source: trunk/GDE/PHYML20130708/phyml/src/cl.c

Last change on this file was 10307, checked in by aboeckma, 11 years ago

added most recent version of phyml
File size: 36.5 KB
Line 
1/*
2
3PhyML:  a program that  computes maximum likelihood phyLOGenies from
4DNA or AA homoLOGous sequences.
5
6Copyright (C) Stephane Guindon. Oct 2003 onward.
7
8All parts of the source except where indicated are distributed under
9the GNU public licence. See http://www.opensource.org for details.
10
11*/
12
13#include "cl.h"
14
15
16/*********************************************************/
17/**
18* Fill the Option fields, with the argc array
19*/
20int Read_Command_Line(option *io, int argc, char **argv)
21{
22  int c;
23  int idx;
24  int writemode;
25
26  if(argc == 1) Exit("\n. No argument was passed to the program. Please check the documentation. \n");
27
28  struct option longopts[] =
29    {
30      {"n_rgrft",           required_argument,NULL,0},
31      {"n_globl",           required_argument,NULL,1},
32      {"max_dist",          required_argument,NULL,2},
33      {"n_optim",           required_argument,NULL,3},
34      {"n_best",            required_argument,NULL,4},
35      {"model",             required_argument,NULL,5},
36      {"search",            required_argument,NULL,6},
37      {"datatype",          required_argument,NULL,7},
38      {"multiple",          required_argument,NULL,8},
39      {"input",             required_argument,NULL,9},
40      {"bootstrap",         required_argument,NULL,10},
41      {"ts/tv",             required_argument,NULL,11},
42      {"nclasses",          required_argument,NULL,12},
43      {"pinv",              required_argument,NULL,13},
44      {"alpha",             required_argument,NULL,14},
45      {"inputtree",         required_argument,NULL,15},
46      {"min_diff_lk_local", required_argument,NULL,16},
47      {"min_diff_lk_global",required_argument,NULL,17},
48      {"steph_spr",         no_argument,NULL,18},
49      {"brent_it_max",      required_argument,NULL,19},
50      {"rand_start",        no_argument,NULL,20},
51      {"n_rand_starts",     required_argument,NULL,21},
52      {"sequential",        no_argument,NULL,22},
53      {"inside_opt",        no_argument,NULL,23},
54      {"p_moves",           required_argument,NULL,24},
55      {"fast_nni",          no_argument,NULL,25},
56      {"g_pars",            no_argument,NULL,26},
57      {"r_seed",            required_argument,NULL,27},
58      {"collapse_boot",     required_argument,NULL,28},
59      {"random_boot",       required_argument,NULL,29},
60      {"print_trace",       no_argument,NULL,30},
61      {"print_site_lnl",    no_argument,NULL,31},
62      {"print_site_lk",    no_argument,NULL,31},
63      {"cov",               no_argument,NULL,32},
64      {"cov_delta",         required_argument,NULL,33},
65      {"cov_alpha",         required_argument,NULL,34},
66      {"cov_ncats",         required_argument,NULL,35},
67      {"ps",                no_argument,NULL,36},
68      {"cov_free",          no_argument,NULL,37},
69      {"no_gap",            no_argument,NULL,38},
70      {"n_rr_branch",       required_argument,NULL,39},
71      {"append",            no_argument,NULL,40},
72      {"no_five_branch",    no_argument,NULL,41},
73      {"pars_thresh",       required_argument,NULL,42},
74      {"min_diff_lk_move",  required_argument,NULL,43},
75      {"hybrid",            no_argument,NULL,44},
76      {"use_median",        no_argument,NULL,45},
77      {"run_id",            required_argument,NULL,46},
78      {"pars",              no_argument,NULL,47},
79      {"quiet",             no_argument,NULL,48},
80      {"version",           no_argument,NULL,49},
81      {"calibration_file",    required_argument,NULL,50},
82      {"calibration",         required_argument,NULL,50},
83      {"clade_file",          required_argument,NULL,50},
84      {"boot_progress_every", required_argument,NULL,51},
85      {"aa_rate_file",        required_argument,NULL,52},
86      {"chain_len",           required_argument,NULL,53},
87      {"sample_freq",         required_argument,NULL,54},
88      {"burnin",              required_argument,NULL,55},
89      {"no_memory_check",     no_argument,NULL,56},
90      {"no_colalias",         no_argument,NULL,57},
91      {"alias_subpatt",       no_argument,NULL,58},     
92      {"no_sequences",        no_argument,NULL,59},     
93      {"prior",               no_argument,NULL,59},     
94      {"fastlk",              no_argument,NULL,60},     
95      {"free_rates",          no_argument,NULL,61},
96      {"freerates",           no_argument,NULL,61},
97      {"is",                  no_argument,NULL,62},
98      // no 63 since it corresponds to character '?'
