source: trunk/GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/extensions/mxscarna_src/vienna/energy_param.hpp

Last change on this file was 10371, checked in by aboeckma, 11 years ago

updated mafft version. Added extensions (no svn ignore, yet)
File size: 3.4 KB
Line 
1/*
2    Current free energy parameters are summarized in:
3
4    D.H.Mathews, J. Sabina, M. ZUker, D.H. Turner
5    "Expanded sequence dependence of thermodynamic parameters improves
6    prediction of RNA secondary structure"
7    JMB, 288, pp 911-940, 1999
8
9    Enthalpies taken from:
10   
11    A. Walter, D Turner, J Kim, M Lyttle, P M"uller, D Mathews, M Zuker
12    "Coaxial stckaing of helices enhances binding of oligoribonucleotides.."
13    PNAS, 91, pp 9218-9222, 1994
14   
15    D.H. Turner, N. Sugimoto, and S.M. Freier.
16    "RNA Structure Prediction",
17    Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 17, 167-192, 1988.
18
19    John A.Jaeger, Douglas H.Turner, and Michael Zuker.
20    "Improved predictions of secondary structures for RNA",
21    PNAS, 86, 7706-7710, October 1989.
22   
23    L. He, R. Kierzek, J. SantaLucia, A.E. Walter, D.H. Turner
24    "Nearest-Neughbor Parameters for GU Mismatches...."
25    Biochemistry 1991, 30 11124-11132
26
27    A.E. Peritz, R. Kierzek, N, Sugimoto, D.H. Turner
28    "Thermodynamic Study of Internal Loops in Oligoribonucleotides..."
29    Biochemistry 1991, 30, 6428--6435
30
31   
32*/
33
34#ifndef ENERGY_PARAM_H
35#define ENERGY_PARAM_H
36
37#include <iostream>
38#include <cstdlib> // by katoh
39
40using namespace std;
41namespace MXSCARNA {
42class energy_param {
43
44    static const int    INF;
45    static const int    NST;
46    static const int    DEF;
47
48    static const double lxc37; /* parameter for logarithmic loop
49                             energy extrapolation            */
50    static const int stack37[8][8];
51    static const int enthalpies[8][8];
52    static const int oldhairpin37[31];
53    static const int hairpin37[31];
54    static const int oldbulge37[31];
55    static const int bulge37[31];
56    static const int oldinternal_loop37[31];
57    static const int internal_loop37[31];
58    static const int mismatchI37[8][5][5];
59    static const int mismatchH37[8][5][5];
60    static const int mism_H[8][5][5];
61    static const int dangle5_37[8][5];
62    static const int dangle3_37[8][5];
63    static const int dangle3_H[8][5];
64    static const int dangle5_H[8][5];
65    static const int ML_BASE37;
66    static const int ML_closing37;
67    static const int ML_intern37;
68    static const int MAX_NINIO;
69    static const int F_ninio37[5];
70    static const char Tetraloops[1400];
71    static const char Tetrastrings[30][7];
72    static const int TETRA_ENERGY37[200];
73    static const int TETRA_ENTH37;
74    static const int TerminalAU;
75    static const int DuplexInit;
76
77    static const int int11_37[8][8][5][5];
78    static const int int11_H[8][8][5][5];
79    static const int int21_37[8][8][5][5][5];
80    static const int int21_H[8][8][5][5][5];
81    static const int int22_37[8][8][5][5][5][5];
82    static const int int22_H[8][8][5][5][5][5];
83
84    int convertPairType(int type);
85    int convertBaseType(int type);
86    int convertLeftType(int type);
87    int convertRightType(int type);
88 
89 public:
90    int getMaxNinio();
91    int getNinio(int i);
92    int getDangle5(int i, int j);
93    int getDangle3(int i, int j);
94    int getHairpin(int i);
95    int getInternalLoop(int i);
96    int getBulge(int i);
97    const char *getTetraLoop(int i);
98    int getTetraLoopEnergy(int i);
99    int getStack(int i, int j);
100    int getTstackH(int i, int j);
101    int getTstackI(int i, int j);
102    int getInt11(int i, int j, int k);
103    int getInt21(int i, int j, int k, int l);
104    int getInt22(int i, int j, int k, int l);
105    int getMLintern();
106    int getMLBase();
107    int getMLclosing();
108    int getTerminalAU();
109};
110}
111#endif
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.