing changed
5# a lot of stuff removed
6# IFNOTSET added
7
8AUTODETECT      "LOCUS       s*\nORIGIN*"
9KEYWIDTH        12
10FILETAG         RDP
11
12BEGIN           "LOCUS*"
13
14MATCH           "LOCUS *"
15                SRT             "* *=*1"
16                WRITE           "name"
17
18MATCH           "LOCUS *"
19                SRT             "* *=*1"
20                TAG             "RDP"
21                WRITE           "id"
22
23#MATCH           "LOCUS *"
24#                SRT             "     = :    = :   = :  = :* * *=*2"
25#                TAG             "RDP"
26#                WRITE           "db_nuc"
27
28MATCH           "LOCUS *"
29                SRT             "     = :    = :   = :  = :* * * * * * *=*7"
30                TAG             "RDP"
31                WRITE           "date"
32
33MATCH           "DEFINITION *"
34                TAG             "RDP"
35                WRITE           "description"
36
37MATCH           "COMMENT*Genbank*"
38                SRT             "*Genbank\: *=*2:|*=:(*=:;=:not submitted="
39                ACI             "extract_words("0123456789",4.0)"
40                WRITE           "acc"
41
42#MATCH           "COMMENT*Genbank*"
43#                SRT             "*Genbank\: *=*2:|*=:(*=:;=:not submitted="
44#                ACI             "extract_words("0123456789",4.0)"
45#                WRITE           "db_acc"
46
47#MATCH           "VERSION *"
48#                TAG             "RDP"
49#                WRITE           "version"
50
51MATCH           "KEYWORDS"
52 #               TAG             "RDP"
53                WRITE           "keywd_RDP"
54
55#MATCH           "SOURCE *"
56#                TAG             "RDP"
57#                WRITE           "source"
58
59MATCH           "  ORGANISM *"
60#                TAG             "RDP"
61                SRT             "*|*=*1"
62                WRITE           "tax_rdp_name"
63
64MATCH           "  ORGANISM *"
65#                TAG             "RDP"
66                SRT             "*|*=*2"
67                WRITE           "tax_rdp"
68
69MATCH           "  ORGANISM *"
70                SRT             "* * *=*1 *2:*|*=*1"
71                WRITE           "full_name"
72
73MATCH           "REFERENCE *"
74                SRT             "* *=*1"
75                SETVAR          x
76                IFNOTSET        x "No REFERENCE entry seen"
77#                TAG             "RDP"
78#                APPEND          "num_bib"
79
80MATCH           "REFERENCE *"
81                SRT             "(=:)=:?*=(?)*"
82#                TAG             "RDP"
83                APPEND          "nuc_rp"
84
85MATCH           "  AUTHORS *"
86                SRT             "*=($x)\: *"
87#                TAG             "RDP"
88                APPEND          "author"
89
90MATCH           "  TITLE *"
91                SRT             "*=($x)\: *"
92#                TAG             "RDP"
93                APPEND          "title"
94
95MATCH           "  JOURNAL *"
96                SRT             "*=($x)\: *"
97#                TAG             "RDP"
98                APPEND          "journal"
99
100#MATCH           "  MEDLINE *"
101#                SRT             "*=($x)\: *"
102#                TAG             "RDP"
103#                APPEND          "medline_id"
104
105MATCH           "     source*cell_line*"
106                SRT             "*/cell_line\=\"*\"*=*2"
107                TAG             "RDP"
108                WRITE           "cell_line"
109
110MATCH           "     source*cell_type*"
111                SRT             "*/cell_type\=\"*\"*=*2"
112                TAG             "RDP"
113                WRITE           "cell_type
114
115MATCH           "     source*cultivar*"
116                SRT             "*/cultivar\=\"*\"*=*2"
117                TAG             "RDP"
118                WRITE           "cultivar"
119
120MATCH           "     source*db_xref*"
121                SRT             "*/db_xref\=\"*\"*=*2"
122                TAG             "RDP"
123                WRITE           "tax_xref_embl"
124
125MATCH           "     source*isolate*"
126                SRT             "*/isolate\=\"*\"*=*2"
127                TAG             "RDP"
128                WRITE           "isolate"
129
130MATCH           "     source*isolation_source*"
131                SRT             "*/isolation_source\=\"*\"*=*2"
132                TAG             "RDP"
133                WRITE           "isolation_source"
134
135MATCH           "     source*clone*"
136                SRT             "*/clone\=\"*\"*=*2"
137                TAG             "RDP"
138                WRITE           "clone"
139
