| 1 | /* |
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| 3 | PhyML: a program that computes maximum likelihood phylogenies from |
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| 4 | DNA or AA homologous sequences. |
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| 6 | Copyright (C) Stephane Guindon. Oct 2003 onward. |
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| 8 | All parts of the source except where indicated are distributed under |
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| 9 | the GNU public licence. See http://www.opensource.org for details. |
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| 11 | */ |
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| 13 | #include <config.h> |
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| 15 | #ifndef TIPORDER_H |
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| 16 | #define TIPORDER_H |
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| 18 | #include "times.h" |
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| 19 | #include "spr.h" |
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| 20 | #include "utilities.h" |
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| 21 | #include "lk.h" |
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| 22 | #include "optimiz.h" |
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| 23 | #include "bionj.h" |
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| 24 | #include "models.h" |
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| 25 | #include "free.h" |
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| 26 | #include "help.h" |
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| 27 | #include "simu.h" |
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| 28 | #include "eigen.h" |
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| 29 | #include "pars.h" |
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| 30 | #include "alrt.h" |
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| 31 | #include "m4.h" |
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| 32 | #include "draw.h" |
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| 33 | #include "rates.h" |
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| 34 | #include "mcmc.h" |
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| 35 | #include "stats.h" |
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| 37 | void TIPO_Get_Tips_Y_Rank(t_tree *tree); |
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| 38 | void TIPO_Get_Tips_Y_Rank_Pre(t_node *a, t_node *d, phydbl *curr_rank, t_tree *tree); |
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| 39 | void TIPO_Get_All_Y_Rank(t_tree *tree); |
|---|
| 40 | void TIPO_Get_All_Y_Rank_Pre(t_node *a, t_node *d, t_tree *tree); |
|---|
| 41 | void TIPO_Swap_One_Node(t_node *d, t_tree *tree); |
|---|
| 42 | void TIPO_Minimize_Tip_Order_Score(int n_trees, t_tree **list_tree, t_tree *ref_tree); |
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| 43 | void TIPO_Print_Tip_Ordered(t_tree *ref_tree); |
|---|
| 44 | void TIPO_Print_Tip_Ordered_Pre(t_node *a, t_node *d, t_tree *ref_tree); |
|---|
| 45 | phydbl TIPO_Untangle_Tree(t_tree *tree); |
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| 46 | void TIPO_Untangle_Node(t_node *a, t_node *d, t_node **node_table, int *conflict, t_tree *tree); |
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| 47 | int TIPO_Untangle_Tree_List(int n_trees, t_tree **list_tree, t_tree *ref_tree); |
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| 48 | int TIPO_Check_Tip_Ranks(t_tree *tree); |
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| 49 | void TIPO_Read_Taxa_Coordinates(FILE *fp_coord, t_tree *tree); |
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| 50 | void TIPO_Get_Tips_Y_Rank_From_Zscores(t_tree *tree); |
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| 51 | void TIPO_Init_Tip_Num(t_tree *tree); |
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| 52 | void TIPO_Read_Taxa_Zscores(FILE *fp_coord, t_tree *tree); |
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| 53 | void TIPO_Sort_Translation_Table(t_tree *tree); |
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| 54 | void TIPO_Randomize_Tip_Y_Ranks(t_tree *tree); |
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| 55 | phydbl TIPO_Read_One_Taxon_Zscore(FILE *fp, char *seqname_qry, int col, t_tree *tree); |
|---|
| 56 | void TIPO_Normalize_Zscores(t_tree *tree); |
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| 57 | void TIPO_Get_Min_Number_Of_Tip_Permut(t_tree *tree); |
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| 58 | phydbl TIPO_Lk(t_tree *tree); |
|---|
| 59 | phydbl TIPO_Lk_Post(t_node *a, t_node *d, t_tree *tree); |
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| 60 | phydbl TIPO_Lk_Core(t_node *a, t_node *d, t_tree *tree); |
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| 61 | |
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| 62 | |
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| 63 | #endif |
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