source: trunk/GDE/MUSCLE/src/params.cpp

Last change on this file was 10390, checked in by aboeckma, 11 years ago

added muscle sourcles amd makefile
File size: 16.7 KB
Line 
1#include "muscle.h"
2#include "objscore.h"
3#include "profile.h"
4#include "enumopts.h"
5
6const double DEFAULT_MAX_MB_FRACT = 0.8;
7
8SCORE g_scoreCenter = 0;
9SCORE g_scoreGapExtend = 0;
10SCORE g_scoreGapOpen2 = MINUS_INFINITY;
11SCORE g_scoreGapExtend2 = MINUS_INFINITY;
12SCORE g_scoreGapAmbig = 0;
13SCORE g_scoreAmbigFactor = 0;
14
15extern SCOREMATRIX VTML_LA;
16extern SCOREMATRIX PAM200;
17extern SCOREMATRIX PAM200NoCenter;
18extern SCOREMATRIX VTML_SP;
19extern SCOREMATRIX VTML_SPNoCenter;
20extern SCOREMATRIX NUC_SP;
21
22PTR_SCOREMATRIX g_ptrScoreMatrix;
23
24const char *g_pstrInFileName = "-";
25const char *g_pstrOutFileName = "-";
26const char *g_pstrFASTAOutFileName = 0;
27const char *g_pstrMSFOutFileName = 0;
28const char *g_pstrClwOutFileName = 0;
29const char *g_pstrClwStrictOutFileName = 0;
30const char *g_pstrHTMLOutFileName = 0;
31const char *g_pstrPHYIOutFileName = 0;
32const char *g_pstrPHYSOutFileName = 0;
33const char *g_pstrDistMxFileName1 = 0;
34const char *g_pstrDistMxFileName2 = 0;
35
36const char *g_pstrFileName1 = 0;
37const char *g_pstrFileName2 = 0;
38
39const char *g_pstrSPFileName = 0;
40const char *g_pstrMatrixFileName = 0;
41
42const char *g_pstrUseTreeFileName = 0;
43bool g_bUseTreeNoWarn = false;
44
45const char *g_pstrComputeWeightsFileName;
46const char *g_pstrScoreFileName;
47
48const char *g_pstrProf1FileName = 0;
49const char *g_pstrProf2FileName = 0;
50
51unsigned g_uSmoothWindowLength = 7;
52unsigned g_uAnchorSpacing = 32;
53unsigned g_uMaxTreeRefineIters = 1;
54
55unsigned g_uRefineWindow = 200;
56unsigned g_uWindowFrom = 0;
57unsigned g_uWindowTo = 0;
58unsigned g_uSaveWindow = uInsane;
59unsigned g_uWindowOffset = 0;
60
61unsigned g_uMaxSubFamCount = 5;
62
63unsigned g_uHydrophobicRunLength = 5;
64float g_dHydroFactor = (float) 1.2;
65
66unsigned g_uMinDiagLength = 24; // TODO alpha -- should depend on alphabet?
67unsigned g_uMaxDiagBreak = 1;
68unsigned g_uDiagMargin = 5;
69
70float g_dSUEFF = (float) 0.1;
71
72bool g_bPrecompiledCenter = true;
73bool g_bNormalizeCounts = false;
74bool g_bDiags1 = false;
75bool g_bDiags2 = false;
76bool g_bAnchors = true;
77bool g_bQuiet = false;
78bool g_bVerbose = false;
79bool g_bRefine = false;
80bool g_bRefineW = false;
81bool g_bProfDB = false;
82bool g_bLow = false;
83bool g_bSW = false;
84bool g_bClusterOnly = false;
85bool g_bProfile = false;
86bool g_bPPScore = false;
87bool g_bBrenner = false;
88bool g_bDimer = false;
89bool g_bVersion = false;
90bool g_bStable = false;
91bool g_bFASTA = false;
92bool g_bPAS = false;
93bool g_bTomHydro = false;
94bool g_bMakeTree = false;
95
96#if     DEBUG
97bool g_bCatchExceptions = false;
98#else
99bool g_bCatchExceptions = true;
100#endif
101
102bool g_bMSF = false;
103bool g_bAln = false;
104bool g_bClwStrict = false;
105bool g_bHTML = false;
106bool g_bPHYI = false;
107bool g_bPHYS = false;
108
109unsigned g_uMaxIters = 8;
110unsigned long g_ulMaxSecs = 0;
111unsigned g_uMaxMB = 500;
112
113PPSCORE g_PPScore = PPSCORE_LE;
114OBJSCORE g_ObjScore = OBJSCORE_SPM;
115
116SEQWEIGHT g_SeqWeight1 = SEQWEIGHT_ClustalW;
117SEQWEIGHT g_SeqWeight2 = SEQWEIGHT_ClustalW;
118
119DISTANCE g_Distance1 = DISTANCE_Kmer6_6;
120DISTANCE g_Distance2 = DISTANCE_PctIdKimura;
121
122CLUSTER g_Cluster1 = CLUSTER_UPGMB;
123CLUSTER g_Cluster2 = CLUSTER_UPGMB;
124
125ROOT g_Root1 = ROOT_Pseudo;
126ROOT g_Root2 = ROOT_Pseudo;
127
128bool g_bDiags;
129
130SEQTYPE g_SeqType = SEQTYPE_Auto;
131
132TERMGAPS g_TermGaps = TERMGAPS_Half;
133
134//------------------------------------------------------
135// These parameters depending on the chosen prof-prof
136// score (g_PPScore), initialized to "Undefined".
