source: trunk/NALIGNER/ali_pathmap.hxx

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1// =============================================================== //
2//                                                                 //
3//   File      : ali_pathmap.hxx                                   //
4//   Purpose   :                                                   //
5//                                                                 //
6//   Institute of Microbiology (Technical University Munich)       //
7//   http://www.arb-home.de/                                       //
8//                                                                 //
9// =============================================================== //
10
11#ifndef ALI_PATHMAP_HXX
12#define ALI_PATHMAP_HXX
13
14#ifndef ALI_TARRAY_HXX
15#include "ali_tarray.hxx"
16#endif
17
18#define ALI_UNDEF 0x00
19#define ALI_LEFT        0x01
20#define ALI_DIAG  0x02
21#define ALI_UP    0x04
22#define ALI_LUP   0x08
23
24// Structure for a long up pointer (a multi gap)
25struct ali_pathmap_up_pointer {
26    unsigned long start;
27    unsigned char operation;
28};
29
30class ALI_PATHMAP : virtual Noncopyable {
31    unsigned long width, height;
32    unsigned long height_real;
33    unsigned char **pathmap;
34    ALI_TARRAY<ali_pathmap_up_pointer> ****up_pointers;
35    unsigned char **optimized;
36
37public:
38
39    ALI_PATHMAP(unsigned long width, unsigned long height);
40    ~ALI_PATHMAP();
41
42    void set(unsigned long x, unsigned long y, unsigned char val,  ALI_TARRAY<ali_pathmap_up_pointer> *up_pointer = NULp);
43    void get(unsigned long x, unsigned long y, unsigned char *val, ALI_TARRAY<ali_pathmap_up_pointer> **up_pointer);
44    unsigned char get_value(unsigned long x, unsigned long y) {
45        if (x >= width || y >= height)
46            ali_fatal_error("Out of range", "ALI_PATHMAP::get_value()");
47        if (y & 0x01)
48            return (*pathmap)[x*height_real + y/2] & 0x0f;
49        else
50            return (*pathmap)[x*height_real + y/2] >> 4;
51    }
52    void optimize(unsigned long x);
53    void print();
54};
55
56#else
57#error ali_pathmap.hxx included twice
58#endif // ALI_PATHMAP_HXX
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.