1 | #include <stdlib.h> |
---|
2 | #include <stdio.h> |
---|
3 | #include <string.h> |
---|
4 | #include <errno.h> |
---|
5 | #include <stdarg.h> |
---|
6 | #include <ctype.h> |
---|
7 | #include "clustalv.h" |
---|
8 | |
---|
9 | #include <gets_noOverflow.h> |
---|
10 | |
---|
11 | /* |
---|
12 | * Prototypes |
---|
13 | */ |
---|
14 | |
---|
15 | void * ckalloc(size_t); |
---|
16 | void fatal(const char *,...); |
---|
17 | void error(const char *,...); |
---|
18 | void warning(const char *,...); |
---|
19 | char * rtrim(char *); |
---|
20 | char * upstr(char *); |
---|
21 | char * lowstr(char *); |
---|
22 | void getstr(const char *,char *, int); |
---|
23 | double getreal(char *,double,double); |
---|
24 | int getint(const char *,int,int,int); |
---|
25 | void do_system(void); |
---|
26 | Boolean linetype(const char *,const char *); |
---|
27 | void get_path(char *,char *); |
---|
28 | |
---|
29 | /* |
---|
30 | * ckalloc() |
---|
31 | * |
---|
32 | * Tries to allocate "bytes" bytes of memory. Exits program if failed. |
---|
33 | * Return value: |
---|
34 | * Generic pointer to the newly allocated memory. |
---|
35 | */ |
---|
36 | |
---|
37 | void *ckalloc(size_t bytes) |
---|
38 | { |
---|
39 | register void *ret; |
---|
40 | |
---|
41 | if( (ret = malloc(bytes)) == NULL) |
---|
42 | fatal("Out of memory\n"); |
---|
43 | else |
---|
44 | return ret; |
---|
45 | } |
---|
46 | |
---|
47 | /* |
---|
48 | * fatal() |
---|
49 | * |
---|
50 | * Prints error msg to stderr and exits. |
---|
51 | * Variadic parameter list can be passed. |
---|
52 | * |
---|
53 | * Return values: |
---|
54 | * none |
---|
55 | */ |
---|
56 | |
---|
57 | void fatal( const char *msg,...) |
---|
58 | { |
---|
59 | va_list ap; |
---|
60 | |
---|
61 | va_start(ap,msg); |
---|
62 | fprintf(stderr,"\n\nFATAL ERROR: "); |
---|
63 | vfprintf(stderr,msg,ap); |
---|
64 | fprintf(stderr,"\n\n"); |
---|
65 | va_end(ap); |
---|
66 | exit(1); |
---|
67 | } |
---|
68 | |
---|
69 | /* |
---|
70 | * error() |
---|
71 | * |
---|
72 | * Prints error msg to stderr. |
---|
73 | * Variadic parameter list can be passed. |
---|
74 | * |
---|
75 | * Return values: |
---|
76 | * none |
---|
77 | */ |
---|
78 | |
---|
79 | void error( const char *msg,...) |
---|
80 | { |
---|
81 | va_list ap; |
---|
82 | |
---|
83 | va_start(ap,msg); |
---|
84 | fprintf(stderr,"\n\nERROR: "); |
---|
85 | vfprintf(stderr,msg,ap); |
---|
86 | fprintf(stderr,"\n\n"); |
---|
87 | va_end(ap); |
---|
88 | } |
---|
89 | |
---|
90 | /* |
---|
91 | * warning() |
---|
92 | * |
---|
93 | * Prints warning msg to stderr. |
---|
94 | * Variadic parameter list can be passed. |
---|
95 | * |
---|
96 | * Return values: |
---|
97 | * none |
---|
98 | */ |
---|
99 | |
---|
100 | void warning( const char *msg,...) |
---|
101 | { |
---|
102 | va_list ap; |
---|
103 | |
---|
104 | va_start(ap,msg); |
---|
105 | fprintf(stderr,"\n\nWARNING: "); |
---|
106 | vfprintf(stderr,msg,ap); |
---|
107 | fprintf(stderr,"\n\n"); |
---|
108 | va_end(ap); |
---|
109 | } |
---|
110 | |
---|
111 | |
---|
112 | /* |
---|
113 | * rtrim() |
---|
114 | * |
---|
115 | * Removes trailing blanks from a string |
---|
116 | * |
---|
117 | * Return values: |
---|
118 | * Pointer to the processed string |
---|
119 | */ |
---|
120 | |
---|
121 | char * rtrim(char *str) |
---|
122 | { |
---|
123 | register int p; |
---|
124 | |
---|
125 | p = strlen(str) - 1; |
---|
126 | |
---|
127 | while ( isspace(str[p]) ) |
---|
128 | p--; |
---|
129 | |
