| 1 | #include <stdio.h> |
|---|
| 2 | #include <string.h> |
|---|
| 3 | #include <stdlib.h> |
|---|
| 4 | #include "clustalv.h" |
|---|
| 5 | |
|---|
| 6 | /* |
|---|
| 7 | * Prototypes |
|---|
| 8 | */ |
|---|
| 9 | |
|---|
| 10 | extern Boolean read_tree(int *,double *,int *,int *,int *); |
|---|
| 11 | extern void *ckalloc(size_t); |
|---|
| 12 | |
|---|
| 13 | void init_myers(void); |
|---|
| 14 | void myers(int); |
|---|
| 15 | |
|---|
| 16 | static void group_gap(int,int,char *); |
|---|
| 17 | static void add_ggaps(void); |
|---|
| 18 | static void add(int); |
|---|
| 19 | static int calc_weight(int,int,int,int); |
|---|
| 20 | static void fill_pam(void); |
|---|
| 21 | static int diff(int,int,int,int,int,int); |
|---|
| 22 | static void do_align(int,int *); |
|---|
| 23 | static int *alist; |
|---|
| 24 | static int ** naa1,**naa2,**naas; |
|---|
| 25 | |
|---|
| 26 | /* |
|---|
| 27 | * Global variables |
|---|
| 28 | */ |
|---|
| 29 | |
|---|
| 30 | extern int nseqs, next, profile1_nseqs; /* DES */ |
|---|
| 31 | extern int *seqlen_array; |
|---|
| 32 | extern char **seq_array; |
|---|
| 33 | extern int pamo[]; |
|---|
| 34 | extern Boolean dnaflag,percent; |
|---|
| 35 | extern int xover,big_pam; |
|---|
| 36 | extern int nblocks; |
|---|
| 37 | extern FILE *clustal_outfile,*tree; |
|---|
| 38 | extern char treename[],seqname[],mtrxnam[],**names; |
|---|
| 39 | extern char *matptr,idmat[],pam100mt[],pam250mt[]; |
|---|
| 40 | extern int ktup,wind_gap,window; |
|---|
| 41 | extern int signif; |
|---|
| 42 | |
|---|
| 43 | |
|---|
| 44 | int gap_open, gap_extend; |
|---|
| 45 | int dna_gap_open, dna_gap_extend; |
|---|
| 46 | int prot_gap_open, prot_gap_extend; |
|---|
| 47 | |
|---|
| 48 | Boolean is_weight; |
|---|
| 49 | |
|---|
| 50 | extern int *zza,*zzb,*zzc,*zzd; /* allocated in show_pair.c */ |
|---|
| 51 | static int *group; |
|---|
| 52 | static int print_ptr,last_print,pos1,pos2; |
|---|
| 53 | extern int * displ; /* allocated in show_pair.c */ |
|---|
| 54 | static int pam[21][21]; |
|---|
| 55 | int weights[21][21]; |
|---|
| 56 | static int *fst_list,*snd_list; |
|---|
| 57 | |
|---|
| 58 | #define gap(x) ((x) <= 0 ? 0 : gap_open + gap_extend * (x)) |
|---|
| 59 | |
|---|
| 60 | void init_myers() |
|---|
| 61 | { |
|---|
| 62 | register int i; |
|---|
| 63 | |
|---|
| 64 | group = (int *)ckalloc( (MAXN+1) * sizeof (int)); |
|---|
| 65 | |
|---|
| 66 | alist = (int *)ckalloc( (MAXN+1) * sizeof (int)); |
|---|
