source: trunk/GDE/PHYML20130708/phyml/src/nexus.c

Last change on this file was 10307, checked in by aboeckma, 11 years ago

added most recent version of phyml
File size: 12.8 KB
Line 
1/*
2
3PhyML:  a program that  computes maximum likelihood phylogenies from
4DNA or AA homologous sequences.
5
6Copyright (C) Stephane Guindon. Oct 2003 onward.
7
8All parts of the source except where indicated are distributed under
9the GNU public licence. See http://www.opensource.org for details.
10
11*/
12
13#include "nexus.h"
14
15void Find_Nexus_Com(char *token, nexcom **found_com, nexparm **default_parm, nexcom **com_list)
16{
17  int i,j,tokenlen,ndiff;
18   
19  For(i,N_MAX_NEX_COM) 
20    {
21      tokenlen = strlen(token);
22      ndiff = -1;
23      if(tokenlen && (tokenlen == strlen(com_list[i]->name)))
24        {
25          ndiff = 0;
26          For(j,tokenlen)
27            {
28              Lowercase(token+j);
29              Lowercase(com_list[i]->name+j);
30              if(token[j] != com_list[i]->name[j]) ndiff++;
31            }
32        }
33      if(!ndiff) { *found_com = com_list[i]; break; }
34    }
35
36  if(*found_com && (*found_com)->nparm) *default_parm = (*found_com)->parm[0];
37
38  if(*found_com) PhyML_Printf("\n. Found command '%s'.\n",(*found_com)->name);
39}
40
41//////////////////////////////////////////////////////////////
42//////////////////////////////////////////////////////////////
43
44
45void Find_Nexus_Parm(char *token, nexparm **found_parm, nexcom *curr_com)
46{
47  int i,j;
48  int tokenlen;
49  int ndiff;
50
51  if(!curr_com)
52    {
53      PhyML_Printf("\n. Err in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
54      Exit("");
55    }
56
57  For(i,curr_com->nparm)
58    {
59      tokenlen = strlen(token);
60      ndiff = -1;
61      if(tokenlen == strlen(curr_com->parm[i]->name))
62        {
63          ndiff = 0;
64          For(j,tokenlen)
65            {
66              Lowercase(token+j);
67              Lowercase(curr_com->parm[i]->name+j);
68              if(token[j] != curr_com->parm[i]->name[j]) ndiff++;
69            }
70        }
71      if(!ndiff) { *found_parm = curr_com->parm[i]; break; }
72    }
73
74  if(*found_parm) PhyML_Printf("\n. Found parameter '%s'.\n",(*found_parm)->name);
75}
76
77//////////////////////////////////////////////////////////////
78//////////////////////////////////////////////////////////////
79
80
81int Read_Nexus_Taxa(char *token, nexparm *curr_parm, option *io)
82{
83
84  PhyML_Printf("\n. Skipping 'taxa' block");
85
86  do
87    {
88      Get_Token(io->fp_in_tree,token);
89      if(token[0] == ';') break;
90    }while(strlen(token) > 0);
91 
92  fseek(io->fp_in_tree,-1*sizeof(char),SEEK_CUR);
93
94  return 1;
95}
96
97//////////////////////////////////////////////////////////////
98//////////////////////////////////////////////////////////////
99
100
101int Read_Nexus_Translate(char *token, nexparm *curr_parm, option *io)
102{
103  int tax_num;
104  char *end;
105
106  PhyML_Printf("\n. Reading 'translate' block");
107  io->size_tax_names = 0;
108
109  do
110    {
111      Get_Token(io->fp_in_tree,token);
112      if(token[0] == ';') break;
113      tax_num = (int)strtol(token,&end,10);
114      if(*end =='\0' && token[0])
115        {
116          io->size_tax_names++;
117
118          io->short_tax_names = (char **)realloc(io->short_tax_names,io->size_tax_names*sizeof(char *));
119          io->short_tax_names[io->size_tax_names-1] = (char *)mCalloc(strlen(token)+1,sizeof(char));
120          sprintf(io->short_tax_names[io->size_tax_names-1],"%d",tax_num);
121
122          Get_Token(io->fp_in_tree,token);
123
124          io->long_tax_names = (char **)realloc(io->long_tax_names,io->size_tax_names*sizeof(char *));
125          io->long_tax_names[io->size_tax_names-1] = (char *)mCalloc(strlen(token)+1,sizeof(char));
126          strcpy(io->long_tax_names[io->size_tax_names-1],token);
127