---|
130 | str[p + 1] = EOS; |
---|
131 | |
---|
132 | return str; |
---|
133 | } |
---|
134 | |
---|
135 | |
---|
136 | /* |
---|
137 | * upstr() |
---|
138 | * |
---|
139 | * Converts string str to uppercase. |
---|
140 | * Return values: |
---|
141 | * Pointer to the converted string. |
---|
142 | */ |
---|
143 | |
---|
144 | char * upstr(char *str) |
---|
145 | { |
---|
146 | register char *s = str; |
---|
147 | |
---|
148 | while( *s = toupper(*s) ) |
---|
149 | s++; |
---|
150 | |
---|
151 | return str; |
---|
152 | } |
---|
153 | |
---|
154 | /* |
---|
155 | * lowstr() |
---|
156 | * |
---|
157 | * Converts string str to lower case. |
---|
158 | * Return values: |
---|
159 | * Pointer to the converted string. |
---|
160 | */ |
---|
161 | |
---|
162 | char * lowstr(char *str) |
---|
163 | { |
---|
164 | register char *s = str; |
---|
165 | |
---|
166 | while( *s = tolower(*s) ) |
---|
167 | s++; |
---|
168 | |
---|
169 | return str; |
---|
170 | } |
---|
171 | |
---|
172 | void getstr(const char *instr, char *outstr, int outstrSize) |
---|
173 | { |
---|
174 | fprintf(stdout,"%s: ",instr); |
---|
175 | gets_noOverflow(outstr, outstrSize); |
---|
176 | } |
---|
177 | |
---|
178 | double getreal(char *instr,double minx,double maxx) |
---|
179 | { |
---|
180 | double ret; |
---|
181 | |
---|
182 | while(TRUE) { |
---|
183 | fprintf(stdout,"%s (%.1lf-%.1lf): ",instr,minx,maxx); |
---|
184 | ret=0.0; |
---|
185 | scanf("%lf",&ret); |
---|
186 | getchar(); |
---|
187 | if(ret>maxx) { |
---|
188 | fprintf(stderr,"ERROR: Max. value=%.1lf\n\n",maxx); |
---|
189 | continue; |
---|
190 | } |
---|
191 | if(ret<minx) { |
---|
192 | fprintf(stderr,"ERROR: Min. value=%.1lf\n\n",minx); |
---|
193 | continue; |
---|
194 | } |
---|
195 | break; |
---|
196 | } |
---|
197 | return ret; |
---|
198 | } |
---|
199 | |
---|
200 | |
---|
201 | int getint(const char *instr,int minx,int maxx, int def) |
---|
202 | { |
---|
203 | int ret; |
---|
204 | char line[MAXLINE]; |
---|
205 | |
---|
206 | while(TRUE) { |
---|
207 | fprintf(stdout,"%s (%d..%d) [%d]: ",instr,minx,maxx,def); |
---|
208 | ret=0; |
---|
209 | gets_noOverflow(line, MAXLINE); |
---|
210 | sscanf(line,"%d",&ret); |
---|
211 | if(ret == 0) return def; |
---|
212 | if(ret>maxx) { |
---|
213 | fprintf(stderr,"ERROR: Max. value=%d\n\n",maxx); |
---|
214 | continue; |
---|
215 | } |
---|
216 | if(ret<minx) { |
---|
217 | fprintf(stderr,"ERROR: Min. value=%d\n\n",minx); |
---|
218 | continue; |
---|
219 | } |
---|
220 | break; |
---|
221 | } |
---|
222 | return ret; |
---|
223 | } |
---|
224 | |
---|
225 | void do_system() |
---|
226 | { |
---|
227 | char line[MAXLINE]; |
---|
228 | |
---|
229 | getstr("\n\nEnter system command",line, MAXLINE); |
---|
230 | if(*line != EOS) |
---|
231 | system(line); |
---|
232 | fprintf(stdout,"\n\n"); |
---|
233 | } |
---|
234 | |
---|
235 | |
---|
236 | Boolean linetype(const char *line,const char *code) |
---|
237 | { |
---|
238 | return( strncmp(line,code,strlen(code)) == 0 ); |
---|
239 | } |
---|
240 | |
---|
241 | |
---|
242 | void get_path(char *str,char *path) |
---|
243 | { |
---|
244 | register int i; |
---|
245 | |
---|
246 | strcpy(path,str); |
---|
247 | for(i=strlen(path)-1;i>-1;--i) { |
---|
248 | if(str[i]==DIRDELIM) { |
---|
249 | i = -1; |
---|
250 | break; |
---|
251 | } |
---|
252 | if(str[i]=='.') break; |
---|
253 | } |
---|
254 | if(i<0) |
---|
255 | strcat(path,"."); |
---|
256 | else |
---|
257 | path[i+1]=EOS; |
---|
258 | } |
---|