137float g_dSmoothScoreCeil = fInsane;
138float g_dMinBestColScore = fInsane;
139float g_dMinSmoothScore = fInsane;
140SCORE g_scoreGapOpen = fInsane;
141//------------------------------------------------------
142
143static unsigned atou(const char *s)
144        {
145        return (unsigned) atoi(s);
146        }
147
148const char *MaxSecsToStr()
149        {
150        if (0 == g_ulMaxSecs)
151                return "(No limit)";
152        return SecsToStr(g_ulMaxSecs);
153        }
154
155void ListParams()
156        {
157        Log("\n");
158        Log("%s\n", MUSCLE_LONG_VERSION);
159        Log("http://www.drive5.com/muscle\n");
160        Log("\n");
161        Log("Profile-profile score    %s\n", PPSCOREToStr(g_PPScore));
162        Log("Max iterations           %u\n", g_uMaxIters);
163        Log("Max trees                %u\n", g_uMaxTreeRefineIters);
164        Log("Max time                 %s\n", MaxSecsToStr());
165        Log("Max MB                   %u\n", g_uMaxMB);
166        Log("Gap open                 %g\n", g_scoreGapOpen);
167        Log("Gap extend (dimer)       %g\n", g_scoreGapExtend);
168        Log("Gap ambig factor         %g\n", g_scoreAmbigFactor);
169        Log("Gap ambig penalty        %g\n", g_scoreGapAmbig);
170        Log("Center (LE)              %g\n", g_scoreCenter);
171        Log("Term gaps                %s\n", TERMGAPSToStr(g_TermGaps));
172
173        Log("Smooth window length     %u\n", g_uSmoothWindowLength);
174        Log("Refine window length     %u\n", g_uRefineWindow);
175        Log("Min anchor spacing       %u\n", g_uAnchorSpacing);
176        Log("Min diag length (lambda) %u\n", g_uMinDiagLength);
177        Log("Diag margin (mu)         %u\n", g_uDiagMargin);
178        Log("Min diag break           %u\n", g_uMaxDiagBreak);
179        Log("Hydrophobic window       %u\n", g_uHydrophobicRunLength);
180
181        Log("Hydrophobic gap factor   %g\n", g_dHydroFactor);
182        Log("Smooth score ceiling     %g\n", g_dSmoothScoreCeil);
183        Log("Min best col score       %g\n", g_dMinBestColScore);
184        Log("Min anchor score         %g\n", g_dMinSmoothScore);
185        Log("SUEFF                    %g\n", g_dSUEFF);
186
187        Log("Brenner root MSA         %s\n", BoolToStr(g_bBrenner));
188        Log("Normalize counts         %s\n", BoolToStr(g_bNormalizeCounts));
189        Log("Diagonals (1)            %s\n", BoolToStr(g_bDiags1));
190        Log("Diagonals (2)            %s\n", BoolToStr(g_bDiags2));
191        Log("Anchors                  %s\n", BoolToStr(g_bAnchors));
192        Log("MSF output format        %s\n", BoolToStr(g_bMSF));
193        Log("Phylip interleaved       %s\n", BoolToStr(g_bPHYI));
194        Log("Phylip sequential        %s\n", BoolToStr(g_bPHYS));
195        Log("ClustalW output format   %s\n", BoolToStr(g_bAln));
196        Log("Catch exceptions         %s\n", BoolToStr(g_bCatchExceptions));
197        Log("Quiet                    %s\n", BoolToStr(g_bQuiet));
198        Log("Refine                   %s\n", BoolToStr(g_bRefine));
199        Log("ProdfDB                  %s\n", BoolToStr(g_bProfDB));
200        Log("Low complexity profiles  %s\n", BoolToStr(g_bLow));
201
202        Log("Objective score          %s\n", OBJSCOREToStr(g_ObjScore));
203
204        Log("Distance method (1)      %s\n", DISTANCEToStr(g_Distance1));
205        Log("Clustering method (1)    %s\n", CLUSTERToStr(g_Cluster1));
206        Log("Root method (1)          %s\n", ROOTToStr(g_Root1));
207        Log("Sequence weighting (1)   %s\n", SEQWEIGHTToStr(g_SeqWeight1));