99      {"rate_model",          required_argument,NULL,64},
100      {"ratemodel",           required_argument,NULL,64},
101      {"log_l",               no_argument,NULL,65},
102      {"gamma_lens",          no_argument,NULL,66},
103      {"il",                  no_argument,NULL,66},
104      {"codpos",              required_argument,NULL,67},
105      {"constraint_file",     required_argument,NULL,68},
106      {"constraint_tree",     required_argument,NULL,68},
107      {"help",                no_argument,NULL,69},
108      {"mutmap",              no_argument,NULL,70},
109      {"parvals",             required_argument,NULL,71},
110      {"constrained_lens",    no_argument,NULL,72},
111      {"xml",                 required_argument,NULL,73},
112      {"l_var",               required_argument,NULL,74},
113      {0,0,0,0}
114    };
115
116  io->datatype = UNDEFINED;
117
118  writemode = 1;
119  #ifndef PHYML
120  int open_ps_file = 0;
121  #endif
122  idx=-1;
123
124    do
125    {     
126
127      c = getopt_long(argc,argv,"qi:d:m:b:n:t:f:zk:v:c:a:u:ho:s:x:g:l:ep",longopts,&idx);
128
129      switch(c)
130        {
131        case 74:
132          {
133            io->mod->l_var_sigma = String_To_Dbl(optarg);
134            break;
135          }
136        case 73:
137          {
138#ifndef SERGEII
139            Free_Optimiz(io->mod->s_opt);
140            M4_Free_M4_Model(io->mod->m4mod);
141            Free_Model_Basic(io->mod);
142            Free_Input(io);
143            PhyML_XML(optarg);
144            return 0;
145#endif
146
147#ifdef SERGEII           
148            Free_Optimiz(io->mod->s_opt);
149            M4_Free_M4_Model(io->mod->m4mod);
150            Free_Model_Basic(io->mod);
151            Free_Input(io);
152            PhyTime_XML(optarg);
153            return 0;
154#endif
155          }
156        case 72:
157          {
158            io->mod->s_opt->constrained_br_len = YES;
159            break;
160          }
161        case 71:
162          {
163            io->mcmc->in_fp_par = fopen(optarg,"r");
164            io->mcmc->randomize = NO;
165            break;
166          }
167        case 70:
168          {
169            io->mutmap = YES;
170            break;
171          }
172        case 68:
173          {
174            char *tmp;
175            tmp = (char *)mCalloc(T_MAX_FILE, sizeof(char));
176
177            if(strlen(optarg) > T_MAX_FILE -11)
178              {
179                char choix;
180                strcpy (tmp, "\n. The file name'");
181                strcat (tmp, optarg);
182                strcat (tmp, "' is too long.\n");
183                PhyML_Printf("%s",tmp);
184                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
185                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
186                Exit("\n");
187              }
188            else if (!Filexists (optarg))
189              {
190                char choix;
191                strcpy (tmp, "\n. The file '");
192                strcat (tmp, optarg);
193                strcat (tmp, "' doesn't exist.\n");
194                PhyML_Printf("%s",tmp);
195                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
196                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
197                Exit("\n");
198              }
199            else
200              {
201                strcpy(io->in_constraint_tree_file, optarg);
202                io->fp_in_constraint_tree = Openfile(io->in_constraint_tree_file,0);
203              }
204            Free(tmp);
205            break;
206          }
207        case 67:
208          {
209            phydbl pos;
210            pos = atof(optarg);
211            io->codpos = (int)pos;
212            if(io->codpos < 1 || io->codpos > 3)
213              {
214                char choix;
215                PhyML_Printf("\n. Coding position must be set to 1, 2 or 3.\n");
216                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
217                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
218                Exit("\n");
219              }
220            break;
221           
222            break;
223          }
224        case 66:
225          {
226            io->mod->gamma_mgf_bl = YES;
227            io->mod->s_opt->opt_gamma_br_len = YES;
228            break;
229          }
230        case 65:
231          {
232            io->mod->log_l = YES;
233            break;
234          }
235        case 64:
236          {
237            char *s;
238            int i;
239            s = (char *)mCalloc(T_MAX_NAME,sizeof(char));
240            i = 0;
241            while(optarg[i++]) s[i]=tolower(optarg[i]);
242            if(!strcmp(optarg,"gbd")) io->rates->model               = THORNE;
243            else if(!strcmp(optarg,"gbs")) io->rates->model          = GUINDON;
244            else if(!strcmp(optarg,"gamma")) io->rates->model        = GAMMA;
245            else if(!strcmp(optarg,"clock")) io->rates->model        = STRICTCLOCK;
246            else if(!strcmp(optarg,"strictclock")) io->rates->model  = STRICTCLOCK;
247            else if(!strcmp(optarg,"strict_clock")) io->rates->model = STRICTCLOCK;
248            else 
249              {
250                PhyML_Printf("\n. rate_model should be 'gbs', 'gbd', 'gamma' or 'clock'.");
251                Exit("\n");
252              }
253            Free(s);
254            break;
255          }
256       
257       
258        case 62:
259          {
260            io->mcmc->is = YES;
261            break;
262          }
263        case 61:
264          {
265            io->mod->ras->free_mixt_rates            = YES;
266            io->mod->s_opt->opt_free_mixt_rates = YES;
267            break;
268          }
269        case 60:
270          {
271            io->lk_approx = NORMAL;             
272            break;
273          }
274        case 59:
275          {
276            io->mcmc->use_data = NO;
277            break;
278          }
279        case 58:
280          {
281            io->do_alias_subpatt = YES;
282            break;
283          }
284        case 57:
285          {         
286            io->colalias = NO;
287            break;
288          }
289        case 56:
290          {
291            io->mem_question = NO;
292            break;
293          }
294        case 55:
295          {
296            phydbl len;
297            len = atof(optarg);
298            io->mcmc->chain_len_burnin = (int)len;
299            if(io->mcmc->chain_len_burnin < 1)
300              {
301                char choix;
302                PhyML_Printf("\n. chain_len_burnin must be an integer greater than 0.\n");
303                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
304                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
305                Exit("\n");
306              }
307            break;
308          }       
309        case 54:
310          {
311            phydbl len;
