source: trunk/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/treeOperation.c

Last change on this file was 10371, checked in by aboeckma, 11 years ago

updated mafft version. Added extensions (no svn ignore, yet)
File size: 16.1 KB
Line 
1#include "mltaln.h"
2
3#define DEBUG 0
4
5#define EF_THREEWAY 1.0
6#define MAXBW 1.0
7#define MINBW 0.01
8
9#define MINLEN 0.001
10
11#if DEBUG
12Node *stopol_g;
13#endif
14
15
16void checkMinusLength( int nseq, double **len )
17{
18        int i, j;
19        for( i=0; i<nseq-1; i++ ) for( j=0; j<2; j++ ) 
20                if( len[i][j] < MINLEN ) len[i][j] = MINLEN;
21}
22
23void negativeMember2( int *mem, int *query, int locnseq )
24{
25        int *ptr;
26        char *tmp;
27        int i;
28        int n;
29
30        tmp = AllocateCharVec( locnseq );
31
32        for( i=0; i<locnseq; i++ ) tmp[i] = 0;
33        while( (n=*query++) != -1 ) tmp[n] = 1;
34
35        ptr = mem;
36        for( i=0; i<locnseq; i++ ) 
37        {
38                if( !tmp[i] ) 
39                {
40                        *ptr++ = i;
41                }
42        }
43        *ptr = -1;
44        free( tmp );
45}
46
47int *negativeMember( int *query, int locnseq )
48{
49        int *bk, *value = NULL;
50        char *tmp;
51        int i;
52        int n;
53
54        tmp = AllocateCharVec( locnseq );
55        bk = value = AllocateIntVec( locnseq );
56        if( !value ) ErrorExit( "Cannot allocate value" );
57
58        for( i=0; i<locnseq; i++ ) tmp[i] = 0;
59        while( (n=*query++) != -1 ) tmp[n] = 1;
60
61        for( i=0; i<locnseq; i++ ) 
62        {
63                if( !tmp[i] )
64                {
65                        fprintf( stderr, "%3d ", i );
66                        *value++ = i;
67                }
68        }
69        fprintf( stderr, "\n" );
70        *value = -1;
71        free( tmp );
72        return( bk );
73}
74
75int IntExistsInVec( int query, int *vector )
76{
77        while( *vector != -1 )
78                if( query == *vector++ ) return( 1 );
79        return( 0 );
80}
81
82NodeInCub searchParent( int top, int ***topol, int Start, int End )
83{
84        int i, j;
85        NodeInCub value;
86        for( i=Start; i<End; i++ ) 
87        {
88                for( j=0; j<2; j++ ) 
89                {
90                        if( IntExistsInVec( top, topol[i][j] ) )
91                        {
92                                value.step = i; 
93                                value.LorR = j; 
94                                return( value );
95                        }
96                }
97        }
98        fprintf( stderr, "ERROR!!!\n" );
99        ErrorExit( "Error in searchParent" );
100        value.step=0; // by D.Mathog, katoh
101        value.LorR=0; // by D.Mathog, katoh
102        return( value );
103}
104
105void stopolInit( int n, Node *stopol )
106{
107        int i, j;
108        for( i=0; i<n; i++ )
109        {
110                for( j=0; j<3; j++ ) 
111                {       
112                        stopol[i].length[j] = 0.0;
113                        stopol[i].children[j] = NULL;
114                        stopol[i].tmpChildren[j] = -1;
115                        stopol[i].top[j] = -1;
116                        stopol[i].members[j] = NULL;
117                        stopol[i].weightptr[j] = NULL;
118                }
119        }
120#if 0
121        while( --numintvec >= 0 )
122        {
123                free( tmpintvec[numintvec] );
124        }
125        free( tmpintvec );
126        numintvec = 0;
127#endif
128}
129
130void treeCnv( Node *stopol, int locnseq, int ***topol, double **len, double **bw )
131{
132        int i;
133        NodeInCub parent;
134        int *count;
135        int ccount;
136        int rep;
137        int tmpint;