| 67 | fst_list = (int *)ckalloc( (MAXN+1) * sizeof (int)); |
|---|
| 68 | snd_list = (int *)ckalloc( (MAXN+1) * sizeof (int)); |
|---|
| 69 | |
|---|
| 70 | naa1 = (int **)ckalloc(21 * sizeof (int *) ); |
|---|
| 71 | for(i=0;i<21;i++) |
|---|
| 72 | naa1[i]=(int *)ckalloc( (MAXLEN+1)*sizeof (int)); |
|---|
| 73 | naa2 = (int **)ckalloc(21 * sizeof (int *) ); |
|---|
| 74 | for(i=0;i<21;i++) |
|---|
| 75 | naa2[i]=(int *)ckalloc( (MAXLEN+1)*sizeof (int)); |
|---|
| 76 | naas = (int **)ckalloc(21 * sizeof (int *) ); |
|---|
| 77 | for(i=0;i<21;i++) |
|---|
| 78 | naas[i]=(int *)ckalloc( (MAXLEN+1)*sizeof (int)); |
|---|
| 79 | |
|---|
| 80 | dna_gap_open = 10; /* Default gap penalties for DNA */ |
|---|
| 81 | dna_gap_extend = 10; |
|---|
| 82 | |
|---|
| 83 | prot_gap_open = 10; /* Default gap penalties for protein */ |
|---|
| 84 | prot_gap_extend = 10; |
|---|
| 85 | |
|---|
| 86 | is_weight = TRUE; |
|---|
| 87 | } |
|---|
| 88 | |
|---|
| 89 | |
|---|
| 90 | |
|---|
| 91 | static void group_gap(int len,int sclass,char *seq) |
|---|
| 92 | { |
|---|
| 93 | int i,j,k,xtra; |
|---|
| 94 | |
|---|
| 95 | for(i=1;i<=nseqs;++i) |
|---|
| 96 | if(group[i] == sclass) { |
|---|
| 97 | xtra = len - seqlen_array[i]; |
|---|
| 98 | if(xtra>0) |
|---|
| 99 | for(j=1;j<=xtra;++j) |
|---|
| 100 | seq_array[i][seqlen_array[i]+j] = -1; |
|---|
| 101 | for(j=1;j<=len;++j) |
|---|
| 102 | if(seq[j] == '-') { |
|---|
| 103 | for(k=len;k>=j+1;--k) |
|---|
| 104 | seq_array[i][k] = seq_array[i][k-1]; |
|---|
| 105 | seq_array[i][j] = -1; |
|---|
| 106 | } |
|---|
| 107 | seqlen_array[i] = len; |
|---|
| 108 | } |
|---|
| 109 | } |
|---|
| 110 | |
|---|
| 111 | |
|---|
| 112 | static void add_ggaps() |
|---|
| 113 | { |
|---|
| 114 | int i,j,k,pos,to_do,len; |
|---|
| 115 | char str1[MAXLEN+1],str2[MAXLEN+1]; |
|---|
| 116 | |
|---|
| 117 | pos=1; |
|---|
| 118 | to_do=print_ptr-1; |
|---|
| 119 | |
|---|
| 120 | for(i=1;i<=to_do;++i) { |
|---|
| 121 | if(displ[i]==0) { |
|---|
| 122 | str1[pos]=str2[pos]='*'; |
|---|
| 123 | ++pos; |
|---|
| 124 | } |
|---|
| 125 | else { |
|---|
| 126 | if((k=displ[i])>0) { |
|---|
| 127 | for(j=0;j<=k-1;++j) { |
|---|
| 128 | str2[pos+j]='*'; |
|---|
| 129 | str1[pos+j]='-'; |
|---|
| 130 | } |
|---|
| 131 | pos += k; |
|---|
| 132 | } |
|---|
| 133 | else { |
|---|
| 134 | k = (displ[i]<0) ? displ[i] * -1 : displ[i]; |
|---|
| 135 | for(j=0;j<=k-1;++j) { |
|---|
| 136 | str1[pos+j]='*'; |
|---|
| 137 | str2[pos+j]='-'; |
