| 1 | #define STD_REMOVE(in1) /bin/rm -f in1 infile intree outfile outtree treefile arb_read_tree_args |
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| 3 | #define GOTO_LOCAL_DIR mkdir -p ~/.arb_tmp/$$; cd ~/.arb_tmp/$$; STD_REMOVE(nofile) |
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| 4 | #define RM_LOCAL_DIR(in1) cd ~/.arb_tmp/$$ ; STD_REMOVE(in1); cd .. ; rmdir $$ |
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| 6 | #define GEN_INFILE(in1) GOTO_LOCAL_DIR ; arb_convert_aln -GenBank in1 -phylip infile |
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| 7 | #define RM_LOCAL_FILES(in1) RM_LOCAL_DIR(in1) |
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| 9 | #define RUN_IN_WINDOW(cmd) ${ARB_XCMD} bash -x -c @@LD_LIBRARY_PATH="${ARB_LIBRARY_PATH:-/usr/arb/lib}";export LD_LIBRARY_PATH; cmd ;arb_wait@@ |
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| 10 | // Note: @@ will result in a single quote. see ../ARB_GDE/GDE_ParseMenu.cxx@WHY_USE_DOUBLE_AT |
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| 12 | #include <warning.genmenu> |
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| 14 | lmenu:Export |
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| 15 | menumeta: E |
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| 16 | #include <export.genmenu> |
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| 18 | lmenu:Print |
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| 19 | menumeta: r |
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| 20 | #include <pretty_print.genmenu> |
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| 22 | lmenu:Import |
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| 23 | menumeta:I |
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| 24 | #include <import.genmenu> |
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| 26 | menu:Align |
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| 27 | menumeta:A |
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| 28 | #include <align.genmenu> |
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| 30 | menu:User |
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| 31 | menumeta:U |
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| 32 | #include <start_arb.genmenu> |
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| 34 | menu:SAI |
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| 35 | menumeta:S |
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| 36 | #include <dnamlrates.genmenu> |
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| 38 | menu:Incremental phylogeny |
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| 39 | menumeta:c |
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| 40 | #include <inc_fastdnaml.genmenu> |
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| 42 | menu:Phylogeny Distance Matrix |
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| 43 | menumeta:D |
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| 44 | #include <phylip_dist_org.genmenu> |
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| 45 | #include <phylip_dist.genmenu> |
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| 47 | menu:Phylogeny max. parsimony |
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| 48 | menumeta:p |
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| 49 | #include <phylip_pars.genmenu> |
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| 51 | menu:Phylogeny max. Likelyhood EXP |
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| 52 | menumeta:X |
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| 53 | #include <fastdnaml.genmenu> |
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| 55 | menu:Phylogeny max. Likelyhood |
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| 56 | menumeta:L |
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| 57 | #define RAXML_DNA |
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| 58 | #include <raxml.genmenu> |
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| 59 | #undef RAXML_DNA |
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| 60 | #include <raxml.genmenu> |
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| 62 | #include <phylip_ml.genmenu> |
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| 64 | menu:Phylogeny (Other) |
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| 65 | menumeta:O |
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| 66 | #include <puzzle.genmenu> |
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| 67 | #include <desoete.genmenu> |
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