138        static int **tmpintvec = NULL;
139        static int numintvec = 0;
140
141        count = AllocateIntVec(  2 * locnseq ); /* oome */
142        if( !count ) ErrorExit( "Cannot allocate count.\n" );
143
144        checkMinusLength( locnseq, len ); /* uwagaki */
145
146        stopolInit( locnseq * 2, stopol );
147        for( i=0; i<locnseq * 2; i++ ) count[i] = 0;
148
149        for( i=locnseq; i<locnseq*2; i++ ) 
150        {
151                rep = i - locnseq;
152                parent = searchParent( rep, topol, 0, locnseq-1 ); 
153#if DEBUG
154                fprintf( stderr, "Parent of node No.%d ( Seq No.%d )  = %d - %d\n", i, i-locnseq, parent.step, parent.LorR );
155#endif
156
157                ccount = count[parent.step];
158                stopol[parent.step].length[ccount] = len[parent.step][parent.LorR];
159                stopol[parent.step].weightptr[ccount] = &(bw[parent.step][parent.LorR]);
160                stopol[parent.step].children[ccount] = &stopol[i];
161                stopol[parent.step].tmpChildren[ccount] = i;
162                stopol[parent.step].members[ccount] = topol[parent.step][parent.LorR];
163                count[parent.step]++;
164
165                ccount = count[i];
166                stopol[i].length[ccount] = len[parent.step][parent.LorR];
167                stopol[i].weightptr[ccount] = &(bw[parent.step][parent.LorR]);
168                stopol[i].children[ccount] = &stopol[parent.step];
169                stopol[i].tmpChildren[ccount] = parent.step;
170                stopol[i].members[ccount] = topol[parent.step][parent.LorR];
171                count[i]++;
172        }
173        for( i=0; i<locnseq-2; i++ ) 
174        {
175                rep = MIN( topol[i][0][0], topol[i][1][0] );
176                parent = searchParent( rep, topol, i+1, locnseq-1 ); 
177                ccount = count[parent.step];
178                stopol[parent.step].length[ccount] = len[parent.step][parent.LorR];
179                stopol[parent.step].weightptr[ccount] = &(bw[parent.step][parent.LorR]);
180                stopol[parent.step].children[ccount] = &stopol[i];
181                stopol[parent.step].tmpChildren[ccount] = i;
182                stopol[parent.step].members[ccount] = topol[parent.step][parent.LorR];
183                count[parent.step]++;
184
185                ccount = count[i];
186                stopol[i].length[ccount] = len[parent.step][parent.LorR];
187                stopol[i].weightptr[ccount] = &(bw[parent.step][parent.LorR]);
188                stopol[i].children[ccount] = &stopol[parent.step];
189                stopol[i].tmpChildren[ccount] = parent.step;
190#if 0
191                stopol[i].members[ccount] = negativeMember( topol[parent.step][parent.LorR], locnseq );
192#else
193//              fprintf( stderr, "allocating numintvec = %d\n",  numintvec );
194                tmpintvec = (int **)realloc( (void *)tmpintvec, (numintvec+1) * sizeof( int * ) );
195                tmpintvec[numintvec] = (int *)calloc( locnseq, sizeof( int ) );
196                negativeMember2( tmpintvec[numintvec], topol[parent.step][parent.LorR], locnseq );
197                stopol[i].members[ccount] = tmpintvec[numintvec];
198                numintvec++;
199#endif
200                count[i]++;
201#if DEBUG
202                fprintf( stderr, "Parent of node No.%d = %d - %d\n", i, parent.step, parent.LorR );
203#endif
204        }
205/*
206                        Unrooted tree.
207                        locnseq-2 no children no nakade,
208                        locnseq-3 wo sashiteinai mono wo sagashite,
209                        locnseq-3 no children ni kuwae,
210                        locnseq-2 wo sashiteita node no chilren wo
211                        locnseq-3 ni kaeru.
