source: tags/ms_ra2q2/CONVERTALN/mg.cxx

Last change on this file was 16986, checked in by westram, 7 years ago

Update: continued by [17178]
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 17.5 KB
Line 
1// genbank and Macke converting program
2
3#include "genbank.h"
4#include "macke.h"
5
6static int paren_string(char *line, char *pstring, int index) {
7    int len       = str0len(line);
8    int paren_num = 0;
9    int indk;
10
11    for (indk = 0; index < len; index++) {
12        if (paren_num >= 1)
13            pstring[indk++] = line[index];
14        if (line[index] == '(')
15            paren_num++;
16        if (line[index] == ')')
17            paren_num--;
18    }
19    if (indk == 0)
20        return -1;
21    pstring[--indk] = '\0';
22    return index;
23}
24
25static void get_atcc_string(const char *line, char *temp, int index) {
26    // Get the rest of the line until reaching certain terminators, such as ';', ',', '.',...
27
28    int len       = str0len(line);
29    int paren_num = 0;
30    int indk;
31
32    for (indk = 0; index < len; index++, indk++) {
33        temp[indk] = line[index];
34        if (temp[indk] == '(')
35            paren_num++;
36        if (temp[indk] == ')')
37            if (paren_num == 0)
38                break;
39            else
40                paren_num--;
41        else if (paren_num == 0 && (temp[indk] == ';' || temp[indk] == '.' || temp[indk] == ',' || temp[indk] == '/' || temp[indk] == '\n'))
42            break;
43    }
44    temp[indk] = '\0';
45}
46
47static char *get_atcc(const Macke& macke, char *source) {
48    static int cc_num = 16;
49    static const char *CC[16] = {
50        "ATCC", "CCM", "CDC", "CIP", "CNCTC",
51        "DSM", "EPA", "JCM", "NADC", "NCDO", "NCTC", "NRCC",
52        "NRRL", "PCC", "USDA", "VPI"
53    };
54
55    int  indi, indj, index;
56    int  length;
57    char buffer[LONGTEXT], temp[LONGTEXT+5], pstring[LONGTEXT];
58    char atcc[LONGTEXT];
59
60    atcc[0] = '\0';
61    for (indi = 0; indi < cc_num; indi++) {
62        index = 0;
63        while ((index = paren_string(source, pstring, index)) > 0) {
64            if ((indj = find_pattern(pstring, CC[indi])) >= 0) {
65                // skip the key word
66                indj += str0len(CC[indi]);
67                // skip blank spaces
68                indj = Skip_white_space(pstring, indj);
69                // get strain
70                get_atcc_string(pstring, buffer, indj);
71                sprintf(temp, "%s %s", CC[indi], buffer);
72                length = str0len(atcc);
73                if (length > 0) {
74                    atcc[length] = '\0';
75                    strcat(atcc, ", ");
76                }
77                strcat(atcc, temp);
78            }
79        }
80    }
81    // append eoln to the atcc string
82    length = str0len(atcc);
83    if (macke.atcc) {
84        macke.atcc[length] = '\0';
85    }
86    strcat(atcc, "\n");
87    return nulldup(atcc);
88}
89
90static char *genbank_get_atcc(const GenBank& gbk, const Macke& macke) {
91    // Get atcc from SOURCE line in Genbank data file.
