source: tags/svn.1.5.4/NALIGNER/Makefile

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  • merge from dev [7450] [7452] [7456] [7457] [7458] [7459] [7460] [7461] [7464] [7465] [7466] [7467] [7468] [7469] [7482]
    • tweaked compiler options
      • activated -Weffc++
        • postfilter warnings where Scott Meyers' advices are too general.
          • base classes should not always have virtual destructors, since that renders tiny classes useless and
          • members should not always be initialized via initialization list, since that often violates the DRY principle
        • fix gcc's inability to detect that Noncopyable implements a private copy-ctor and op=
        • this slows down complete ARB recompilation by ~5%
    • added -Wold-style-cast (inactive)
    • removed -Wno-non-template-friend added in [7447]
  • postcompile.pl
    • added option —original to show unmodified compiler output
  • declared op= for classes which had a copy-ctor
  • moved op= macros to arbtools.h
  • derived classes containing pointers from Noncopyable (use Noncopyable virtually) or
  • made them copyable if needed (awt_mask_item, KnownDB, Code, AWT_registered_itemtype, GEN_gene, PosGene, PartialSequence, PlugIn, Range, Convaln_exception)
  • other related changes
    • user mask destruction working now
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 11.5 KB
Line 
1# INCLUDE und GLOBALS MAIN CC cflags werden von aussen uebergeben
2
3.SUFFIXES: .o .c .cxx .depend
4
5#CFLAGS = -g
6#CFLAGS = -O2
7CFLAGS = $(cflags)
8
9CPP_OBJECTS = \
10        ali_aligner.o \
11        ali_arbdb.o \
12        ali_global.o \
13        ali_main.o \
14        ali_pathmap.o \
15        ali_prealigner.o \
16        ali_profile.o \
17        ali_pt.o \
18        ali_sequence.o \
19        ali_solution.o \
20
21$(MAIN): $(CPP_OBJECTS)
22        $(LINK_STATIC_LIB) $(MAIN) $(CPP_OBJECTS)
23
24.cxx.o:
25        $(CPP) $(CFLAGS) -c -o $@ $< $(CPPINCLUDES) $(POST_COMPILE)
26
27clean:
28        rm -f $(CPP_OBJECTS) *.a
29
30DEPENDS = $(CPP_OBJECTS:.o=.depend)
31depends: $(DEPENDS)
32        @cat $(DEPENDS) | grep -v '^#' >>Makefile
33        @rm $(DEPENDS)
34$(DEPENDS): depend.init
35depend.init:
36        $(MAKEDEPEND) $(MAKEDEPENDFLAGS) 2>/dev/null # remove dependencies
37.c.depend:
38        $(MAKEDEPEND) -f- $(MAKEDEPENDFLAGS) $< 2>/dev/null >$@
39.cxx.depend:
40        $(MAKEDEPEND) -f- $(MAKEDEPENDFLAGS) $< 2>/dev/null >$@
41
42# DO NOT DELETE THIS LINE -- make depend depends on it.