212*/
213#if DEBUG
214        fprintf( stderr, "BEFORE MODIFY\n" );
215        for( i=0; i<locnseq*2; i++ ) 
216        {
217                for( j=0; j<3; j++ ) 
218                {
219                        fprintf( stderr, "stopol[%d].tmpChildren[%d] = %d, children[%d] = %d \n", i, j, stopol[i].tmpChildren[j], j, stopol[i].children[j] - stopol );
220                }
221        }
222#endif
223
224        if     ( stopol[locnseq-2].children[0] == &stopol[locnseq-3] ) i = 1;
225        else if( stopol[locnseq-2].children[1] == &stopol[locnseq-3] ) i = 0;
226        else ErrorExit( "?\n" );
227
228        stopol[locnseq-3].length[2] = len[locnseq-2][0] + len[locnseq-2][1];
229        stopol[locnseq-3].weightptr[2] = &bw[locnseq-2][0];
230        stopol[locnseq-3].children[2] = stopol[locnseq-2].children[i];
231        stopol[locnseq-3].tmpChildren[2] = stopol[locnseq-2].tmpChildren[i];
232
233        tmpint = (int)( stopol[locnseq-2].children[i] - stopol );
234
235        stopol[tmpint].children[2] = &stopol[locnseq-3];
236        stopol[tmpint].length[2] = len[locnseq-2][0] + len[locnseq-2][1];
237        stopol[tmpint].weightptr[2] = &bw[locnseq-2][0];
238        stopol[tmpint].tmpChildren[2] = locnseq-3;
239
240
241#if DEBUG
242        for( i=0; i<locnseq*2; i++ ) 
243        {
244                for( j=0; j<3; j++ ) 
245                {
246                        fprintf( stderr, "stopol[%d].tmpChildren[%d] = %d, children[%d] = %d \n", i, j, stopol[i].tmpChildren[j], j, stopol[i].children[j] - stopol );
247                }
248        }
249
250        for( i=0; i<locnseq*2; i++ ) 
251        {
252                fprintf( stderr, "-- stopol[%d]\n", i );
253                for( j=0; j<3; j++ ) 
254                {
255                        if( !stopol[i].members[j] ) 
256                        {
257                                fprintf( stderr, "LEAF\n" );
258                                break;
259                        }
260                        fprintf( stderr, "      group %d are \n", j );
261                        for( k=0; (n=stopol[i].members[j][k]) != -1; k++ ) 
262                        {       
263                                fprintf( stderr, "%#5d", n );
264                        }
265                        fprintf( stderr, "\n" );
266                }
267                fprintf( stderr, "\n" );
268        }
269#endif
270
271#if DEBUG
272        stopol_g = stopol;
273#endif
274        free( count );
275}
276
277int isLeaf( Node node )
278{
279        if( node.children[1] ) return( 0 );
280        else                   return( 1 );
281}
282
283double syntheticLength( Node *ob, Node *oppositeNode )
284{
285        int i, count;
286        int dir_ch[3];
287        int dir_pa = -10; // by katoh
288        double value, tmpvalue0, tmpvalue1;
289        int nanflag = 0;
290
291#if DEBUG
292        fprintf( stderr, "In syntheticLength\n" );
293        fprintf( stderr, "ob - stopol_g = %d\n", ob - stopol_g );
294        fprintf( stderr, "op - stopol_g = %d\n", oppositeNode - stopol_g );
295#endif
296
297        if( isLeaf( *ob ) ) 
298        {
299#if DEBUG
300                fprintf( stderr, "LEAF\n\n" );
301#endif
302                return( ob->length[0] );
303        }
304
305        for( i=0, count=0; i<3; i++ ) 
306        {
307#if DEBUG
308                fprintf( stderr, "ob->tmpChildren[%d] = %d\n", i, ob->tmpChildren[i] );
309#endif
310                if( oppositeNode != ob->children[i] ) dir_ch[count++] = i;
311                else dir_pa = i;
312        }
313#if DEBUG
314                fprintf( stderr, "\n" );
315#endif
316        if( count != 2 ) 
317        {
318#if DEBUG
319                fprintf( stderr, "Node No.%d has no child like No.%d \n", ob-stopol_g, oppositeNode-stopol_g );
320#endif
321                ErrorExit( "Invalid call\n" );
322        }
323
324        tmpvalue0 = syntheticLength( ob->children[dir_ch[0]], ob ); 
325        tmpvalue1 = syntheticLength( ob->children[dir_ch[1]], ob ); 
326