92    char *atcc = NULp;
93
94    // get culture collection #
95    if (has_content(gbk.source)) {
96        atcc = get_atcc(macke, gbk.source);
97    }
98    if (!has_content(atcc) && has_content(macke.strain)) {
99        // add () to macke strain to be processed correctly
100        char temp[LONGTEXT];
101        sprintf(temp, "(%s)", macke.strain);
102        atcc = get_atcc(macke, temp);
103    }
104    return atcc;
105}
106
107void Macke::add_35end_remark(char end35, char yn) {
108    if (yn == ' ') return;
109
110    char *content = strf("%c' end complete:  %s\n", end35, yn == 'y' ? "Yes" : "No");
111    add_remark(content);
112    free(content);
113}
114
115void Macke::add_remarks_from(const GenbankRef& ref) {
116    add_remark_if_content("ref:",      ref.ref);
117    add_remark_if_content("auth:",     ref.author);
118    add_remark_if_content("jour:",     ref.journal);
119    add_remark_if_content("title:",    ref.title);
120    add_remark_if_content("standard:", ref.standard);
121}
122
123void Macke::add_remarks_from(const OrgInfo& orginf) {
124    add_remark_if_content("Source of strain:",   orginf.source);       // copy source of strain
125    add_remark_if_content("Former name:",        orginf.formname);     // copy former name
126    add_remark_if_content("Alternate name:",     orginf.nickname);     // copy alternate name
127    add_remark_if_content("Common name:",        orginf.commname);     // copy common name
128    add_remark_if_content("Host organism:",      orginf.hostorg);      // copy host organism
129}
130
131void Macke::add_remarks_from(const RDP_comments& comments) {
132    add_remarks_from(comments.orginf);
133    add_remarks_from(comments.seqinf);
134
135    // other comments, not RDP DataBase specially defined
136    int len = str0len(comments.others);
137    if (len > 0) {
138        for (int indi = 0, indj = 0; indi < len; indi++) {
139            char temp[LONGTEXT];
140            temp[indj++] = comments.others[indi];
141            if (comments.others[indi] == '\n' || comments.others[indi] == '\0') {
142                temp[indj] = '\0';
143                add_remark(temp);
144                indj       = 0;
145            }
146        }
147    }
148}
149
150void Macke::add_remarks_from(const SeqInfo& seqinf) {
151    add_remark_if_content("RDP ID:",             seqinf.RDPid);        // copy RDP ID
152    add_remark_if_content("Sequencing methods:", seqinf.methods);      // copy methods
153
154    add_35end_remark('3', seqinf.comp3);
155    add_35end_remark('5', seqinf.comp5);
156}
157
158void Macke::add_remarks_from(const GenBank& gbk) {
159    // Create Macke remarks.
160
161    // REFERENCE the first reference
162    if (gbk.has_refs())
163        add_remark_if_content("ref:", gbk.get_ref(0).ref);
164
165    // The rest of the REFERENCES
166    for (int indi = 1; indi < gbk.get_refcount(); indi++) {
167        add_remarks_from(gbk.get_ref(indi));
168    }
169
170    add_remark_if_content("KEYWORDS:",           gbk.keywords);        // copy keywords as remark
171    add_remark_if_content("GenBank ACCESSION:",  gbk.accession);       // copy accession as remark when genbank entry also exists.
172    add_remarks_from(gbk.comments);
173}
174
175static void correct_subspecies(char *subspecies) {
176    // Remove the strain information in subspecies which is sometime mistakenly written into it.
177    int indj;
178
179    if ((indj = find_pattern(subspecies, "str\n")) >= 0 || (indj = find_strain(subspecies, 0)) >= 0) {
180        ca_assert(subspecies[indj-1] == ' '); // assume to overwrite a space
181        subspecies[indj - 1] = '\n';
182        subspecies[indj]     = '\0';
183    }
184}
185
186static void check_consistency(const char *what, char* const& var, const char *New) {
187    if (has_content(var)) {
188        if (!str_equal(var, New)) {
189            warningf(20, "Inconsistent %s definitions detected:\n"
190                     "    %s"
191                     "and %s", what, var, New);
192        }
193    }
194    else {
195        strcpy(var, New);
196    }
197}
198
199static void get_string(char *temp, const char *line, int index) {
200    // Get the rest of the line until reaching certain terminators,
201    // such as ';', ',', '.',...
202    // Always append "\n" at the end of the result.