|---|
| 138 | } |
|---|
| 139 | pos += k; |
|---|
| 140 | } |
|---|
| 141 | } |
|---|
| 142 | } |
|---|
| 143 | |
|---|
| 144 | len = --pos; |
|---|
| 145 | group_gap(len,1,str1); |
|---|
| 146 | group_gap(len,2,str2); |
|---|
| 147 | } |
|---|
| 148 | |
|---|
| 149 | |
|---|
| 150 | static void add(int v) |
|---|
| 151 | { |
|---|
| 152 | |
|---|
| 153 | if(last_print<0) { |
|---|
| 154 | displ[print_ptr-1] = v; |
|---|
| 155 | displ[print_ptr++] = last_print; |
|---|
| 156 | } |
|---|
| 157 | else |
|---|
| 158 | last_print = displ[print_ptr++] = v; |
|---|
| 159 | } |
|---|
| 160 | |
|---|
| 161 | |
|---|
| 162 | static int calc_weight(int iat,int jat,int v1,int v2) |
|---|
| 163 | { |
|---|
| 164 | int sum,i,j,lookn,ret; |
|---|
| 165 | int ipos,jpos; |
|---|
| 166 | |
|---|
| 167 | sum=lookn=0; |
|---|
| 168 | ipos = v1 + iat -1; |
|---|
| 169 | jpos = v2 + jat -1; |
|---|
| 170 | |
|---|
| 171 | ret=0; |
|---|
| 172 | if(pos1>=pos2) { |
|---|
| 173 | for(i=1;i<=pos2;++i) { |
|---|
| 174 | j=seq_array[alist[i]][jpos]; |
|---|
| 175 | if(j>0) { |
|---|
| 176 | sum += naas[j][ipos]; |
|---|
| 177 | ++lookn; |
|---|
| 178 | } |
|---|
| 179 | } |
|---|
| 180 | } |
|---|
| 181 | else { |
|---|
| 182 | for(i=1;i<=pos1;++i) { |
|---|
| 183 | j=seq_array[alist[i]][ipos]; |
|---|
| 184 | if(j>0) { |
|---|
| 185 | sum += naas[j][jpos]; |
|---|
| 186 | ++lookn; |
|---|
| 187 | } |
|---|
| 188 | } |
|---|
| 189 | } |
|---|
| 190 | |
|---|
| 191 | if(sum > 0 ) ret = sum / lookn; |
|---|
| 192 | return ret; |
|---|
| 193 | } |
|---|
| 194 | |
|---|
| 195 | |
|---|
| 196 | static void fill_pam() |
|---|
| 197 | { |
|---|
| 198 | register int i,j,pos; |
|---|
| 199 | |
|---|
| 200 | pos=0; |
|---|
| 201 | |
|---|
| 202 | for(i=0;i<20;++i) |
|---|
| 203 | for(j=0;j<=i;++j) |
|---|
| 204 | pam[i][j]=pamo[pos++]; |
|---|
| 205 | |
|---|
| 206 | for(i=0;i<20;++i) |
|---|
| 207 | for(j=0;j<=i;++j) |
|---|
| 208 | pam[j][i]=pam[i][j]; |
|---|
| 209 | |
|---|
| 210 | if(dnaflag) { |
|---|
| 211 | xover=4; |
|---|
| 212 | big_pam=8; |
|---|
| 213 | for(i=0;i<5;++i) |
|---|
| 214 | for(j=0;j<5;++j) { |
|---|
| 215 | if(i==j) |
|---|
| 216 | weights[i][j]=0; |
|---|
| 217 | else |
|---|
| 218 | weights[j][i]=10; |
|---|
| 219 | } |
|---|
| 220 | if(is_weight) { |
|---|
| 221 | weights[1][3]=4; |
|---|
| 222 | weights[3][1]=4; |
|---|
| 223 | weights[2][4]=4; |
|---|
| 224 | weights[4][2]=4; |
|---|
| 225 | } |
|---|
| 226 | } |
|---|