312            len = atof(optarg);
313            io->mcmc->sample_interval = (int)len;
314            if(io->mcmc->sample_interval < 1)
315              {
316                char choix;
317                PhyML_Printf("\n. sample_interval must be an integer greater than 0.\n");
318                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
319                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
320                Exit("\n");
321              }
322            break;
323          }       
324        case 53:
325          {
326            phydbl len;
327            len = atof(optarg);
328            io->mcmc->chain_len = (int)len;
329            if(io->mcmc->chain_len < 1)
330              {
331                char choix;
332                PhyML_Printf("\n. chain_len must be an integer greater than 0.\n");
333                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
334                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
335                Exit("\n");
336              }
337            break;
338          }       
339        case 52:
340          {
341            char *s;
342            s = (char *)mCalloc(T_MAX_FILE, sizeof(char));
343            strcpy(s,optarg);
344            io->mod->fp_aa_rate_mat = Openfile(s,0);
345            strcpy(io->mod->aa_rate_mat_file->s,s);
346            Free(s);
347            break;
348          }
349        case 51:
350          {
351            io->boot_prog_every = atoi(optarg);
352            if(io->boot_prog_every < 1)
353              {
354                char choix;
355                PhyML_Printf("\n. boot_progress_every must be an integer greater than 0.\n");
356                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
357                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
358                Exit("\n");
359              }
360            break;
361          }
362        case 50:
363          {
364            strcpy(io->clade_list_file,optarg);
365            break;
366          }
367        case 49:
368          {
369            PhyML_Printf("\n. This is PhyML version %s.\n\n",VERSION);
370            Exit("");
371            break;
372          }       
373        case 48 : 
374          {
375            io->quiet = 1;
376            break;
377          }
378        case 'p' : case 47 : 
379          {
380            io->in_tree = 1;
381            break;
382          }
383        case 46 : 
384          {
385            io->append_run_ID = YES;
386            strcpy(io->run_id_string,optarg);
387            break;
388          }
389        case 45 : 
390          {
391            io->mod->ras->gamma_median = 1;
392            break;
393          }
394        case 44 :
395          {
396            io->mod->s_opt->hybrid_thresh = 0;
397            break;
398          }
399        case 43 :
400          {
401            io->mod->s_opt->min_diff_lk_move = atof(optarg);
402            if(io->mod->s_opt->min_diff_lk_move < 0)
403              {
404                char choix;
405                PhyML_Printf("\n. Min_diff_lk_move must be a double greater than 0.\n");
406                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
407                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
408                Exit("\n");
409              }
410            break;
411          }
412        case 42 :
413          {
414            io->mod->s_opt->pars_thresh = (int)atoi(optarg);
415            if(io->mod->s_opt->pars_thresh < 0)
416              {
417                PhyML_Printf("\n. The parsimony threshold must be an integer greater than 0.\n");
418                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
419                Exit("\n");
420              }
421            break;
422          }
423        case 41 :
424          {
425            io->mod->s_opt->opt_five_branch = 0;
426            break;
427          }
428        case 40 :
429          {
430            writemode = 2;
431            break;
432          }
433        case 39 :
434          {
435            break;
436          }
437        case 38 :
438          {
439            io->rm_ambigu = 1;
440            break;
441          }
442        case 37 :
443          {
444            io->mod->s_opt->opt_cov_free_rates = YES;
445            io->mod->m4mod->use_cov_alpha      = NO;
446            io->mod->m4mod->use_cov_free       = YES;
447            break;
448          }
449        case 36 :
450          {
451            #ifndef PHYML
452            open_ps_file = 1;
453            #endif
454            break;
455          }
456        case 35 :
457          {
458            io->mod->m4mod->n_h = (int)atoi(optarg);
459           
460            if(io->mod->m4mod->n_h < 1)
461              {
462                char choix;
463                PhyML_Printf("\n. The number of classes must be greater than 0.\n");
464                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
465                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
466                Exit("\n");
467              }
468            break;
469          }
470        case 34 :
471          {
472            io->mod->m4mod->use_cov_alpha = 1;
473            io->mod->m4mod->use_cov_free  = 0;
474           
475            if(!strcmp(optarg,"e") || !strcmp(optarg,"E") ||
476               !strcmp(optarg,"estimated") || !strcmp(optarg,"ESTIMATED"))
477              {
478                io->mod->s_opt->opt_cov_alpha = 1;
479                io->mod->m4mod->alpha         = 1.0;
480              }
481            else
482              {
483                io->mod->m4mod->alpha = (phydbl)atof(optarg);
484               
485                if(io->mod->m4mod->alpha < 1.E-5)
486                  {
487                    char choix;
488                    PhyML_Printf("\n. The value of alpha must be greater than 1.E-5.\n");
489                    PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
490                    if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
491                    Exit("\n");
492                  }
493              }
494            break;
495          }
496        case 33 :
497          {
498            if(!strcmp(optarg,"e") || !strcmp(optarg,"E") ||
499               !strcmp(optarg,"estimated") || !strcmp(optarg,"ESTIMATED"))
500              {
501                io->mod->s_opt->opt_cov_delta = YES;
502                io->mod->m4mod->delta         = 1.0;
503              }
504            else
505              {
506                io->mod->m4mod->delta = (phydbl)atof(optarg);
507               
508                if(atof(optarg) < 1.E-10)
509                  {
510                    char choix;
511                    PhyML_Printf("\n. The value of delta must be larger than 1.E-10.\n");
512                    PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
513                    if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
514                    Exit("\n");