203
204    index = Skip_white_space(line, index);
205
206    int len       = str0len(line);
207    int paren_num = 0;
208    int indk;
209
210    for (indk = 0; index < len; index++, indk++) {
211        temp[indk] = line[index];
212        if (temp[indk] == '(')
213            paren_num++;
214        if (temp[indk] == ')')
215            if (paren_num == 0)
216                break;
217            else
218                paren_num--;
219        else if (temp[indk] == '\n' || (paren_num == 0 && temp[indk] == ';'))
220            break;
221    }
222    if (indk > 1 && is_end_mark(temp[indk - 1]))
223        indk--;
224    temp[indk++] = '\n';
225    temp[indk] = '\0';
226}
227
228static void copy_subspecies_and_check_consistency(char* const& subspecies, const char *from, int indj) {
229    char temp[LONGTEXT];
230    get_string(temp, from, indj);
231    correct_subspecies(temp);
232    check_consistency("subspecies", subspecies, temp);
233}
234static void copy_strain_and_check_consistency(char* const& strain, const char *from, int indj) {
235    char temp[LONGTEXT];
236    get_string(temp, from, indj);
237    check_consistency("strain", strain, temp);
238}
239
240static void check_strain_from(char* const& strain, const char *from) {
241    if (has_content(from)) {
242        int indj = skip_strain(from, ' ');
243        if (indj >= 0) copy_strain_and_check_consistency(strain, from, indj);
244    }
245}
246
247static char *genbank_get_strain(const GenBank& gbk) {
248    // Get strain from DEFINITION, COMMENT or SOURCE line in Genbank data file.
249    char strain[LONGTEXT];
250
251    strain[0] = '\0';
252
253    if (has_content(gbk.comments.others)) {
254        int indj = find_pattern(gbk.comments.others, "*source:");
255        if (indj >= 0) {
256            int indk = skip_pattern(gbk.comments.others + indj, "strain=");
257            if (indk >= 0) copy_strain_and_check_consistency(strain, gbk.comments.others, indj+indk);
258        }
259    }
260
261    check_strain_from(strain, gbk.definition);
262    check_strain_from(strain, gbk.source);
263
264    return nulldup(strain);
265}
266
267static char *genbank_get_subspecies(const GenBank& gbk) {
268    // Get subspecies information from SOURCE, DEFINITION, or COMMENT line of Genbank data file.
269    int  indj;
270    char subspecies[LONGTEXT];
271
272    subspecies[0] = '\0';
273
274    if (has_content(gbk.definition)) {
275        if ((indj = skip_pattern(gbk.definition, "subsp. ")) >= 0) {
276            copy_subspecies_and_check_consistency(subspecies, gbk.definition, indj);
277        }
278    }
279    if (has_content(gbk.comments.others)) {
280        if ((indj = find_pattern(gbk.comments.others, "*source:")) >= 0) {
281            int indk = skip_subspecies(gbk.comments.others + indj, '=');
282            if (indk >= 0) {
283                copy_subspecies_and_check_consistency(subspecies, gbk.comments.others, indj+indk);
284            }
285        }
286    }
287
288    if (has_content(gbk.source)) {
289        if ((indj = skip_subspecies(gbk.source, ' ')) >= 0) {
290            copy_subspecies_and_check_consistency(subspecies, gbk.source, indj);
291        }
292    }
293
294    return nulldup(subspecies);
295}
296
297static void mtog_decode_ref_and_remarks(const Macke& macke, GenBank& gbk) {
298    // Decode remarks of Macke to GenBank format.
