source: trunk/GDE/MUSCLE/src/html.cpp

Last change on this file was 10390, checked in by aboeckma, 11 years ago

added muscle sourcles amd makefile
File size: 3.6 KB
Line 
1#include "muscle.h"
2#include <stdio.h>
3#include <ctype.h>
4#include "msa.h"
5#include "textfile.h"
6
7const unsigned uCharsPerLine = 60;
8const int MIN_NAME = 10;
9const int MAX_NAME = 32;
10
11extern void AssignColors(const MSA &a, int **Colors);
12
13static int **MakeColors(const MSA &a)
14        {
15        const unsigned uSeqCount = a.GetSeqCount();
16        const unsigned uColCount = a.GetColCount();
17
18        int **Colors = new int *[uSeqCount];
19        for (unsigned i = 0; i < uSeqCount; ++i)
20                {
21                Colors[i] = new int[uColCount];
22                memset(Colors[i], 0, uColCount*sizeof(int));
23                }
24        AssignColors(a, Colors);
25        return Colors;
26        }
27
28static void ChangeColor(TextFile &File, int From, int To)
29        {
30        if (From == To)
31                return;
32
33#define COLOR_WHITE             "FFFFFF"
34#define COLOR_GRAY              "C0C0C0"
35#define COLOR_BLACK             "000000"
36#define COLOR_RED               "FF0000"
37#define COLOR_GREEN             "00FF00"
38#define COLOR_BLUE              "5590FF"
39#define COLOR_LIGHTBLUE "77FFFF"
40
41#define X(c)    File.PutString("</SPAN><SPAN STYLE=\"background-color:#" c "\">");
42        switch (To)
43                {
44        case 0:
45                X(COLOR_WHITE)
46                break;
47        case 1:
48                X(COLOR_GRAY)
49                break;
50        case 2:
51                X(COLOR_BLUE)
52                break;
53        case 3:
54                X(COLOR_LIGHTBLUE)
55                break;
56                }
57        }
58
59#define COLOR_WINDOW "FFEEE0"
60
61void MSA::ToHTMLFile(TextFile &File) const
62        {
63        File.PutString("<HTML>\n");
64        File.PutString("<BODY BGCOLOR=\"#" COLOR_WINDOW "\">\n");
65        File.PutString("<PRE>");
66
67        int **Colors = MakeColors(*this);
68
69        int iLongestNameLength = 0;
70        for (unsigned uSeqIndex = 0; uSeqIndex < GetSeqCount(); ++uSeqIndex)
71                {
72                const char *ptrName = GetSeqName(uSeqIndex);
73                const char *ptrBlank = strchr(ptrName, ' ');
74                int iLength;
75                if (0 != ptrBlank)
76                        iLength = (int) (ptrBlank - ptrName);
77                else
78                        iLength = (int) strlen(ptrName);
79                if (iLength > iLongestNameLength)
80                        iLongestNameLength = iLength;
81                }
82        if (iLongestNameLength > MAX_NAME)
83                iLongestNameLength = MAX_NAME;
84        if (iLongestNameLength < MIN_NAME)
85                iLongestNameLength = MIN_NAME;
86
87        unsigned uLineCount = (GetColCount() - 1)/uCharsPerLine + 1;
88        int CurrentColor = -1;
89        for (unsigned uLineIndex = 0; uLineIndex < uLineCount; ++uLineIndex)
90                {
91                File.PutString("\n");
92                unsigned uStartColIndex = uLineIndex*uCharsPerLine;
93                unsigned uEndColIndex = uStartColIndex + uCharsPerLine - 1;
94                if (uEndColIndex >= GetColCount())
95                        uEndColIndex = GetColCount() - 1;
96                char Name[MAX_NAME+1];
97                for (unsigned uSeqIndex = 0; uSeqIndex < GetSeqCount(); ++uSeqIndex)
98                        {
99                        const char *ptrName = GetSeqName(uSeqIndex);
100                        const char *ptrBlank = strchr(ptrName, ' ');
101                        int iLength;
102                        if (0 != ptrBlank)
103                                iLength = (int) (ptrBlank - ptrName);
104                        else
105                                iLength = (int) strlen(ptrName);
106                        if (iLength > MAX_NAME)
107                                iLength = MAX_NAME;
108                        memset(Name, ' ', MAX_NAME);
109                        memcpy(Name, ptrName, iLength);
110                        Name[iLongestNameLength] = 0;
111
112//                      File.PutString("<FONT COLOR=\"#000000\">");
113                        CurrentColor = -1;
114                        File.PutString("<SPAN STYLE=\"background-color:#" COLOR_WINDOW "\">");
115                        File.PutFormat("%s      ", Name);
116                        File.PutString("<SPAN STYLE=\"background-color:#FFFFFF\">");
117                        for (unsigned uColIndex = uStartColIndex; uColIndex <= uEndColIndex;
118                          ++uColIndex)
119                                {
120                                const int Color = Colors[uSeqIndex][uColIndex];
121                                ChangeColor(File, CurrentColor, Color);
122                                CurrentColor = Color;
123                                const char c = GetChar(uSeqIndex, uColIndex);
124                                if (Color == 0)
125                                        File.PutFormat("%c", tolower(c));
126                                else
127                                        File.PutFormat("%c", toupper(c));
128                                }
129                        File.PutString("\n");
130                        }
131                }
132        File.PutString("</SPAN>\n");
133        File.PutString("</PRE>\n");
134        File.PutString("</BODY>\n");
135        File.PutString("</HTML>\n");
136        }
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.