source: tags/ms_r18q1/GENOM/GEN_map.cxx

Last change on this file was 16936, checked in by westram, 6 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 70.8 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : GEN_map.cxx                                       //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Coded by Ralf Westram (coder@reallysoft.de) in 2001           //
7//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
8//   http://www.arb-home.de/                                       //
9//                                                                 //
10// =============================================================== //
11
12#include "GEN_local.hxx"
13#include "GEN_gene.hxx"
14#include "GEN_graphic.hxx"
15#include "GEN_nds.hxx"
16#include "EXP_local.hxx"
17
18#include <dbui.h>
19#include <db_query.h>
20
21#include <awt.hxx>
22#include <awt_prompt.hxx>
23#include <awt_input_mask.hxx>
24
25#include <aw_preset.hxx>
26#include <aw_awars.hxx>
27#include <aw_question.hxx>
28#include <AW_rename.hxx>
29#include <aw_msg.hxx>
30#include <aw_root.hxx>
31
32#include <adGene.h>
33#include <ad_cb.h>
34
35#include <arb_progress.h>
36#include <rootAsWin.h>
37#include <mode_text.h>
38
39#include <map>
40
41using namespace std;
42
43extern GBDATA *GLOBAL_gb_main;
44
45// -----------------------
46//      GEN_map_window
47
48class GEN_map_window : public AW_window_menu_modes { // derived from a Noncopyable
49    int          window_nr;
50    GEN_graphic *gen_graphic;
51    AWT_canvas  *gen_canvas;
52
53public:
54    GEN_map_window(int window_nr_) :
55        AW_window_menu_modes(),
56        window_nr(window_nr_),
57        gen_graphic(NULp),
58        gen_canvas(NULp)
59    {}
60
61    void init(AW_root *root, GBDATA *gb_main);
62
63    GEN_graphic *get_graphic() const { gen_assert(gen_graphic); return gen_graphic; }
64    AWT_canvas *get_canvas() const { gen_assert(gen_canvas); return gen_canvas; }
65    int get_nr() const { return window_nr; }
66
67    GBDATA *get_gb_main() const { return get_canvas()->gb_main; }
68};
69
70// ------------------------
71//      GEN_map_manager
72
73DECLARE_CBTYPE_FVV_AND_BUILDERS(GenmapWindowCallback, void, GEN_map_window*); // generates makeGenmapWindowCallback
74
75class GEN_map_manager : virtual Noncopyable {
76    static AW_root         *aw_root;
77    static GBDATA          *gb_main;
78    static GEN_map_manager *the_manager;            // there can be only one!
79
80    int              window_counter;
81    GEN_map_window **windows;   // array of managed windows
82    int              windows_size; // size of 'windows' array
83
84public:
85
86    GEN_map_manager();
87
88    static bool initialized() { return aw_root; }
89    static void initialize(AW_root *aw_root_, GBDATA *gb_main_) { aw_root = aw_root_; gb_main = gb_main_; }
90
91    static GEN_map_manager *get_map_manager();
92
93    GEN_map_window *get_map_window(int nr);
94
95    int no_of_managed_windows() { return window_counter; }
96
97    static void with_all_mapped_windows(const GenmapWindowCallback& gwcb);
98    static void with_all_mapped_windows(void (*cb)(GEN_map_window*)) { with_all_mapped_windows(makeGenmapWindowCallback(cb)); }
99};
100
101// ____________________________________________________________
102// start of implementation of class GEN_map_manager:
103
104AW_root         *GEN_map_manager::aw_root     = NULp;
105GBDATA          *GEN_map_manager::gb_main     = NULp;
106GEN_map_manager *GEN_map_manager::the_manager = NULp;
107
108GEN_map_manager::GEN_map_manager() :
109    window_counter(0),
110    windows(new GEN_map_window *[5]),
111    windows_size(5)
112{
113    gen_assert(!the_manager);   // only one instance allowed
114    the_manager = this;
115}
116
117GEN_map_manager *GEN_map_manager::get_map_manager() {
118    if (!the_manager) {
119        gen_assert(aw_root);    // call initialize() before!
120        new GEN_map_manager;  // sets the manager
121        gen_assert(the_manager);
122    }
123    return the_manager;
124}
125
126void GEN_map_manager::with_all_mapped_windows(const GenmapWindowCallback& gwcb) {
127    if (aw_root) { // no genemap opened yet
128        GEN_map_manager *mm       = get_map_manager();
129        int              winCount = mm->no_of_managed_windows();
130        for (int nr = 0; nr<winCount; ++nr) {
131            gwcb(mm->get_map_window(nr));
132        }
133    }
134}
135
136GEN_map_window *GEN_map_manager::get_map_window(int nr) {
137    gen_assert(aw_root);
138    gen_assert(nr >= 0);
139    if (nr<window_counter) {
140        return windows[nr]; // window has already been created before
141    }
142
143    gen_assert(nr == window_counter); // increase nr sequentially!
144
145    window_counter++;
146    if (window_counter>windows_size) {
147        int             new_windows_size = windows_size+5;
148        GEN_map_window **new_windows      = new GEN_map_window*[new_windows_size];
149
150        for (int i = 0; i<windows_size; ++i) new_windows[i] = windows[i];
151
152        delete [] windows;
153        windows      = new_windows;
154        windows_size = new_windows_size;
155    }
156
157    gen_assert(nr<windows_size);
158
159    windows[nr] = new GEN_map_window(nr);
160    windows[nr]->init(aw_root, gb_main);
161
162    return windows[nr];
163}
164
165// -end- of implementation of class GEN_map_manager.
166
167
168
169const char *GEN_window_local_awar_name(const char *awar_name, int window_nr) {
170    return GBS_global_string("%s_%i", awar_name, window_nr);
171}
172
173static void reinit_NDS_4_window(GEN_map_window *win) {
174    AWT_auto_refresh allowed_on(win->get_canvas());
175    win->get_graphic()->get_gen_root()->reinit_NDS();
176    win->get_canvas()->request_refresh();
177}
178
179static void GEN_NDS_changed(GBDATA *gb_viewkey) {
180    GBDATA *gb_main = GB_get_root(gb_viewkey);
181    GEN_make_node_text_init(gb_main);
182    GEN_map_manager::with_all_mapped_windows(reinit_NDS_4_window);
183}
184
185struct gene_container_changed_cb_data {
186    AWT_canvas  *canvas;
187    GEN_graphic *graphic;
188    GBDATA      *gb_gene_data; // callback was installed for this gene_data
189
190    gene_container_changed_cb_data() : canvas(NULp), graphic(NULp), gb_gene_data(NULp) {}
191    gene_container_changed_cb_data(AWT_canvas *canvas_, GEN_graphic *graphic_, GBDATA *gb_gene_data_) :
192        canvas(canvas_),
193        graphic(graphic_),
194        gb_gene_data(gb_gene_data_)
195    {}
196};
197
198static void GEN_gene_container_changed_cb(GBDATA*, gene_container_changed_cb_data *cb_data) {
199    AWT_auto_refresh allowed_on(cb_data->canvas);
200    cb_data->graphic->reinit_gen_root(cb_data->canvas, true);
201    cb_data->canvas->request_refresh();
202}
203
204inline GBDATA *GEN_get_local_gene_data(GEN_graphic *gg) {
205    int window_nr = GEN_find_windowNr_for(gg);
206    gen_assert(window_nr>=0);
207
208    GBDATA *gb_gene_data = NULp;
209    if (window_nr>=0) {
210        const char *organism = gg->get_aw_root()->awar(AWAR_LOCAL_ORGANISM_NAME(window_nr))->read_char_pntr();
211        if (organism) {
212            GBDATA *gb_main              = gg->get_gb_main();
213            GBDATA *gb_species           = GBT_find_species(gb_main, organism);
214            if (gb_species) gb_gene_data = GEN_expect_gene_data(gb_species);
215        }
216    }
217
218    return gb_gene_data;
219}
220
221
222static void GEN_gene_container_cb_installer(CbInstallMode install, AWT_canvas *gmw, GEN_graphic *gg) {
223    typedef map<GEN_graphic*, gene_container_changed_cb_data> callback_dict;
224    static callback_dict                                      installed_callbacks;
225
226    callback_dict::iterator found = installed_callbacks.find(gg);
227    if (found == installed_callbacks.end()) {
228        gen_assert(install == INSTALL_CBS); // if not installing -> entry has to exist!