299    ca_assert(gbk.get_refcount() == 0);
300
301    if (has_content(macke.author))  freedup(gbk.get_new_ref().author, macke.author);
302    if (has_content(macke.journal)) freedup(gbk.get_latest_ref().journal, macke.journal);
303    if (has_content(macke.title))   freedup(gbk.get_latest_ref().title, macke.title);
304
305    bool first_ref = true;
306
307    RDP_comments& comments = gbk.comments;
308    OrgInfo&      orginf   = comments.orginf;
309    SeqInfo&      seqinf   = comments.seqinf;
310
311    for (int ridx = 0; ridx < macke.get_rem_count(); ridx++) {
312        char key[TOKENSIZE];
313        int offset = macke_key_word(macke.get_rem(ridx), 0, key);
314
315        if (str_equal(key, "ref")) {
316            GenbankRef& ref = first_ref ? gbk.get_latest_ref() : gbk.get_new_ref();
317            freeset(ref.ref, macke.copy_multi_rem(ridx, offset));
318            first_ref = false;
319        }
320        else if (str_equal(key, "auth")) {
321            freeset(gbk.get_latest_ref().author, macke.copy_multi_rem(ridx, offset));
322        }
323        else if (str_equal(key, "title")) {
324            freeset(gbk.get_latest_ref().title, macke.copy_multi_rem(ridx, offset));
325        }
326        else if (str_equal(key, "jour")) {
327            freeset(gbk.get_latest_ref().journal, macke.copy_multi_rem(ridx, offset));
328        }
329        else if (str_equal(key, "standard")) {
330            freeset(gbk.get_latest_ref().standard, macke.copy_multi_rem(ridx, offset));
331        }
332        else if (str_equal(key, "KEYWORDS")) {
333            freeset(gbk.keywords, macke.copy_multi_rem(ridx, offset));
334            terminate_with(gbk.keywords, '.');
335        }
336        else if (str_equal(key, "GenBank ACCESSION")) {
337            freeset(gbk.accession, macke.copy_multi_rem(ridx, offset));
338        }
339        else if (str_equal(key, "Source of strain")) {
340            freeset(orginf.source, macke.copy_multi_rem(ridx, offset));
341        }
342        else if (str_equal(key, "Former name")) {
343            freeset(orginf.formname, macke.copy_multi_rem(ridx, offset));
344        }
345        else if (str_equal(key, "Alternate name")) {
346            freeset(orginf.nickname, macke.copy_multi_rem(ridx, offset));
347        }
348        else if (str_equal(key, "Common name")) {
349            freeset(orginf.commname, macke.copy_multi_rem(ridx, offset));
350        }
351        else if (str_equal(key, "Host organism")) {
352            freeset(orginf.hostorg, macke.copy_multi_rem(ridx, offset));
353        }
354        else if (str_equal(key, "RDP ID")) {
355            freeset(seqinf.RDPid, macke.copy_multi_rem(ridx, offset));
356        }
357        else if (str_equal(key, "Sequencing methods")) {
358            freeset(seqinf.methods, macke.copy_multi_rem(ridx, offset));
359        }
360        else if (str_equal(key, "3' end complete")) {
361            scan_token_or_die(key, macke.get_rem(ridx) + offset);
362            seqinf.comp3 = str_equal(key, "Yes") ? 'y' : 'n';
363        }
364        else if (str_equal(key, "5' end complete")) {
365            scan_token_or_die(key, macke.get_rem(ridx) + offset);
366            seqinf.comp5 = str_equal(key, "Yes") ? 'y' : 'n';
367        }
368        else { // other (non-interpreted) comments
369            Append(comments.others, macke.get_rem(ridx));
370        }
371    }
372}
373
374static void mtog_genbank_def_and_source(const Macke& macke, GenBank& gbk) {
375    // Define GenBank DEFINITION and SOURCE lines the way RDP group likes.
376    copy_content(gbk.definition, macke.name);
377    if (has_content(macke.subspecies)) {
378        if (!has_content(gbk.definition)) {
379            warning(22, "Genus and Species not defined");
380            skip_eolnl_and_append(gbk.definition, "subsp. ");
381        }
382        else
383            skip_eolnl_and_append(gbk.definition, " subsp. ");
384
385        Append(gbk.definition, macke.subspecies);
386    }
387
388    if (has_content(macke.strain)) {
389        if (!has_content(gbk.definition)) {
390            warning(23, "Genus and Species and Subspecies not defined");
391            skip_eolnl_and_append(gbk.definition, "str. ");
392        }
393        else
394            skip_eolnl_and_append(gbk.definition, " str. ");
395
396        Append(gbk.definition, macke.strain);
397    }
398
399    // create SOURCE line, temp.
400    if (copy_content(gbk.source, gbk.definition)) terminate_with(gbk.source, '.');
401
402    // append keyword to definition, if there is keyword.
403    if (has_content(gbk.keywords)) {
404        if (has_content(gbk.definition))
405            skip_eolnl_and_append(gbk.definition, "; \n");
406
407        // Here keywords must be ended by a '.' already
408        skip_eolnl_and_append(gbk.definition, gbk.keywords);
409    }
410    else
411        skip_eolnl_and_append(gbk.definition, ".\n");
412}
413
414int mtog(const Macke& macke, GenBank& gbk, const Seq& seq) { // __ATTR__USERESULT
415    // Convert Macke format to Genbank format.
