| 1 | // =============================================================== // |
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| 3 | // File : NT_import.cxx // |
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| 4 | // Purpose : // |
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| 6 | // Institute of Microbiology (Technical University Munich) // |
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| 7 | // http://www.arb-home.de/ // |
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| 9 | // =============================================================== // |
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| 11 | #include "NT_local.h" |
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| 13 | #include <dbui.h> |
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| 14 | #include <GEN.hxx> |
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| 15 | #include <mg_merge.hxx> |
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| 16 | #include <macros.hxx> |
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| 18 | #include <awti_import.hxx> |
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| 19 | #include <canvas.hxx> |
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| 20 | |
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| 21 | #include <aw_awar.hxx> |
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| 22 | #include <aw_root.hxx> |
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| 23 | #include <aw_msg.hxx> |
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| 24 | |
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| 25 | #include <arbdbt.h> |
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| 27 | static void nt_seq_load_cb(AW_root *awr, TREE_canvas *ntw) { |
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| 28 | GLOBAL_gb_dst = GLOBAL.gb_main; |
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| 29 | AW_window *aww = DBUI::create_species_query_window(awr, GLOBAL.gb_main); |
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| 30 | DBUI::unquery_all(); |
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| 31 | GB_ERROR error = MERGE_sequences_simple(awr); |
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| 32 | if (!error) error = NT_format_all_alignments(GLOBAL.gb_main); |
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| 33 | DBUI::query_update_list(); |
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| 34 | if (!error) aww->activate(); |
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| 35 | |
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| 36 | AWTI_cleanup_importer(); // closes import DB |
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| 38 | GLOBAL_gb_src = NULp; |
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| 39 | GLOBAL_gb_dst = NULp; |
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| 41 | if (awr->awar(AWAR_IMPORT_AUTOCONF)->read_int()) { |
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| 42 | NT_create_config_after_import(ntw, false); |
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| 43 | } |
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| 44 | } |
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| 47 | void NT_import_sequences(AW_window *aww, TREE_canvas *ntw) { |
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| 48 | /*! Opens the "Import Sequences" dialog from the ARB main window (ARB_NTREE) |
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| 49 | */ |
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| 50 | AW_root *awr = aww->get_root(); |
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| 51 | |
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| 52 | AWTI_open_import_window(awr, NULp, false, GLOBAL.gb_main, makeRootCallback(nt_seq_load_cb, ntw)); |
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| 53 | AWTI_set_importDB_pointer(GLOBAL_gb_src); |
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| 54 | |
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| 55 | nt_assert(got_macro_ability(awr)); |
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| 56 | |
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| 57 | // change awar values (import window just opened!) |
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| 59 | int gb_main_is_genom_db; |
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| 60 | { |
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| 61 | GB_transaction t1(GLOBAL.gb_main); |
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| 62 | GB_transaction t2(GLOBAL_gb_src); |
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| 63 | |
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| 64 | gb_main_is_genom_db = GEN_is_genome_db(GLOBAL.gb_main, 0); |
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| 65 | IF_ASSERTION_USED(int gb_merge_is_genom_db =) GEN_is_genome_db(GLOBAL_gb_src, gb_main_is_genom_db); |
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| 66 | |
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| 67 | nt_assert(gb_main_is_genom_db == gb_merge_is_genom_db); |
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| 68 | } |
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| 69 | |
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| 70 | |
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| 71 | awr->awar(AWAR_IMPORT_GENOM_DB)->write_int(gb_main_is_genom_db ? IMP_GENOME_FLATFILE : IMP_PLAIN_SEQUENCE); |
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| 72 | |
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| 73 | { |
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| 74 | GB_transaction ta(GLOBAL.gb_main); |
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| 75 | |
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| 76 | char *ali_name = GBT_get_default_alignment(GLOBAL.gb_main); |
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| 77 | char *ali_type = ali_name ? GBT_get_alignment_type_string(GLOBAL.gb_main, ali_name) : NULp; |
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| 78 | |
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| 79 | if (!ali_type) aw_message(GB_await_error()); |
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| 80 | |
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| 81 | AWTI_import_set_ali_and_type(awr, ali_name, ali_type, GLOBAL.gb_main); |
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| 82 | |
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| 83 | free(ali_type); |
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| 84 | free(ali_name); |
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| 85 | } |
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| 86 | } |
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| 87 | |
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