229        installed_callbacks[gg] = gene_container_changed_cb_data(gmw, gg, NULp);
230        found                   = installed_callbacks.find(gg);
231        gen_assert(found != installed_callbacks.end());
232    }
233
234    gene_container_changed_cb_data *curr_cb_data = &(found->second);
235
236    switch (install) {
237        case INSTALL_CBS: {
238            gen_assert(!curr_cb_data->gb_gene_data); // NULp means : no callback installed
239
240            GBDATA         *gb_main = gg->get_gb_main();
241            GB_transaction  ta(gb_main);
242
243            curr_cb_data->gb_gene_data = GEN_get_local_gene_data(gg);
244
245            if (curr_cb_data->gb_gene_data) {
246                GB_add_callback(curr_cb_data->gb_gene_data, GB_CB_CHANGED_OR_DELETED, makeDatabaseCallback(GEN_gene_container_changed_cb, curr_cb_data));
247            }
248            break;
249        }
250        case REMOVE_CBS: {
251            if (curr_cb_data->gb_gene_data) { // if callback is installed
252                GB_remove_callback(curr_cb_data->gb_gene_data, GB_CB_CHANGED_OR_DELETED, makeDatabaseCallback(GEN_gene_container_changed_cb, curr_cb_data));
253                curr_cb_data->gb_gene_data = NULp;
254            }
255            break;
256        }
257        case FORGET_CBS: {
258            curr_cb_data->gb_gene_data = NULp;
259            break;
260        }
261    }
262}
263
264static void GEN_jump_cb(AW_window *aww, bool force_center_if_fits) {
265    // force_center_if_fits==true => center gene if it fits into display
266    GEN_map_window *win = DOWNCAST(GEN_map_window*, aww);
267
268    AW_device             *device = win->get_graphic()->get_device();
269    const AW_screen_area&  screen = device->get_area_size();
270#if defined(DEBUG)
271    printf("Window %i: screen is: %i/%i -> %i/%i\n", win->get_nr(), screen.l, screen.t, screen.r, screen.b);
272#endif // DEBUG
273
274    AWT_canvas *canvas = win->get_canvas();
275    AWT_auto_refresh allowed_on(canvas);
276    const GEN_root *gen_root = win->get_graphic()->get_gen_root();
277    if (gen_root) {
278        const AW::Rectangle& wrange = gen_root->get_selected_range();
279
280        if (wrange.valid()) {
281#if defined(DEBUG)
282            printf("Window %i: Draw world range of selected gene is: %f/%f -> %f/%f\n",
283                   win->get_nr(), wrange.left(), wrange.top(), wrange.right(), wrange.bottom());
284#endif // DEBUG
285
286            AW::Rectangle srange = device->transform(wrange);
287#if defined(DEBUG)
288            printf("Window %i: Draw screen range of selected gene is: %f/%f -> %f/%f\n",
289                   win->get_nr(), srange.left(), srange.top(), srange.right(), srange.bottom());
290#endif // DEBUG
291
292            int         scrollx = 0;
293            int         scrolly = 0;
294
295            if (srange.top() < 0) {
296                scrolly = AW_INT(srange.top())-2;
297            }
298            else if (srange.bottom() > screen.b) {
299                scrolly = AW_INT(srange.bottom())-screen.b+2;
300            }
301            if (srange.left() < 0) {
302                scrollx = AW_INT(srange.left())-2;
303            }
304            else if (srange.right() > screen.r) {
305                scrollx = AW_INT(srange.right())-screen.r+2;
306            }
307
308            if (force_center_if_fits) {
309                if (!scrollx) { // no scrolling needed, i.e. gene fits onto display horizontally
310                    int gene_center_x   = AW_INT((srange.left()+srange.right())/2);
311                    int screen_center_x = (screen.l+screen.r)/2;
312                    scrollx             = gene_center_x-screen_center_x;
313#if defined(DEBUG)
314                    printf("center x\n");
315#endif // DEBUG
316                }
317                if (!scrolly) { // no scrolling needed, i.e. gene fits onto display vertically
318                    int gene_center_y   = AW_INT((srange.top()+srange.bottom())/2);
319                    int screen_center_y = (screen.t+screen.b)/2;
320                    scrolly             = gene_center_y-screen_center_y;
321#if defined(DEBUG)
322                    printf("center y\n");
323#endif // DEBUG
324                }
325            }
326
327#if defined(DEBUG)
328            printf("scroll %i/%i\n", scrollx, scrolly);
329#endif // DEBUG
330
331            canvas->scroll(scrollx, scrolly);
332        }
333    }
334    canvas->request_refresh();
335}
336
337static void GEN_jump_cb_auto(AW_root *root, GEN_map_window *win, bool force_refresh, bool force_zoom_reset) {
338    AWT_canvas *ntw = win->get_canvas();
339    assert_no_auto_refresh_for(ntw); // otherwise jump doesn't work!
340
341    int jump = root->awar(AWAR_GENMAP_AUTO_JUMP)->read_int();
342    if (jump || force_refresh || force_zoom_reset) {
343        AWT_auto_refresh allowed_on(ntw);
344        if (force_zoom_reset) ntw->request_zoom_reset();
345        ntw->request_refresh();
346    }
347    if (jump) {
348        GEN_jump_cb(win, false);
349    }
350}
351
352static void GEN_local_organism_or_gene_name_changed_cb(AW_root *awr, GEN_map_window *win) {
353    {
354        AWT_auto_refresh allowed_on(win->get_canvas());
355        win->get_graphic()->reinit_gen_root(win->get_canvas(), false);
356    }
357    GEN_jump_cb_auto(awr, win, true, false);
358}
359
360#define DISPLAY_TYPE_BIT(disp_type) (1<<(disp_type))
361#define ALL_DISPLAY_TYPES           (DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLES)-1)
362
363static void GEN_map_window_refresh(GEN_map_window *win) {
364    AWT_auto_refresh allowed_on(win->get_canvas());
365    win->get_canvas()->request_refresh();
366}
367void GEN_refresh_all_windows() {
368    GEN_map_manager::with_all_mapped_windows(GEN_map_window_refresh);
369}
370
371static void GEN_map_window_refresh_if_display_type(GEN_map_window *win, bool zoom_reset, int display_type_mask) {
372    int my_display_type = win->get_graphic()->get_display_style();
373    if (display_type_mask & DISPLAY_TYPE_BIT(my_display_type)) {
374        if (zoom_reset) {
375            GEN_jump_cb_auto(AW_root::SINGLETON, win, true, true);
376        }
377        else {
378            GEN_map_window_refresh(win);
379        }
380    }
381}
382
383static void GEN_update_unlocked_organism_and_gene_awars(GEN_map_window *win, const char *organismName, const char *geneName) {
384    AW_root *aw_root   = win->get_graphic()->get_aw_root();
385    int      window_nr = win->get_nr();
386    if (!aw_root->awar(AWAR_LOCAL_ORGANISM_LOCK(window_nr))->read_int()) {
387        aw_root->awar(AWAR_LOCAL_ORGANISM_NAME(window_nr))->write_string(organismName);
388    }
389    if (!aw_root->awar(AWAR_LOCAL_GENE_LOCK(window_nr))->read_int()) {
390        aw_root->awar(AWAR_LOCAL_GENE_NAME(window_nr))->write_string(geneName);
391    }
392}
393
394static void GEN_organism_or_gene_changed_cb(AW_root *awr) {
395    char *organism = awr->awar(AWAR_ORGANISM_NAME)->read_string();
396    char *gene     = awr->awar(AWAR_GENE_NAME)->read_string();
397
398    GEN_map_manager::with_all_mapped_windows(makeGenmapWindowCallback(GEN_update_unlocked_organism_and_gene_awars, organism, gene));
399
400    free(gene);
401    free(organism);
402}
403
404
405static void GEN_local_lock_changed_cb(AW_root *awr, GEN_map_window *win, bool gene_lock) {
406    int window_nr = win->get_nr();
407
408    const char *local_awar_name      = NULp;
409    const char *local_lock_awar_name = NULp;
410    const char *global_awar_name     = NULp;
411
412    if (gene_lock) {
413        local_awar_name      = AWAR_LOCAL_GENE_NAME(window_nr);
414        local_lock_awar_name = AWAR_LOCAL_GENE_LOCK(window_nr);
415        global_awar_name     = AWAR_GENE_NAME;
416    }
417    else { // otherwise organism
418        local_awar_name      = AWAR_LOCAL_ORGANISM_NAME(window_nr);
419        local_lock_awar_name = AWAR_LOCAL_ORGANISM_LOCK(window_nr);
420        global_awar_name     = AWAR_ORGANISM_NAME;
421    }
422
423    AW_awar *local_awar  = awr->awar(local_awar_name);
424    AW_awar *global_awar = awr->awar(global_awar_name);
425
426    int lock_value = awr->awar(local_lock_awar_name)->read_int();
427    if (lock_value == 0) { // lock has been removed -> map to global awar
428        local_awar->map(global_awar);
429    }
430    else { // lock has been installed -> unmap from global awar
431        local_awar->unmap();
432        char *content = global_awar->read_string();
433        local_awar->write_string(content);
434        free(content);
435    }
436}
437
438// -------------------------------------
439//      display parameter change cb
440
441static void GEN_display_param_changed_cb(AW_root*, bool zoom_reset, int display_type_mask) {
442    GEN_map_manager::with_all_mapped_windows(makeGenmapWindowCallback(GEN_map_window_refresh_if_display_type, zoom_reset, display_type_mask));
443}
444inline void set_display_update_callback(AW_root *awr, const char *awar_name, bool zoom_reset, int display_type_mask) {
445    awr->awar(awar_name)->add_callback(makeRootCallback(GEN_display_param_changed_cb, zoom_reset, display_type_mask));
446}
447
448// --------------------------
449//      View-local AWARS
450
451static void GEN_create_genemap_local_awars(AW_root *aw_root, AW_default /* def */, int window_nr) {
452    // awars local to each view
453
454    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_DISPLAY_TYPE(window_nr), GEN_DISPLAY_STYLE_RADIAL); // @@@ FIXME: make local
455
456    aw_root->awar_string(AWAR_LOCAL_ORGANISM_NAME(window_nr), "");
457    aw_root->awar_string(AWAR_LOCAL_GENE_NAME(window_nr), "");
458
459    aw_root->awar_int(AWAR_LOCAL_ORGANISM_LOCK(window_nr), 0);
460    aw_root->awar_int(AWAR_LOCAL_GENE_LOCK(window_nr), 0);
461}
462
463static void GEN_add_local_awar_callbacks(AW_root *awr, AW_default /* def */, GEN_map_window *win) {
464    int window_nr = win->get_nr();
465
466    RootCallback nameChangedCb = makeRootCallback(GEN_local_organism_or_gene_name_changed_cb, win);
467    awr->awar(AWAR_LOCAL_ORGANISM_NAME(window_nr))->add_callback(nameChangedCb);
468    awr->awar(AWAR_LOCAL_GENE_NAME(window_nr))    ->add_callback(nameChangedCb);
469
470    AW_awar *awar_lock_orga = awr->awar(AWAR_LOCAL_ORGANISM_LOCK(window_nr));
471    AW_awar *awar_lock_gene = awr->awar(AWAR_LOCAL_GENE_LOCK(window_nr));
472
473    awar_lock_orga->add_callback(makeRootCallback(GEN_local_lock_changed_cb, win, false));
474    awar_lock_gene->add_callback(makeRootCallback(GEN_local_lock_changed_cb, win, true));
475
476    awar_lock_orga->touch();
477    awar_lock_gene->touch();
478}
479
480// ----------------------
481//      global AWARS
482
483static void GEN_create_genemap_global_awars(AW_root *aw_root, AW_default def, GBDATA *gb_main) {
484    // layout options:
485
486    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_ARROW_SIZE, 150)->set_minmax(0, 500);