327#if DEBUG
328        fprintf( stderr, "tmpvalue0 = %f\n", tmpvalue0 );
329        fprintf( stderr, "tmpvalue1 = %f\n", tmpvalue1 );
330#endif 
331        if( tmpvalue0 ) tmpvalue0 = 1.0 / tmpvalue0;
332        else nanflag = 1;
333        if( tmpvalue1 ) tmpvalue1 = 1.0 / tmpvalue1;
334        else nanflag = 1;
335
336        if( nanflag ) value = 0.0;
337        else
338        {
339                value = tmpvalue0 + tmpvalue1;
340                value = 1.0 / value;
341        }
342        value += ob->length[dir_pa];
343#if DEBUG
344        fprintf( stderr, "value = %f\n", value  );
345#endif
346
347        return( value );
348}
349
350double calcW( Node *ob, Node *op )
351{
352        int i, count;
353        int dir_ch[3];
354        int dir_pa = -10; // by katoh
355        double a, b, c, f, s;
356        double value;
357
358        if( isLeaf( *ob ) ) 
359                return( 1.0 );
360
361        for( i=0, count=0; i<3; i++ ) 
362        {
363                if( op != ob->children[i] ) dir_ch[count++] = i;
364                else dir_pa = i;
365        }
366        if( count != 2 ) ErrorExit( "Invalid call of calcW\n" );
367
368#if DEBUG
369        fprintf( stderr, "In calcW\n" );
370        fprintf( stderr, "ob = %d\n", ob - stopol_g );
371        fprintf( stderr, "op = %d\n", op - stopol_g );
372        fprintf( stderr, "ob->children[c1] = %d\n", ob->children[dir_ch[0]] - stopol_g );
373        fprintf( stderr, "ob->children[c2] = %d\n", ob->children[dir_ch[1]] - stopol_g );
374        fprintf( stderr, "ob->children[pa] = %d\n", ob->children[dir_pa] - stopol_g );
375        fprintf( stderr, "\n" );
376#endif
377
378        a = syntheticLength( ob->children[dir_ch[0]], ob );
379        b = syntheticLength( ob->children[dir_ch[1]], ob );
380        c = syntheticLength( ob->children[dir_pa], ob );
381
382#if DEBUG
383        fprintf( stderr, "a = %f\n", a );
384        fprintf( stderr, "b = %f\n", b );
385        fprintf( stderr, "c = %f\n", c );
386#endif
387
388        if( !c ) return( MAXBW );
389        if ( !a || !b ) return( MINBW );  /* ? */
390
391        f = EF_THREEWAY;
392        s = ( b*c + c*a + a*b );
393
394        value = a*b*(c+a)*(c+b) / ( c*(a+b) * f * s );
395
396        value = sqrt( value );
397
398        return( value );
399}
400
401void calcBranchWeight( double **bw, int locnseq, Node *stopol, int ***topol, double **len )
402{
403        NodeInCub parent;
404        int i;
405        int rep;
406        Node *topNode, *btmNode;
407        double topW, btmW;
408
409        for( i=locnseq; i<locnseq*2; i++ )
410        {
411                rep = i - locnseq;
412                parent = searchParent( rep, topol, 0, locnseq-1 );
413                if( parent.step == locnseq - 2 ) continue;
414
415                topNode = stopol+parent.step; btmNode = stopol+i;
416#if DEBUG
417                fprintf( stderr, "In calcBranchWeight, topNode=%d, btmNode=%d\n", topNode-stopol_g, btmNode-stopol_g );
418#endif
419                topW = calcW( topNode, btmNode );
420                btmW = calcW( btmNode, topNode );
421                bw[parent.step][parent.LorR] = topW * btmW;
422        }
423        for( i=0; i<locnseq-3; i++ ) 
424        {
425                rep = MIN( topol[i][0][0], topol[i][1][0] );
426                parent = searchParent( rep, topol, i+1, locnseq-1 ); 
427                if( parent.step == locnseq - 2 ) continue;
428                topNode = stopol+parent.step;
429                btmNode = stopol+i;
430#if DEBUG
431                fprintf( stderr, "In calcBranchWeight, topNode=%d, btmNode=%d\n", topNode-stopol_g, btmNode-stopol_g );
432#endif
433                topW = calcW( topNode, btmNode );
434                btmW = calcW( btmNode, topNode );
435                bw[parent.step][parent.LorR] = topW * btmW;
436        }
437
438        topNode = stopol[locnseq-3].children[2];
439        btmNode = stopol + i;
440        topW = calcW( topNode, btmNode );
441        btmW = calcW( btmNode, topNode );