| 227 | else { |
|---|
| 228 | /* |
|---|
| 229 | fprintf(stdout,"\nxover = %d; big_pam = %d\n",xover,big_pam); |
|---|
| 230 | */ |
|---|
| 231 | for(i=1;i<21;++i) |
|---|
| 232 | for(j=1;j<21;++j) { |
|---|
| 233 | weights[i][j] = big_pam - pam[i-1][j-1]; |
|---|
| 234 | /* |
|---|
| 235 | fprintf(stdout,"\n%2d vs %2d: %5d",i,j,weights[i][j]); |
|---|
| 236 | */ |
|---|
| 237 | } |
|---|
| 238 | for(i=0;i<21;++i) { |
|---|
| 239 | weights[0][i] = xover; |
|---|
| 240 | weights[i][0] = xover; |
|---|
| 241 | } |
|---|
| 242 | } |
|---|
| 243 | } |
|---|
| 244 | |
|---|
| 245 | static int diff(int v1,int v2,int v3,int v4,int st,int en) |
|---|
| 246 | { |
|---|
| 247 | int ctrc,ctri,ctrj,i,j,k,l,m,n,p,q,flag; |
|---|
| 248 | |
|---|
| 249 | q = gap_open + gap_extend; |
|---|
| 250 | |
|---|
| 251 | if(v4<=0) { |
|---|
| 252 | if(v3>0) { |
|---|
| 253 | if(last_print<0) |
|---|
| 254 | last_print = displ[print_ptr-1] -= v3; |
|---|
| 255 | else |
|---|
| 256 | last_print = displ[print_ptr++] = -(v3); |
|---|
| 257 | } |
|---|
| 258 | |
|---|
| 259 | return gap(v3); |
|---|
| 260 | } |
|---|
| 261 | |
|---|
| 262 | if(v3<=1) { |
|---|
| 263 | if(v3<=0) { |
|---|
| 264 | add(v4); |
|---|
| 265 | return gap(v4); |
|---|
| 266 | } |
|---|
| 267 | if(st>en) |
|---|
| 268 | st=en; |
|---|
| 269 | |
|---|
| 270 | /***************if(!v4)*********BUG********************************/ |
|---|
| 271 | |
|---|
| 272 | ctrc = (st+gap_extend) + gap(v4); |
|---|
| 273 | ctrj = 0; |
|---|
| 274 | for(j=1;j<=v4;++j) { |
|---|
| 275 | k = calc_weight(1,j,v1,v2) + gap(v4-j) + gap(j-1); |
|---|
| 276 | if(k<ctrc) { |
|---|
| 277 | ctrc = k; |
|---|
| 278 | ctrj = j; |
|---|
| 279 | } |
|---|
| 280 | } |
|---|
| 281 | |
|---|
| 282 | if(!ctrj) { |
|---|
| 283 | add(v4); |
|---|
| 284 | if(last_print<0) |
|---|
| 285 | last_print = displ[print_ptr-1] -= 1; |
|---|
| 286 | else |
|---|
| 287 | last_print = displ[print_ptr++] = -1; |
|---|
| 288 | } |
|---|
| 289 | else { |
|---|
| 290 | if(ctrj>1) |
|---|
| 291 | add(ctrj-1); |
|---|
| 292 | displ[print_ptr++] = last_print = 0; |
|---|
| 293 | if(ctrj<v4) |
|---|
| 294 | add(v4-ctrj); |
|---|
| 295 | } |
|---|
| 296 | return ctrc; |
|---|
| 297 | } |
|---|
| 298 | |
|---|
| 299 | |
|---|
| 300 | ctri = v3 / 2; |
|---|
| 301 | zza[0] = 0; |
|---|
| 302 | p = gap_open; |
|---|
| 303 | for(j=1;j<=v4;++j) { |
|---|
| 304 | p += gap_extend; |
|---|
| 305 | zza[j] = p; |
|---|
| 306 | zzb[j] = p + gap_open; |
|---|