487    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_SHOW_HIDDEN, 0);
488    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_SHOW_ALL_NDS, 0);
489
490    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_BOOK_BASES_PER_LINE, 15000)->set_minmax(1, 100000);
491    aw_root->awar_float(AWAR_GENMAP_BOOK_WIDTH_FACTOR, 0.1)->set_minmax(0, 1);
492    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_BOOK_LINE_HEIGHT, 20)->set_minmax(0, 100);
493    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_BOOK_LINE_SPACE, 5)->set_minmax(-20, 20);
494
495    aw_root->awar_float(AWAR_GENMAP_VERTICAL_FACTOR_X, 1.0)->set_minmax(0, 10);
496    aw_root->awar_float(AWAR_GENMAP_VERTICAL_FACTOR_Y, 0.3)->set_minmax(0, 10);
497
498    aw_root->awar_float(AWAR_GENMAP_RADIAL_INSIDE, 50)->set_minmax(0, 100);
499    aw_root->awar_float(AWAR_GENMAP_RADIAL_OUTSIDE, 4)->set_minmax(0, 100);
500
501    // other options:
502
503    aw_root->awar_int(AWAR_GENMAP_AUTO_JUMP, 1);
504
505    GEN_create_nds_vars(aw_root, def, gb_main, makeDatabaseCallback(GEN_NDS_changed));
506}
507
508static void GEN_add_global_awar_callbacks(AW_root *awr) {
509    enum { REFRESH_ONLY = 0, ZOOM_RESET = 1 };
510
511    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_ARROW_SIZE,          REFRESH_ONLY, ALL_DISPLAY_TYPES^DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_BOOK));
512    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_SHOW_HIDDEN,         REFRESH_ONLY, ALL_DISPLAY_TYPES);
513    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_SHOW_ALL_NDS,        REFRESH_ONLY, ALL_DISPLAY_TYPES);
514
515    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_BOOK_BASES_PER_LINE, ZOOM_RESET,   DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_BOOK));
516    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_BOOK_WIDTH_FACTOR,   ZOOM_RESET,   DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_BOOK));
517    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_BOOK_LINE_HEIGHT,    ZOOM_RESET,   DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_BOOK));
518    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_BOOK_LINE_SPACE,     ZOOM_RESET,   DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_BOOK));
519
520    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_VERTICAL_FACTOR_X,   ZOOM_RESET,   DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_VERTICAL));
521    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_VERTICAL_FACTOR_Y,   ZOOM_RESET,   DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_VERTICAL));
522
523    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_RADIAL_INSIDE,       ZOOM_RESET,   DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_RADIAL));
524    set_display_update_callback(awr, AWAR_GENMAP_RADIAL_OUTSIDE,      ZOOM_RESET,   DISPLAY_TYPE_BIT(GEN_DISPLAY_STYLE_RADIAL));
525
526    awr->awar(AWAR_ORGANISM_NAME)->add_callback(GEN_organism_or_gene_changed_cb);
527    awr->awar(AWAR_GENE_NAME)->add_callback(GEN_organism_or_gene_changed_cb);
528}
529
530
531// --------------------------------------------------------------------------------
532
533static void GEN_mode_event(AW_window *aws, GEN_map_window *win, AWT_COMMAND_MODE mode) {
534    const char *text = NULp;
535    switch (mode) {
536        case AWT_MODE_SELECT: text = MODE_TEXT_1BUTTON("SELECT", "click to select a gene"); break;
537        case AWT_MODE_INFO:   text = MODE_TEXT_1BUTTON("INFO",   "click for info");         break;
538
539        case AWT_MODE_ZOOM: text = MODE_TEXT_STANDARD_ZOOMMODE(); break;
540
541        default: text = no_mode_text_defined(); break;
542    }
543
544    gen_assert(strlen(text) < AWAR_FOOTER_MAX_LEN); // text too long!
545
546    aws->get_root()->awar(AWAR_FOOTER)->write_string(text);
547
548    AWT_canvas       *canvas = win->get_canvas();
549    AWT_auto_refresh  allowed_on(canvas);
550
551    canvas->set_mode(mode);
552    canvas->request_refresh();
553}
554
555static void GEN_undo_cb(AW_window*, GB_UNDO_TYPE undo_type, GBDATA *gb_main) {
556    GB_ERROR error = GB_undo(gb_main, undo_type);
557    if (error) {
558        aw_message(error);
559    }
560    else {
561        GB_begin_transaction(gb_main);
562        GB_commit_transaction(gb_main);
563    }
564}
565
566static AW_window *GEN_create_options_window(AW_root *awr) {
567    static AW_window_simple *aws = NULp;
568
569    if (!aws) {
570        aws = new AW_window_simple;
571
572        aws->init(awr, "GEN_OPTS", "Genemap options");
573        aws->load_xfig("gen_options.fig");
574
575        aws->at("close");
576        aws->callback(AW_POPDOWN);
577        aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
578
579        aws->callback(makeHelpCallback("gen_options.hlp"));
580        aws->at("help");
581        aws->create_button("HELP", "HELP", "H");
582
583        aws->auto_space(5, 5);
584        aws->label_length(26);
585
586        const int FIELDWIDTH  = 12;
587        const int SCALERWIDTH = 300;
588
589        // all displays:
590        aws->at("arrow_size");      aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_GENMAP_ARROW_SIZE, FIELDWIDTH, SCALERWIDTH);
591
592        aws->at("show_hidden");
593        aws->label("Show hidden genes");
594        aws->create_toggle(AWAR_GENMAP_SHOW_HIDDEN);
595
596        aws->at("show_all");
597        aws->label("Show NDS for all genes");
598        aws->create_toggle(AWAR_GENMAP_SHOW_ALL_NDS);
599
600        aws->at("autojump");
601        aws->label("Auto jump to selected gene");
602        aws->create_toggle(AWAR_GENMAP_AUTO_JUMP);
603
604        // book-style:
605        aws->at("base_pos");        aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_GENMAP_BOOK_BASES_PER_LINE, FIELDWIDTH, SCALERWIDTH);
606        aws->at("width_factor");    aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_GENMAP_BOOK_WIDTH_FACTOR,   FIELDWIDTH, SCALERWIDTH, AW_SCALER_EXP_LOWER);
607        aws->at("line_height");     aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_GENMAP_BOOK_LINE_HEIGHT,    FIELDWIDTH, SCALERWIDTH, AW_SCALER_EXP_LOWER);
608        aws->at("line_space");      aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_GENMAP_BOOK_LINE_SPACE,     FIELDWIDTH, SCALERWIDTH);
609
610        // vertical-style:
611        aws->at("factor_x");        aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_GENMAP_VERTICAL_FACTOR_X, FIELDWIDTH, SCALERWIDTH, AW_SCALER_EXP_LOWER);
612        aws->at("factor_y");        aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_GENMAP_VERTICAL_FACTOR_Y, FIELDWIDTH, SCALERWIDTH, AW_SCALER_EXP_LOWER);
613
614        // radial style:
615        aws->at("inside");          aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_GENMAP_RADIAL_INSIDE,  FIELDWIDTH, SCALERWIDTH, AW_SCALER_EXP_LOWER);
616        aws->at("outside");         aws->create_input_field_with_scaler(AWAR_GENMAP_RADIAL_OUTSIDE, FIELDWIDTH, SCALERWIDTH, AW_SCALER_EXP_LOWER);
617    }
618    return aws;
619}
620
621static AW_window *GEN_create_gc_window(AW_root *awr, AW_gc_manager *gcman) {
622    // only create one gc window for all genemap views
623    static AW_window *awgc = NULp;
624    if (!awgc) awgc        = AW_create_gc_window_named(awr, gcman, "GENMAP_COLOR_DEF", "Genemap colors and fonts"); // use named gc window (otherwise clashes with ARB_NTREE gc window)
625    return awgc;
626}
627
628enum GEN_PERFORM_MODE {
629    GEN_PERFORM_ALL_ORGANISMS,
630    GEN_PERFORM_CURRENT_ORGANISM,
631    GEN_PERFORM_ALL_BUT_CURRENT_ORGANISM,
632    GEN_PERFORM_MARKED_ORGANISMS,
633
634    GEN_PERFORM_MODES, // counter
635};
636
637static const char *GEN_PERFORM_MODE_id[GEN_PERFORM_MODES] = {
638    "org_all",
639    "org_current",
640    "org_butcur",
641    "org_marked",
642};
643
644inline string performmode_relative_id(const char *id, GEN_PERFORM_MODE pmode) {
645    return GBS_global_string("%s_%s", GEN_PERFORM_MODE_id[pmode], id);
646}
647
648enum GEN_MARK_MODE {
649    GEN_MARK,
650    GEN_UNMARK,
651    GEN_INVERT_MARKED,
652    GEN_COUNT_MARKED,
653
654    //     GEN_MARK_COLORED,              done by awt_colorize_marked now
655    //     GEN_UNMARK_COLORED,
656    //     GEN_INVERT_COLORED,
657    //     GEN_COLORIZE_MARKED,
658
659    GEN_EXTRACT_MARKED,
660
661    GEN_MARK_HIDDEN,
662    GEN_MARK_VISIBLE,
663    GEN_UNMARK_HIDDEN,
664    GEN_UNMARK_VISIBLE
665};
666
667enum GEN_HIDE_MODE {
668    GEN_HIDE_ALL,
669    GEN_UNHIDE_ALL,
670    GEN_INVERT_HIDE_ALL,
671
672    GEN_HIDE_MARKED,
673    GEN_UNHIDE_MARKED,
674    GEN_INVERT_HIDE_MARKED
675};
676
677// --------------------------------------------------------------------------------
678
679inline bool nameIsUnique(const char *short_name, GBDATA *gb_species_data) {
680    return !GBT_find_species_rel_species_data(gb_species_data, short_name);
681}
682
683static GB_ERROR GEN_species_add_entry(GBDATA *gb_pseudo, const char *key, const char *value) {
684    GB_ERROR  error = NULp;
685    GB_clear_error();
686    GBDATA   *gbd   = GB_entry(gb_pseudo, key);
687
688    if (!gbd) { // key does not exist yet -> create
689        gbd             = GB_create(gb_pseudo, key, GB_STRING);
690        if (!gbd) error = GB_await_error();
691    }
692    else { // key exists
693        if (GB_read_type(gbd) != GB_STRING) { // test correct key type
694            error = GB_export_errorf("field '%s' exists and has wrong type", key);
695        }
696    }
697
698    if (!error) error = GB_write_string(gbd, value);
699
700    return error;
701}
702
703static AW_repeated_question *ask_about_existing_gene_species = NULp;
704static AW_repeated_question *ask_to_overwrite_alignment      = NULp;
705
706struct EG2PS_data : virtual Noncopyable {
707    arb_progress        progress;
708    GBDATA             *gb_species_data;
709    char               *ali;
710    UniqueNameDetector  existing;
711    GB_HASH            *pseudo_hash;
712    int                 duplicateSpecies; // counts created gene-species with identical ACC
713    bool                nameProblem; // nameserver and DB disagree about names
714
715    EG2PS_data(const char *ali_, GBDATA *gb_species_data_, int marked_genes_)
716        : progress(marked_genes_), 
717          gb_species_data(gb_species_data_), 
718          ali(ARB_strdup(ali_)),
719          existing(gb_species_data, marked_genes_), 
720          duplicateSpecies(0), 
721          nameProblem(false)
722    {
723        pseudo_hash = GEN_create_pseudo_species_hash(GB_get_root(gb_species_data), marked_genes_);
724    }
725
726    ~EG2PS_data() {
727        if (duplicateSpecies>0) {
728            aw_message(GBS_global_string("There are %i duplicated gene-species (with identical sequence and accession number)\n"
729                                         "Duplicated gene-species got names with numerical postfixes ('.1', '.2', ...)"
