source: trunk/AWTC/AWTC_submission.cxx

Last change on this file was 19339, checked in by westram, 3 years ago
  • reintegrates 'refactor' into 'trunk'
    • eliminates old interface of GBS_strstruct
    • add a few new unittests (editor-config string + some PT-SERVER-functions)
  • adds: log:branches/refactor@19300:19338
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 9.4 KB
Line 
1// ================================================================ //
2//                                                                  //
3//   File      : AWTC_submission.cxx                                //
4//   Purpose   :                                                    //
5//                                                                  //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)        //
7//   http://www.arb-home.de/                                        //
8//                                                                  //
9// ================================================================ //
10
11#include <aw_window.hxx>
12#include <aw_awars.hxx>
13#include <aw_edit.hxx>
14#include <aw_root.hxx>
15#include <aw_msg.hxx>
16
17#include <arbdbt.h>
18#include <arb_strbuf.h>
19#include <arb_strarray.h>
20#include <gb_aci.h>
21
22#define awtc_assert(bed) arb_assert(bed)
23
24#define AWAR_SUBMIT_PARSER "tmp/submission/parser"
25#define AWAR_SUBMIT_PARSED "tmp/submission/parsed"
26
27#define AWAR_SUBMIT_SOURCE "submission/source"
28#define AWAR_SUBMIT_FILE   "submission/file"
29#define AWAR_SUBMIT_PRIVAT "submission/privat"
30
31void AWTC_create_submission_variables(AW_root *root, AW_default db1) {
32    root->awar_string(AWAR_SUBMIT_SOURCE, "",                         db1);
33    root->awar_string(AWAR_SUBMIT_PARSER, "press READ INFO",          db1);
34    root->awar_string(AWAR_SUBMIT_PARSED, "",                         db1);
35    root->awar_string(AWAR_SUBMIT_FILE,   "",                         db1);
36    root->awar_string(AWAR_SUBMIT_PRIVAT, "$(ADDRESS)=TUM Munich:\n", db1);
37}
38
39static void ed_calltexe_event(AW_window *aww, const char *varname) {
40    AW_edit(aww->get_root()->awar(varname)->read_char_pntr());
41}
42
43static AW_window *create_calltexe_window(AW_root *root, const char *varname) {
44    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
45    {
46        char *var_id    = GBS_string_2_key(varname);
47        char *window_id = GBS_global_string_copy("SUBM_TEXTEDIT_%s", var_id);
48        aws->init(root, window_id, "START TEXT EDITOR");
49        free(window_id);
50        free(var_id);
51    }
52
53    aws->load_xfig("calltexe.fig");
54    aws->label_length(18);
55    aws->button_length(8);
56
57    aws->at("close");
58    aws->callback(AW_POPDOWN);
59    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "O");
60
61    aws->at("file");
62    aws->create_input_field(varname, 34);
63
64    aws->at("edit");
65    aws->callback(makeWindowCallback(ed_calltexe_event, varname));
66    aws->create_button("EDIT", "EDIT", "E");
67
68    return aws;
69}
70
71static void ed_submit_info_event_rm(char *string) {
72    char *p = string;
73    int c;
74    while ((c=*p) != 0) {
75        if (c==':') *p = ';';
76        if (c=='=') *p = '-';
77        p++;
78    }
79}
80
81static void ed_submit_info_event(AW_window *aww, GBDATA *gb_main) {
82    AW_root *aw_root = aww->get_root();
83
84    GB_transaction  ta(gb_main);
85    char           *species_name = aw_root->awar(AWAR_SPECIES_NAME)->read_string();
86    GBDATA         *gb_species   = GBT_find_species(gb_main, species_name);
87    GBS_strstruct   strstruct(1000);
88
89    if (gb_species) {