| 307 | } |
|---|
| 308 | |
|---|
| 309 | p=st; |
|---|
| 310 | for(i=1;i<=ctri;++i) { |
|---|
| 311 | n=zza[0]; |
|---|
| 312 | p += gap_extend; |
|---|
| 313 | k = p; |
|---|
| 314 | zza[0]=k; |
|---|
| 315 | l = p+gap_open; |
|---|
| 316 | for(j=1;j<=v4;++j) { |
|---|
| 317 | k += q; |
|---|
| 318 | l += gap_extend; |
|---|
| 319 | if(k<l) |
|---|
| 320 | l=k; |
|---|
| 321 | k = zza[j] + q; |
|---|
| 322 | m = zzb[j] + gap_extend; |
|---|
| 323 | if(k<m) |
|---|
| 324 | m=k; |
|---|
| 325 | k = n + calc_weight(i,j,v1,v2); |
|---|
| 326 | if(l<k) |
|---|
| 327 | k=l; |
|---|
| 328 | if(m<k) |
|---|
| 329 | k=m; |
|---|
| 330 | n=zza[j]; |
|---|
| 331 | zza[j]=k; |
|---|
| 332 | zzb[j]=m; |
|---|
| 333 | } |
|---|
| 334 | } |
|---|
| 335 | |
|---|
| 336 | zzb[0]=zza[0]; |
|---|
| 337 | zzc[v4]=0; |
|---|
| 338 | p=gap_open; |
|---|
| 339 | for(j=v4-1;j>-1;--j) { |
|---|
| 340 | p += gap_extend; |
|---|
| 341 | zzc[j]=p; |
|---|
| 342 | zzd[j]=p+gap_open; |
|---|
| 343 | } |
|---|
| 344 | p=en; |
|---|
| 345 | for(i=v3-1;i>=ctri;--i) { |
|---|
| 346 | n=zzc[v4]; |
|---|
| 347 | p += gap_extend; |
|---|
| 348 | k = p; |
|---|
| 349 | zzc[v4] = k; |
|---|
| 350 | l = p+gap_open; |
|---|
| 351 | for(j=v4-1;j>=0;--j) { |
|---|
| 352 | k += q; |
|---|
| 353 | l += gap_extend; |
|---|
| 354 | if(k<l) |
|---|
| 355 | l=k; |
|---|
| 356 | k = zzc[j] + q; |
|---|
| 357 | m = zzd[j] + gap_extend; |
|---|
| 358 | if(k<m) |
|---|
| 359 | m=k; |
|---|
| 360 | k = n + calc_weight(i+1,j+1,v1,v2); |
|---|
| 361 | if(l<k) |
|---|
| 362 | k=l; |
|---|
| 363 | if(m<k) |
|---|
| 364 | k=m; |
|---|
| 365 | n=zzc[j]; |
|---|
| 366 | zzc[j]=k; |
|---|
| 367 | zzd[j]=m; |
|---|
| 368 | } |
|---|
| 369 | } |
|---|
| 370 | |
|---|
| 371 | zzd[v4]=zzc[v4]; |
|---|
| 372 | ctrc=zza[0]+zzc[0]; |
|---|
| 373 | ctrj=0; |
|---|
| 374 | flag=1; |
|---|
| 375 | for(j=0;j<=v4;++j) { |
|---|
| 376 | k = zza[j] + zzc[j]; |
|---|
| 377 | if(k<=ctrc) |
|---|
| 378 | if(k<ctrc || ((zza[j]!=zzb[j]) && (zzc[j]==zzd[j]))) { |
|---|
| 379 | ctrc=k; |
|---|
| 380 | ctrj=j; |
|---|
| 381 | } |
|---|
| 382 | } |
|---|
| 383 | |
|---|
| 384 | for(j=v4;j>=0;--j) { |
|---|
| 385 | k = zzb[j] + zzd[j] - gap_open; |
|---|
| 386 | if(k<ctrc) { |
|---|
| 387 | ctrc=k; |
|---|
| 388 | ctrj=j; |
|---|
| 389 | flag=2; |
|---|
| 390 | } |
|---|
| 391 | } |
|---|
| 392 | |
|---|
| 393 | /* Conquer recursively around midpoint */ |
|---|
| 394 | |
|---|
| 395 | if(flag==1) { /* Type 1 gaps */ |