730                                         , duplicateSpecies));
731        }
732        if (nameProblem) {
733            aw_message("Naming problems occurred.\nYou have to call 'Species/Synchronize IDs'!");
734        }
735        GBS_free_hash(pseudo_hash);
736        free(ali);
737    }
738};
739
740static const char* readACC(GBDATA *gb_species_data, const char *name) {
741    const char *other_acc    = NULp;
742    GBDATA *gb_other_species = GBT_find_species_rel_species_data(gb_species_data, name);
743    if (gb_other_species) {
744        GBDATA *gb_other_acc = GB_entry(gb_other_species, "acc");
745        if (gb_other_acc) other_acc = GB_read_char_pntr(gb_other_acc);
746    }
747    return other_acc;
748}
749
750static void gen_extract_gene_2_pseudoSpecies(GBDATA *gb_species, GBDATA *gb_gene, EG2PS_data *eg2ps) {
751    const char *gene_name         = GBT_read_name(gb_gene);
752    const char *species_name      = GBT_read_name(gb_species);
753    const char *full_species_name = GBT_read_char_pntr(gb_species, "full_name");
754
755    if (!full_species_name) full_species_name = species_name;
756
757    char     *full_name = GBS_global_string_copy("%s [%s]", full_species_name, gene_name);
758    char     *sequence  = GBT_read_gene_sequence(gb_gene, true, 0);
759    GB_ERROR  error     = NULp;
760
761    if (!sequence) error = GB_await_error();
762    else {
763        const char *ali = eg2ps->ali;
764        long        id  = GBS_checksum(sequence, 1, ".-");
765        char        acc[100];
766
767        sprintf(acc, "ARB_GENE_%lX", id);
768
769        // test if this gene has been already extracted to a gene-species
770
771        GBDATA *gb_main                 = GB_get_root(gb_species);
772        GBDATA *gb_exist_geneSpec       = GEN_find_pseudo_species(gb_main, species_name, gene_name, eg2ps->pseudo_hash);
773        bool    create_new_gene_species = true;
774        char   *short_name              = NULp;
775
776        if (gb_exist_geneSpec) {
777            const char *existing_name = GBT_read_name(gb_exist_geneSpec);
778
779            gen_assert(ask_about_existing_gene_species);
780            gen_assert(ask_to_overwrite_alignment);
781
782            char *question = GBS_global_string_copy("Already have a gene-species for %s/%s ('%s')", species_name, gene_name, existing_name);
783            int   answer   = ask_about_existing_gene_species->get_answer("existing_pseudo_species", question, "Overwrite species,Insert new alignment,Skip,Create new", "all", true);
784
785            create_new_gene_species = false;
786
787            switch (answer) {
788                case 0: {   // Overwrite species
789                    // @@@ FIXME:  delete species needed here
790                    create_new_gene_species = true;
791                    short_name              = ARB_strdup(existing_name);
792                    break;
793                }
794                case 1: {     // Insert new alignment or overwrite alignment
795                    GBDATA     *gb_ali = GB_entry(gb_exist_geneSpec, ali);
796                    if (gb_ali) { // the alignment already exists
797                        char *question2        = GBS_global_string_copy("Gene-species '%s' already has data in '%s'", existing_name, ali);
798                        int   overwrite_answer = ask_to_overwrite_alignment->get_answer("overwrite_gene_data", question2, "Overwrite data,Skip", "all", true);
799
800                        if (overwrite_answer == 1) error      = GBS_global_string("Skipped gene-species '%s' (already had data in alignment)", existing_name); // Skip
801                        else if (overwrite_answer == 2) error = "Aborted."; // Abort
802                        // @@@ FIXME: overwrite data is missing
803
804                        free(question2);
805                    }
806                    break;
807                }
808                case 2: {       // Skip existing ones
809                    error = GBS_global_string("Skipped gene-species '%s'", existing_name);
810                    break;
811                }
812                case 3: {   // Create with new name
813                    create_new_gene_species = true;
814                    break;
815                }
816                case 4: {   // Abort
817                    error = "Aborted.";
818                    break;
819                }
820                default: gen_assert(0);
821            }
822            free(question);
823        }
824
825        if (!error) {
826            if (create_new_gene_species) {
827                if (!short_name) { // create a new name
828                    error = AWTC_generate_one_name(gb_main, full_name, acc, NULp, short_name);
829                    if (!error) { // name has been created
830                        if (eg2ps->existing.name_known(short_name)) { // nameserver-generated name is already in use
831                            const char *other_acc    = readACC(eg2ps->gb_species_data, short_name);
832                            if (other_acc) {
833                                if (strcmp(acc, other_acc) == 0) { // duplicate (gene-)species -> generate postfixed name
834                                    char *newName = NULp;
835                                    for (int postfix = 1; ; ++postfix) {
836                                        newName = GBS_global_string_copy("%s.%i", short_name, postfix);
837                                        if (!eg2ps->existing.name_known(newName)) {
838                                            eg2ps->duplicateSpecies++;
839                                            break;
840                                        }
841
842                                        other_acc = readACC(eg2ps->gb_species_data, newName);
843                                        if (!other_acc || strcmp(acc, other_acc) != 0) {
844                                            eg2ps->nameProblem = true;
845                                            error              = GBS_global_string("Unexpected acc-mismatch for '%s'", newName);
846                                            break;
847                                        }
848                                    }
849
850                                    if (!error) freeset(short_name, newName);
851                                    else free(newName);
852                                }
853                                else { // different acc, but uses name generated by nameserver
854                                    eg2ps->nameProblem = true;
855                                    error              = GBS_global_string("acc of '%s' differs from acc stored in nameserver", short_name);
856                                }
857                            }
858                            else { // can't detect acc of existing species
859                                eg2ps->nameProblem = true;
860                                error       = GBS_global_string("can't detect acc of species '%s'", short_name);
861                            }
862                        }
863                    }
864                    if (error) {            // try to make a random name
865                        const char *msg = GBS_global_string("%s\nGenerating a random name instead.", error);
866                        aw_message(msg);
867                        error = NULp;
868
869                        short_name = AWTC_generate_random_name(eg2ps->existing);
870                        if (!short_name) error = GBS_global_string("Failed to create a new name for pseudo gene-species '%s'", full_name);
871                    }
872                }
873
874                if (!error) { // create the species
875                    gen_assert(short_name);
876                    gb_exist_geneSpec = GBT_find_or_create_species(gb_main, short_name);
877                    if (!gb_exist_geneSpec) error = GB_export_errorf("Failed to create pseudo-species '%s'", short_name);
878                    else eg2ps->existing.add_name(short_name);
879                }
880            }
881            else {
882                gen_assert(gb_exist_geneSpec); // do not generate new or skip -> should only occur when gene-species already existed
883            }
884
885            if (!error) { // write sequence data
886                GBDATA *gb_data     = GBT_add_data(gb_exist_geneSpec, ali, "data", GB_STRING);
887                if (!gb_data) error = GB_await_error();
888                else    error       = GB_write_string(gb_data, sequence);
889            }
890
891            // write other entries:
892            if (!error) error = GEN_species_add_entry(gb_exist_geneSpec, "full_name", full_name);
893            if (!error) error = GEN_species_add_entry(gb_exist_geneSpec, "ARB_origin_species", species_name);
894            if (!error) error = GEN_species_add_entry(gb_exist_geneSpec, "ARB_origin_gene", gene_name);
895            if (!error) GEN_add_pseudo_species_to_hash(gb_exist_geneSpec, eg2ps->pseudo_hash);
896            if (!error) error = GEN_species_add_entry(gb_exist_geneSpec, "acc", acc);
897
898            // copy codon_start and transl_table :
899            const char *codon_start  = NULp;
900            const char *transl_table = NULp;
901            {
902                GBDATA *gb_codon_start  = GB_entry(gb_gene, "codon_start");
903                GBDATA *gb_transl_table = GB_entry(gb_gene, "transl_table");
904
905                if (gb_codon_start)  codon_start  = GB_read_char_pntr(gb_codon_start);
906                if (gb_transl_table) transl_table = GB_read_char_pntr(gb_transl_table);
907            }
908
909            if (!error && codon_start)  error = GEN_species_add_entry(gb_exist_geneSpec, "codon_start", codon_start);
910            if (!error && transl_table) error = GEN_species_add_entry(gb_exist_geneSpec, "transl_table", transl_table);
911        }
912
913        free(short_name);
914        free(sequence);
915    }
916    if (error) aw_message(error);
917
918    free(full_name);
919}
920
921static long gen_count_marked_genes = 0; // used to count marked genes
922
923static void do_mark_command_for_one_species(int imode, GBDATA *gb_species, AW_CL cl_user) {