128/*        printf("\n. Copying %s number %d",io->long_tax_names[io->size_long_tax_names-1],tax_num-1); */
129        }
130    }while(strlen(token) > 0);
131 
132  fseek(io->fp_in_tree,-1*sizeof(char),SEEK_CUR);
133
134  return 1;
135}
136
137//////////////////////////////////////////////////////////////
138//////////////////////////////////////////////////////////////
139
140
141int Read_Nexus_Matrix(char *token, nexparm *curr_parm, option *io)
142{
143
144  if(io->interleaved) io->data = Read_Seq_Interleaved(io);
145  else                io->data = Read_Seq_Sequential(io);
146
147  fseek(io->fp_in_align,-1*sizeof(char),SEEK_CUR);
148
149  return 1;
150}
151
152//////////////////////////////////////////////////////////////
153//////////////////////////////////////////////////////////////
154
155
156int Read_Nexus_Tree(char *token, nexparm *curr_parm, option *io)
157{
158  io->treelist->tree = (t_tree **)realloc(io->treelist->tree,(io->treelist->list_size+1)*sizeof(t_tree *));
159  io->tree = Read_Tree_File_Phylip(io->fp_in_tree);
160  if(!(io->treelist->list_size%10) && io->treelist->list_size > 1) 
161    {
162      PhyML_Printf("\n. Reading tree %d",io->treelist->list_size);
163      if(io->tree->n_root) PhyML_Printf(" (that is a rooted tree)");
164      else                 PhyML_Printf(" (that is an unrooted tree)");
165    }
166  io->treelist->tree[io->treelist->list_size] = io->tree;
167  io->treelist->list_size++;
168  fseek(io->fp_in_tree,-1*sizeof(char),SEEK_CUR);
169  return 1;
170}
171
172//////////////////////////////////////////////////////////////
173//////////////////////////////////////////////////////////////
174
175
176int Read_Nexus_Begin(char *token, nexparm *curr_parm, option *io)
177{
178  if(token[0] == '=') return 0;
179
180  if(!curr_parm)
181    {
182      PhyML_Printf("\n. Err in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
183      Exit("");
184    }
185
186  if(!strcmp(curr_parm->name,"data") || !strcmp(curr_parm->name,"trees")) 
187    PhyML_Printf("\n. Reading '%s' block.\n",curr_parm->value);
188  else
189    {
190      PhyML_Printf("\n. The '%s' block type is not supported by PhyML. Sorry.\n",curr_parm->name);
191      PhyML_Printf("\n. Err in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
192      Exit("");
193    }
194
195  return 1;
196}
197
198//////////////////////////////////////////////////////////////
199//////////////////////////////////////////////////////////////
200
201
202int Read_Nexus_Dimensions(char *token, nexparm *curr_parm, option *io)
203{
204  if(token[0] == '=') return 0;
205
206  if(!curr_parm)
207    {
208      PhyML_Printf("\n. Err in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
209      Exit("");
210    }
211 
212  strcpy(curr_parm->value,token);
213
214  if(!strcmp(curr_parm->name,"ntax"))
215    {
216      sscanf(curr_parm->value,"%d",&(io->n_otu));
217    }
218
219  if(!strcmp(curr_parm->name,"nchar"))
220    {
221      sscanf(curr_parm->value,"%d",&(io->init_len));
222    }
223  return 1;
224}
225
226//////////////////////////////////////////////////////////////
227//////////////////////////////////////////////////////////////
228
229
230int Read_Nexus_Format(char *token, nexparm *curr_parm, option *io)
231{
232  int i; 
233 
234  if(token[0] == '=') return 0;
235 
236  if(!curr_parm)
237    {
238      PhyML_Printf("\n. Err in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
239      Exit("");
240    }
241
242  For(i,strlen(token)) Lowercase(token+i);
243
244  strcpy(curr_parm->value,token);
245   
246  if(!strcmp(curr_parm->name,"datatype"))
247    {
248      if(!strcmp(curr_parm->value,"standard"))
249        {
250          io->datatype = GENERIC;
251          io->mod->whichmodel = JC69;
252          io->mod->s_opt->opt_kappa  = NO;
253          io->mod->s_opt->opt_lambda = NO;
254          io->mod->ns = 2;
255          io->alphabet[0][0] = '0'; io->alphabet[0][1] = '\0';