43
44# Do not add dependencies manually - use 'make depend' in $ARBHOME
45# For formatting issues see SOURCE_TOOLS/fix_depends.pl
46
47ali_aligner.o: ali_aligner.hxx
48ali_aligner.o: ali_arbdb.hxx
49ali_aligner.o: ali_misc.hxx
50ali_aligner.o: ali_other_stuff.hxx
51ali_aligner.o: ali_pathmap.hxx
52ali_aligner.o: ali_profile.hxx
53ali_aligner.o: ali_pt.hxx
54ali_aligner.o: ali_sequence.hxx
55ali_aligner.o: ali_solution.hxx
56ali_aligner.o: ali_tarray.hxx
57ali_aligner.o: ali_tlist.hxx
58ali_aligner.o: ali_tstack.hxx
59ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_prot.h
60ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_t_prot.h
61ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_func_types.h
62ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_global.h
63ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_assert.h
64ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_core.h
65ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_error.h
66ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_msg.h
67ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_string.h
68ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb.h
69ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb_base.h
70ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdbt.h
71ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
72ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
73ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/bytestring.h
74ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client.h
75ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client_types.h
76ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/dupstr.h
77ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/PT_com.h
78ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/server.h
79ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/servercntrl.h
80ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/smartptr.h
81ali_aligner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/test_global.h
82
83ali_arbdb.o: ali_arbdb.hxx
84ali_arbdb.o: ali_misc.hxx
85ali_arbdb.o: ali_other_stuff.hxx
86ali_arbdb.o: ali_sequence.hxx
87ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_prot.h
88ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_t_prot.h
89ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_func_types.h
90ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_assert.h
91ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_core.h
92ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_error.h
93ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_msg.h
94ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_string.h
95ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb.h
96ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb_base.h
97ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdbt.h
98ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
99ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
100ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/dupstr.h
101ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/PT_com.h
102ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/server.h
103ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/servercntrl.h
104ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/smartptr.h
105ali_arbdb.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/test_global.h
106
107ali_global.o: ali_arbdb.hxx
108ali_global.o: ali_global.hxx
109ali_global.o: ali_misc.hxx
110ali_global.o: ali_other_stuff.hxx
111ali_global.o: ali_pathmap.hxx
112ali_global.o: ali_prealigner.hxx
113ali_global.o: ali_profile.hxx
114ali_global.o: ali_pt.hxx
115ali_global.o: ali_sequence.hxx
116ali_global.o: ali_solution.hxx
117ali_global.o: ali_tarray.hxx
118ali_global.o: ali_tlist.hxx
119ali_global.o: ali_tstack.hxx
120ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_prot.h
121ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_t_prot.h
122ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_func_types.h
123ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_global.h
124ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_assert.h
125ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_core.h
126ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_error.h
127ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_msg.h
128ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_string.h
129ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb.h
130ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb_base.h
131ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdbt.h
132ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
133ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
134ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/bytestring.h
135ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client.h
136ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client_types.h
137ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/dupstr.h
138ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/PT_com.h
139ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/server.h
140ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/servercntrl.h
141ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/smartptr.h
142ali_global.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/test_global.h
143
144ali_main.o: ali_arbdb.hxx
145ali_main.o: ali_global.hxx
146ali_main.o: ali_misc.hxx
147ali_main.o: ali_other_stuff.hxx
148ali_main.o: ali_pathmap.hxx
149ali_main.o: ali_prealigner.hxx
150ali_main.o: ali_profile.hxx
151ali_main.o: ali_pt.hxx
152ali_main.o: ali_sequence.hxx
153ali_main.o: ali_solution.hxx
154ali_main.o: ali_tarray.hxx
155ali_main.o: ali_tlist.hxx
156ali_main.o: ali_tstack.hxx
157ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_prot.h
158ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_t_prot.h
159ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_func_types.h
160ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_global.h
161ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_assert.h
162ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_core.h
163ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_error.h
164ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_msg.h
165ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_string.h
166ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb.h
167ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb_base.h
168ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdbt.h
169ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
170ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
171ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/bytestring.h
172ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client.h
173ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client_types.h
174ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/dupstr.h
175ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/PT_com.h
176ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/server.h
177ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/servercntrl.h
178ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/smartptr.h
179ali_main.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/test_global.h
180
181ali_pathmap.o: ali_misc.hxx
182ali_pathmap.o: ali_pathmap.hxx
183ali_pathmap.o: ali_tarray.hxx
184ali_pathmap.o: ali_tlist.hxx
185ali_pathmap.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
186ali_pathmap.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
187
188ali_prealigner.o: ali_aligner.hxx
