source: tags/terminal-6.x/NTREE/ad_ext.cxx

Last change on this file was 12267, checked in by westram, 12 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 12.4 KB
Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : ad_ext.cxx                                        //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
7//   http://www.arb-home.de/                                       //
8//                                                                 //
9// =============================================================== //
10
11#include "NT_local.h"
12#include <db_scanner.hxx>
13#include <awt_sel_boxes.hxx>
14#include <aw_awars.hxx>
15#include <aw_msg.hxx>
16#include <aw_root.hxx>
17#include <arbdbt.h>
18#include <arb_strbuf.h>
19
20static void rename_SAI_cb(AW_window *aww) {
21    AW_awar  *awar_sai = aww->get_root()->awar(AWAR_SAI_NAME);
22    char     *sai_name = awar_sai->read_string();
23    GB_ERROR  error    = 0;
24
25    if (!sai_name || !sai_name[0]) error = "Select SAI to rename";
26    else {
27        char *new_name = aw_input("Rename SAI", "Enter new name of SAI", sai_name);
28        if (new_name && new_name[0]) {
29            error = GB_begin_transaction(GLOBAL.gb_main);
30            if (!error) {
31                GBDATA *gb_sai     = GBT_find_SAI(GLOBAL.gb_main, sai_name);
32                if (!gb_sai) error = GBS_global_string("can't find SAI '%s'", sai_name);
33                else {
34                    GBDATA *gb_dest_exists    = GBT_find_SAI(GLOBAL.gb_main, new_name);
35                    if (gb_dest_exists) error = GBS_global_string("There is already a SAI named '%s'", new_name);
36                    else {
37                        error = GBT_write_string(gb_sai, "name", new_name);
38                        if (!error) awar_sai->write_string(new_name);
39                    }
40                }
41            }
42            error = GB_end_transaction(GLOBAL.gb_main, error);
43        }
44        free(new_name);
45    }
46    free(sai_name);
47
48    if (error) aw_message(error);
49}
50
51static void copy_SAI_cb(AW_window *aww) {
52    AW_awar  *awar_sai    = aww->get_root()->awar(AWAR_SAI_NAME);
53    char     *source_name = awar_sai->read_string();
54    GB_ERROR  error       = 0;
55
56    if (!source_name || !source_name[0]) error = "Select SAI to duplicate";
57    else {
58        char *dest_name = aw_input("Copy SAI", "Enter name of new SAI", source_name);
59        if (dest_name && dest_name[0]) {
60            error = GB_begin_transaction(GLOBAL.gb_main);
61            if (!error) {
62                GBDATA *gb_sai_data   = GBT_get_SAI_data(GLOBAL.gb_main);
63                GBDATA *gb_source     = GBT_find_SAI_rel_SAI_data(gb_sai_data, source_name);
64                if (!gb_source) error = GBS_global_string("can't find SAI '%s'", source_name);
65                else {
66                    GBDATA *gb_dest_exists    = GBT_find_SAI_rel_SAI_data(gb_sai_data, dest_name);
67                    if (gb_dest_exists) error = GBS_global_string("There is already a SAI named '%s'", dest_name);
68                    else {
69                        GBDATA *gb_dest     = GB_create_container(gb_sai_data, "extended");
70                        if (!gb_dest) error = GB_await_error();
71                        else {
72                            error             = GB_copy(gb_dest, gb_source);
73                            if (!error) {
74                                error = GBT_write_string(gb_dest, "name", dest_name);
75                                if (!error) awar_sai->write_string(dest_name);
76                            }
77                        }
78                    }
79                }
80            }
81            error = GB_end_transaction(GLOBAL.gb_main, error);
82        }
83        free(dest_name);
84    }
85    free(source_name);
86
87    if (error) aw_message(error);
88}
89
90static void copy_SAI_to_species_cb(AW_window *aww) {
91    AW_root  *aw_root  = aww->get_root();
92    char     *sai_name = aw_root->awar(AWAR_SAI_NAME)->read_string();
93    GB_ERROR  error    = 0;
94
95    if (!sai_name || !sai_name[0]) error = "No SAI selected";
96    else {
97        char *species_name = aw_input("Copy SAI to species", "Enter target species name:", sai_name);
98
99        if (species_name && species_name[0]) {
100            error = GB_begin_transaction(GLOBAL.gb_main);
101
102            if (!error) {
