source: trunk/GDE/SUPPORT/Flatio.c

Last change on this file was 19480, checked in by westram, 2 years ago
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
File size: 3.1 KB
Line 
1/* #include <malloc.h> */
2#include <stdio.h>
3#include <stdlib.h>
4#include <string.h>
5
6#define TRUE 1
7#define FALSE 0
8#define MAX(a,b) ((a)>(b)?(a):(b))
9#define MIN(a,b) ((a)<(b)?(a):(b))
10
11struct data_format
12{
13        int length;
14        char *nuc;
15        int offset;
16        char name[64];
17        char type;
18};
19
20
21void ErrorOut(code,string)
22int code;
23char *string;
24{
25        if (code == 0)
26        {
27                fprintf(stderr,"Error:%s\n",string);
28                exit(1);
29        }
30}
31
32char *Calloc2(count,size)
33     int count,size;
34{
35        char *temp;
36
37        temp = (char*)calloc(count,size);
38        if(temp == NULL)
39        {
40                fprintf(stdout,"Error in Calloc\n");
41                exit(-1);
42        }
43        else
44                return(temp);
45}
46
47char *Realloc(block,size)
48char *block;
49int size;
50{
51    char *temp;
52    temp =(char*)realloc(block,size);
53    if(temp == NULL)
54    {
55                fprintf(stdout,"Error in Calloc\n");
56                exit(-1);
57    }
58    else
59        return(temp);
60}
61
62
63
64int ReadFlat(file,align,maxseqs)
65FILE *file;
66struct data_format align[];
67int maxseqs;
68{
69        int j,len=0, count=-1,offset;
70        unsigned maxlen = 1024;
71        char Inline[1025];
72
73        if(file == NULL)
74            ErrorOut(0, "Cannot open data file");
75
76        for(;fgets(Inline,1024,file) != NULL;)
77        {
78                Inline[strlen(Inline)-1] = '\0';
79                switch(Inline[0])
80                {
81                        case '>':
82                        case '#':
83                        case '%':
84                        case '"':
85                        case '@':
86                                offset = 0;
87                                {
88                                    int InlineLen=strlen(Inline);
89                                    for(j=0;j<InlineLen;j++)
90                                    {
91                                        if(Inline[j] == '(')
92                                        {
93                                            sscanf((char*)
94                                                   (Inline+j+1),"%d",
95                                                   &offset);
96                                            Inline[j] = '\0';
97                                        }
98                                    }
99                                }
100
101                                if(count != -1)
102                                {
103                                        align[count].length = len;
104                                        align[count].nuc[len] = '\0';
105                                        maxlen = len;
106                                }
107
108                                count++;
109                                if(count > maxseqs)
110                                    ErrorOut(0, "Sorry, alignment is too large");
111
112                                align[count].nuc = Calloc2(maxlen,sizeof(char));
113                                align[count].type = Inline[0];
114                                align[count].offset = offset;
115                                if( align[count].nuc == NULL)
116                                    ErrorOut(0, "Calloc problem");
117
118                                sscanf((char*)(Inline+1),"%s",
119                                        align[count].name);
120                                len = 0;
121                                break;
122                        default:
123                                if(len+strlen(Inline) > maxlen)
124                                {
125                                        maxlen = (maxlen+strlen(Inline))*2;
126                                        align[count].nuc =
127                                        Realloc(align[count].nuc, maxlen);
128                                }
129                                {
130                                    int InlineLen=strlen(Inline);
131                                    for(j=0;j<InlineLen;j++)
132                                        align[count].nuc[j+len] = Inline[j];
133                                }
134                                len += strlen(Inline);
135                                break;
136                }
137        }
138        if(count == -1) exit(1);
139
140        align[count].length = len;
141        align[count].nuc[len] = '\0';
142        return(++count);
143}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.