208
209        Log("Distance method (2)      %s\n", DISTANCEToStr(g_Distance2));
210        Log("Clustering method (2)    %s\n", CLUSTERToStr(g_Cluster2));
211        Log("Root method (2)          %s\n", ROOTToStr(g_Root2));
212        Log("Sequence weighting (2)   %s\n", SEQWEIGHTToStr(g_SeqWeight2));
213
214        Log("\n");
215        }
216
217static void SetDefaultsLE()
218        {
219        g_ptrScoreMatrix = &VTML_LA;
220
221        //g_scoreGapOpen = (SCORE) -3.00;
222        //g_scoreCenter = (SCORE) -0.55;
223        g_scoreGapOpen = (SCORE) -2.9;
224        g_scoreCenter = (SCORE) -0.52;
225
226        g_bNormalizeCounts = true;
227
228        //g_dSmoothScoreCeil = 5.0;
229        //g_dMinBestColScore = 4.0;
230        //g_dMinSmoothScore = 2.0;
231        g_dSmoothScoreCeil = 3.0;
232        g_dMinBestColScore = 2.0;
233        g_dMinSmoothScore = 1.0;
234
235        g_Distance1 = DISTANCE_Kmer6_6;
236        g_Distance2 = DISTANCE_PctIdKimura;
237        }
238
239static void SetDefaultsSP()
240        {
241        g_ptrScoreMatrix = &PAM200;
242
243        g_scoreGapOpen = -1439;
244        g_scoreCenter = 0.0;    // center pre-added into score mx
245
246        g_bNormalizeCounts = false;
247
248        g_dSmoothScoreCeil = 200.0;
249        g_dMinBestColScore = 300.0;
250        g_dMinSmoothScore = 125.0;
251
252        g_Distance1 = DISTANCE_Kmer6_6;
253        g_Distance2 = DISTANCE_PctIdKimura;
254        }
255
256static void SetDefaultsSV()
257        {
258        g_ptrScoreMatrix = &VTML_SP;
259
260        g_scoreGapOpen = -300;
261        g_scoreCenter = 0.0;    // center pre-added into score mx
262
263        g_bNormalizeCounts = false;
264
265        g_dSmoothScoreCeil = 90.0;
266        g_dMinBestColScore = 130.0;
267        g_dMinSmoothScore = 40.0;
268
269        g_Distance1 = DISTANCE_Kmer6_6;
270        g_Distance2 = DISTANCE_PctIdKimura;
271        }
272
273//static void SetDefaultsSPN()
274//      {
275//      g_ptrScoreMatrix = &NUC_SP;
276//
277//      g_scoreGapOpen = -400;
278//      g_scoreCenter = 0.0;    // center pre-added into score mx
279//
280//      g_bNormalizeCounts = false;
281//
282//      g_dSmoothScoreCeil = 999.0;             // disable
283//      g_dMinBestColScore = 90;
284//      g_dMinSmoothScore = 90;
285//
286//      g_Distance1 = DISTANCE_Kmer4_6;
287//      g_Distance2 = DISTANCE_PctIdKimura;
288//      }
289
290static void SetDefaultsSPN_DNA()
291        {
292        g_ptrScoreMatrix = &NUC_SP;
293
294        g_scoreGapOpen = -400;
295        g_scoreCenter = 0.0;    // center pre-added into score mx
296        g_scoreGapExtend = 0.0;
297
298        g_bNormalizeCounts = false;
299
300        g_dSmoothScoreCeil = 999.0;             // disable
301        g_dMinBestColScore = 90;
302        g_dMinSmoothScore = 90;
303
304        g_Distance1 = DISTANCE_Kmer4_6;
305        g_Distance2 = DISTANCE_PctIdKimura;
306        }
307
308static void SetDefaultsSPN_RNA()
309        {
310        g_ptrScoreMatrix = &NUC_SP;
311
312        g_scoreGapOpen = -420;
313        g_scoreCenter = -300;   // total center = NUC_EXTEND - 300
314        g_scoreGapExtend = 0.0;
315
316        g_bNormalizeCounts = false;
317
318        g_dSmoothScoreCeil = 999.0;             // disable
319        g_dMinBestColScore = 90;
320        g_dMinSmoothScore = 90;
321
322        g_Distance1 = DISTANCE_Kmer4_6;
323        g_Distance2 = DISTANCE_PctIdKimura;
324        }
325
326static void FlagParam(const char *OptName, bool *ptrParam, bool bValueIfFlagSet)
327        {
328        bool bIsSet = FlagOpt(OptName);