|---|
| 396 | diff(v1,v2,ctri,ctrj,st,gap_open); |
|---|
| 397 | diff(v1+ctri,v2+ctrj,v3-ctri,v4-ctrj,gap_open,en); |
|---|
| 398 | } |
|---|
| 399 | else { |
|---|
| 400 | diff(v1,v2,ctri-1,ctrj,st,0); |
|---|
| 401 | if(last_print<0) /* Delete 2 */ |
|---|
| 402 | last_print = displ[print_ptr-1] -= 2; |
|---|
| 403 | else |
|---|
| 404 | last_print = displ[print_ptr++] = -2; |
|---|
| 405 | diff(v1+ctri+1,v2+ctrj,v3-ctri-1,v4-ctrj,0,en); |
|---|
| 406 | } |
|---|
| 407 | return ctrc; /* Return the score of the best alignment */ |
|---|
| 408 | } |
|---|
| 409 | |
|---|
| 410 | |
|---|
| 411 | |
|---|
| 412 | |
|---|
| 413 | |
|---|
| 414 | |
|---|
| 415 | static void do_align(int v1,int *score) |
|---|
| 416 | { |
|---|
| 417 | int i,j,k,l1,l2,n; |
|---|
| 418 | int t_arr[21]; |
|---|
| 419 | |
|---|
| 420 | l1=l2=pos1=pos2=0; |
|---|
| 421 | |
|---|
| 422 | for(i=1;i<=MAXLEN;++i) { |
|---|
| 423 | for(j=0;j<21;++j) |
|---|
| 424 | naa1[j][i]=naa2[j][i]=0; |
|---|
| 425 | for(j=1;j<21;++j) |
|---|
| 426 | naas[j][i]=0; |
|---|
| 427 | } |
|---|
| 428 | |
|---|
| 429 | for(i=1;i<=nseqs;++i) { |
|---|
| 430 | if(group[i]==1) { |
|---|
| 431 | fst_list[++pos1]=i; |
|---|
| 432 | for(j=1;j<=seqlen_array[i];++j) |
|---|
| 433 | if(seq_array[i][j]>0) { |
|---|
| 434 | ++naa1[seq_array[i][j]][j]; |
|---|
| 435 | ++naa1[0][j]; |
|---|
| 436 | } |
|---|
| 437 | if(seqlen_array[i]>l1) |
|---|
| 438 | l1=seqlen_array[i]; |
|---|
| 439 | } |
|---|
| 440 | else if(group[i]==2) { |
|---|
| 441 | snd_list[++pos2]=i; |
|---|
| 442 | for(j=1;j<=seqlen_array[i];++j) |
|---|
| 443 | if(seq_array[i][j]>0) { |
|---|
| 444 | ++naa2[seq_array[i][j]][j]; |
|---|
| 445 | ++naa2[0][j]; |
|---|
| 446 | } |
|---|
| 447 | if(seqlen_array[i]>l2) l2=seqlen_array[i]; |
|---|
| 448 | } |
|---|
| 449 | } |
|---|
| 450 | |
|---|
| 451 | if(pos1>=pos2) { |
|---|
| 452 | for(i=1;i<=pos2;++i) |
|---|
| 453 | alist[i]=snd_list[i]; |
|---|
| 454 | for(n=1;n<=l1;++n) { |
|---|
| 455 | for(i=1;i<21;++i) |
|---|
| 456 | t_arr[i]=0; |
|---|
| 457 | for(i=1;i<21;++i) |
|---|
| 458 | if(naa1[i][n]>0) |
|---|
| 459 | for(j=1;j<21;++j) |
|---|
| 460 | t_arr[j] += (weights[i][j]*naa1[i][n]); |
|---|
| 461 | k = naa1[0][n]; |
|---|
| 462 | if(k>0) |
|---|
| 463 | for(i=1;i<21;++i) |
|---|
| 464 | naas[i][n]=t_arr[i]/k; |
|---|
| 465 | } |
|---|
| 466 | } |
|---|
| 467 | else { |
|---|
| 468 | for(i=1;i<=pos1;++i) |
|---|
| 469 | alist[i]=fst_list[i]; |
|---|