515                  }
516              }
517            break;
518          }
519        case 32 :
520          {
521            io->mod->use_m4mod = YES;
522            break;
523          }
524        case 31 :
525          {
526            io->print_site_lnl = YES;
527            break;
528          }
529        case 30 :
530          {
531            io->print_trace = YES;
532            break;
533          }
534        case 29 :
535          {
536            io->random_boot_seq_order = (int)atoi(optarg);
537            break;
538          }
539        case 28 :
540          {
541            io->collapse_boot = (int)atoi(optarg);
542            break;
543          }
544        case 27 :
545          {
546            io->r_seed = (int)atoi(optarg);
547            break;
548          }
549        case 26 :
550          {
551            io->mod->s_opt->general_pars = YES;
552            break;
553          }
554        case 25 :
555          {
556            io->mod->s_opt->fast_nni = YES;
557            break;
558          }
559        case 24 :
560          {
561            io->mod->s_opt->p_moves_to_examine = (phydbl)atof(optarg);
562            break;
563          }
564        case 23 :
565          {
566            io->mod->s_opt->wim_inside_opt = 1;
567            break;
568          }
569        case 0 :
570          {
571            io->mod->s_opt->wim_n_rgrft = atoi(optarg);
572            break;
573          }
574        case 1 :
575          {
576            io->mod->s_opt->wim_n_globl = atoi(optarg);
577            break;
578          }
579        case 2 :
580          {
581            io->mod->s_opt->wim_max_dist = atoi(optarg);
582            break;
583          }
584        case 3 :
585          {
586            io->mod->s_opt->wim_n_optim = atoi(optarg);
587            break;
588          }
589        case 4 :
590          {
591            io->mod->s_opt->wim_n_best = atoi(optarg);
592            break;
593          }
594        case 16 :
595          {
596            io->mod->s_opt->min_diff_lk_local = atof(optarg);
597            break;
598          }
599        case 17 :
600          {
601            io->mod->s_opt->min_diff_lk_global = atof(optarg);
602            break;
603          }
604        case 18 :
605          {
606            io->mod->s_opt->steph_spr = 0;
607            io->mod->s_opt->greedy    = 1;
608            break;
609          }
610        case 19 :
611          {
612            io->mod->s_opt->brent_it_max = atoi(optarg);
613            break;
614          }
615        case 20 :
616          {
617            io->mod->s_opt->random_input_tree = 1;
618            break;
619          }
620        case 21 :
621          {
622            io->mod->s_opt->random_input_tree = 1;
623            io->mod->s_opt->n_rand_starts = atoi(optarg);
624            if(io->mod->s_opt->n_rand_starts < 1) Exit("\n== Number of random starting trees must be > 0.\n\n");
625          }
626        case 's':case 6:
627          {
628            if((!strcmp(optarg,"spr")) || (!strcmp(optarg,"SPR")))
629              {
630                io->mod->s_opt->topo_search = SPR_MOVE;
631                io->mod->s_opt->greedy      = (io->mod->s_opt->steph_spr)?(0):(1);
632              }
633            else if((!strcmp(optarg,"nni")) || (!strcmp(optarg,"NNI")))
634              {
635                io->mod->s_opt->topo_search         = NNI_MOVE;
636                io->mod->s_opt->random_input_tree   = 0;
637              }
638            else if((!strcmp(optarg,"best")) || (!strcmp(optarg,"BEST")))
639              {
640                io->mod->s_opt->topo_search = BEST_OF_NNI_AND_SPR;
641                io->mod->s_opt->greedy      = (io->mod->s_opt->steph_spr)?(0):(1);
642              }
643            break;
644          }
645         
646        case 'd':case 7:
647          {
648            if(!strcmp(optarg,"nt"))
649              {
650                io->datatype        = NT;
651                io->mod->ns         = 4;
652                io->mod->m4mod->n_o = 4;
653               
654                if(
655                   (io->mod->whichmodel == LG)        ||
656                   (io->mod->whichmodel == WAG)       ||
657                   (io->mod->whichmodel == DAYHOFF)   ||
658                   (io->mod->whichmodel == JTT)       ||
659                   (io->mod->whichmodel == BLOSUM62)  ||
660                   (io->mod->whichmodel == MTREV)     ||
661                   (io->mod->whichmodel == RTREV)     ||
662                   (io->mod->whichmodel == CPREV)     ||
663                   (io->mod->whichmodel == DCMUT)     ||
664                   (io->mod->whichmodel == VT)        ||
665                   (io->mod->whichmodel == MTMAM)     ||
666                   (io->mod->whichmodel == MTART)     ||
667                   (io->mod->whichmodel == HIVW)      ||
668                   (io->mod->whichmodel == HIVB)      ||
669                   (io->mod->whichmodel == CUSTOMAA)
670                   )
671                  {
672                    io->mod->whichmodel = HKY85;
673                    strcpy(io->mod->modelname->s, "HKY85\0");
674                  }
675              }
676            else if (!strcmp(optarg,"aa"))
677              {
678                io->datatype              = AA;
679                io->mod->s_opt->opt_kappa = NO;
680                io->mod->ns               = 20;
681                io->mod->m4mod->n_o       = 20;
682
683                if(
684                   (io->mod->whichmodel == JC69)   ||
685                   (io->mod->whichmodel == K80)    ||
686                   (io->mod->whichmodel == F81)    ||
687                   (io->mod->whichmodel == HKY85)  ||
688                   (io->mod->whichmodel == F84)    ||
689                   (io->mod->whichmodel == TN93)   ||
690                   (io->mod->whichmodel == GTR)    ||
691                   (io->mod->whichmodel == CUSTOM)
692                   )
693                  {
694                    io->mod->whichmodel = LG;
695                    strcpy(io->mod->modelname->s, "LG\0");
696                  }
697              }
698            else if ((!strcmp(optarg,"generic")) || (!strcmp(optarg,"gen")))
699              {
700                io->datatype = GENERIC;
701              }
702            else
703              {
704                char choix;
705                PhyML_Printf("\n. Unknown argument to -d option: please use `nt' for DNA or `aa' for Amino-Acids\n");
706                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
707                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
708                Exit("\n");
709              }
710           
711            break;
712          }
713        case 'm': case 5 :
714          {
715            int i;
716           
717            For(i,strlen(optarg)) Uppercase(optarg+i);
718           
719            if(!isalpha(optarg[0]))
720              {
721                strcpy(io->mod->custom_mod_string->s,optarg);