329        if (bIsSet)
330                *ptrParam = bValueIfFlagSet;
331        }
332
333static void StrParam(const char *OptName, const char **ptrptrParam)
334        {
335        const char *opt = ValueOpt(OptName);
336        if (0 != opt)
337                *ptrptrParam = opt;
338        }
339
340static void FloatParam(const char *OptName, float *ptrParam)
341        {
342        const char *opt = ValueOpt(OptName);
343        if (0 != opt)
344                *ptrParam = (float) atof(opt);
345        }
346
347static void UintParam(const char *OptName, unsigned *ptrParam)
348        {
349        const char *opt = ValueOpt(OptName);
350        if (0 != opt)
351                *ptrParam = atou(opt);
352        }
353
354static void EnumParam(const char *OptName, EnumOpt *Opts, int *Param)
355        {
356        const char *Value = ValueOpt(OptName);
357        if (0 == Value)
358                return;
359
360        for (;;)
361                {
362                if (0 == Opts->pstrOpt)
363                        Quit("Invalid parameter -%s %s", OptName, Value);
364                if (0 == stricmp(Value, Opts->pstrOpt))
365                        {
366                        *Param = Opts->iValue;
367                        return;
368                        }
369                ++Opts;
370                }
371        }
372
373static void SetPPDefaultParams()
374        {
375        switch (g_PPScore)
376                {
377        case PPSCORE_SP:
378                SetDefaultsSP();
379                break;
380
381        case PPSCORE_LE:
382                SetDefaultsLE();
383                break;
384
385        case PPSCORE_SV:
386                SetDefaultsSV();
387                break;
388
389        case PPSCORE_SPN:
390                switch (g_Alpha)
391                        {
392                case ALPHA_DNA:
393                        SetDefaultsSPN_DNA();
394                        break;
395                case ALPHA_RNA:
396                        SetDefaultsSPN_RNA();
397                        break;
398                default:
399                        Quit("Invalid alpha %d", g_Alpha);
400                        }
401                break;
402
403        default:
404                Quit("Invalid g_PPScore");
405                }
406        }
407
408static void SetPPCommandLineParams()
409        {
410        FloatParam("GapOpen", &g_scoreGapOpen);
411        FloatParam("GapOpen2", &g_scoreGapOpen2);
412        FloatParam("GapExtend", &g_scoreGapExtend);
413        FloatParam("GapExtend2", &g_scoreGapExtend2);
414        FloatParam("GapAmbig", &g_scoreAmbigFactor);
415        FloatParam("Center", &g_scoreCenter);
416        FloatParam("SmoothScoreCeil", &g_dSmoothScoreCeil);
417        FloatParam("MinBestColScore", &g_dMinBestColScore);
418        FloatParam("MinSmoothScore", &g_dMinSmoothScore);
419
420        EnumParam("Distance", DISTANCE_Opts, (int *) &g_Distance1);
421        EnumParam("Distance", DISTANCE_Opts, (int *) &g_Distance2);
422
423        EnumParam("Distance1", DISTANCE_Opts, (int *) &g_Distance1);
424        EnumParam("Distance2", DISTANCE_Opts, (int *) &g_Distance2);
425        }
426
427void SetPPScore(bool bRespectFlagOpts)
428        {
429        if (bRespectFlagOpts)
430                {
431                if (FlagOpt("SP"))
432                        g_PPScore = PPSCORE_SP;
433                else if (FlagOpt("LE"))
434                        g_PPScore = PPSCORE_LE;
435                else if (FlagOpt("SV"))
436                        g_PPScore = PPSCORE_SV;
