root/trunk/ARB_GDE/GDE_global.cxx

Revision 8607, 4.3 KB (checked in by westram, 5 weeks ago)

merge from e4fix [8135] [8136] [8137] [8138] [8139] [8140] [8141] [8142] [8143] [8144] [8222]
this revives the reverted patches [8129] [8130] [8131] [8132]

  • fixes
    • some free/delete mismatches
    • wrong definition of ORF objects (Level was no bit value)
    • amino consensus (failed for columns only containing 'C')
  • rename
    • AA_sequence_term -> orf_term
    • ED4_sequence_terminal_basic -> ED4_abstract_sequence_terminal
  • cleaned up hierarchy dumps
  • tweaked is_terminal()/to_terminal()
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
Line 
1// ================================================================ //
2//                                                                  //
3//   File      : GDE_global.cxx                                     //
4//   Purpose   : Global data for GDE interface                      //
5//                                                                  //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)        //
7//   http://www.arb-home.de/                                        //
8//                                                                  //
9// ================================================================ //
10
11#include "GDE_extglob.h"
12
13int  DataType;
14int  FileFormat;
15int  OVERWRITE    = FALSE;
16int  BlockInput   = FALSE;
17#ifdef SeeAlloc
18int  TotalCalloc  = 0;
19int  TotalRealloc = 0;
20#endif
21char FileName[80];
22
23// Months of the year
24const char *GDEmonth[] = {
25    "-JAN-", "-FEB-", "-MAR-", "-APR-", "-MAY-", "-JUN-",
26    "-JUL-", "-AUG-", "-SEP-", "-OCT-", "-NOV-", "-DEC-"
27};
28
29// Tables for DNA/RNA <--> ASCII translation
30int Default_RNA_Trans[128] = {
31    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'U', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // Upper
32    '.', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 'u', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // lower
33    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'U', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // Upper select
34    '.', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 'u', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // lwr select
35    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'U', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // extended
36    '~', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 'u', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // extended
37    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'U', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // extended
38    '~', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 'u', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // extended
39};
40
41int Default_DNA_Trans[128] = {
42    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'T', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // Upper
43    '.', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 't', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // lower
44    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'T', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // Upper select
45    '.', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 't', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // lwr select
46    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'T', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // extended
47    '~', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 't', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // extended
48    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V', 'T', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N', // extended
49    '~', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v', 't', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n', // extended
50};
51
52int Default_NA_RTrans[128] = {
53    0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
54    0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0x10, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
55    // Upper case alpha
56    0x01, 0xe, 0x02, 0x0d, 0, 0, 0x04, 0x0b, 0, 0, 0x0c, 0, 0x03, 0x0f, 0, 0, 0, 0x05, 0x06, 0x08,
57    0x08, 0x07, 0x09, 0x0f, 0xa, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
58    // Lower case alpha
59    0x11, 0x1e, 0x12, 0x1d, 0, 0, 0x14, 0x1b, 0, 0, 0x1c, 0, 0x13, 0x1f, 0, 0, 0, 0x15, 0x16, 0x18,
60    0x18, 0x17, 0x19, 0x1f, 0x1a, 0, 0, 0, 0, 0x10, 0
61};
62
63
64// Character->color lookup table
65
66int Default_NAColor_LKUP[128] = {
67    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
68    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
69    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
70    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
71    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
72    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
73    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13,
74    13, 3, 6, 13, 8, 13, 13, 13, 5, 13, 13, 13, 13, 13, 13, 13
75};
76
77int Default_PROColor_LKUP[128] = {
78    12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12,
79    12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12,
80    12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12,
81    12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12,
82    12, 2, 8, 3, 8, 8, 6, 2, 4, 5, 12, 4, 5, 5, 8, 12, 2,
83    8, 4, 2, 2, 12, 5, 6, 12, 6, 8, 12, 12, 12, 12, 12, 12,
84    2, 8, 3, 8, 8, 6, 2, 4, 5, 12, 4, 5, 5, 8, 12, 2,
85    8, 4, 2, 2, 12, 5, 6, 12, 6, 8, 12, 12, 12, 12, 12
86};
Note: See TracBrowser for help on using the browser.