90        for (GBDATA *gb_entry = GB_child(gb_species); gb_entry; gb_entry = GB_nextChild(gb_entry)) {
91            int type = GB_read_type(gb_entry);
92            switch (type) {
93                case GB_STRING:
94                case GB_INT:
95                case GB_BITS:
96                case GB_FLOAT: {
97                    char *key = GB_read_key(gb_entry);
98
99                    strstruct.cat("$(");
100                    strstruct.cat(key);
101                    strstruct.cat(")=");
102                    free(key);
103
104                    key = GB_read_as_string(gb_entry);
105                    ed_submit_info_event_rm(key);
106                    strstruct.cat(key);
107                    free(key);
108
109                    strstruct.cat(":\n");
110                    break;
111                }
112                default:
113                    break;
114            }
115        }
116
117        const char *srt_submit =
118            "*="
119            "$(SEQ_LEN)\\=*(|sequence|len(.-))\\:\n"
120            "$(SEQ_A)\\=*(|sequence|count(aA))\\:\n"
121            "$(SEQ_C)\\=*(|sequence|count(cC))\\:\n"
122            "$(SEQ_G)\\=*(|sequence|count(gG))\\:\n"
123            "$(SEQ_T)\\=*(|sequence|count(tT))\\:\n"
124            "$(SEQ_U)\\=*(|sequence|count(uU))\\:\n"
125            "$(SEQUENCE)\\=*(|sequence|remove(.-)|format_sequence(firsttab\\=12;tab\\=12;width\\=60;numleft;gap\\=10))\\:\n";
126
127        GBL_env       env(gb_main, NULp);
128        GBL_call_env  callEnv(gb_species, env);
129        char         *seq_info = GBS_string_eval_in_env(" ", srt_submit, callEnv);
130        if (seq_info) {
131            strstruct.cat(seq_info);
132            free(seq_info);
133        }
134        else {
135            aw_message(GB_await_error());
136        }
137    }
138    else {
139        strstruct.cat("Species not found");
140    }
141
142    char *parser = strstruct.release();
143    aw_root->awar(AWAR_SUBMIT_PARSER)->write_string(parser);
144
145    free(parser);
146    free(species_name);
147}
148
149static void ed_save_var_to_file(AW_window *aww, const char *data_var, const char *file_var) {
150    AW_root *aw_root   = aww->get_root();
151    char    *data      = aw_root->awar(data_var)->read_string();
152    char    *file_name = aw_root->awar(file_var)->read_string();
153    FILE    *out       = fopen(file_name, "w");
154
155    if (out) {
156        fprintf(out, "%s", data);
157        fclose(out);
158    }
159    else {
160        aw_message(GB_IO_error("saving info", file_name));
161    }
162    free(file_name);
163    free(data);
164}
165static void ed_submit_parse_event(AW_window *aww) {
166    AW_root *aw_root = aww->get_root();
167    char *parser = aw_root->awar(AWAR_SUBMIT_PARSER)->read_string();
168    char    *dest;
169    char    *dest2;
170    char    *privat;
171    char    *p, *d;
172    int c;
173
174    for (d = p = parser; *p; p++) {
175        if ((c=*p)==':') {
176            if (p[1] == '\n') p++; // skip newline
177        }
178        *(d++) = c;
179    }
180    *d = 0;
181    char *sub_file = aw_root->awar(AWAR_SUBMIT_SOURCE)->read_string();
182    char *source = GB_read_file(sub_file);
183    if (source) {
184        dest = GBS_string_eval(source, parser);
185        if (!dest) dest = ARB_strdup(GB_await_error());
186    }
187    else {
188        dest = GBS_global_string_copy("submission form not found\n(Reason: %s)", GB_await_error());
189    }
190
191    awtc_assert(dest); // should contain partly filled form or error message
192
193    privat = aw_root->awar(AWAR_SUBMIT_PRIVAT)->read_string();
194    for (d = p = privat; *p; p++) {