437                else if (FlagOpt("SPN"))
438                        g_PPScore = PPSCORE_SPN;
439                }
440
441        switch (g_PPScore)
442                {
443        case PPSCORE_LE:
444        case PPSCORE_SP:
445        case PPSCORE_SV:
446                if (ALPHA_RNA == g_Alpha || ALPHA_DNA == g_Alpha)
447                        g_PPScore = PPSCORE_SPN;
448                break;
449        case PPSCORE_SPN:
450                if (ALPHA_Amino == g_Alpha)
451                        g_PPScore = PPSCORE_LE;
452                break;
453                }
454
455        SetPPDefaultParams();
456        SetPPCommandLineParams();
457
458        if (g_bVerbose)
459                ListParams();
460        }
461
462void SetPPScore(PPSCORE p)
463        {
464        g_PPScore = p;
465        SetPPScore(true);
466        }
467
468static void SetMaxSecs()
469        {
470        float fMaxHours = 0.0;
471        FloatParam("MaxHours", &fMaxHours);
472        if (0.0 == fMaxHours)
473                return;
474        g_ulMaxSecs = (unsigned long) (fMaxHours*60*60);
475        }
476
477static bool CanDoLowComplexity()
478        {
479        if (g_SeqWeight1 != SEQWEIGHT_ClustalW)
480                return false;
481        if (1 == g_uMaxIters)
482                return true;
483        return g_SeqWeight2 == SEQWEIGHT_ClustalW;
484        }
485
486bool MissingCommand()
487        {
488        if (strcmp(g_pstrInFileName, "-"))
489                return false;
490        if (0 != g_pstrFileName1)
491                return false;
492        if (0 != g_pstrSPFileName)
493                return false;
494        return true;
495        }
496
497void SetParams()
498        {
499        SetMaxSecs();
500
501        StrParam("in", &g_pstrInFileName);
502        StrParam("out", &g_pstrOutFileName);
503
504        StrParam("FASTAOut", &g_pstrFASTAOutFileName);
505        StrParam("ClwOut", &g_pstrClwOutFileName);
506        StrParam("ClwStrictOut", &g_pstrClwStrictOutFileName);
507        StrParam("HTMLOut", &g_pstrHTMLOutFileName);
508        StrParam("PHYIOut", &g_pstrPHYIOutFileName);
509        StrParam("PHYSOut", &g_pstrPHYSOutFileName);
510        StrParam("MSFOut", &g_pstrMSFOutFileName);
511
512        StrParam("in1", &g_pstrFileName1);
513        StrParam("in2", &g_pstrFileName2);
514
515        StrParam("Matrix", &g_pstrMatrixFileName);
516        StrParam("SPScore", &g_pstrSPFileName);
517
518        StrParam("UseTree_NoWarn", &g_pstrUseTreeFileName);
519        if (0 != g_pstrUseTreeFileName)
520                g_bUseTreeNoWarn = true;
521
522        StrParam("UseTree", &g_pstrUseTreeFileName);
523        StrParam("ComputeWeights", &g_pstrComputeWeightsFileName);
524        StrParam("ScoreFile", &g_pstrScoreFileName);
525        StrParam("DistMx1", &g_pstrDistMxFileName1);
526        StrParam("DistMx2", &g_pstrDistMxFileName2);
527
528        FlagParam("Core", &g_bCatchExceptions, false);
529        FlagParam("NoCore", &g_bCatchExceptions, true);
530
531        FlagParam("Diags1", &g_bDiags1, true);
532        FlagParam("Diags2", &g_bDiags2, true);
533
534        bool Diags = false;
535        FlagParam("Diags", &Diags, true);
536        if (Diags)
537                {
538                g_bDiags1 = true;
539                g_bDiags2 = true;
540                }
541
542        FlagParam("Anchors", &g_bAnchors, true);
543        FlagParam("NoAnchors", &g_bAnchors, false);
544
545        FlagParam("Quiet", &g_bQuiet, true);
546        FlagParam("Verbose", &g_bVerbose, true);
547        FlagParam("Version", &g_bVersion, true);