103                GBDATA *gb_species_data = GBT_get_species_data(GLOBAL.gb_main);
104                GBDATA *gb_dest         = GBT_find_species_rel_species_data(gb_species_data, species_name);
105
106                if (gb_dest) error = GBS_global_string("Species '%s' already exists", species_name);
107                else {
108                    GBDATA *gb_sai = GBT_find_SAI(GLOBAL.gb_main, sai_name);
109
110                    if (!gb_sai) error = GBS_global_string("SAI '%s' not found", sai_name);
111                    else {
112                        gb_dest             = GB_create_container(gb_species_data, "species");
113                        if (!gb_dest) error = GB_await_error();
114                        else {
115                            error = GB_copy(gb_dest, gb_sai);
116                            if (!error) {
117                                error = GBT_write_string(gb_dest, "name", species_name);
118                                if (!error) aw_root->awar(AWAR_SPECIES_NAME)->write_string(species_name);
119                            }
120                        }
121                    }
122                }
123            }
124            error = GB_end_transaction(GLOBAL.gb_main, error);
125        }
126        free(species_name);
127    }
128    free(sai_name);
129    if (error) aw_message(error);
130}
131
132static void delete_SAI_cb(AW_window *aww) {
133    char     *sai_name      = aww->get_root()->awar(AWAR_SAI_NAME)->read_string();
134    GB_ERROR  error       = GB_begin_transaction(GLOBAL.gb_main);
135
136    if (!error) {
137        GBDATA *gb_sai = GBT_find_SAI(GLOBAL.gb_main, sai_name);
138        error          = gb_sai ? GB_delete(gb_sai) : "Please select a SAI";
139    }
140    GB_end_transaction_show_error(GLOBAL.gb_main, error, aw_message);
141    free(sai_name);
142}
143
144static void map_SAI_to_scanner(AW_root *aw_root, DbScanner *scanner) {
145    GB_transaction  ta(GLOBAL.gb_main);
146    char           *sai_name = aw_root->awar(AWAR_SAI_NAME)->read_string();
147    GBDATA         *gb_sai   = GBT_find_SAI(GLOBAL.gb_main, sai_name);
148
149    map_db_scanner(scanner, gb_sai, CHANGE_KEY_PATH);
150    free(sai_name);
151}
152
153static void edit_SAI_description(AW_window *aww) {
154    AW_root  *awr      = aww->get_root();
155    char     *sai_name = awr->awar(AWAR_SAI_NAME)->read_string();
156    GB_ERROR  error    = 0;
157
158    if (!sai_name || !sai_name[0]) error = "No SAI selected";
159    else {
160        GBDATA *gb_ali = 0;
161        char   *type    = 0;
162        {
163            GB_transaction  ta(GLOBAL.gb_main);
164            GBDATA         *gb_sai = GBT_find_SAI(GLOBAL.gb_main, sai_name);
165
166            if (!gb_sai) error = GBS_global_string("SAI '%s' not found", sai_name);
167            else {
168                char *ali_name = GBT_get_default_alignment(GLOBAL.gb_main);
169
170                gb_ali = GB_entry(gb_sai, ali_name);
171                if (!gb_ali) error = GBS_global_string("SAI '%s' has no data in alignment '%s'", sai_name, ali_name);
172                else {
173                    GB_clear_error();
174                    type = GBT_read_string(gb_ali, "_TYPE");
175                    if (!type) {
176                        if (GB_have_error()) {
177                            error = GB_await_error();
178                        }
179                        else {
180                            type = strdup("");
181                        }
182                    }
183                }
184            }
185            error = ta.close(error);
186        }
187
188        if (!error) {
189            nt_assert(gb_ali);
190            char *new_type = aw_input("Change SAI description", type);
191            if (new_type) {
192                GB_transaction t2(GLOBAL.gb_main);
193
194                if (new_type[0]) {
195                    error = GBT_write_string(gb_ali, "_TYPE", new_type);
196                }
197                else { // empty description -> delete
198                    GBDATA *gb_type = GB_entry(gb_ali, "_TYPE");
199                    if (gb_type) error = GB_delete(gb_type);
200                }
201                error = t2.close(error);
202                free(new_type);
203            }
204        }
205
206        free(type);
207    }
208
209    if (error) aw_message(error);
210}
211
212static char *getExistingSAIgroups() {
213    // scan SAIs for existing groups.