416    int  indi;
417    char temp[LONGTEXT];
418
419    strcpy(temp, macke.seqabbr);
420
421    for (indi = str0len(temp); indi < 13; temp[indi++] = ' ') {}
422
423    if (has_content(macke.date))
424        sprintf((temp + 10), "%7d bp    RNA             RNA       %s\n", seq.get_len(), genbank_date(macke.date));
425    else
426        sprintf((temp + 10), "%7d bp    RNA             RNA       %s\n", seq.get_len(), genbank_date(today_date()));
427
428    freedup(gbk.locus, temp);
429
430    // GenBank ORGANISM
431    if (copy_content(gbk.organism, macke.name)) terminate_with(gbk.organism, '.');
432
433    RDP_comments& comments = gbk.comments;
434    OrgInfo& orginf = comments.orginf;
435    SeqInfo& seqinf = comments.seqinf;
436
437    copy_content(seqinf.methods, macke.rna);
438
439    if (!copy_content(seqinf.gbkentry, macke.acs))
440        copy_content(seqinf.gbkentry, macke.nbk);
441
442    copy_content(orginf.cultcoll, macke.atcc);
443    mtog_decode_ref_and_remarks(macke, gbk);
444
445    // final conversion of cultcoll
446    if (!has_content(orginf.cultcoll)) copy_content(orginf.cultcoll, macke.atcc);
447
448    // define GenBank DEFINITION, after GenBank KEYWORD is defined.
449    mtog_genbank_def_and_source(macke, gbk);
450
451    return 1;
452}
453
454int gtom(const GenBank& gbk, Macke& macke) { // __ATTR__USERESULT
455    // Convert from Genbank format to Macke format.
456
457    // copy sequence abbr, assume every entry in gbk must end with \n\0
458    // no '\n' at the end of the string
459    {
460        char temp[LONGTEXT];
461        genbank_key_word(gbk.locus, 0, temp);
462        freedup(macke.seqabbr, temp);
463    }
464
465    // copy name and definition
466    if (!copy_content(macke.name, gbk.organism) && has_content(gbk.definition)) {
467        char genus[TOKENSIZE];
468        char species[TOKENSIZE];
469
470        ASSERT_RESULT(int, 2, sscanf(gbk.definition, "%s %s", genus, species));
471
472        int last = str0len(species)-1;
473        if (species[last] == ';') species[last] = '\0';
474
475        freeset(macke.name, strf("%s %s\n", genus, species));
476    }
477
478    const OrgInfo& orginf = gbk.comments.orginf;
479    const SeqInfo& seqinf = gbk.comments.seqinf;
480
481    copy_content(macke.atcc, orginf.cultcoll); // copy cultcoll name and number
482    copy_content(macke.rna,  seqinf.methods); // copy rna(methods)
483
484    freeset(macke.date, gbk.get_date()); Append(macke.date, "\n");
485
486    // copy genbank entry  (gbkentry has higher priority than gbk.accession)
487    if (!copy_content(macke.acs, seqinf.gbkentry)) {
488        char buffer[TOKENSIZE];
489        if (has_content(gbk.accession) && !str_equal(gbk.accession, "No information\n")) {
490            scan_token_or_die(buffer, gbk.accession);
491            strcat(buffer, "\n");
492        }
493        else {
494            strcpy(buffer, "\n");
495        }
496        freedup(macke.acs, buffer);
497    }
498
499    // copy the first reference from GenBank to Macke
500    if (gbk.has_refs()) {
501        copy_content(macke.author,  gbk.get_ref(0).author);
502        copy_content(macke.journal, gbk.get_ref(0).journal);
503        copy_content(macke.title,   gbk.get_ref(0).title);
504    }
505    // the rest of references are put into remarks, rem:.....
506    macke.add_remarks_from(gbk);
507
508    // adjust the strain, subspecies, and atcc information
509    freeset(macke.strain,     genbank_get_strain(gbk));
510    freeset(macke.subspecies, genbank_get_subspecies(gbk));
511    if (!has_content(macke.atcc)) {
512        freeset(macke.atcc, genbank_get_atcc(gbk, macke));
513    }
514
515    return 1;
516}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.