548        FlagParam("Stable", &g_bStable, true);
549        FlagParam("Group", &g_bStable, false);
550        FlagParam("Refine", &g_bRefine, true);
551        FlagParam("RefineW", &g_bRefineW, true);
552        FlagParam("ProfDB", &g_bProfDB, true);
553        FlagParam("SW", &g_bSW, true);
554        FlagParam("ClusterOnly", &g_bClusterOnly, true);
555        FlagParam("Profile", &g_bProfile, true);
556        FlagParam("PPScore", &g_bPPScore, true);
557        FlagParam("Brenner", &g_bBrenner, true);
558        FlagParam("Dimer", &g_bDimer, true);
559
560        FlagParam("MSF", &g_bMSF, true);
561        FlagParam("PHYI", &g_bPHYI, true);
562        FlagParam("PHYS", &g_bPHYS, true);
563        FlagParam("clw", &g_bAln, true);
564        FlagParam("HTML", &g_bHTML, true);
565        FlagParam("FASTA", &g_bFASTA, true);
566        FlagParam("PAS", &g_bPAS, true);
567        FlagParam("MakeTree", &g_bMakeTree, true);
568
569        if (g_bStable)
570                Quit("-stable not supported in this version of muscle");
571
572        bool b = false;
573        FlagParam("clwstrict", &b, true);
574        if (b)
575                {
576                g_bAln = true;
577                g_bClwStrict = true;
578                }
579
580        UintParam("MaxIters", &g_uMaxIters);
581        UintParam("MaxTrees", &g_uMaxTreeRefineIters);
582        UintParam("SmoothWindow", &g_uSmoothWindowLength);
583        UintParam("RefineWindow", &g_uRefineWindow);
584        UintParam("FromWindow", &g_uWindowFrom);
585        UintParam("ToWindow", &g_uWindowTo);
586        UintParam("SaveWindow", &g_uSaveWindow);
587        UintParam("WindowOffset", &g_uWindowOffset);
588        UintParam("AnchorSpacing", &g_uAnchorSpacing);
589        UintParam("DiagLength", &g_uMinDiagLength);
590        UintParam("DiagMargin", &g_uDiagMargin);
591        UintParam("DiagBreak", &g_uMaxDiagBreak);
592        UintParam("MaxSubFam", &g_uMaxSubFamCount);
593
594        UintParam("Hydro", &g_uHydrophobicRunLength);
595        FlagParam("TomHydro", &g_bTomHydro, true);
596        if (g_bTomHydro)
597                g_uHydrophobicRunLength = 0;
598
599        FloatParam("SUEFF", &g_dSUEFF);
600        FloatParam("HydroFactor", &g_dHydroFactor);
601
602        EnumParam("ObjScore", OBJSCORE_Opts, (int *) &g_ObjScore);
603        EnumParam("TermGaps", TERMGAPS_Opts, (int *) &g_TermGaps);
604
605        EnumParam("Weight", SEQWEIGHT_Opts, (int *) &g_SeqWeight1);
606        EnumParam("Weight", SEQWEIGHT_Opts, (int *) &g_SeqWeight2);
607
608        EnumParam("Weight1", SEQWEIGHT_Opts, (int *) &g_SeqWeight1);
609        EnumParam("Weight2", SEQWEIGHT_Opts, (int *) &g_SeqWeight2);
610
611        EnumParam("Cluster", CLUSTER_Opts, (int *) &g_Cluster1);
612        EnumParam("Cluster", CLUSTER_Opts, (int *) &g_Cluster2);
613
614        EnumParam("Cluster1", CLUSTER_Opts, (int *) &g_Cluster1);
615        EnumParam("Cluster2", CLUSTER_Opts, (int *) &g_Cluster2);
616
617        EnumParam("Root1", ROOT_Opts, (int *) &g_Root1);
618        EnumParam("Root2", ROOT_Opts, (int *) &g_Root2);
619
620        EnumParam("SeqType", SEQTYPE_Opts, (int *) &g_SeqType);
621
622        g_scoreGapAmbig = g_scoreGapOpen*g_scoreAmbigFactor;
623        g_bLow = CanDoLowComplexity();
624
625        if (g_bDimer)
626                g_bPrecompiledCenter = false;
627
628        UintParam("MaxMB", &g_uMaxMB);
629        if (0 == ValueOpt("MaxMB"))
630                g_uMaxMB = (unsigned) (GetRAMSizeMB()*DEFAULT_MAX_MB_FRACT);
631        }
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.