source: tags/testbuild/PARSIMONY/pars_main.hxx

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  • reintegrates 'addtest' into 'pars'
  • adds:
  • minor fixes after reintegrate
    • got more coverage in AP_main::clear()
    • unchecked combines in TEST_node_stack
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
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Line 
1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : pars_main.hxx                                     //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
7//   http://www.arb-home.de/                                       //
8//                                                                 //
9// =============================================================== //
10
11#ifndef PARS_MAIN_HXX
12#define PARS_MAIN_HXX
13
14#ifndef PARS_DTREE_HXX
15#include "pars_dtree.hxx"
16#endif
17
18#define MIN_SEQUENCE_LENGTH 20
19
20class WeightedFilter;
21class AP_tree_nlen;
22
23class ArbParsimony {
24    AWT_graphic_parsimony *tree;
25
26public:
27    ArbParsimony() : tree(NULL) {}
28
29    AWT_graphic_parsimony *get_tree() const { return tree; }
30
31    DEFINE_DOWNCAST_ACCESSORS(AP_tree_nlen, get_root_node, get_tree()->get_root_node());
32
33    void generate_tree(WeightedFilter *pars_weighted_filter);
34    void set_tree(AWT_graphic_parsimony *tree_);
35
36    void optimize_tree(AP_tree *tree, arb_progress& progress);
37    void kernighan_optimize_tree(AP_tree *at);
38};
39
40void PARS_map_viewer(GBDATA *gb_species, AD_MAP_VIEWER_TYPE vtype);
41
42#else
43#error pars_main.hxx included twice
44#endif // PARS_MAIN_HXX
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.