924    GEN_MARK_MODE mode = (GEN_MARK_MODE)imode;
925
926    for (GBDATA *gb_gene = GEN_first_gene(gb_species);
927         gb_gene;
928         gb_gene = GEN_next_gene(gb_gene))
929    {
930        bool mark_flag     = GB_read_flag(gb_gene) != 0;
931        bool org_mark_flag = mark_flag;
932
933        switch (mode) {
934            case GEN_MARK:              mark_flag = 1; break;
935            case GEN_UNMARK:            mark_flag = 0; break;
936            case GEN_INVERT_MARKED:     mark_flag = !mark_flag; break;
937
938            case GEN_COUNT_MARKED: {
939                if (mark_flag) ++gen_count_marked_genes;
940                break;
941            }
942            case GEN_EXTRACT_MARKED: {
943                if (mark_flag) {
944                    EG2PS_data *eg2ps = (EG2PS_data*)cl_user;
945                    gen_extract_gene_2_pseudoSpecies(gb_species, gb_gene, eg2ps);
946                    eg2ps->progress.inc();
947                }
948                break;
949            }
950            default: {
951                GBDATA *gb_hidden = GB_entry(gb_gene, ARB_HIDDEN);
952                bool    hidden    = gb_hidden ? GB_read_byte(gb_hidden) != 0 : false;
953
954                switch (mode) {
955                    case GEN_MARK_HIDDEN:       if (hidden) mark_flag = 1; break;
956                    case GEN_UNMARK_HIDDEN:     if (hidden) mark_flag = 0; break;
957                    case GEN_MARK_VISIBLE:      if (!hidden) mark_flag = 1; break;
958                    case GEN_UNMARK_VISIBLE:    if (!hidden) mark_flag = 0; break;
959                    default: gen_assert(0); break;
960                }
961            }
962        }
963
964        if (mark_flag != org_mark_flag) GB_write_flag(gb_gene, mark_flag ? 1 : 0);
965    }
966}
967
968static void do_hide_command_for_one_species(int imode, GBDATA *gb_species, AW_CL /* cl_user */) {
969    GEN_HIDE_MODE mode = (GEN_HIDE_MODE)imode;
970
971    for (GBDATA *gb_gene = GEN_first_gene(gb_species);
972         gb_gene;
973         gb_gene = GEN_next_gene(gb_gene))
974    {
975        bool marked = GB_read_flag(gb_gene) != 0;
976
977        GBDATA *gb_hidden  = GB_entry(gb_gene, ARB_HIDDEN);
978        bool    hidden     = gb_hidden ? (GB_read_byte(gb_hidden) != 0) : false;
979        bool    org_hidden = hidden;
980
981        switch (mode) {
982            case GEN_HIDE_ALL:              hidden = true; break;
983            case GEN_UNHIDE_ALL:            hidden = false; break;
984            case GEN_INVERT_HIDE_ALL:       hidden = !hidden; break;
985            case GEN_HIDE_MARKED:           if (marked) hidden = true; break;
986            case GEN_UNHIDE_MARKED:         if (marked) hidden = false; break;
987            case GEN_INVERT_HIDE_MARKED:    if (marked) hidden = !hidden; break;
988            default: gen_assert(0); break;
989        }
990
991        if (hidden != org_hidden) {
992            if (!gb_hidden) gb_hidden = GB_create(gb_gene, ARB_HIDDEN, GB_BYTE);
993            GB_write_byte(gb_hidden, hidden ? 1 : 0); // change gene visibility
994        }
995    }
996}
997
998static void GEN_perform_command(GBDATA *gb_main, GEN_PERFORM_MODE pmode,
999                                void (*do_command)(int cmode, GBDATA *gb_species, AW_CL cl_user), int mode, AW_CL cl_user) {
1000    GB_ERROR error = NULp;
1001
1002    GB_begin_transaction(gb_main);
1003
1004    switch (pmode) {
1005        case GEN_PERFORM_ALL_ORGANISMS: {
1006            for (GBDATA *gb_organism = GEN_first_organism(gb_main);
1007                 gb_organism;
1008                 gb_organism = GEN_next_organism(gb_organism))
1009            {
1010                do_command(mode, gb_organism, cl_user);
1011            }
1012            break;
1013        }
1014        case GEN_PERFORM_MARKED_ORGANISMS: {
1015            for (GBDATA *gb_organism = GEN_first_marked_organism(gb_main);
1016                 gb_organism;
1017                 gb_organism = GEN_next_marked_organism(gb_organism))
1018            {
1019                do_command(mode, gb_organism, cl_user);
1020            }
1021            break;
1022        }
1023        case GEN_PERFORM_ALL_BUT_CURRENT_ORGANISM: {
1024            GBDATA *gb_curr_organism = GEN_get_current_organism(gb_main);
1025            for (GBDATA *gb_organism = GEN_first_organism(gb_main);
1026                 gb_organism;
1027                 gb_organism = GEN_next_organism(gb_organism))
1028            {
1029                if (gb_organism != gb_curr_organism) do_command(mode, gb_organism, cl_user);
1030            }
1031            break;
1032        }
1033        case GEN_PERFORM_CURRENT_ORGANISM: {
1034            GBDATA *gb_organism = GEN_get_current_organism(gb_main);
1035            if (!gb_organism) {
1036                error = "First you have to select a species.";
1037            }
1038            else {
1039                do_command(mode, gb_organism, cl_user);
1040            }
1041            break;
1042        }
1043        default: {
1044            gen_assert(0);
1045            break;
1046        }
1047    }
1048
1049    GB_end_transaction_show_error(gb_main, error, aw_message);
1050}
1051
1052class GEN_unique_param {
1053    GEN_unique_param(GBDATA *gb_main_, AW_CL unique_) :
1054        unique(unique_),
1055        gb_main(gb_main_)
1056    {}
1057
1058    typedef map<AW_CL, GEN_unique_param> ExistingParams;
1059    static ExistingParams existing_params; // to ensure exactly one instance per 'command_mode'
1060
1061    AW_CL   unique;
1062public:
1063    GBDATA *gb_main;
1064
1065    AW_CL get_unique() { return unique; }
1066
1067    static GEN_unique_param *get(GBDATA *gb_main_, AW_CL unique_) { // get unique instance for each 'unique_'
1068        pair<ExistingParams::iterator, bool> created = existing_params.insert(ExistingParams::value_type(unique_, GEN_unique_param(gb_main_, unique_)));
1069        ExistingParams::iterator             wanted  = created.first;
1070        GEN_unique_param&                    param   = wanted->second;
1071        return &param;
1072    }
1073};
1074GEN_unique_param::ExistingParams GEN_unique_param::existing_params;
1075
1076
1077struct GEN_command_mode_param : public GEN_unique_param {
1078    static GEN_command_mode_param *get(GBDATA *gb_main_, AW_CL command_mode_) { return (GEN_command_mode_param*)GEN_unique_param::get(gb_main_, command_mode_); }
1079    AW_CL get_command_mode() { return get_unique(); }
1080};
1081
1082
1083static void GEN_hide_command(AW_window*, GEN_PERFORM_MODE perform_mode, GEN_command_mode_param *param) {
1084    GEN_perform_command(param->gb_main, perform_mode, do_hide_command_for_one_species, param->get_command_mode(), 0);
1085}
1086
1087static void GEN_mark_command(AW_window*, GEN_PERFORM_MODE perform_mode, GEN_command_mode_param *param) {
1088    gen_count_marked_genes = 0;
1089    GEN_perform_command(param->gb_main, perform_mode, do_mark_command_for_one_species, param->get_command_mode(), 0);
1090
1091    if ((GEN_MARK_MODE)param->get_command_mode() == GEN_COUNT_MARKED) {
1092        const char *where = NULp;
1093
1094        switch (perform_mode) {
1095            case GEN_PERFORM_CURRENT_ORGANISM:         where = "the current species"; break;
1096            case GEN_PERFORM_MARKED_ORGANISMS:         where = "all marked species"; break;
1097            case GEN_PERFORM_ALL_ORGANISMS:            where = "all species"; break;
1098            case GEN_PERFORM_ALL_BUT_CURRENT_ORGANISM: where = "all but the current species"; break;
1099            default: gen_assert(0); break;
1100        }
1101        aw_message(GBS_global_string("There are %li marked genes in %s", gen_count_marked_genes, where));
1102    }
1103}
1104
1105struct GEN_extract_mode_param : public GEN_unique_param {
1106    static GEN_extract_mode_param *get(GBDATA *gb_main_, GEN_PERFORM_MODE perform_mode) { return (GEN_extract_mode_param*)GEN_unique_param::get(gb_main_, perform_mode); }
1107    GEN_PERFORM_MODE get_perform_mode() { return (GEN_PERFORM_MODE)get_unique(); }
1108};
1109
1110static GB_ERROR gene_extract_handler(const char *ali, GEN_extract_mode_param *param) {
1111    GBDATA   *gb_main = param->gb_main;
1112    GB_ERROR  error   = GBT_check_alignment_name(ali);
1113
1114    if (!error) {
1115        GB_transaction  ta(gb_main);
1116        GBDATA         *gb_ali = GBT_get_alignment(gb_main, ali);
1117
1118        if (!gb_ali) {
1119            GB_clear_error(); // ali not found
1120            if (!GBT_create_alignment(gb_main, ali, 0, 0, 0, "dna")) {
1121                error = GB_await_error();
1122            }
1123        }
1124    }
1125
1126    if (!error) {
1127        ask_about_existing_gene_species = new AW_repeated_question;
1128        ask_to_overwrite_alignment      = new AW_repeated_question;
1129
1130        arb_progress progress("Extracting pseudo-species");
1131        {
1132            EG2PS_data *eg2ps = NULp;
1133            {
1134                gen_count_marked_genes = 0;
1135                GEN_perform_command(gb_main, param->get_perform_mode(), do_mark_command_for_one_species, GEN_COUNT_MARKED, 0);
1136
1137                GB_transaction  ta(gb_main);
1138                GBDATA         *gb_species_data = GBT_get_species_data(gb_main);
1139                eg2ps                           = new EG2PS_data(ali, gb_species_data, gen_count_marked_genes);
1140            }
1141
1142            PersistentNameServerConnection stayAlive;
1143
1144            GEN_perform_command(gb_main, param->get_perform_mode(), do_mark_command_for_one_species, GEN_EXTRACT_MARKED, (AW_CL)eg2ps);
1145            delete eg2ps;
1146        }
1147
1148        delete ask_to_overwrite_alignment;
1149        delete ask_about_existing_gene_species;
1150        ask_to_overwrite_alignment      = NULp;
1151        ask_about_existing_gene_species = NULp;
1152    }
1153    return error;
1154}
1155static void gene_extract_cb(AW_window*, GEN_extract_mode_param *param) {
1156    AWT_activate_prompt("Extract genes to alignment", "Enter the name of the alignment to extract to:", "ali_gene_", "Extract", makeResultHandler(gene_extract_handler, param), "", SRT_AUTOCORRECT_ALINAME);
