| 1 | // =============================================================== // |
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| 2 | // // |
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| 3 | // File : ap_main.hxx // |
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| 4 | // Purpose : // |
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| 5 | // // |
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| 6 | // Institute of Microbiology (Technical University Munich) // |
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| 7 | // http://www.arb-home.de/ // |
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| 8 | // // |
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| 9 | // =============================================================== // |
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| 10 | |
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| 11 | #ifndef AP_MAIN_HXX |
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| 12 | #define AP_MAIN_HXX |
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| 13 | |
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| 14 | #ifndef AP_BUFFER_HXX |
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| 15 | #include "AP_buffer.hxx" |
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| 16 | #endif |
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| 17 | #ifndef PARS_DTREE_HXX |
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| 18 | #include "pars_dtree.hxx" |
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| 19 | #endif |
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| 20 | |
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| 21 | #define AWAR_ALIGNMENT "tmp/pars/alignment" |
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| 22 | #define AWAR_FILTER_NAME "tmp/pars/filter/name" |
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| 23 | #define AWAR_FILTER_FILTER "tmp/pars/filter/filter" |
|---|
| 24 | #define AWAR_FILTER_ALIGNMENT "tmp/pars/filter/alignment" |
|---|
| 25 | #define AWAR_PARSIMONY "tmp/pars/parsimony" |
|---|
| 26 | #define AWAR_BEST_PARSIMONY "tmp/pars/best_parsimony" |
|---|
| 27 | #define AWAR_STACKPOINTER "tmp/pars/stackpointer" |
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| 28 | |
|---|
| 29 | #define AWAR_PARS_TYPE "pars/pars_type" |
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| 30 | |
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| 31 | enum PARS_pars_type { |
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| 32 | PARS_WAGNER, |
|---|
| 33 | PARS_TRANSVERSION |
|---|
| 34 | }; |
|---|
| 35 | |
|---|
| 36 | struct PARS_commands { |
|---|
| 37 | bool add_marked; |
|---|
| 38 | bool add_selected; |
|---|
| 39 | bool calc_branch_lengths; |
|---|
| 40 | bool calc_bootstrap; |
|---|
| 41 | bool quit; |
|---|
| 42 | |
|---|
| 43 | PARS_commands() |
|---|
| 44 | : add_marked(false) |
|---|
| 45 | , add_selected(false) |
|---|
| 46 | , calc_branch_lengths(false) |
|---|
| 47 | , calc_bootstrap(false) |
|---|
| 48 | , quit(false) |
|---|
| 49 | { |
|---|
| 50 | } |
|---|
| 51 | }; |
|---|
| 52 | |
|---|
| 53 | class AP_main : virtual Noncopyable { |
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| 54 | NodeStack *currFrame; |
|---|
| 55 | FrameStack frames; |
|---|
| 56 | Level frameLevel; |
|---|
| 57 | AWT_graphic_parsimony *agt; // provides access to tree! |
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| 58 | StackFrameData frameData; // saved/restored by push/pop |
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| 59 | GBDATA *gb_main; |
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| 60 | |
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| 61 | public: |
|---|
| 62 | AP_main() |
|---|
| 63 | : currFrame(NULL), |
|---|
| 64 | frameLevel(0), |
|---|
| 65 | agt(NULL), |
|---|
| 66 | gb_main(NULL) |
|---|
| 67 | {} |
|---|
| 68 | ~AP_main() { |
|---|
| 69 | if (gb_main) GB_close(gb_main); |
|---|
| 70 | delete currFrame; |
|---|
| 71 | } |
|---|
| 72 | |
|---|
| 73 | void set_tree_root(AWT_graphic_parsimony *agt_); |
|---|
| 74 | AWT_graphic_parsimony *get_graphic_tree() { return agt; } |
|---|
| 75 | AP_pars_root *get_tree_root() const { return agt->get_tree_root(); } |
|---|
| 76 | |
|---|
| 77 | DEFINE_DOWNCAST_ACCESSORS(AP_tree_nlen, get_root_node, agt->get_root_node()); |
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| 78 | |
|---|
| 79 | GBDATA *get_gb_main() const { |
|---|
| 80 | ap_assert(gb_main); // you need to call open() before you can use get_gb_main() |
|---|
| 81 | return gb_main; |
|---|
| 82 | } |
|---|
| 83 | const char *get_aliname() const; |
|---|
| 84 | Level get_user_push_counter() const { return frameData.user_push_counter; } |
|---|
| 85 | Level get_frameLevel() const { return frameLevel; } |
|---|
| 86 | |
|---|
| 87 | GB_ERROR open(const char *db_server); |
|---|
| 88 | |
|---|
| 89 | void push_node(AP_tree_nlen *node, AP_STACK_MODE); |
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| 90 | |
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| 91 | void user_push(); // @@@ -> user_remember |
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| 92 | void user_pop(); // @@@ -> user_revert |
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| 93 | // @@@ add user_accept |
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| 94 | |
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| 95 | void remember(); |
|---|
| 96 | void revert(); |
|---|
| 97 | void accept(); |
|---|
| 98 | |
|---|
| 99 | void accept_if(bool cond) { if (cond) accept(); else revert(); } |
|---|
| 100 | void revert_if(bool cond) { accept_if(!cond); } |
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| 101 | |
|---|
| 102 | #if defined(PROVIDE_PRINT) |
|---|
| 103 | void print(std::ostream& out); |
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| 104 | void print2file(const char *file_in_ARBHOME); |
|---|
| 105 | #endif |
|---|
| 106 | }; |
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| 107 | |
|---|
| 108 | extern AP_main *ap_main; // @@@ elim |
|---|
| 109 | |
|---|
| 110 | inline AP_tree_nlen *rootNode() { |
|---|
| 111 | return ap_main->get_root_node(); |
|---|
| 112 | } |
|---|
| 113 | |
|---|
| 114 | inline AP_tree_edge *rootEdge() { |
|---|
| 115 | return rootNode()->get_leftson()->edgeTo(rootNode()->get_rightson()); |
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| 116 | } |
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| 117 | |
|---|
| 118 | #else |
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| 119 | #error ap_main.hxx included twice |
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| 120 | #endif // AP_MAIN_HXX |
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