442        bw[locnseq-2][0] = topW * btmW;
443        bw[locnseq-2][1] = 1.0;
444}
445
446void branchWeightToPairWeight( int locnseq, int ***topol, double **pw, double **bw )
447{
448        int i, j, k, n0, n1;
449#if 0
450        double wFromLeaf[locnseq];
451#else
452        static double *wFromLeaf = NULL;
453        if( wFromLeaf == NULL )
454                wFromLeaf = AllocateDoubleVec( locnseq );
455#endif
456
457#if DEBUG
458        for( i=0; i<locnseq-1; i++ ) for( j=0; j<2; j++ ) 
459                fprintf( stderr, "pw[%d][%d] = %f\n", i, j, bw[i][j] );
460#endif
461
462        for( i=0; i<locnseq; i++ ) wFromLeaf[i] = 1.0;
463        for( i=0; i<locnseq; i++ ) for( j=0; j<locnseq; j++ ) 
464                pw[i][j] = 0.0;
465        for( i=0; i<locnseq-1; i++ ) 
466        {
467                for( j=0; (n0=topol[i][0][j])!=-1; j++ ) 
468                        for( k=0; (n1=topol[i][1][k])!=-1; k++ ) 
469                                pw[MIN( n0, n1 )][MAX( n0, n1 )] 
470                                = wFromLeaf[n0] * wFromLeaf[n1] * bw[i][0] * bw[i][1];
471                for( j=0; (n0=topol[i][0][j])!=-1; j++ ) 
472                        wFromLeaf[n0] *= bw[i][0];
473                for( j=0; (n1=topol[i][1][j])!=-1; j++ ) 
474                        wFromLeaf[n1] *= bw[i][1];
475        }
476}
477
478void weightFromABranch_rec( double *result, Node *ob, Node *op )
479{
480        int i, n, count;
481        int dir_ch[3], dir_pa;
482
483#if DEBUG
484        fprintf( stderr, "In weightFromABranch_rec, ob = %d\n", ob - stopol_g );
485#endif
486        if( isLeaf( *ob ) ) return;
487        for( i=0, count=0; i<3; i++ ) 
488        {
489                if( ob->children[i] != op ) dir_ch[count++] = i;
490                else dir_pa = i;
491        }
492        if( count != 2 ) 
493        {
494#if DEBUG
495                fprintf( stderr, "Node No.%d has no child like No.%d \n", ob-stopol_g, op-stopol_g );
496#endif
497                ErrorExit( "Incorrect call of weightFromABranch_rec" );
498        }
499        for( i=0; (n=ob->members[dir_ch[0]][i])!=-1; i++ ) 
500                result[n] *= *ob->weightptr[dir_ch[0]];
501        weightFromABranch_rec( result, ob->children[dir_ch[0]], ob );
502
503        for( i=0; (n=ob->members[dir_ch[1]][i])!=-1; i++ ) 
504                result[n] *= *ob->weightptr[dir_ch[1]];
505        weightFromABranch_rec( result, ob->children[dir_ch[1]], ob );
506}
507
508void weightFromABranch( int nseq, double *result, Node *stopol, int ***topol, int step, int LorR )
509{
510        Node *topNode, *btmNode;
511        int i;
512
513        if( step == nseq - 2 )
514        {
515                topNode = stopol[nseq-2].children[0];
516                btmNode = stopol + nseq-3;
517#if DEBUG
518                fprintf( stderr, "Now step == nseq-3, topNode = %d, btmNode = %d\n", topNode - stopol_g, btmNode-stopol_g );
519#endif
520        }
521               
522        else
523        {
524                for( i=0; i<3; i++ ) 
525                {
526                        if( stopol[step].members[i][0] == topol[step][LorR][0] )
527                        break;
528                }
529                if( i== 3 ) ErrorExit( "Incorrect call of weightFromABranch." );
530                btmNode = stopol[step].children[i];
531                topNode = stopol+step;
532        }
533
534        for( i=0; i<nseq; i++ ) result[i] = 1.0;
535        weightFromABranch_rec( result, btmNode, topNode ); 
536        weightFromABranch_rec( result, topNode, btmNode ); 
537#if 0
538        for( i=0; i<nseq; i++ )
539                fprintf( stdout, "w[%d] = %f\n", i, result[i] );
540#endif
541//      fprintf( stderr, "new weight!\n" );
542//      for( i=0; i<nseq; i++ )
543//              result[i] *= result[i];
544
545
546}
547void assignstrweight_rec( double *strweight, Node *ob, Node *op, char *kozoari, double *seqweight )
548{
549        int i, n, count, lastkozo;
550        int dir_ch[3], dir_pa;
551        double sumweight;