1157}
1158
1159enum MarkCommand {
1160    UNMARK, // UNMARK and MARK have to be 0 and 1!
1161    MARK,
1162    INVERT,
1163    MARK_UNMARK_REST,
1164};
1165
1166static void mark_organisms(AW_window*, MarkCommand mark, GBDATA *gb_main) {
1167    GB_transaction ta(gb_main);
1168
1169    if (mark == MARK_UNMARK_REST) {
1170        GBT_mark_all(gb_main, 0); // unmark all species
1171        mark = MARK;
1172    }
1173
1174    for (GBDATA *gb_org = GEN_first_organism(gb_main);
1175         gb_org;
1176         gb_org = GEN_next_organism(gb_org))
1177    {
1178        if (mark == INVERT) {
1179            GB_write_flag(gb_org, !GB_read_flag(gb_org)); // invert mark of organism
1180        }
1181        else {
1182            GB_write_flag(gb_org, mark); // mark/unmark organism
1183        }
1184    }
1185}
1186
1187
1188static void mark_gene_species(AW_window*, MarkCommand mark, GBDATA *gb_main) {
1189    GB_transaction ta(gb_main);
1190
1191    if (mark == MARK_UNMARK_REST) {
1192        GBT_mark_all(gb_main, 0); // unmark all species
1193        mark = MARK;
1194    }
1195
1196    for (GBDATA *gb_pseudo = GEN_first_pseudo_species(gb_main);
1197         gb_pseudo;
1198         gb_pseudo = GEN_next_pseudo_species(gb_pseudo))
1199    {
1200        if (mark == INVERT) {
1201            GB_write_flag(gb_pseudo, !GB_read_flag(gb_pseudo)); // invert mark of pseudo-species
1202        }
1203        else {
1204            GB_write_flag(gb_pseudo, mark); // mark/unmark gene-species
1205        }
1206    }
1207}
1208
1209static void mark_gene_species_of_marked_genes(AW_window*, GBDATA *gb_main) {
1210    GB_transaction  ta(gb_main);
1211    GB_HASH        *organism_hash = GBT_create_organism_hash(gb_main);
1212
1213    for (GBDATA *gb_pseudo = GEN_first_pseudo_species(gb_main);
1214         gb_pseudo;
1215         gb_pseudo = GEN_next_pseudo_species(gb_pseudo))
1216    {
1217        GBDATA *gb_gene = GEN_find_origin_gene(gb_pseudo, organism_hash);
1218        if (GB_read_flag(gb_gene)) {
1219            GB_write_flag(gb_pseudo, 1); // mark pseudo
1220        }
1221    }
1222
1223    GBS_free_hash(organism_hash);
1224}
1225
1226
1227
1228static void mark_organisms_with_marked_genes(AW_window*, GBDATA *gb_main) {
1229    GB_transaction ta(gb_main);
1230
1231    for (GBDATA *gb_species = GEN_first_organism(gb_main);
1232         gb_species;
1233         gb_species = GEN_next_organism(gb_species))
1234    {
1235        for (GBDATA *gb_gene = GEN_first_gene(gb_species);
1236             gb_gene;
1237             gb_gene = GEN_next_gene(gb_gene))
1238        {
1239            if (GB_read_flag(gb_gene)) {
1240                GB_write_flag(gb_species, 1);
1241                break; // continue with next organism
1242            }
1243        }
1244    }
1245}
1246static void mark_gene_species_using_current_alignment(AW_window*, GBDATA *gb_main) {
1247    GB_transaction  ta(gb_main);
1248    char           *ali = GBT_get_default_alignment(gb_main);
1249
1250    for (GBDATA *gb_pseudo = GEN_first_pseudo_species(gb_main);
1251         gb_pseudo;
1252         gb_pseudo = GEN_next_pseudo_species(gb_pseudo))
1253    {
1254        GBDATA *gb_ali = GB_entry(gb_pseudo, ali);
1255        if (gb_ali) {
1256            GBDATA *gb_data = GB_entry(gb_ali, "data");
1257            if (gb_data) {
1258                GB_write_flag(gb_pseudo, 1);
1259            }
1260        }
1261    }
1262}
1263static void mark_genes_of_marked_gene_species(AW_window*, GBDATA *gb_main) {
1264    GB_transaction  ta(gb_main);
1265    GB_HASH        *organism_hash = GBT_create_organism_hash(gb_main);
1266
1267    for (GBDATA *gb_pseudo = GEN_first_pseudo_species(gb_main);
1268         gb_pseudo;
1269         gb_pseudo = GEN_next_pseudo_species(gb_pseudo))
1270    {
1271        if (GB_read_flag(gb_pseudo)) {
1272            GBDATA *gb_gene = GEN_find_origin_gene(gb_pseudo, organism_hash);
1273            GB_write_flag(gb_gene, 1); // mark gene
1274        }
1275    }
1276
1277    GBS_free_hash(organism_hash);
1278}
1279
1280static void GEN_insert_extract_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main, const char *macro_prefix, const char *submenu_name, const char *hot_key, const char *help_file) {
1281    awm->insert_sub_menu(submenu_name, hot_key);
1282
1283    char macro_name_buffer[50];
1284
1285    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_current", macro_prefix);
1286    awm->insert_menu_topic(awm->local_id(macro_name_buffer), "of current species...", "c", help_file, AWM_ALL, makeWindowCallback(gene_extract_cb, GEN_extract_mode_param::get(gb_main, GEN_PERFORM_CURRENT_ORGANISM)));
1287
1288    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_marked", macro_prefix);
1289    awm->insert_menu_topic(awm->local_id(macro_name_buffer), "of marked species...", "m", help_file, AWM_ALL, makeWindowCallback(gene_extract_cb, GEN_extract_mode_param::get(gb_main, GEN_PERFORM_MARKED_ORGANISMS)));
1290
1291    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_all", macro_prefix);
1292    awm->insert_menu_topic(awm->local_id(macro_name_buffer), "of all species...", "a", help_file, AWM_ALL, makeWindowCallback(gene_extract_cb, GEN_extract_mode_param::get(gb_main, GEN_PERFORM_ALL_ORGANISMS)));
1293
1294    awm->close_sub_menu();
1295}
1296
1297static void GEN_insert_multi_submenu(AW_window_menu_modes *awm, const char *macro_prefix, const char *submenu_name, const char *hot_key,
1298                              const char *help_file, void (*command)(AW_window*, GEN_PERFORM_MODE, GEN_command_mode_param*), GEN_command_mode_param *command_mode)
1299{
1300    awm->insert_sub_menu(submenu_name, hot_key);
1301
1302    char macro_name_buffer[50];
1303
1304    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_current", macro_prefix);
1305    awm->insert_menu_topic(macro_name_buffer, "of current species", "c", help_file, AWM_ALL, makeWindowCallback(command, GEN_PERFORM_CURRENT_ORGANISM, command_mode));
1306
1307    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_all_but_current", macro_prefix);
1308    awm->insert_menu_topic(macro_name_buffer, "of all but current species", "b", help_file, AWM_ALL, makeWindowCallback(command, GEN_PERFORM_ALL_BUT_CURRENT_ORGANISM, command_mode));
1309
1310    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_marked", macro_prefix);
1311    awm->insert_menu_topic(macro_name_buffer, "of marked species", "m", help_file, AWM_ALL, makeWindowCallback(command, GEN_PERFORM_MARKED_ORGANISMS, command_mode));
1312
1313    sprintf(macro_name_buffer, "%s_of_all", macro_prefix);
1314    awm->insert_menu_topic(macro_name_buffer, "of all species", "a", help_file, AWM_ALL, makeWindowCallback(command, GEN_PERFORM_ALL_ORGANISMS, command_mode));
1315
1316    awm->close_sub_menu();
1317}
1318
1319static void GEN_insert_mark_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main, const char *macro_prefix, const char *submenu_name, const char *hot_key, const char *help_file, GEN_MARK_MODE mark_mode) {
1320    GEN_insert_multi_submenu(awm, macro_prefix, submenu_name, hot_key, help_file, GEN_mark_command, GEN_command_mode_param::get(gb_main, mark_mode));
1321}
1322static void GEN_insert_hide_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main, const char *macro_prefix, const char *submenu_name, const char *hot_key, const char *help_file, GEN_HIDE_MODE hide_mode) {
1323    GEN_insert_multi_submenu(awm, macro_prefix, submenu_name, hot_key, help_file, GEN_hide_command, GEN_command_mode_param::get(gb_main, hide_mode));
1324}
1325
1326#if defined(DEBUG)
1327static AW_window *GEN_create_awar_debug_window(AW_root *aw_root) {
1328    static AW_window_simple *aws = NULp;
1329    if (!aws) {
1330        aws = new AW_window_simple;
1331
1332        aws->init(aw_root, "DEBUG_AWARS", "DEBUG AWARS");
1333        aws->at(10, 10);
1334        aws->auto_space(10, 10);
1335
1336        const int width = 50;
1337
1338        ;                  aws->label("AWAR_SPECIES_NAME            "); aws->create_input_field(AWAR_SPECIES_NAME, width);
1339        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_ORGANISM_NAME           "); aws->create_input_field(AWAR_ORGANISM_NAME, width);
1340        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_GENE_NAME               "); aws->create_input_field(AWAR_GENE_NAME, width);
1341        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_COMBINED_GENE_NAME      "); aws->create_input_field(AWAR_COMBINED_GENE_NAME, width);
1342        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_EXPERIMENT_NAME         "); aws->create_input_field(AWAR_EXPERIMENT_NAME, width);
1343        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_COMBINED_EXPERIMENT_NAME"); aws->create_input_field(AWAR_COMBINED_EXPERIMENT_NAME, width);
1344        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_PROTEOM_NAME            "); aws->create_input_field(AWAR_PROTEOM_NAME, width);
1345        aws->at_newline(); aws->label("AWAR_PROTEIN_NAME            "); aws->create_input_field(AWAR_PROTEIN_NAME, width);
1346
1347        aws->window_fit();
1348    }
1349    return aws;
1350}
1351#endif // DEBUG
1352
1353// ---------------------------
1354//      user mask section
1355
1356struct GEN_item_type_species_selector : public awt_item_type_selector {
1357    GEN_item_type_species_selector() : awt_item_type_selector(AWT_IT_GENE) {}
1358    ~GEN_item_type_species_selector() OVERRIDE {}
1359
1360    const char *get_self_awar() const OVERRIDE {
1361        return AWAR_COMBINED_GENE_NAME;
1362    }
1363    size_t get_self_awar_content_length() const OVERRIDE {
1364        return 12 + 1 + 40; // species-name+'/'+gene_name
1365    }
1366    GBDATA *current(AW_root *root, GBDATA *gb_main) const OVERRIDE { // give the current item
1367        char   *species_name = root->awar(AWAR_ORGANISM_NAME)->read_string();
