source: tags/ms_r17q2/GDE/SUPPORT/findall.c

Last change on this file was 5172, checked in by boehnel, 16 years ago

removing some format warnings
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 2.6 KB
Line 
1/*
2*       Copyright 1991 Steven Smith at the Harvard Genome Lab.
3*       All rights reserved.
4*/
5#include "Flatio.c"
6
7
8main(ac,av)
9int ac;
10char **av;
11{
12        struct data_format data[10000];
13        int Match = 2,Mismatch = 8;
14        int i,j,k,l,numseqs,mis,Case = 32;
15        int slen,pcnt,pos;
16        int UT = FALSE;
17        char c;
18        if(ac < 3)
19        {
20                fprintf(stderr,
21"usage: %s search_string %%mismatch [-case] [-match color] [-mismatch color]\n",
22                av[0]);
23                fprintf(stderr,"                [-u=t]\n");
24                exit(0);
25        }
26        for (j=3;j<ac;j++)
27        {
28                if(strcmp("-case",av[j]) == 0)
29                        Case = 0;
30                if(strcmp("-match",av[j]) == 0)
31                        sscanf(av[j+1],"%d",&Match);
32                if(strcmp("-u=t",av[j]) == 0)
33                        UT = TRUE;
34                if(strcmp("-mismatch",av[j]) == 0)
35                        sscanf(av[j+1],"%d",&Mismatch);
36        }
37        numseqs = ReadFlat(stdin,data,10000);
38
39        slen = strlen(av[1]);
40        sscanf(av[2],"%d",&pcnt);
41        pcnt *= slen;
42        pcnt /= 100;
43
44        if(UT)
45                for(j=0;j<=strlen(av[1]);j++)
46                {
47                        if(av[1][j] == 't')
48                                av[1][j] = 'u';
49                        if(av[1][j] == 'T')
50                                av[1][j] = 'U';
51                }
52
53        for(i=0;i<numseqs;i++)
54        {
55                if(UT)
56                        for(j=0;data[i].nuc[j]!='\0';j++)
57                        {
58                                if(data[i].nuc[j] == 't') 
59                                        data[i].nuc[j] = 'u';
60                                else if(data[i].nuc[j] == 'T') 
61                                        data[i].nuc[j] = 'U';
62                        }
63                printf("name:%s\n",data[i].name);
64                printf("length:%zu\n",strlen(data[i].nuc));
65                printf("start:\n");
66                for(j=0;j<data[i].length;j++)
67                {
68                        mis = 0;
69                        for(k=0,pos=j;k<slen && pos<data[i].length;k++,pos++)
70                        {
71                                c = data[i].nuc[pos];
72                                for(;(c == ' ' || c == '-' || c == '~') &&
73                                        pos < data[i].length;)
74                                        c = data[i].nuc[++pos];
75                                c |= Case;
76
77                                if(data[i].type == '#')
78                                {
79                                    if(CompIUP(c,(av[1][k]|Case)) == FALSE)
80                                        mis++;
81                                }
82                                else
83                                {
84                                    if(c!=(av[1][k]|Case))
85                                        mis++;
86                                }
87                        }
88                        if(k == slen && mis<=pcnt)
89                        {
90                                for(k=j;k<pos;k++)
91                                        printf("%d\n",Match);
92                                j = pos-1;
93                        }
94                        else
95                                printf("%d\n",Mismatch);
96                }
97        }
98        exit(0);
99}
100
101
102int CompIUP(a,b)
103char a,b;
104{
105        static int tmatr[16] = {'-','a','c','m','g','r','s','v',
106                        't','w','y','h','k','d','b','n'};
107 
108        static int matr[128] = {
109        0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0x00,
110        0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,
111        0x01,0xe,0x02,0x0d,0,0,0x04,0x0b,0,0,0x0c,0,0x03,0x0f,0,0,0,0x05,0x06,
112        0x08,0x08,0x07,0x09,0x00,0xa,0,0,0,0,0,0,0,0x01,0x0e,0x02,0x0d,0,0,0x04,
113        0x0b,0,0,0x0c,0,0x03,0x0f,0,0,0,0x05,0x06,0x08,0x08,0x07,0x09,0x00,0x0a,
114        0,0,0,0,0x00,0
115        };
116
117
118        int testa,testb;
119
120        if(a&32 != b&32)
121                return(FALSE);
122
123        testa = matr[(int)a];
124        testb = matr[(int)b];
125        return(testa&testb);
126}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.