256          io->alphabet[1][0] = '1'; io->alphabet[1][1] = '\0';
257        }
258
259      else if(!strcmp(curr_parm->value,"dna"))
260        {
261          io->datatype = NT;
262          io->mod->ns = 4;
263        }
264
265      else if(!strcmp(curr_parm->value,"rna"))
266        {
267          io->datatype = NT;
268          io->mod->ns = 4;
269        }
270
271      else if(!strcmp(curr_parm->value,"nucleotide"))
272        {
273          io->datatype = NT;
274          io->mod->ns = 4;
275        }
276
277      else if(!strcmp(curr_parm->value,"protein"))
278        {
279          io->datatype = AA;
280          io->mod->ns = 20;
281        }
282     
283      else if(!strcmp(curr_parm->value,"continuous"))
284        {
285          PhyML_Printf("\n== The 'continuous' format is not supported by PhyML. Sorry.\n");
286          PhyML_Printf("\n== Err. in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
287          Exit("");
288        }
289    }
290
291  else if(!strcmp(curr_parm->name,"missing"))
292    {
293      PhyML_Printf("\n== The 'missing' subcommand is not supported by PhyML. Sorry.\n");
294      PhyML_Printf("\n== Err. in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
295      Exit("");
296    }
297
298  else if(!strcmp(curr_parm->name,"gap"))
299    {
300      PhyML_Printf("\n== The 'gap' subcommand is not supported by PhyML. Sorry.\n");
301      PhyML_Printf("\n== But the characters 'X', '?' and '-' will be considered as indels by default.\n"); 
302      PhyML_Printf("\n== Err. in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
303      Exit("");
304    }
305
306  else if(!strcmp(curr_parm->name,"symbols"))
307    {
308      if(*token != '"' || *(token+strlen(token)-1) != '"')
309        {
310          PhyML_Printf("\n== Symbols list is supposed to be displayed between quotation marks (e.g., \"ACTG\").\n");
311          PhyML_Printf("\n== Err. in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
312          Exit("");
313        }
314
315
316      int i,has_spaces,state_len;
317
318      i          = 0;
319      has_spaces = 0;     
320      token++; /* Get rid of the first '"' character */
321      while(token[i] != '"')  { if(token[i] == ' ') { has_spaces = 1; break; } i++; }
322
323      io->mod->ns = 0;
324      if(!has_spaces)
325        {
326          while(token[i] != '"') 
327            { 
328              io->alphabet[io->mod->ns][0] = token[i]; 
329              io->alphabet[io->mod->ns][1] = '\0'; 
330              io->mod->ns++;
331              i++;
332              if(io->mod->ns > T_MAX_ALPHABET)
333                {
334                  PhyML_Printf("\n== The alphabet cannot contain more than %d characters. Sorry.",T_MAX_ALPHABET);
335                  PhyML_Printf("\n== Err. in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
336                  Exit("");
337                }
338            }
339        }
340      else
341        {
342          i = 0;
343          do
344            {
345              state_len = 0;
346              while(token[i] != ' ' && token[i] != '"') 
347                { 
348                  io->alphabet[io->mod->ns][state_len] = token[i];
349                  state_len++;
350                  i++;
351                  if(state_len > T_MAX_STATE)
352                    {
353                      PhyML_Printf("\n== A state cannot contain more than %d characters. Sorry.\n",T_MAX_STATE);
354                      PhyML_Printf("\n== Err. in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
355                      Exit("");
356                    }
357                }
358             
359              io->alphabet[io->mod->ns][state_len] = '\0';
360              io->mod->ns++;
361              if(token[i] != '"') i++;
362            }
363          while(token[i] != '"');
364        }
365
366      int len;
367      len = strlen(io->alphabet[0]);
368      For(i,io->mod->ns)
369        {
370          if(strlen(io->alphabet[i]) != len)