722               
723                if(strlen(io->mod->custom_mod_string->s) != 6)
724                  {
725                    Warn_And_Exit("\n. The string should be of length 6.\n");
726                  }
727                else
728                  {
729                    /* Make_Custom_Model(io->mod); */
730                    /* Translate_Custom_Mod_String(io->mod); */
731                  }
732               
733                io->datatype              = NT;
734                io->mod->whichmodel       = CUSTOM;
735                strcpy(io->mod->modelname->s, "custom");
736                io->mod->s_opt->opt_kappa = NO;
737                io->mod->s_opt->opt_rr    = YES;
738              }
739           
740            else if (strcmp(optarg, "JC69") == 0)
741              {
742                io->datatype              = NT;
743                io->mod->whichmodel       = JC69;
744              }
745            else if(strcmp(optarg, "K80") == 0)
746              {
747                io->datatype              = NT;
748                io->mod->whichmodel       = K80;
749              }
750            else if(strcmp(optarg, "F81") == 0)
751              {
752                io->datatype              = NT;
753                io->mod->whichmodel       = F81;
754              }
755            else if (strcmp(optarg, "HKY85") == 0)
756              {
757                io->datatype              = NT;
758                io->mod->whichmodel       = HKY85;
759              }
760            else if(strcmp(optarg, "F84") == 0)
761              {
762                io->datatype              = NT;
763                io->mod->whichmodel       = F84;
764              }
765            else if (strcmp (optarg,"TN93") == 0)
766              {
767                io->datatype              = NT;
768                io->mod->whichmodel       = TN93;
769              }
770            else if(strcmp (optarg, "GTR") == 0)
771              {
772                io->datatype              = NT;
773                io->mod->whichmodel       = GTR;
774              }
775            else if(strcmp(optarg, "DAYHOFF") == 0)
776              {
777                io->datatype              = AA;
778                io->mod->whichmodel       = DAYHOFF;
779              }
780            else if(strcmp (optarg, "JTT") == 0)
781              {
782                io->datatype              = AA;
783                io->mod->whichmodel       = JTT;
784              }
785            else if(strcmp(optarg, "MTREV") == 0)
786              {
787                io->datatype             = AA;
788                io->mod->whichmodel      = MTREV;
789              }
790            else if(strcmp (optarg, "LG") == 0)
791              {
792                io->datatype              = AA;
793                io->mod->whichmodel       = LG;
794              }
795            else if(strcmp (optarg, "WAG") == 0)
796              {
797                io->datatype              = AA;
798                io->mod->whichmodel       = WAG;
799              }
800            else if(strcmp(optarg, "DCMUT") == 0)
801              {
802                io->datatype              = AA;
803                io->mod->whichmodel       = DCMUT;
804              }
805            else if(strcmp (optarg, "RTREV") == 0)
806              {
807                io->datatype              = AA;
808                io->mod->whichmodel       = RTREV;
809              }
810            else if(strcmp(optarg, "CPREV") == 0)
811              {
812                io->datatype              = AA;
813                io->mod->whichmodel       = CPREV;
814              }
815            else if(strcmp(optarg, "VT") == 0)
816              {
817                io->datatype              = AA;
818                io->mod->whichmodel       = VT;
819              }
820            else if(strcmp(optarg, "BLOSUM62") == 0)
821              {
822                io->datatype              = AA;
823                io->mod->whichmodel       = BLOSUM62;
824              }
825            else if(strcmp(optarg, "MTMAM") == 0)
826              {
827                io->datatype              = AA;
828                io->mod->whichmodel       = MTMAM;
829              }
830            else if (strcmp(optarg,"MTART") == 0)
831              {
832                io->datatype              = AA;
833                io->mod->whichmodel       = MTART;
834              }
835            else if (strcmp(optarg,"HIVW") == 0)
836              {
837                io->datatype              = AA;
838                io->mod->whichmodel       = HIVW;
839              }
840            else if(strcmp(optarg, "HIVB") == 0)
841              {
842                io->datatype              = AA;
843                io->mod->whichmodel       = HIVB;
844              }
845            else if (strcmp(optarg, "CUSTOM") == 0)
846              {
847                io->datatype              = AA;
848                io->mod->whichmodel       = CUSTOMAA;
849              }
850            else
851              {
852                PhyML_Printf("\n. The model name is incorrect. Please see the documentation.\n");
853                Exit("\n");
854              }
855
856            Set_Model_Name(io->mod);
857           
858            break;
859          }
860         
861        case 'a':case 14 :
862          {
863            if ((strcmp (optarg, "e") == 0) ||
864                (strcmp (optarg, "E") == 0) ||
865                (strcmp (optarg, "estimated") == 0) ||
866                (strcmp (optarg, "ESTIMATED") == 0))
867              {
868                io->mod->s_opt->opt_alpha = YES;
869              }
870            else if (atof(optarg) < 1.E-10)
871              {
872                char choix;
873                PhyML_Printf("\n. Alpha must be > 1.E-10.\n");
874                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
875                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
876                Exit("\n");
877              }
878            else
879              {
880                io->mod->ras->alpha->v = (phydbl)atof(optarg);
881                io->mod->s_opt->opt_alpha  = 0;
882              }
883            break;
884          }
885        case 'b':case 10:
886          {
887            if ((int)String_To_Dbl(optarg) < -5)
888              {
889                char choix;
890                PhyML_Printf("\n. Branch test value must be a positive integer for bootstrap, or between -1 and -4 for aLRT branch test\n");
891                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
892                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
893                Exit("\n");
894              }
895            else
896              {
897                if((int)String_To_Dbl(optarg) > 0)
898                  {
899                    io->ratio_test       = 0;
900                    io->mod->bootstrap   = (int)atoi(optarg);
901                    io->print_boot_trees = 1;