1368        char   *gene_name    = root->awar(AWAR_GENE_NAME)->read_string();
1369        GBDATA *gb_gene      = NULp;
1370
1371        if (species_name[0] && gene_name[0]) {
1372            GB_transaction ta(gb_main);
1373            GBDATA *gb_species = GBT_find_species(gb_main, species_name);
1374            if (gb_species) {
1375                gb_gene = GEN_find_gene(gb_species, gene_name);
1376            }
1377        }
1378
1379        free(gene_name);
1380        free(species_name);
1381
1382        return gb_gene;
1383    }
1384    const char *getKeyPath() const OVERRIDE { // give the keypath for items
1385        return CHANGE_KEY_PATH_GENES;
1386    }
1387};
1388
1389static GEN_item_type_species_selector item_type_gene;
1390
1391static void GEN_open_mask_window(AW_window *aww, int id, GBDATA *gb_main) {
1392    const awt_input_mask_descriptor *descriptor = AWT_look_input_mask(id);
1393    gen_assert(descriptor);
1394    if (descriptor) {
1395        AWT_initialize_input_mask(aww->get_root(), gb_main, &item_type_gene, descriptor->get_internal_maskname(), descriptor->is_local_mask());
1396    }
1397}
1398
1399static void GEN_create_mask_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main) {
1400    AWT_create_mask_submenu(awm, AWT_IT_GENE, GEN_open_mask_window, gb_main);
1401}
1402
1403static AW_window *create_colorize_genes_window(AW_root *aw_root, GBDATA *gb_main) {
1404    return QUERY::create_colorize_items_window(aw_root, gb_main, GEN_get_selector());
1405}
1406
1407static AW_window *create_colorize_organisms_window(AW_root *aw_root, GBDATA *gb_main) {
1408    return QUERY::create_colorize_items_window(aw_root, gb_main, ORGANISM_get_selector());
1409}
1410
1411static void GEN_create_organism_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main, bool submenu) {
1412    const char *title  = "Organisms";
1413    const char *hotkey = "O";
1414
1415    if (submenu) awm->insert_sub_menu(title, hotkey);
1416    else awm->create_menu(title, hotkey, AWM_ALL);
1417
1418    {
1419        awm->insert_menu_topic("organism_info", "Organism information", "i", "sp_info.hlp", AWM_ALL, RootAsWindowCallback::simple(DBUI::popup_organism_info_window, gb_main));
1420
1421        awm->sep______________();
1422
1423        awm->insert_menu_topic("mark_organisms",             "Mark All organisms",              "A", "organism_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_organisms, MARK,             gb_main));
1424        awm->insert_menu_topic("mark_organisms_unmark_rest", "Mark all organisms, unmark Rest", "R", "organism_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_organisms, MARK_UNMARK_REST, gb_main));
1425        awm->insert_menu_topic("unmark_organisms",           "Unmark all organisms",            "U", "organism_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_organisms, UNMARK,           gb_main));
1426        awm->insert_menu_topic("invmark_organisms",          "Invert marks of all organisms",   "v", "organism_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_organisms, INVERT,           gb_main));
1427        awm->sep______________();
1428        awm->insert_menu_topic("mark_organisms_with_marked_genes", "Mark organisms with marked Genes", "G", "organism_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_organisms_with_marked_genes, gb_main));
1429        awm->sep______________();
1430        awm->insert_menu_topic(awm->local_id("organism_colors"),   "Colors ...",           "C",    "colorize.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(create_colorize_organisms_window, gb_main));
1431    }
1432    if (submenu) awm->close_sub_menu();
1433}
1434
1435static void GEN_create_gene_species_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main, bool submenu) {
1436    const char *title  = "Gene-Species";
1437    const char *hotkey = "S";
1438
1439    if (submenu) awm->insert_sub_menu(title, hotkey);
1440    else awm->create_menu(title, hotkey, AWM_ALL);
1441
1442    {
1443        awm->insert_menu_topic("mark_gene_species",             "Mark All gene-species",              "A", "gene_species_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_gene_species, MARK,             gb_main));
1444        awm->insert_menu_topic("mark_gene_species_unmark_rest", "Mark all gene-species, unmark Rest", "R", "gene_species_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_gene_species, MARK_UNMARK_REST, gb_main));
1445        awm->insert_menu_topic("unmark_gene_species",           "Unmark all gene-species",            "U", "gene_species_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_gene_species, UNMARK,           gb_main));
1446        awm->insert_menu_topic("invmark_gene_species",          "Invert marks of all gene-species",   "I", "gene_species_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_gene_species, INVERT,           gb_main));
1447        awm->sep______________();
1448        awm->insert_menu_topic("mark_gene_species_of_marked_genes", "Mark gene-species of marked genes",             "M", "gene_species_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_gene_species_of_marked_genes, gb_main));
1449        awm->insert_menu_topic("mark_gene_species_curr_ali",        "Mark all gene-species using Current alignment", "C", "gene_species_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_gene_species_using_current_alignment, gb_main));
1450    }
1451
1452    if (submenu) awm->close_sub_menu();
1453}
1454
1455struct GEN_update_info {
1456    AWT_canvas *canvas1;        // just canvasses of different windows (needed for updates)
1457    AWT_canvas *canvas2;
1458};
1459
1460void GEN_create_genes_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main, bool for_ARB_NTREE) {
1461    awm->create_menu("Genome", "G", AWM_ALL);
1462    {
1463#if defined(DEBUG)
1464        awm->insert_menu_topic(awm->local_id("debug_awars"), "[DEBUG] Show main AWARs", "A", NULp, AWM_ALL, GEN_create_awar_debug_window);
1465        awm->sep______________();
1466#endif // DEBUG
1467
1468        if (for_ARB_NTREE) {
1469            awm->insert_menu_topic("gene_map", "Gene Map", "p", "gene_map.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(GEN_create_first_map, gb_main)); // initial gene map
1470            awm->sep______________();
1471
1472            GEN_create_gene_species_submenu(awm, gb_main, true); // Gene-species
1473            GEN_create_organism_submenu    (awm, gb_main, true); // Organisms
1474            EXP_create_experiments_submenu (awm, gb_main, true); // Experiments
1475            awm->sep______________();
1476        }
1477
1478        awm->insert_menu_topic("gene_info",                  "Gene information", "i", "gene_info.hlp",   AWM_ALL, RootAsWindowCallback::simple(GEN_popup_gene_infowindow,    gb_main));
1479        awm->insert_menu_topic(awm->local_id("gene_search"), "Search and Query", "Q", "gene_search.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback    (GEN_create_gene_query_window, gb_main));
1480
1481        GEN_create_mask_submenu(awm, gb_main);
1482
1483        awm->sep______________();
1484
1485        GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_mark_all",      "Mark all genes",      "M", "gene_mark.hlp", GEN_MARK);
1486        GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_unmark_all",    "Unmark all genes",    "U", "gene_mark.hlp", GEN_UNMARK);
1487        GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_invert_marked", "Invert marked genes", "v", "gene_mark.hlp", GEN_INVERT_MARKED);
1488        GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_count_marked",  "Count marked genes",  "C", "gene_mark.hlp", GEN_COUNT_MARKED);
1489
1490        awm->insert_menu_topic(awm->local_id("gene_colors"), "Colors ...", "l", "colorize.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(create_colorize_genes_window, gb_main));
1491
1492        awm->sep______________();
1493
1494        awm->insert_menu_topic("mark_genes_of_marked_gene_species", "Mark genes of marked gene-species", "g", "gene_mark.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(mark_genes_of_marked_gene_species, gb_main));
1495
1496        awm->sep______________();
1497
1498        GEN_insert_extract_submenu(awm, gb_main, "gene_extract_marked", "Extract marked genes", "E", "gene_extract.hlp");
1499
1500        if (!for_ARB_NTREE) {   // only in ARB_GENE_MAP:
1501            awm->sep______________();
1502            GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_mark_hidden",  "Mark hidden genes",  "h", "gene_hide.hlp", GEN_MARK_HIDDEN);
1503            GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_mark_visible", "Mark visible genes", "s", "gene_hide.hlp", GEN_MARK_VISIBLE);
1504
1505            awm->sep______________();
1506            GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_unmark_hidden",  "Unmark hidden genes",  "d", "gene_hide.hlp", GEN_UNMARK_HIDDEN);
1507            GEN_insert_mark_submenu(awm, gb_main, "gene_unmark_visible", "Unmark visible genes", "r", "gene_hide.hlp", GEN_UNMARK_VISIBLE);
1508        }
1509    }
1510}
1511
1512static void GEN_create_hide_submenu(AW_window_menu_modes *awm, GBDATA *gb_main) {
1513    awm->create_menu("Hide", "H", AWM_ALL);
1514    {
1515        GEN_insert_hide_submenu(awm, gb_main, "gene_hide_marked",    "Hide marked genes",        "H", "gene_hide.hlp", GEN_HIDE_MARKED);
1516        GEN_insert_hide_submenu(awm, gb_main, "gene_unhide_marked",  "Unhide marked genes",      "U", "gene_hide.hlp", GEN_UNHIDE_MARKED);
1517        GEN_insert_hide_submenu(awm, gb_main, "gene_invhide_marked", "Invert-hide marked genes", "v", "gene_hide.hlp", GEN_INVERT_HIDE_MARKED);
1518
1519        awm->sep______________();
1520        GEN_insert_hide_submenu(awm, gb_main, "gene_hide_all",    "Hide all genes",        "a", "gene_hide.hlp", GEN_HIDE_ALL);