371            {
372              PhyML_Printf("\n== All character states defined in the symbol list are supposed to have the same length.\n");
373              PhyML_Printf("\n== Er.r in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
374              Exit("");
375            }
376        }
377      io->state_len = len;     
378
379/*       For(i,io->mod->ns) PhyML_Printf("\n. '%s'",io->alphabet[i]); */
380    }
381 
382  else if(!strcmp(curr_parm->name,"equate"))
383    {
384      PhyML_Printf("\n== PhyML does not recognize the command '%s' yet. Sorry.",curr_parm->name);
385      PhyML_Printf("\n== Err. in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
386      Exit("");
387    }
388 
389  else if(!strcmp(curr_parm->name,"matchchar"))
390    {
391      PhyML_Printf("\n== PhyML does not recognize the command '%s' yet. Sorry.",curr_parm->name);
392      PhyML_Printf("\n== Err. in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
393      Exit("");
394    }
395
396  else if(!strcmp(curr_parm->name,"items"))
397    {
398      PhyML_Printf("\n== PhyML does not recognize the command '%s' yet. Sorry.",curr_parm->name);
399      PhyML_Printf("\n== Err. in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
400      Exit("");
401    }
402
403  else if(!strcmp(curr_parm->name,"interleave"))
404    {
405      io->interleaved = YES;
406    }
407
408  return 1;
409}
410
411//////////////////////////////////////////////////////////////
412//////////////////////////////////////////////////////////////
413
414
415int Read_Nexus_Eliminate(char *token, nexparm *curr_parm, option *io)
416{
417  if(token[0] == '=') return 0;
418
419  PhyML_Printf("\n== 'Eliminate' command is not supported by PhyML. Sorry.");
420  PhyML_Printf("\n== Err. in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
421  Exit("");
422
423  return 1;
424}
425
426//////////////////////////////////////////////////////////////
427//////////////////////////////////////////////////////////////
428
429
430int Read_Nexus_Taxlabel(char *token, nexparm *curr_parm, option *io)
431{
432  if(token[0] == '=') return 0;
433
434  PhyML_Printf("\n== 'Taxlabels' command is not supported by PhyML. Sorry.");
435  PhyML_Printf("\n== Err. in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
436  Exit("");
437
438  return 1;
439}
440
441//////////////////////////////////////////////////////////////
442//////////////////////////////////////////////////////////////
443
444
445int Read_Nexus_Charstatelabels(char *token, nexparm *curr_parm, option *io)
446{
447
448  if(token[0] == '=') return 0;
449
450  PhyML_Printf("\n== 'CharStateLabels' command is not supported by PhyML. Sorry.");
451  PhyML_Printf("\n== Err. in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
452  Exit("");
453
454  return 1;
455}
456
457//////////////////////////////////////////////////////////////
458//////////////////////////////////////////////////////////////
459
460
461int Read_Nexus_Charlabels(char *token, nexparm *curr_parm, option *io)
462{
463  if(token[0] == '=') return 0;
464
465  PhyML_Printf("\n== 'CharLabels' command is not supported by PhyML. Sorry.");
466  PhyML_Printf("\n== Err. in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
467  Exit("");
468
469  return 1;
470}
471
472//////////////////////////////////////////////////////////////
473//////////////////////////////////////////////////////////////
474
475
476int Read_Nexus_Statelabels(char *token, nexparm *curr_parm, option *io)
477{
478  if(token[0] == '=') return 0;
479
480  PhyML_Printf("\n== 'StateLabels' command is not supported by PhyML. Sorry.");
481  PhyML_Printf("\n== Err. in file %s at line %d\n",__FILE__,__LINE__);
482  Exit("");
483
484  return 1;
485}
486
487//////////////////////////////////////////////////////////////
488//////////////////////////////////////////////////////////////
489
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.