902                   
903                    if(io->n_data_sets > 1)
904                      {
905                        char choix;
906                        PhyML_Printf("\n. Bootstrap option is not allowed with multiple data sets\n");
907                        PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
908                        if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
909                        Exit("\n");
910                      }
911                  }
912                else if (atoi(optarg)==0)
913                  {
914                    io->mod->bootstrap = 0;
915                    io->ratio_test     = 0;
916                  }
917                else
918                  {
919                    io->mod->bootstrap = 0;
920                    io->ratio_test     = -(int)atoi(optarg);
921                  }
922              }
923            break;
924          }
925        case 'c':case 12:
926          {
927            if ((!atoi(optarg)) || (atoi(optarg) < 0))
928              {
929                char choix;
930                PhyML_Printf("\n. Unknown argument to -c option: the number of rate categories must be a positive integer\n");
931                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
932                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");               
933                Exit("\n");
934              }
935            else 
936              {
937                io->mod->ras->n_catg = atoi(optarg);
938                if(io->mod->ras->n_catg < 1) 
939                  {
940                    PhyML_Printf("\n. The number of rate categories must be a positive integer\n");
941                    Exit("\n");
942                  }
943              }
944            break;
945          }
946        case 'f':
947          {
948            if(!strcmp(optarg,"e"))
949              {
950                if(io->datatype == NT)
951                  io->mod->s_opt->opt_state_freq = NO;
952                else if (io->datatype == AA)
953                  io->mod->s_opt->opt_state_freq = YES;
954                else
955                  {
956                    PhyML_Printf("\n. Please define the data type (nt or aa) before setting the -f option\n");
957                    Exit("\n");
958                  }
959              }
960            else if(!strcmp(optarg,"m"))
961              {
962                if (io->datatype == NT)
963                  io->mod->s_opt->opt_state_freq = YES;
964                else if (io->datatype == AA)
965                  io->mod->s_opt->opt_state_freq = NO;
966                else
967                  {
968                    PhyML_Printf("\n. Please define the data type (nt or aa) before setting the -f option\n");
969                    Exit("\n");
970                  }
971              }
972            else if(!isalpha(optarg[0]))
973              {
974                phydbl sum;
975                double val1,val2,val3,val4;
976               
977                io->mod->s_opt->opt_state_freq  = 0;
978                io->mod->s_opt->user_state_freq = 1;
979               
980                /*              sscanf(optarg,"%lf,%lf,%lf,%lf", */
981                /*                     io->mod->user_b_freq, */
982                /*                     io->mod->user_b_freq+1, */
983                /*                     io->mod->user_b_freq+2, */
984                /*                     io->mod->user_b_freq+3); */
985                sscanf(optarg,"%lf,%lf,%lf,%lf",&val1,&val2,&val3,&val4);
986                io->mod->user_b_freq->v[0] = (phydbl)val1;
987                io->mod->user_b_freq->v[1] = (phydbl)val2;
988                io->mod->user_b_freq->v[2] = (phydbl)val3;
989                io->mod->user_b_freq->v[3] = (phydbl)val4;
990               
991                sum =
992                  (io->mod->user_b_freq->v[0] +
993                   io->mod->user_b_freq->v[1] +
994                   io->mod->user_b_freq->v[2] +
995                   io->mod->user_b_freq->v[3]);
996               
997                io->mod->user_b_freq->v[0] /= sum;
998                io->mod->user_b_freq->v[1] /= sum;
999                io->mod->user_b_freq->v[2] /= sum;
1000                io->mod->user_b_freq->v[3] /= sum;
1001               
1002               
1003                if(io->mod->user_b_freq->v[0] < .0 ||
1004                   io->mod->user_b_freq->v[1] < .0 ||
1005                   io->mod->user_b_freq->v[2] < .0 ||
1006                   io->mod->user_b_freq->v[3] < .0 ||
1007                   io->mod->user_b_freq->v[0] > 1. ||
1008                   io->mod->user_b_freq->v[1] > 1. ||
1009                   io->mod->user_b_freq->v[2] > 1. ||
1010                   io->mod->user_b_freq->v[3] > 1.)
1011                  {
1012                    Warn_And_Exit("\n. Invalid base frequencies.\n");
1013                  }
1014              }
1015            break;
1016          }
1017         
1018        case 'h':case 69:
1019          {
1020            Usage();
1021            break;
1022          }
1023         
1024        case 'i':case 9:
1025          {
1026            char *tmp;
1027            tmp = (char *) mCalloc (T_MAX_FILE, sizeof(char));
1028            if (strlen (optarg) > T_MAX_FILE -16)
1029              {
1030                char choix;
1031                strcpy (tmp, "\n. The file name'");
1032                strcat (tmp, optarg);
1033                strcat (tmp, "' is too long.\n");
1034                PhyML_Printf("%s",tmp);
1035                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
1036                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
1037                Exit("\n");
1038              }
1039           
1040            else if (!Filexists (optarg))
1041              {
1042                char choix;
1043                strcpy (tmp, "\n. The file '");
1044                strcat (tmp, optarg);
1045                strcat (tmp, "' does not exist.\n");
1046                PhyML_Printf("%s",tmp);
1047                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
1048                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
1049                Exit("\n");
1050              }
1051            else
1052              {
1053                strcpy(io->in_align_file, optarg);
1054                io->fp_in_align = Openfile(io->in_align_file,0);
1055
1056                strcpy(io->out_tree_file,optarg);
1057#ifdef PHYML
1058                strcat(io->out_tree_file,"_phyml_tree");
1059#elif(MC)
1060                strcat(io->out_tree_file,"_mc_tree");
1061#elif(M4)
1062                strcat(io->out_tree_file,"_m4_tree");
1063#endif
1064
1065                strcpy(io->out_stats_file,optarg);
1066#ifdef PHYML
1067                strcat(io->out_stats_file,"_phyml_stats");
1068#elif(MC)
1069                strcat(io->out_stats_file,"_mc_stats");
1070#elif(M4)
1071                strcat(io->out_stats_file,"_m4_stats");