214    // return a string of ';'-separated group names (or NULL)
215
216    GB_HASH       *groups = GBS_create_hash(GBT_get_SAI_count(GLOBAL.gb_main), GB_MIND_CASE);
217    GBS_strstruct *out    = GBS_stropen(1000);
218    int            count  = 0;
219    GB_transaction ta(GLOBAL.gb_main);
220
221    for (GBDATA *gb_sai = GBT_first_SAI(GLOBAL.gb_main); gb_sai; gb_sai = GBT_next_SAI(gb_sai)) {
222        const char *group = GBT_read_char_pntr(gb_sai, "sai_group");
223        if (group && !GBS_read_hash(groups, group)) {
224            GBS_strcat(out, group);
225            GBS_chrcat(out, ';');
226            GBS_write_hash(groups, group, 1);
227            count++;
228        }
229    }
230
231    char *result = 0;
232    if (count>0) {
233        GBS_str_cut_tail(out, 1); // truncate final ';'
234        result = GBS_strclose(out);
235    }
236    else {
237        GBS_strforget(out);
238    }
239    GBS_free_hash(groups);
240
241    return result;
242}
243
244static void assign_SAI_to_group(AW_window *aww) {
245    AW_root  *awr      = aww->get_root();
246    char     *sai_name = awr->awar(AWAR_SAI_NAME)->read_string();
247    GB_ERROR  error    = 0;
248
249    if (!sai_name || !sai_name[0]) error = "No SAI selected";
250    else {
251        GBDATA *gb_sai;
252        {
253            GB_transaction ta(GLOBAL.gb_main);
254            gb_sai = GBT_find_SAI(GLOBAL.gb_main, sai_name);
255        }
256
257        if (!gb_sai) error = GBS_global_string("SAI '%s' not found", sai_name);
258        else {
259            bool        has_group = true;
260            const char *group     = GBT_read_char_pntr(gb_sai, "sai_group");
261            if (!group) {
262                group     = "default_group";
263                has_group = false;
264            }
265
266            char *new_group;
267            {
268                char *existingGroups = getExistingSAIgroups();
269                if (existingGroups) {
270                    new_group = aw_string_selection("Assign SAI to group", "Enter group name:", group, existingGroups, NULL);
271                    free(existingGroups);
272                }
273                else {
274                    new_group = aw_input("Assign SAI to group", "Enter group name:", group);
275                }
276            }
277
278            if (new_group) {
279                GB_transaction t2(GLOBAL.gb_main);
280                if (new_group[0]) error = GBT_write_string(gb_sai, "sai_group", new_group);
281                else if (has_group) {
282                    GBDATA *gb_group = GB_entry(gb_sai, "sai_group");
283                    if (gb_group) error = GB_delete(gb_group);
284                }
285            }
286        }
287    }
288
289    if (error) aw_message(error);
290    free(sai_name);
291}
292
293AW_window *NT_create_extendeds_window(AW_root *aw_root)
294{
295    static AW_window_simple *aws = 0;
296
297    if (!aws) {
298        aws = new AW_window_simple;
299        aws->init(aw_root, "INFO_OF_SAI", "SAI INFORMATION");
300        aws->load_xfig("ad_ext.fig");
301
302        aws->callback((AW_CB0)AW_POPDOWN);
303        aws->at("close");
304        aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "C");
305
306        aws->callback(makeHelpCallback("ad_extended.hlp"));
307        aws->at("help");
308        aws->create_button("HELP", "HELP", "H");
309
310        aws->button_length(13);
311
312        aws->at("delete");
313        aws->callback(delete_SAI_cb);
314        aws->create_button("DELETE", "DELETE", "D");
315
316        aws->at("rename");
317        aws->callback(rename_SAI_cb);
318        aws->create_button("RENAME", "RENAME", "R");
319
320        aws->at("copy");
321        aws->callback(copy_SAI_cb);
322        aws->create_button("COPY", "COPY", "C");
323
324        aws->at("remark");
325        aws->callback(edit_SAI_description);
326        aws->create_button("EDIT_COMMENT", "EDIT COMMENT", "R");
327
328        aws->at("group");
329        aws->callback(assign_SAI_to_group);
330        aws->create_button("ASSIGN_GROUP", "ASSIGN GROUP", "R");
331
332        aws->at("makespec");
333        aws->callback(copy_SAI_to_species_cb);
334        aws->create_button("COPY_TO_SPECIES", "COPY TO\nSPECIES", "C");
335
336        aws->at("list");
337        awt_create_selection_list_on_sai(GLOBAL.gb_main, aws, AWAR_SAI_NAME, true);
338
339        DbScanner *scanner = create_db_scanner(GLOBAL.gb_main, aws, "info", 0, 0, 0, DB_SCANNER, 0, 0, 0, SPECIES_get_selector());
340        aws->get_root()->awar(AWAR_SAI_NAME)->add_callback(makeRootCallback(map_SAI_to_scanner, scanner));
341    }
342    aws->show();
343    return aws;
344}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.