| 470 | for(n=1;n<=l2;++n) { |
|---|
| 471 | for(i=1;i<21;++i) |
|---|
| 472 | t_arr[i]=0; |
|---|
| 473 | for(i=1;i<21;++i) |
|---|
| 474 | if(naa2[i][n]>0) |
|---|
| 475 | for(j=1;j<21;++j) |
|---|
| 476 | t_arr[j] += (weights[i][j]*naa2[i][n]); |
|---|
| 477 | k = naa2[0][n]; |
|---|
| 478 | if(k>0) |
|---|
| 479 | for(i=1;i<21;++i) |
|---|
| 480 | naas[i][n]=t_arr[i]/k; |
|---|
| 481 | } |
|---|
| 482 | } |
|---|
| 483 | |
|---|
| 484 | *score=diff(1,1,l1,l2,v1,v1); /* Myers and Miller alignment now */ |
|---|
| 485 | } |
|---|
| 486 | |
|---|
| 487 | |
|---|
| 488 | void myers(int align_type) /* align_type = 0 for full progressive alignment*/ |
|---|
| 489 | /* align_type = 1 for a profile alignment */ |
|---|
| 490 | { |
|---|
| 491 | /* static char *nbases = "XACGT"; |
|---|
| 492 | static char seq1[MAXLEN+1]; */ |
|---|
| 493 | char temp[MAXLINE]; |
|---|
| 494 | int i,set; |
|---|
| 495 | int sets,entries,idummy,score; |
|---|
| 496 | double dummy; |
|---|
| 497 | |
|---|
| 498 | nblocks=0; |
|---|
| 499 | |
|---|
| 500 | fprintf(stdout,"\nStart of Multiple Alignment\n"); |
|---|
| 501 | |
|---|
| 502 | fill_pam(); |
|---|
| 503 | |
|---|
| 504 | if(align_type == 0) { /* a full progressive alignment */ |
|---|
| 505 | sets=0; |
|---|
| 506 | tree=fopen(treename,"r"); |
|---|
| 507 | while(fgets(temp,MAXLINE,tree)!=NULL) ++sets; |
|---|
| 508 | fseek(tree,0,0); |
|---|
| 509 | fprintf(stdout,"There are %d sets\n",sets); |
|---|
| 510 | } |
|---|
| 511 | else /* just one set (a profile alignment) */ |
|---|
| 512 | sets = 1; |
|---|
| 513 | |
|---|
| 514 | fprintf(stdout,"Aligning...\n"); |
|---|
| 515 | |
|---|
| 516 | for(set=1;set<=sets;++set) { |
|---|
| 517 | if(align_type == 0) |
|---|
| 518 | read_tree(&entries,&dummy,&idummy,&idummy,group); |
|---|
| 519 | else { |
|---|
| 520 | for(i=1; i<=profile1_nseqs; ++i) |
|---|
| 521 | group[i] = 1; |
|---|
| 522 | for(i=profile1_nseqs+1; i<=nseqs; ++i) |
|---|
| 523 | group[i] = 2; |
|---|
| 524 | entries = nseqs; |
|---|
| 525 | } |
|---|
| 526 | last_print=0; |
|---|
| 527 | print_ptr=1; |
|---|
| 528 | do_align(gap_open,&score); |
|---|
| 529 | fprintf(stdout,"Set %d: Entries:%d Score:%d\n",set,entries,score); |
|---|
| 530 | add_ggaps(); |
|---|
| 531 | } |
|---|
| 532 | if(align_type == 0) fclose(tree); |
|---|
| 533 | |
|---|
| 534 | /* make the rest (output stuff) into routine clustal_out in file amenu.c */ |
|---|
| 535 | |
|---|
| 536 | } |
|---|
| 537 | |
|---|
| 538 | |
|---|