1072#endif
1073              }
1074            Free (tmp);
1075            break;
1076          }
1077         
1078        case 't':case 11:
1079          {
1080            if ((io->mod->whichmodel != JC69) &&
1081                (io->mod->whichmodel != F81)  &&
1082                (io->mod->whichmodel != GTR))
1083              {
1084                if ((strcmp(optarg, "e") == 0) ||
1085                    (strcmp(optarg, "E") == 0) ||
1086                    (strcmp(optarg, "estimated") == 0) ||
1087                    (strcmp(optarg, "ESTIMATED") == 0))
1088                  {
1089                    io->mod->kappa->v              = 4.0;
1090                    io->mod->s_opt->opt_kappa      = YES;
1091                    if (io->mod->whichmodel == TN93)
1092                      io->mod->s_opt->opt_lambda   = YES;
1093                  }
1094                else
1095                  {
1096                    if (atof(optarg) < .0)
1097                      {
1098                        char choix;
1099                        PhyML_Printf("\n. The ts/tv ratio must be a positive number\n");
1100                        PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
1101                        if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
1102                        Exit("\n");
1103                      }
1104                    else
1105                      {
1106                        io->mod->kappa->v = (phydbl)atof(optarg);
1107                        io->mod->s_opt->opt_kappa  = 0;
1108                        io->mod->s_opt->opt_lambda = 0;
1109                      }
1110                  }
1111              }
1112            break;
1113          }
1114        case 'n':case 8:
1115          {
1116            if ((!atoi(optarg)) || (atoi(optarg) < 0))
1117              {
1118                char choix;
1119                PhyML_Printf("\n. The number of alignments must be a positive integer\n");
1120                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
1121                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
1122                Exit("\n");
1123              }
1124            else io->n_data_sets = atoi (optarg);
1125            break;
1126          }
1127        case 'q':case 22:
1128          {
1129            io->interleaved = NO;
1130            break;
1131          }
1132        case 'u':case 15:
1133          {
1134            char *tmp;
1135            tmp = (char *)mCalloc(T_MAX_FILE, sizeof(char));
1136            if(strlen(optarg) > T_MAX_FILE -11)
1137              {
1138                char choix;
1139                strcpy (tmp, "\n. The file name'");
1140                strcat (tmp, optarg);
1141                strcat (tmp, "' is too long.\n");
1142                PhyML_Printf("%s",tmp);
1143                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
1144                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
1145                Exit("\n");
1146              }
1147            else if (! Filexists (optarg))
1148              {
1149                char choix;
1150                strcpy (tmp, "\n. The file '");
1151                strcat (tmp, optarg);
1152                strcat (tmp, "' doesn't exist.\n");
1153                PhyML_Printf("%s",tmp);
1154                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
1155                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
1156                Exit("\n");
1157              }
1158            else
1159              {
1160                strcpy(io->in_tree_file, optarg);
1161                io->in_tree = 2;
1162                io->fp_in_tree = Openfile(io->in_tree_file,READ);
1163              }
1164            Free(tmp);
1165            break;
1166          }
1167         
1168        case 'v':case 13:
1169          {
1170            if ((strcmp (optarg, "e") == 0) ||
1171                (strcmp (optarg, "E") == 0) ||
1172                (strcmp (optarg, "estimated") == 0) ||
1173                (strcmp (optarg, "ESTIMATED") == 0)) 
1174              {
1175                io->mod->s_opt->opt_pinvar = YES;
1176                io->mod->ras->invar        = YES;
1177              }
1178           
1179            else if ((atof(optarg) < 0.0) || (atof(optarg) > 1.0))
1180              {
1181                char choix;
1182                PhyML_Printf("\n. The proportion of invariable site must be a number between 0.0 and 1.0\n");
1183                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.");
1184                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
1185                Exit("\n");
1186              }
1187            else
1188              {
1189                io->mod->ras->pinvar->v = (phydbl)atof(optarg);
1190                if (io->mod->ras->pinvar->v > 0.0+SMALL)
1191                  io->mod->ras->invar = 1;
1192                else
1193                  io->mod->ras->invar = 0;
1194                io->mod->s_opt->opt_pinvar = 0;
1195              }
1196            break;
1197          }
1198        case 'o':
1199          {
1200            if(!strcmp(optarg,"tlr"))
1201              {
1202                io->mod->s_opt->opt_topo        = YES;
1203                io->mod->s_opt->opt_bl          = YES;
1204                io->mod->s_opt->opt_subst_param = YES;
1205              }
1206            else if(!strcmp(optarg,"tl"))
1207              {
1208                io->mod->s_opt->opt_topo        = YES;
1209                io->mod->s_opt->opt_bl          = YES;
1210                io->mod->s_opt->opt_subst_param = NO;
1211              }
1212            else if(!strcmp(optarg,"t"))
1213              {
1214                Warn_And_Exit("\n. You can't optimize the topology without adjusting branch length too...\n");
1215              }
1216            else if(!strcmp(optarg,"lr"))
1217              {
1218                io->mod->s_opt->opt_topo        = NO;
1219                io->mod->s_opt->opt_bl          = YES;
1220                io->mod->s_opt->opt_subst_param = YES;
1221              }
1222            else if(!strcmp(optarg,"l"))
1223              {
1224                io->mod->s_opt->opt_topo        = NO;
1225                io->mod->s_opt->opt_bl          = YES;
1226                io->mod->s_opt->opt_subst_param = NO;
1227              }
1228            else if(!strcmp(optarg,"r"))
1229              {
1230                io->mod->s_opt->opt_topo        = NO;
1231                io->mod->s_opt->opt_bl          = NO;
1232                io->mod->s_opt->opt_subst_param = YES;
1233              }
1234            else if(!strcmp(optarg,"none") || !strcmp(optarg,"n"))
1235              {
1236                io->mod->s_opt->opt_topo        = NO;
1237                io->mod->s_opt->opt_bl          = NO;
1238                io->mod->s_opt->opt_subst_param = NO;
1239              }
1240            else
1241              {
1242                char choix;
