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| 3 | */ |
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| 5 | #ifndef GDE_PROTO_H |
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| 6 | #define GDE_PROTO_H |
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| 8 | /* define ARB attributes: */ |
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| 9 | #ifndef ATTRIBUTES_H |
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| 10 | # include <attributes.h> |
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| 11 | #endif |
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| 14 | /* GDE.cxx */ |
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| 16 | #ifndef GDE_MENU_H |
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| 17 | #include "GDE_menu.h" |
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| 18 | #endif |
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| 20 | char *GDE_makeawarname(GmenuItem *gmenuitem, long i); |
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| 21 | char *GDE_maketmpawarname(GmenuItem *gmenuitem, long i); |
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| 22 | void GDE_load_menu(AW_window *awm, AW_active mask, const char *menulabel, const char *menuitemlabel); |
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| 23 | void GDE_create_var(AW_root *aw_root, AW_default aw_def, GBDATA *gb_main, GDE_get_sequences_cb get_sequences, gde_window_type window_type, AW_CL client_data); |
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| 25 | /* GDE_FileIO.cxx */ |
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| 26 | int MAX(int a, int b); |
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| 27 | void Regroup(NA_Alignment *alignment); |
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| 28 | void ErrorOut5(int code, const char *string); |
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| 29 | char *Calloc(int count, int size); |
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| 30 | char *Realloc(char *block, int size); |
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| 31 | void Cfree(char *block); |
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| 32 | void LoadData(char *filen); |
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| 33 | void AppendNA(NA_Base *buffer, int len, NA_Sequence *seq); |
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| 34 | void Ascii2NA(char *buffer, int len, int matrix[16]); |
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| 35 | int WriteNA_Flat(NA_Alignment *aln, char *filename, int method, int maskable); |
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| 36 | void Warning(const char *s); |
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| 37 | void InitNASeq(NA_Sequence *seq, int type); |
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| 38 | void ReadCMask(const char *filename); |
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| 39 | int WriteStatus(NA_Alignment *aln, char *filename); |
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| 40 | void NormalizeOffset(NA_Alignment *aln); |
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| 41 | int WriteCMask(NA_Alignment *aln, char *filename, int method, int maskable); |
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| 43 | /* GDE_Genbank.cxx */ |
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| 44 | void ReadGen(char *filename, NA_Alignment *dataset); |
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| 45 | int WriteGen(NA_Alignment *aln, char *filename, int method, int maskable); |
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| 46 | void SetTime(void *b); |
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| 48 | /* GDE_HGLfile.cxx */ |
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| 49 | void ReadGDE(char *filename, NA_Alignment *dataset); |
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| 50 | int WriteGDE(NA_Alignment *aln, char *filename, int method, int maskable); |
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| 51 | void SeqNorm(NA_Sequence *seq); |
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| 52 | char *uniqueID(void); |
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| 54 | /* GDE_ParseMenu.cxx */ |
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| 55 | void ParseMenu(void); |
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| 56 | int Find(const char *target, const char *key); |
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| 57 | int Find2(const char *target, const char *key); |
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| 58 | void Error(const char *msg) __ATTR__NORETURN; |
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| 59 | void crop(char *input, char *head, char *tail); |
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| 61 | /* GDE_arbdb_io.cxx */ |
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| 63 | #ifndef GDE_EXTGLOB_H |
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| 64 | #include "GDE_extglob.h" |
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| 65 | #endif |
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| 66 | |
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| 67 | void ReadArbdb_plain(char *, NA_Alignment *dataset, int dummy_1x); |
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| 68 | int ReadArbdb2(NA_Alignment *dataset, AP_filter *filter, GapCompression compress, bool cutoff_stop_codon); |
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| 69 | int ReadArbdb(NA_Alignment *dataset, bool marked, AP_filter *filter, GapCompression compress, bool cutoff_stop_codon); |
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| 70 | int getelem(NA_Sequence *a, int b); |
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| 71 | void putelem(NA_Sequence *a, int b, NA_Base c); |
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| 72 | |
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| 73 | /* GDE_event.cxx */ |
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| 74 | void GDE_startaction_cb(AW_window *aw, GmenuItem *gmenuitem, AW_CL dummy_1x); |
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| 76 | #else |
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| 77 | #error GDE_proto.h included twice |
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| 78 | #endif /* GDE_PROTO_H */ |
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