195        if ((c=*p)==':') {
196            if (p[1] == '\n') p++; // skip newline
197        }
198        *(d++) = c;
199    }
200    *d = 0;
201
202    dest2             = GBS_string_eval(dest, privat);
203    if (!dest2) dest2 = ARB_strdup(GB_await_error());
204
205    aw_root->awar(AWAR_SUBMIT_PARSED)->write_string(dest2);
206
207    free(dest);
208    free(dest2);
209    free(privat);
210    free(source);
211    free (sub_file);
212    free(parser);
213}
214
215static void ed_submit_gen_event(AW_window *aww) {
216    AW_root *aw_root = aww->get_root();
217    char buffer[256];
218    char *name = aw_root->awar(AWAR_SPECIES_NAME)->read_string();
219    sprintf(buffer, "%s.submit", name);
220    free(name);
221    aw_root->awar(AWAR_SUBMIT_FILE)->write_string(buffer);
222}
223
224
225AW_window *AWTC_create_submission_window(AW_root *root, GBDATA *gb_main) {
226    AW_window_simple *aws = new AW_window_simple;
227    aws->init(root, "SUBMISSION", "SUBMISSION");
228
229    aws->load_xfig("submiss.fig");
230    aws->label_length(18);
231    aws->button_length(8);
232
233    aws->at("close");
234    aws->callback(AW_POPDOWN);
235    aws->create_button("CLOSE", "CLOSE", "O");
236
237    aws->callback(makeHelpCallback("submission.hlp"));
238    aws->at("help");
239    aws->create_button("HELP", "HELP", "H");
240
241    aws->button_length(15);
242
243    aws->at("privat");
244    aws->create_text_field(AWAR_SUBMIT_PRIVAT, 80, 5);
245
246    aws->at("parsed_info");
247    aws->create_text_field(AWAR_SUBMIT_PARSER, 80, 6);
248
249    aws->at("parsed");
250    aws->create_text_field(AWAR_SUBMIT_PARSED, 80, 13);
251
252    aws->at("species");
253    aws->label("Species Name:");
254    aws->create_input_field(AWAR_SPECIES_NAME, 12);
255
256    aws->at("submission");
257    {
258        StrArray submits;
259        GBS_read_dir(submits, GB_path_in_ARBLIB("submit"), NULp);
260
261        if (!submits.empty()) {
262            aws->label("Select a Form");
263            aws->create_option_menu(AWAR_SUBMIT_SOURCE);
264            for (int i = 0; submits[i]; ++i) {
265                aws->insert_option(submits[i], "", submits[i]);
266            }
267            aws->insert_default_option("default", "d", "default");
268            aws->update_option_menu();
269        }
270    }
271
272    aws->at("gen");
273    aws->label("Gen File Name");
274    aws->callback(ed_submit_gen_event);
275    aws->create_button("GEN_FILE_NAME", "CREATE NAME", "C");
276
277    aws->at("file");
278    aws->label("or enter");
279    aws->create_input_field(AWAR_SUBMIT_FILE, 30);
280
281    aws->at("info");
282    aws->callback(makeWindowCallback(ed_submit_info_event, gb_main));
283    aws->create_button("READ_INFO", "READ INFO", "R");
284
285    aws->at("parse");
286    aws->callback(ed_submit_parse_event);
287    aws->create_button("FILL_OUT_FORM", "FILL THE FORM", "F");
288
289    aws->at("write");
290    aws->callback(makeWindowCallback(ed_save_var_to_file, AWAR_SUBMIT_PARSED, AWAR_SUBMIT_FILE));
291    aws->create_button("SAVE", "SAVE TO FILE", "S");
292
293    aws->button_length(20);
294    aws->at("edit");
295    aws->callback(makeCreateWindowCallback(create_calltexe_window, AWAR_SUBMIT_SOURCE));
296    aws->create_button("EDIT_FORM", "EDIT FORM", "R");
297
298    aws->at("editresult");
299    aws->callback(makeCreateWindowCallback(create_calltexe_window, AWAR_SUBMIT_FILE));
300    aws->create_button("EDIT_SAVED", "EDIT SAVED", "S");
301
302    aws->at("privatlabel");
303    aws->create_button(NULp, "Your private data");
304
305    return aws;
306}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.