1243                PhyML_Printf ("\n. The optimization parameter must be 'tlr' or 'tl' or 'lr' or 'l' or 'r' or ''.");
1244                PhyML_Printf("\n. Type any key to exit.\n");
1245                if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
1246                Exit("\n");
1247              }
1248            break;
1249          }
1250       
1251        case '?':
1252          {     
1253            Exit("\n");
1254            break;
1255          }
1256         
1257        case -1:
1258          {     
1259            break;
1260          }
1261
1262        default:
1263          {
1264            Usage();
1265            break;
1266          }
1267        }
1268    }while(c != -1);
1269
1270 
1271  /*   if((io->mod->whichmodel == K80) || (io->mod->whichmodel == JC69)) */
1272  /*     { */
1273  /*       if(io->mod->s_opt->opt_state_freq) */
1274  /*    { */
1275  /*      char c; */
1276  /*      PhyML_Printf("\n. WARNING: nucleotide frequencies must be set to 1/4 with this model.\n"); */
1277  /*      PhyML_Printf("\n. Type the enter key to resume the analysis.\n"); */
1278  /*      scanf("%c",&c); */
1279  /*    } */
1280  /*       io->mod->s_opt->opt_state_freq = 0; */
1281  /*     } */
1282 
1283 
1284  if(io->mod->s_opt->constrained_br_len == YES)
1285    {
1286      io->mod->s_opt->opt_topo = NO;
1287      /* io->mod->s_opt->opt_bl   = NO; */
1288    }
1289
1290#ifndef PHYML
1291  if((open_ps_file) || (io->m4_model == YES))
1292    {
1293      strcpy(io->out_ps_file,io->in_align_file);
1294      strcat(io->out_ps_file, "_mc_tree.ps");
1295      io->fp_out_ps = Openfile(io->out_ps_file,WRITE);
1296    }
1297#endif
1298 
1299 
1300  if(io->datatype == UNDEFINED) io->datatype = NT;
1301
1302
1303  if((io->mod->s_opt->n_rand_starts)           && 
1304     (io->mod->s_opt->topo_search == NNI_MOVE) && 
1305     (io->mod->s_opt->random_input_tree))
1306    {
1307      Warn_And_Exit("\n== The random starting tree option is only compatible with SPR based search options.\n"); 
1308    }
1309 
1310  if ((io->datatype == NT) && (io->mod->whichmodel > 10))
1311    {
1312      char choix;
1313      PhyML_Printf("\n== Err.: model incompatible with the data type. Please use JC69, K80, F81, HKY, F84, TN93 or GTR\n");
1314      PhyML_Printf("\n== Type any key to exit.\n");
1315      if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
1316      Warn_And_Exit("\n");
1317    }
1318  else if ((io->datatype == AA) && (io->mod->whichmodel < 11))
1319    {
1320      char choix;
1321      PhyML_Printf("\n== Err.: model incompatible with the data type. Please use LG, Dayhoff, JTT, MtREV, WAG, DCMut, RtREV, CpREV, VT, Blosum62, MtMam, MtArt, HIVw or HIVb.\n");
1322      PhyML_Printf("\n== Type any key to exit.\n");
1323      if(!scanf("%c",&choix)) Exit("\n");
1324      Exit("\n");
1325    }
1326 
1327
1328 
1329
1330  if(io->mod->use_m4mod == NO)
1331    {
1332      io->mod->s_opt->opt_cov_delta      = 0;
1333      io->mod->s_opt->opt_cov_alpha      = 0;
1334      io->mod->s_opt->opt_cov_free_rates = 0;
1335    }
1336 
1337  if((io->mod->s_opt->opt_cov_free_rates) && (io->mod->s_opt->opt_cov_alpha))
1338    {
1339      io->mod->s_opt->opt_cov_free_rates = 1;
1340      io->mod->m4mod->use_cov_alpha      = 0;
1341      io->mod->m4mod->use_cov_free       = 1;
1342    }
1343 
1344  if(io->print_site_lnl)
1345    {
1346      strcpy(io->out_lk_file,io->in_align_file);
1347      strcat(io->out_lk_file, "_phyml_lk");
1348      if(io->append_run_ID) { strcat(io->out_lk_file,"_"); strcat(io->out_lk_file,io->run_id_string); }
1349      strcat(io->out_lk_file, ".txt");
1350      io->fp_out_lk = Openfile(io->out_lk_file,1);
1351    }
1352 
1353  if(io->print_trace)
1354    {
1355      strcpy(io->out_trace_file,io->in_align_file);
1356      strcat(io->out_trace_file,"_phyml_trace");
1357      if(io->append_run_ID) { strcat(io->out_trace_file,"_"); strcat(io->out_trace_file,io->run_id_string); }
1358      strcat(io->out_trace_file,".txt");
1359      io->fp_out_trace = Openfile(io->out_trace_file,1);
1360    }
1361 
1362  if(io->mod->s_opt->random_input_tree)
1363    {
1364      strcpy(io->out_trees_file,io->in_align_file);
1365      strcat(io->out_trees_file,"_phyml_rand_trees");
1366      if(io->append_run_ID) { strcat(io->out_trees_file,"_"); strcat(io->out_trees_file,io->run_id_string); }
1367      strcat(io->out_trees_file,".txt");
1368      io->fp_out_trees = Openfile(io->out_trees_file,1);
1369    }
1370 
1371  if((io->print_boot_trees) && (io->mod->bootstrap > 0))
1372    {
1373      strcpy(io->out_boot_tree_file,io->in_align_file);
1374      strcat(io->out_boot_tree_file,"_phyml_boot_trees");
1375      if(io->append_run_ID) { strcat(io->out_boot_tree_file,"_"); strcat(io->out_boot_tree_file,io->run_id_string); }
1376      strcat(io->out_boot_tree_file,".txt");
1377      io->fp_out_boot_tree = Openfile(io->out_boot_tree_file,1);
1378     
1379      strcpy(io->out_boot_stats_file,io->in_align_file);
1380      strcat(io->out_boot_stats_file,"_phyml_boot_stats");
1381      if(io->append_run_ID) { strcat(io->out_boot_stats_file,"_"); strcat(io->out_boot_stats_file,io->run_id_string); }
1382      strcat(io->out_boot_stats_file,".txt");
1383      io->fp_out_boot_stats = Openfile(io->out_boot_stats_file,1);
1384    }
1385 
1386  if(io->append_run_ID)
1387    {
1388      strcat(io->out_tree_file,"_");
1389      strcat(io->out_stats_file,"_");
1390      strcat(io->out_tree_file,io->run_id_string);
1391      strcat(io->out_stats_file,io->run_id_string);
1392    }
1393  strcat(io->out_tree_file,".txt");
1394  strcat(io->out_stats_file,".txt");
1395 
1396  if(io->mod->ras->n_catg == 1) io->mod->s_opt->opt_alpha = 0;
1397 
1398  if(!io->mod->s_opt->opt_subst_param)
1399    {
1400      io->mod->s_opt->opt_alpha  = 0;
1401      io->mod->s_opt->opt_kappa  = 0;
1402      io->mod->s_opt->opt_lambda = 0;
1403      io->mod->s_opt->opt_pinvar = 0;
1404      io->mod->s_opt->opt_rr     = 0;   
1405    }
1406 
1407  if(io->mod->whichmodel != K80 && 
1408     io->mod->whichmodel != HKY85 && 
1409     io->mod->whichmodel != F84 &&
1410     io->mod->whichmodel != TN93)
1411    {
1412      io->mod->s_opt->opt_kappa = 0;
1413    }
1414 
1415  if(io->datatype == AA && io->mod->whichmodel == CUSTOMAA && !io->mod->fp_aa_rate_mat)
1416    {
1417      PhyML_Printf("\n== Custom model option with amino-acid requires you to specify a rate matrix file through the '--aa_rate_file' option.\n");
1418      Exit("\n");
1419    }
1420
1421  io->fp_out_tree  = Openfile(io->out_tree_file,writemode);
1422  io->fp_out_stats = Openfile(io->out_stats_file,writemode);
1423 
1424  if(io->mod->whichmodel == GTR) 
1425    {
1426      /* Make_Custom_Model(io->mod); */
1427      io->mod->s_opt->opt_rr = 1;
1428    }
1429 
1430  return 1;
1431}
1432
1433//////////////////////////////////////////////////////////////
1434//////////////////////////////////////////////////////////////
1435
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.