552
553#if DEBUG
554        fprintf( stderr, "In weightFromABranch_rec, ob = %d\n", ob - stopol_g );
555#endif
556        if( isLeaf( *ob ) )
557        {
558//              fprintf( stderr, "Leaf!\n" );
559                return;
560        }
561        for( i=0, count=0; i<3; i++ ) 
562        {
563                if( ob->children[i] != op ) dir_ch[count++] = i;
564                else dir_pa = i;
565        }
566        if( count != 2 ) 
567        {
568#if DEBUG
569                fprintf( stderr, "Node No.%d has no child like No.%d \n", ob-stopol_g, op-stopol_g );
570#endif
571                ErrorExit( "Incorrect call of weightFromABranch_rec" );
572        }
573
574
575//      fprintf( stderr, "\n" );
576        sumweight = 0.0;
577        count = 0;
578        lastkozo = -1;
579        for( i=0; (n=ob->members[dir_ch[0]][i])!=-1; i++ ) 
580        {
581//              fprintf( stderr, "member1! n=%d\n", n );
582                sumweight += seqweight[n];
583                if( kozoari[n] ) 
584                {
585                        count++;
586                        lastkozo = n;
587                }
588        }
589        for( i=0; (n=ob->members[dir_ch[1]][i])!=-1; i++ ) 
590        {
591//              fprintf( stderr, "member2! n=%d\n", n );
592                sumweight += seqweight[n];
593                if( kozoari[n] ) 
594                {
595                        count++;
596                        lastkozo = n;
597                }
598        }
599
600//      fprintf( stderr, "count = %d\n", count );
601
602        if( count == 1 )
603                strweight[lastkozo] = sumweight;
604        else if( count > 1 )
605        {
606                assignstrweight_rec( strweight, ob->children[dir_ch[0]], ob, kozoari, seqweight );
607                assignstrweight_rec( strweight, ob->children[dir_ch[1]], ob, kozoari, seqweight );
608        }
609}
610
611void assignstrweight( int nseq, double *strweight, Node *stopol, int ***topol, int step, int LorR, char *kozoari, double *seqweight )
612{
613        Node *topNode, *btmNode;
614        int i;
615
616        if( step == nseq - 2 )
617        {
618                topNode = stopol[nseq-2].children[0];
619                btmNode = stopol + nseq-3;
620#if DEBUG
621                fprintf( stderr, "Now step == nseq-3, topNode = %d, btmNode = %d\n", topNode - stopol_g, btmNode-stopol_g );
622#endif
623        }
624               
625        else
626        {
627                for( i=0; i<3; i++ ) 
628                {
629                        if( stopol[step].members[i][0] == topol[step][LorR][0] )
630                        break;
631                }
632                if( i== 3 ) ErrorExit( "Incorrect call of weightFromABranch." );
633                btmNode = stopol[step].children[i];
634                topNode = stopol+step;
635        }
636
637        for( i=0; i<nseq; i++ ) strweight[i] = 0.0;
638        for( i=0; i<nseq; i++ ) if( kozoari[i] ) strweight[i] = seqweight[i];
639//      fprintf( stderr, "calling _rec (1)\n" );
640        assignstrweight_rec( strweight, btmNode, topNode, kozoari, seqweight ); 
641//      fprintf( stderr, "calling _rec (2)\n" );
642        assignstrweight_rec( strweight, topNode, btmNode, kozoari, seqweight ); 
643
644#if 1 // nazeka kokowo tobasuto seido ga sagaru ?????
645        fprintf( stderr, "STEP %d\n", step );
646        for( i=0; topol[step][0][i]>-1; i++ )
647                fprintf( stderr, "%3d ", topol[step][0][i] );
648        fprintf( stderr, "\n" );
649        for( i=0; topol[step][1][i]>-1; i++ )
650                fprintf( stderr, "%3d ", topol[step][1][i] );
651        fprintf( stderr, "\n" );
652        for( i=0; i<nseq; i++ )
653                fprintf( stderr, "seqweight[%d] = %f\n", i, seqweight[i] );
654        for( i=0; i<nseq; i++ )
655                fprintf( stderr, "strweight[%d] = %f\n", i, strweight[i] );
656        fprintf( stderr, "\n" );
657#endif
658}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.