140MATCH           "     source*map*"
141                SRT             "*/map\=\"*\"*=*2"
142                TAG             "RDP"
143                WRITE           "map"
144
145MATCH           "     source*organelle*"
146                SRT             "*/organelle\=\"*\"*=*2"
147                TAG             "RDP"
148                WRITE           "organelle"
149
150MATCH           "     source*plasmid*"
151                SRT             "*/plasmid\=\"*\"*=*2"
152                TAG             "RDP"
153                WRITE           "plasmid"
154
155MATCH           "     source*sero_type*"
156                SRT             "*/sero_type\=\"*\"*=*2"
157                TAG             "RDP"
158                WRITE           "serotype"
159
160MATCH           "     source*sero_var*"
161                SRT             "*/sero_var\=\"*\"*=*2"
162                TAG             "RDP"
163                WRITE           "serovar"
164
165MATCH           "     source*specimen_voucher*"
166                SRT             "*/specimen_voucher\=\"*\"*=*2"
167                TAG             "RDP"
168                WRITE           "voucher"
169
170MATCH           "     source*specific_host*"
171                SRT             "*/specific_host\=\"*\"*=*2"
172                TAG             "RDP"
173                WRITE           "host"
174
175MATCH           "     source*strain=*"
176#                TAG             "RDP"
177                SRT             "*strain\=\"*\"*=*2"
178                WRITE           "strain"
179
180MATCH           "     source*sub_species=*"
181                TAG             "RDP"
182                SRT             "*sub_species\=\"*\"*=*2"
183                WRITE           "subspec"
184
185MATCH           "     source*sub_strain=*"
186                TAG             "RDP"
187                SRT             "*sub_strain\=\"*\"*=*2"
188                WRITE           "substrain"
189
190MATCH           "     source*tissue_type=*"
191                TAG             "RDP"
192                SRT             "*tissue_type\=\"*\"*=*2"
193                WRITE           "tissue"
194
195MATCH           "     source*note*"
196                SRT             "*/note\=\"*\"*=*2"
197                TAG             "RDP"
198                WRITE           "note"
199
200MATCH           "     rRNA*db_xref*"
201                SRT             "*/db_xref\=\"*\"*=*2"
202                TAG             "RDP"
203                APPEND          "tax_xref_embl"
204
205MATCH           "     rRNA*evidence*"
206                SRT             "*/evidence\=\"*\"*=*2"
207                TAG             "RDP"
208                APPEND          "evidence"
209
210MATCH           "     rRNA*allele*"
211                SRT             "*/allele\=\"*\"*=*2"
212                TAG             "RDP"
213                APPEND          "allele"
214
215MATCH           "     rRNA*function*"
216                SRT             "*/function\=\"*\"*=*2"
217                TAG             "RDP"
218                APPEND          "function"
219
220MATCH           "     rRNA*citation*"
221                SRT             "*/citation\=\"*\"*=*2"
222                TAG             "RDP"
223                APPEND          "citation"
224
225MATCH           "     rRNA*gene*"
226                SRT             "*/gene\=\"*\"*=*2"
227                TAG             "RDP"
228                APPEND          "gene"
229
230MATCH           "     rRNA*map*"
231                SRT             "*/map\=\"*\"*=*2"
232                TAG             "RDP"
233                APPEND          "map"
234
235MATCH           "     rRNA*note*"
236                SRT             "*/note\=\"*\"*=*2"
237                TAG             "RDP"
238                APPEND          "note"
239
240MATCH           "     rRNA*operon*"
241                SRT             "*/operon\=\"*\"*=*2"
242                TAG             "RDP"
243                APPEND          "operon"
244
245MATCH           "     rRNA*product*"
246                SRT             "*/product\=\"*\"*=*2"
247                TAG             "RDP"
248                APPEND          "product"
249
250MATCH           "     rRNA*"
251                SRT             "*..*=*1:<=:>="
252                WRITE_INT       "start"
253
254MATCH           "     rRNA *"
255                SRT             "*..*=*2:<=:>=:*|*=*1"
256                WRITE_INT       "stop"
257
258SEQUENCEAFTER   "ORIGIN*"
259SEQUENCESRT     " =:~=.:*Check*..="
260SEQUENCEACI     "remove("0123456789 /")"
261SEQUENCECOLUMN  0
262SEQUENCEEND     "//"
263CREATE_ACC_FROM_SEQUENCE
264
265END             "//"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.