189ali_prealigner.o: ali_arbdb.hxx
190ali_prealigner.o: ali_misc.hxx
191ali_prealigner.o: ali_other_stuff.hxx
192ali_prealigner.o: ali_pathmap.hxx
193ali_prealigner.o: ali_prealigner.hxx
194ali_prealigner.o: ali_profile.hxx
195ali_prealigner.o: ali_pt.hxx
196ali_prealigner.o: ali_sequence.hxx
197ali_prealigner.o: ali_solution.hxx
198ali_prealigner.o: ali_tarray.hxx
199ali_prealigner.o: ali_tlist.hxx
200ali_prealigner.o: ali_tstack.hxx
201ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_prot.h
202ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_t_prot.h
203ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_func_types.h
204ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_global.h
205ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_assert.h
206ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_core.h
207ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_error.h
208ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_msg.h
209ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_string.h
210ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb.h
211ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb_base.h
212ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdbt.h
213ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
214ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
215ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/bytestring.h
216ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client.h
217ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client_types.h
218ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/dupstr.h
219ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/PT_com.h
220ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/server.h
221ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/servercntrl.h
222ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/smartptr.h
223ali_prealigner.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/test_global.h
224
225ali_profile.o: ali_arbdb.hxx
226ali_profile.o: ali_misc.hxx
227ali_profile.o: ali_other_stuff.hxx
228ali_profile.o: ali_profile.hxx
229ali_profile.o: ali_pt.hxx
230ali_profile.o: ali_sequence.hxx
231ali_profile.o: ali_tlist.hxx
232ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_prot.h
233ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_t_prot.h
234ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_func_types.h
235ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_global.h
236ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_assert.h
237ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_core.h
238ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_error.h
239ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_msg.h
240ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_string.h
241ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb.h
242ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb_base.h
243ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdbt.h
244ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
245ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
246ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/BI_helix.hxx
247ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/bytestring.h
248ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client.h
249ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client_types.h
250ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/dupstr.h
251ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/PT_com.h
252ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/server.h
253ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/servercntrl.h
254ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/smartptr.h
255ali_profile.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/test_global.h
256
257ali_pt.o: ali_misc.hxx
258ali_pt.o: ali_other_stuff.hxx
259ali_pt.o: ali_pt.hxx
260ali_pt.o: ali_sequence.hxx
261ali_pt.o: ali_tlist.hxx
262ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_prot.h
263ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_t_prot.h
264ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_func_types.h
265ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_global.h
266ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_assert.h
267ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_core.h
268ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_error.h
269ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_msg.h
270ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_string.h
271ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb.h
272ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb_base.h
273ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdbt.h
274ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
275ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
276ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/bytestring.h
277ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client.h
278ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client_types.h
279ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/dupstr.h
280ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/PT_com.h
281ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/server.h
282ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/servercntrl.h
283ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/smartptr.h
284ali_pt.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/test_global.h
285
286ali_sequence.o: ali_misc.hxx
287ali_sequence.o: ali_sequence.hxx
288ali_sequence.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
289ali_sequence.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
290
291ali_solution.o: ali_arbdb.hxx
292ali_solution.o: ali_misc.hxx
293ali_solution.o: ali_other_stuff.hxx
294ali_solution.o: ali_profile.hxx
295ali_solution.o: ali_pt.hxx
296ali_solution.o: ali_sequence.hxx
297ali_solution.o: ali_solution.hxx
298ali_solution.o: ali_tlist.hxx
299ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_prot.h
300ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/ad_t_prot.h
301ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_func_types.h
302ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/aisc_global.h
303ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_assert.h
304ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_core.h
305ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_error.h
306ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_msg.h
307ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arb_string.h
308ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb.h
309ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdb_base.h
310ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbdbt.h
311ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/arbtools.h
312ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/attributes.h
313ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/bytestring.h
314ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client.h
315ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/client_types.h
316ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/dupstr.h
317ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/PT_com.h
318ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/server.h
319ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/servercntrl.h
320ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/smartptr.h
321ali_solution.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/test_global.h
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.