1521        GEN_insert_hide_submenu(awm, gb_main, "gene_unhide_all",  "Unhide all genes",      "l", "gene_hide.hlp", GEN_UNHIDE_ALL);
1522        GEN_insert_hide_submenu(awm, gb_main, "gene_invhide_all", "Invert-hide all genes", "I", "gene_hide.hlp", GEN_INVERT_HIDE_ALL);
1523    }
1524}
1525
1526static void GEN_set_display_style(AW_window *aww, GEN_DisplayStyle style) {
1527    GEN_map_window   *win = DOWNCAST(GEN_map_window*, aww);
1528    AWT_auto_refresh  allowed_on(win->get_canvas());
1529
1530    win->get_root()->awar(AWAR_GENMAP_DISPLAY_TYPE(win->get_nr()))->write_int(style);
1531    win->get_graphic()->set_display_style(style);
1532}
1533
1534static AW_window *GEN_create_map(AW_root *aw_root, GEN_create_map_param *param) {
1535    // param->window_nr shall be 0 for first window (called from ARB_NTREE)
1536    // additional views are always created by the previous window created with GEN_map
1537    GEN_map_manager *manager = NULp;
1538
1539    if (!GEN_map_manager::initialized()) {          // first call
1540        gen_assert(param->window_nr == 0); // has to be 0 for first call
1541
1542        GEN_map_manager::initialize(aw_root, param->gb_main);
1543        manager = GEN_map_manager::get_map_manager(); // creates the manager
1544
1545        // global initialization (AWARS etc.) done here :
1546
1547        GEN_create_genemap_global_awars(aw_root, AW_ROOT_DEFAULT, param->gb_main);
1548        GEN_add_global_awar_callbacks(aw_root);
1549        {
1550            GB_transaction ta(param->gb_main);
1551            GEN_make_node_text_init(param->gb_main);
1552        }
1553    }
1554    else {
1555        manager = GEN_map_manager::get_map_manager();
1556    }
1557
1558    GEN_map_window *gmw = manager->get_map_window(param->window_nr);
1559    return gmw;
1560}
1561
1562AW_window *GEN_create_first_map(AW_root *aw_root, GBDATA *gb_main) {
1563    return GEN_create_map(aw_root, new GEN_create_map_param(gb_main, 0));
1564}
1565
1566// ____________________________________________________________
1567// start of implementation of class GEN_map_window::
1568
1569void GEN_map_window::init(AW_root *awr, GBDATA *gb_main) {
1570    {
1571        char *windowName = (window_nr == 0) ? ARB_strdup("ARB Gene Map") : GBS_global_string_copy("ARB Gene Map %i", window_nr);
1572        char *windowID   = (window_nr == 0) ? ARB_strdup("ARB_GENE_MAP") : GBS_global_string_copy("ARB_GENE_MAP_%i", window_nr);
1573
1574        AW_window_menu_modes::init(awr, windowID, windowName, 200, 200);
1575
1576        free(windowID);
1577        free(windowName);
1578    }
1579
1580    GEN_create_genemap_local_awars(awr, AW_ROOT_DEFAULT, window_nr);
1581
1582    gen_graphic = new GEN_graphic(awr, gb_main, GEN_gene_container_cb_installer, window_nr);
1583    gen_canvas  = new AWT_canvas(gb_main, this, get_window_id(), gen_graphic);
1584
1585    GEN_add_local_awar_callbacks(awr, AW_ROOT_DEFAULT, this);
1586
1587    AWT_auto_refresh allowed_on(gen_canvas);
1588    {
1589        GB_transaction ta(gb_main);
1590        gen_graphic->reinit_gen_root(gen_canvas, false);
1591    }
1592    gen_canvas->request_resize();
1593    gen_canvas->set_mode(AWT_MODE_SELECT); // Default-Mode
1594
1595    // ---------------
1596    //      menus
1597
1598    // File Menu
1599    create_menu("File", "F", AWM_ALL);
1600    insert_menu_topic("close",              "Close",    "C", NULp,               AWM_ALL, AW_POPDOWN);
1601    insert_menu_topic(local_id("new_view"), "New view", "v", "gen_new_view.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(GEN_create_map, new GEN_create_map_param(gb_main, window_nr+1)));
1602
1603    GEN_create_genes_submenu       (this, gb_main, false); // Genes
1604    GEN_create_gene_species_submenu(this, gb_main, false); // Gene-species
1605    GEN_create_organism_submenu    (this, gb_main, false); // Organisms
1606    EXP_create_experiments_submenu (this, gb_main, false); // Experiments
1607    GEN_create_hide_submenu(this, gb_main);         // Hide Menu
1608
1609    // Properties Menu
1610    create_menu("Properties", "r", AWM_ALL);
1611    insert_menu_topic(local_id("gene_props_menu"), "Frame settings ...",                  "M", "props_frame.hlp", AWM_ALL, AW_preset_window);
1612    insert_menu_topic(local_id("gene_props"),      "GENEMAP: Colors and Fonts ...",       "C", "color_props.hlp", AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(GEN_create_gc_window, gen_canvas->gc_manager));
1613    insert_menu_topic(local_id("gene_options"),    "Options",                             "O", "gen_options.hlp", AWM_ALL, GEN_create_options_window);
1614    insert_menu_topic(local_id("gene_nds"),        "NDS ( Select Gene Information ) ...", "N", "props_nds.hlp",   AWM_ALL, makeCreateWindowCallback(GEN_open_nds_window, gb_main));
1615    sep______________();
1616    AW_insert_common_property_menu_entries(this);
1617    sep______________();
1618    insert_menu_topic("gene_save_props",   "Save Defaults (ntree.arb)", "D", "savedef.hlp", AWM_ALL, AW_save_properties);
1619
1620    // ----------------------
1621    //      mode buttons
1622
1623    create_mode("mode_select.xpm", "gen_mode.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(GEN_mode_event, this, AWT_MODE_SELECT));
1624    create_mode("mode_zoom.xpm",   "gen_mode.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(GEN_mode_event, this, AWT_MODE_ZOOM));
1625    create_mode("mode_info.xpm",   "gen_mode.hlp", AWM_ALL, makeWindowCallback(GEN_mode_event, this, AWT_MODE_INFO));
1626
1627    // -------------------
1628    //      info area
1629
1630    set_info_area_height(250);
1631    at(11, 2);
1632    auto_space(2, -2);
1633    shadow_width(1);
1634
1635    // close + undo button, info area, define line y-positions:
1636
1637    int cur_x, cur_y, start_x, first_line_y, second_line_y, third_line_y;
1638    get_at_position(&start_x, &first_line_y);
1639    button_length(6);
1640
1641    at(start_x, first_line_y);
1642    help_text("quit.hlp");
1643    callback(AW_POPDOWN);
1644    create_button("Close", "Close");
1645
1646    get_at_position(&cur_x, &cur_y);
1647
1648    int gene_x = cur_x;
1649    at_newline();
1650    get_at_position(&cur_x, &second_line_y);
1651
1652    at(start_x, second_line_y);
1653    help_text("undo.hlp");
1654    callback(makeWindowCallback(GEN_undo_cb, GB_UNDO_UNDO, gb_main));
1655    create_button("Undo", "Undo");
1656
1657    at_newline();
1658    get_at_position(&cur_x, &third_line_y);
1659
1660    button_length(AWAR_FOOTER_MAX_LEN);
1661    create_button(NULp, AWAR_FOOTER);
1662
1663    at_newline();
1664    get_at_position(&cur_x, &cur_y);
1665    set_info_area_height(cur_y+6);
1666
1667    // gene+species buttons:
1668    button_length(20);
1669
1670    at(gene_x, first_line_y);
1671    help_text("sp_search.hlp");
1672    callback(makeCreateWindowCallback(DBUI::create_species_query_window, gb_main)); // @@@ should use an organism search (using ITEM_organism)
1673    create_button("SEARCH_ORGANISM", AWAR_LOCAL_ORGANISM_NAME(window_nr));
1674
1675    at(gene_x, second_line_y);
1676    help_text("gene_search.hlp");
1677    callback(makeCreateWindowCallback(GEN_create_gene_query_window, gb_main));
1678    create_button("SEARCH_GENE", AWAR_LOCAL_GENE_NAME(window_nr));
1679
1680    get_at_position(&cur_x, &cur_y);
1681    int lock_x = cur_x;
1682
1683    at(lock_x, first_line_y);
1684    create_toggle(AWAR_LOCAL_ORGANISM_LOCK(window_nr));
1685
1686    at(lock_x, second_line_y);
1687    create_toggle(AWAR_LOCAL_GENE_LOCK(window_nr));
1688
1689    get_at_position(&cur_x, &cur_y);
1690    int dtype_x1 = cur_x;
1691
1692    // display type buttons:
1693
1694    button_length(4);
1695
1696    at(dtype_x1, first_line_y);
1697    help_text("gen_disp_style.hlp");
1698    callback(makeWindowCallback(GEN_set_display_style, GEN_DISPLAY_STYLE_RADIAL));
1699    create_button("RADIAL_DISPLAY_TYPE", "#gen_radial.xpm");
1700
1701    help_text("gen_disp_style.hlp");
1702    callback(makeWindowCallback(GEN_set_display_style, GEN_DISPLAY_STYLE_BOOK));
1703    create_button("BOOK_DISPLAY_TYPE", "#gen_book.xpm");
1704
1705    get_at_position(&cur_x, &cur_y);
1706    int jump_x = cur_x;
1707
1708    at(dtype_x1, second_line_y);
1709    help_text("gen_disp_style.hlp");
1710    callback(makeWindowCallback(GEN_set_display_style, GEN_DISPLAY_STYLE_VERTICAL));
1711    create_button("VERTICAL_DISPLAY_TYPE", "#gen_vertical.xpm");
1712
1713    // jump button:
1714
1715    button_length(0);
1716
1717    at(jump_x, first_line_y);
1718    help_text("gen_jump.hlp");
1719    callback(makeWindowCallback(GEN_jump_cb, true));
1720    create_button("Jump", "Jump");
1721
1722    // help buttons:
1723
1724    get_at_position(&cur_x, &cur_y);
1725    int help_x = cur_x;
1726
1727    at(help_x, first_line_y);
1728    help_text("help.hlp");
1729    callback(makeHelpCallback("gene_map.hlp"));
1730    create_button("HELP", "HELP", "H");
1731
1732    at(help_x, second_line_y);
1733    callback(AW_help_entry_pressed);
1734    create_button(NULp, "?");
1735}
1736
1737// -end- of implementation of class GEN_map_window:.
1738
1739
1740int GEN_find_windowNr_for(GEN_graphic *wanted_graphic) {
1741    // returns window_nr of GEN_map_window using 'wanted_graphic' (or -1)
1742    if (GEN_map_manager::initialized()) {
1743        GEN_map_manager *mapman = GEN_map_manager::get_map_manager();
1744        for (int window_nr = 0; window_nr<mapman->no_of_managed_windows(); ++window_nr) {
1745            GEN_map_window *mapwin = mapman->get_map_window(window_nr);
1746            if (mapwin && mapwin->get_graphic() == wanted_graphic) {
1747                return window_nr;
1748            }
1749        }
1750    }
1751    return -1;
1752}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.