source: tags/terminal-6.x/PARSIMONY/pars_main.hxx

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  • made global GLOBAL_PARS at least module-local
  • renamed PARS_global → ArbParsimony
    • made some functions members of ArbParsimony
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
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Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : pars_main.hxx                                     //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
7//   http://www.arb-home.de/                                       //
8//                                                                 //
9// =============================================================== //
10
11#ifndef PARS_MAIN_HXX
12#define PARS_MAIN_HXX
13
14#ifndef TREEDISPLAY_HXX
15#include <TreeDisplay.hxx>
16#endif
17
18#define MIN_SEQUENCE_LENGTH 20
19
20class AW_root;
21class AWT_graphic_tree;
22class WeightedFilter;
23class AP_tree_nlen;
24class arb_progress;
25
26class ArbParsimony {
27    AW_root          *awr;
28    AWT_graphic_tree *tree;
29
30public:
31    ArbParsimony(AW_root *awroot) : awr(awroot), tree(NULL) {}
32
33    AW_root *get_awroot() const { return awr; }
34    AWT_graphic_tree *get_tree() const { return tree; }
35
36    DEFINE_DOWNCAST_ACCESSORS(AP_tree_nlen, get_root_node, get_tree()->get_root_node());
37
38    void generate_tree(WeightedFilter *pars_weighted_filter);
39    void optimize_tree(AP_tree *tree, arb_progress& progress);
40    void kernighan_optimize_tree(AP_tree *at);
41};
42
43void PARS_map_viewer(GBDATA *gb_species, AD_MAP_VIEWER_TYPE vtype);
44
45#else
46#error pars_main.hxx included twice
47#endif // PARS_MAIN_HXX
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.