source: tags/ms_r18q1/PROBE_SET/ps_node.cxx

Last change on this file was 16763, checked in by westram, 4 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 7.4 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : ps_node.cxx                                       //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Coded by Wolfram Foerster in October 2002                     //
7//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
8//   http://www.arb-home.de/                                       //
9//                                                                 //
10// =============================================================== //
11
12#include "ps_node.hxx"
13
14using namespace std;
15
16//
17// *** disk output ASCII ***
18//
19bool PS_Node::saveASCII(PS_FileBuffer* _fb, char *buffer) {   // buffer MUST be at least 100 chars long
20    unsigned int size;
21    int          count;
22    //
23    // write num
24    //
25    count = sprintf(buffer, "N[%i", num);
26    _fb->put(buffer, count);
27    //
28    // write probes
29    //
30    size = countProbes();
31    if (size) {
32        count = sprintf(buffer, " P{%u", size);
33        _fb->put(buffer, count);
34        for (PS_ProbeSetCIter i=probes->begin(); i!=probes->end(); ++i) {
35            count = sprintf(buffer, " (%i_%i_%i)", (*i)->quality, (*i)->length, (*i)->GC_content);
36            _fb->put(buffer, count);
37        }
38        _fb->put_char('}');
39    }
40    //
41    // write children
42    //
43    size  = children.size();
44    if (size) {
45        count = sprintf(buffer, " C<%u", size);
46        _fb->put(buffer, count);
47        for (PS_NodeMapIterator i=children.begin(); i!=children.end(); ++i) {
48            _fb->put_char('\n');
49            if (num == -1) _fb->put_char('+');
50            i->second->saveASCII(_fb, buffer);
51        }
52        _fb->put_char('>');
53    }
54
55    _fb->put_char(']');
56    return true; // success
57}
58
59
60//
61// *** disk output ***
62//
63bool PS_Node::save(PS_FileBuffer* _fb) {
64    unsigned int size;
65    //
66    // write num
67    //
68    _fb->put_int(num);
69    //
70    // write probes
71    //
72    size = countProbes();
73    _fb->put_uint(size);
74    if (size) {
75        PS_Probe p;
76        for (PS_ProbeSetCIter i=probes->begin(); i!=probes->end(); ++i) {
77            p = **i;
78            _fb->put(&p, sizeof(PS_Probe));
79        }
80    }
81    //
82    // write children
83    //
84    size = children.size();
85    _fb->put_uint(size);
86    for (PS_NodeMapIterator i=children.begin(); i!=children.end(); ++i) {
87        i->second->save(_fb);
88    }
89    return true; // success
90}
91
92
93//
94// *** disk input ***
95//
96bool PS_Node::load(PS_FileBuffer* _fb) {
97    unsigned int size;
98    //
99    // read num
100    //
101    _fb->get_int(num);
102    //
103    // read probes
104    //
105    _fb->get_uint(size);
106    if (size) {               // does node have probes ?
107        probes = new PS_ProbeSet;                                 // make new probeset
108        for (unsigned int i=0; i<size; ++i) {
109            PS_Probe *p = new PS_Probe;
110            _fb->get(p, sizeof(PS_Probe));                        // read new probe
111            PS_ProbePtr new_probe(p);                             // make new probe-smartpointer
112            probes->insert(new_probe);                            // append new probe to probeset
113        }
114    }
115    else {
116        probes = NULp;                                            // unset probeset
117    }
118    //
119    // read children
120    //
121    _fb->get_uint(size);
122    if (num == -1) {
123        for (unsigned int i=0; i<size; ++i) {
124            PS_NodePtr new_child(new PS_Node(-1));                // make new child
125            new_child->load(_fb);                                 // read new child
126            children[new_child->getNum()] = new_child;            // insert new child to childmap
127            if (i % 200 == 0) printf("loaded 1st level #%i (%i)\n", i+1, new_child->getNum());
128        }
129    }
130    else {
131        for (unsigned int i=0; i<size; ++i) {
132            PS_NodePtr new_child(new PS_Node(-1));                // make new child
133            new_child->load(_fb);                                 // read new child
134            children[new_child->getNum()] = new_child;            // insert new child to childmap
135        }
136    }
137    return true; // success
138}
139
140
141//
142// *** disk input appending ***
143//
144bool PS_Node::append(PS_FileBuffer* _fb) {
145    unsigned int size;
146    //
147    // read num if root
148    //
149    if (num == -1) {
150        _fb->get_int(num);
151    }
152    //
153    // read probes
154    //
155    _fb->get_uint(size);
156    if (size) {               // does node have probes ?
157        if (!probes) probes = new PS_ProbeSet;                    // make new probeset
158        for (unsigned int i=0; i<size; ++i) {
159            PS_Probe *p = new PS_Probe;
160            _fb->get(p, sizeof(PS_Probe));                        // read new probe
161            PS_ProbePtr new_probe(p);                             // make new probe-smartpointer
162            probes->insert(new_probe);                            // append new probe to probeset
163        }
164    }
165    //
166    // read children
167    //
168    _fb->get_uint(size);
169    for (unsigned int i=0; i<size; ++i) {
170        //
171        // read num of child
172        //
173        SpeciesID childNum;
174        _fb->get_int(childNum);
175        if ((num == -1) && (i % 200 == 0)) printf("appended 1st level #%i (%i)\n", i+1, childNum);
176        //
177        // test if child already exists
178        //
179        PS_NodeMapIterator it = children.find(childNum);
180        if (it != children.end()) {
181            it->second->append(_fb);                             // 'update' child
182        }
183        else {
184            PS_NodePtr newChild(new PS_Node(childNum));          // make new child
185            newChild->append(_fb);                               // read new child
186            children[childNum] = newChild;                       // insert new child to childmap
187        }
188    }
189    return true; // success
190}
191
192
193//
194// disk read with callback
195// children are stored as child[0] one after the other
196//
197bool PS_Node::read(PS_FileBuffer* _fb, PS_Callback *_call_destination) {
198    unsigned int size;
199    //
200    // read num if root
201    //
202    if (num == -1) {
203        _fb->get_int(num);
204    }
205    //
206    // read probes
207    //
208    _fb->get_uint(size);
209    if (size) {               // does node have probes ?
210        if (!probes) probes = new PS_ProbeSet;                    // make new probeset
211        for (unsigned int i=0; i<size; ++i) {
212            PS_Probe *p = new PS_Probe;
213            _fb->get(p, sizeof(PS_Probe));                        // read new probe
214            PS_ProbePtr new_probe(p);                             // make new probe-smartpointer
215            probes->insert(new_probe);                            // append new probe to probeset
216        }
217    }
218    //
219    // callback
220    //
221    _call_destination->callback(this);
222    //
223    // read children
224    //
225    _fb->get_uint(size);
226    for (unsigned int i=0; i<size; ++i) {
227        //
228        // read num of child
229        //
230        SpeciesID childNum;
231        _fb->get_int(childNum);
232        if ((num == -1) && (i % 200 == 0)) printf("read 1st level #%i (%i)\n", i+1, childNum);
233        //
234        // read children
235        //
236        PS_NodePtr child(new PS_Node(childNum));                // make child
237        children[0] = child;                                    // store child as Number Zero
238        child->read(_fb, _call_destination);                    // read child
239        children.erase(0);                                      // remove previous child
240    }
241    return true; // success
242}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.